Třída III MHC je skupina proteinů patřících do třídy hlavního histokompatibilního komplexu (MHC). Na rozdíl od jiných typů MHC, jako jsou MHC třídy I a MHC třídy II, jejichž struktura a funkce jsou dobře definovány v imunitní odpovědi, je MHC třída III strukturně a funkčně špatně definována. Nepodílejí se na vazbě antigenu (proces zvaný prezentace antigenu, klasická funkce MHC proteinů). Jen několik z nich se skutečně podílí na imunitě, zatímco mnoho z nich je signálními molekulami v jiných buněčných komunikacích. Jsou známé především svými geny, s podoblastí genů umístěnou mezi shluky MHC-I a MHC-II.
Genový shluk byl objeven, když byly nalezeny geny (konkrétně složky komplementu C2, C4 a faktor B) mezi geny třídy I a třídy II na krátkém (p) rameni lidského chromozomu 6. Později bylo zjištěno, že obsahuje mnoho genů pro různé signální molekuly, jako jsou tumor nekrotizující faktory (TNF) a proteiny tepelného šoku. Bylo popsáno více než 60 genů MHC třídy III, což představuje asi 28 % z celkového počtu genů MHC (224). Oblast v klastru genů MHC třídy III, která obsahuje geny TNF, je také známá jako MHC třída VI nebo zánětlivá oblast.
Na rozdíl od jiných MHC proteinů jsou MHC proteiny třídy III produkovány mimo jiné jaterními buňkami ( hepatocyty ) a makrofágy .
Geny MHC třídy III u lidí jsou umístěny na chromozomu 6 (6p21.3). Zabírá 700 kb. a obsahuje 61 genů. Genový shluk je nejvíce genetickou oblastí lidského genomu. V zásadě jsou podobné jako u jiných zvířat. Funkce mnoha genů jsou stále neznámé. Mnoho retrotranspozonů , jako je lidský endogenní retrovirus (HERV) a prvky Alu, je shlukováno. Oblast obsahující geny G11/C4/Z/CYP21/X/Y o velikosti od 142 do 214 kb je známá jako nejsložitější genový shluk v lidském genomu.
Geny MHC třídy III jsou podobné u lidí, myší, žab (Xenopus tropicalis) a šedého vačice krátkoocasé, ale ne všechny geny jsou sdíleny. Například lidské NCR3, MIC a MCCD1 u myši chybí. Lidské NCR3 a LST1 ve vačici chybí. Ptáci (kuře domácí a křepelka) však mají pouze jeden gen, který kóduje složku komplementu (C4). U ryb jsou geny distribuovány na různých chromozomech.