BioRxiv

bioRxiv
URL biorxiv.org
Komerční Ne
Typ webu Věda
jazyky) Angličtina
Majitel Laboratoř v Cold Spring Harbor
Autor Richard North, John Inglis
Začátek práce listopad 2013  ( 2013-11 )
Země

bioRxiv (vyslovováno „bio(a)rhiv“) je bezplatný elektronický archiv vědeckých prací a předtisků o biologii, který v roce 2013 vytvořili zaměstnanci Cold Spring Harbor Laboratory Richard Sever a John Inglis, podobně jako již populární arXiv.org .

Autoři zveřejňují dříve nerecenzované články na bioRxiv , aby získali zpětnou vazbu od ostatních členů portálu nebo aby potvrdili prvenství objevu. Rukopisy nejsou před publikováním recenzovány, ale jsou zpočátku kontrolovány moderátory, zda nejsou plagiáty. Asi 30 % autorů následně na portál zveřejňuje upravené verze na základě obdržených komentářů. Většina rukopisů zaslaných do bioRxiv je proto publikována v recenzovaných časopisech.

K listopadu 2021 bylo na portál umístěno více než 140 000 děl.

Historie

BioRxiv byl spuštěn v návaznosti na popularitu online předtiskových úložišť , z nichž první vytvořil fyzik z Los Alamos National Laboratory Paul Ginsparg v roce 1991, portál ArXiv.org (vyslovováno [archiv]). V době, kdy byl vytvořen arXiv, byla praxe sdílení předtisků v oblasti fyziky zcela běžná – výzkumníci si před zveřejněním v časopise úspěšně posílali své nepublikované zprávy o experimentech nebo návrhy verzí článků. Taková výměna umožnila nejen přijímat komentáře a kritiku od kolegů před přezkoumáním, ale také zabránit duplicitě dat nebo upevnit prvenství objevu [2] [3] . Brzy si arXiv získal širokou popularitu a do července 2021 bylo na stránku umístěno asi 1,9 milionu děl [4] .

Zpočátku arXiv.org přijímal práce výhradně z oblasti fyziky, ale s nárůstem poptávky po dalších vědních oborech inicioval Ginsparg v roce 2003 vytvoření samostatné sekce pro stahování předtisků v kvantitativní biologii, včetně biologické statistiky , bioinformatiky , populace biologie . Zároveň byla otevřena samostatná sekce pro biologické preprinty časopisem s otevřeným přístupem PeerJ . Navzdory rostoucí oblibě těchto sekcí v repozitářích (příspěvky z biologie hostované v arXiv byly následně publikovány v Nature a PLOS Biology ), portály neusilovaly o další rozšiřování možností pro publikování prací v této oblasti [5] [6]. .

V roce 2013 spustili molekulární biolog Richard Sever z Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) spolu s kolegou Johnem Inglisem podobný portál arXiv s názvem bioRxiv hostovaný společností HighWire [ [7] [5] . BioRxiv byl formálně přidružen k CSHL [8] a jeho hlavním cílem bylo urychlit šíření znalostí a poskytnout příležitosti pro kritické komentáře a zpětnou vazbu k dosud nepublikovaným pracím v biologii [9] . Jen za první rok provozu bylo na portál nahráno 800 preprintů [10] a celkem za období 2013 až 2016 asi 3000 prací [11] . Do roku 2019 se jejich počet zvýšil na 40 000 [12] . K listopadu 2021 portál obsahuje údaje o více než 140 000 preprintech [13] .

V roce 2016 bioRxiv podepsal dohodu s Biophysical Journal , ELife , The EMBO Journal , EMBO Molecular Medicine , EMBO Reports , G3: Genes, Genomes, Genetics , Molecular Systems Biology , podle kterého mohou autoři preprintů publikovaných na portálu zasílat své články k recenzi přímo prostřednictvím bioRxiv, aniž by museli znovu nahrávat soubory a znovu zadávat informace na web časopisu [11] .

V poradním výboru bioRxiv jsou mimo jiné tvůrce arXiv Paul Ginsparg a spoluzakladatel Google Academy Anurag Acharya [9] .

