Separatistická rada (také známá jako Separatistická aliance a Rada vůdců ) byla řídícím orgánem Konfederace nezávislých systémů během klonových válek .
Separatistická rada byla vytvořena hrabětem Dooku těsně před bitvou o Geonosis . Vedl armádu během klonových válek Po útoku na Coruscant a smrti hraběte Dooku nařídil Darth Sidious generálu Grievousovi , který byl v té době na Utapau , aby poslal všechny členy Separatistické rady do Mustafaru , kde řekl , že budou být v bezpečí. Loď pro Mustafar odjela krátce předtím, než Republika začala obléhat Utapau.
Po smrti generála Grievouse z rukou Obi-Wana Kenobiho se Rada formálně stala hlavou CIS, s Nute Gunrayem jako jejím hlavním představitelem . Rada se usadila na Mustafaru v sídle korporace Clegger Corp Mining Facility a právě tam poslal Darth Sidious svého nového učedníka Dartha Vadera , aby ukončil separatistické hnutí. Prakticky všichni separatističtí vůdci (s výjimkou Rogua Vodrata) a jejich nejbližší poručíci byli zabiti Vaderem. Jejich smrt znamenala oficiální konec klonových válek. Nejméně dva měsíce se o atentátu na členy Rady neinformovalo. Vnímaná hrozba z jejich strany umožnila císaři pokračovat ve vojenské expanzi.
Separatistická rada byla nejvyšším řídícím orgánem Konfederace. Všichni separatističtí vůdci měli stejná hlasovací práva. V případě smrti hlavy státu i nejvyššího vrchního velitele měl ČNS stanout jeden z členů Rady.