Jak to funguje

Na bioRxiv lze umístit pouze rukopisy, které nebyly dříve publikovány ve vědeckých časopisech a neprošly recenzním řízením. Při publikování článku mohou autoři charakterizovat svou práci jako novou, potvrdit nebo vyvrátit existující vědecký výzkum a také zvolit jednu z 26 tematických kategorií. Po odeslání článku moderátoři zkontrolují, zda neobsahuje urážlivý nebo nevědecký obsah, ale neupravují ani nekontrolují samotný text. Články se obvykle stanou veřejnými během několika hodin po nahrání [14] . Následně mohou badatelé buď publikovat revidované verze práce, nebo přidat odkazy na časopisecké publikace preprintu [9] .

Každému předtisku je přiřazeno DOI , které je spolu s dalšími altmetrickými údaji a údaji o počtu stažení ve formátu PDF k dispozici všem uživatelům. Když je předtisk publikován jako článek ve vědeckém časopise, bioRxiv aktualizuje starou verzi odkazem na publikaci. Články o bioRxiv jsou indexovány vyhledávačem Google a Google Scholar, ale nejsou zahrnuty v systému PubMed , který ukládá pouze recenzované materiály [14] .

Od roku 2016 byla většina prací publikovaných na bioRxiv v evoluční biologii , genetice a genomice [14] .

BioRxiv přijímá předtiskové články pokrývající všechny aspekty biologického výzkumu. Při publikování článku jej autor odkazuje do jedné z následujících kategorií [15] :

Vliv

V roce 2019 výzkumníci analyzovali 7 087 papírů předložených bioRxiv a porovnávali altmetrická měření s neuloženými papíry. Výsledky ukázaly, že preprinty publikované v bioRxiv byly citovány v průměru o 36 % častěji a měly o 49 % vyšší altmetrické hodnoty [16] . Získaná data naznačují dlouhodobý pozitivní dopad vydávání preprintů na počet citací, a nejen na míru jejich výskytu, jak již dříve prokázala analýza příspěvků zveřejněných na arXiv.org [16] [17] [16] .

Asi 30 % preprintů publikovaných na bioRxiv zůstává nepublikováno v časopisech – podobná data byla získána při analýze publikační aktivity na arXiv. Téměř polovina následně publikovaných preprintů bioRxiv se přitom objevuje v časopisech Elsevier , Nature , Public Library of Science a Oxford University Press [12] . BioRxiv je nejpopulárnější mezi americkými a britskými výzkumníky , s mnohem menší popularitou v Číně , Rusku a Turecku [18] .

Poznámky

  1. ↑ WorldCat  (pl.) - 1971.
  2. ↑ Pinfield, 2001 .
  3. ↑ Vivienne Bachelet. Co jsou předtisky? . Medwave (2017). Získáno 1. května 2021. Archivováno z originálu dne 11. května 2021.
  4. ↑ Měsíční příspěvky . Cornell University. Datum přístupu: 2021-04-37. Archivováno 7. května 2021.
  5. ↑ 1 2 Ewen Callaway. Předtisky ožívají . Příroda (12. 11. 2013). Získáno 2. července 2021. Archivováno z originálu 15. prosince 2021.
  6. ↑ Ewen Callaway. Genetici sledují potenciál arXivu . Příroda (31. července 2012). Získáno 29. června 2021. Archivováno z originálu dne 11. srpna 2021.
  7. ↑ HighWire ve 25: Richard Sever (bioRxiv) se ohlíží zpět . High Wire (12. srpna 2020). Získáno 5. července 2021. Archivováno z originálu dne 9. července 2021.
  8. ↑ Předtiskový server pro biologii . ČSHL (12. listopadu 2013). Získáno 3. července 2021. Archivováno z originálu dne 9. července 2021.
  9. ↑ 1 2 3 Jocelyn Kaiser. Nový Preprint Server si klade za cíl být odpovědí biologů na arXiv fyziků . Věda (12. listopadu 2013). Získáno 28. června 2021. Archivováno z originálu dne 9. července 2021.
  10. ↑ Jocelyn Kaiser. BioRxiv ve věku 1 roku: Slibný začátek . Věda (11. 11. 2014). Získáno 29. června 2021. Archivováno z originálu dne 28. července 2021.
  11. ↑ 1 2 preprinty bioRxiv lze nyní zasílat přímo předním vědeckým časopisům . Fyzikální org (15. ledna 2016). Získáno 29. června 2021. Archivováno z originálu dne 18. března 2018.
  12. ↑ 12. Anderson , 2019 .
  13. ↑ Všechny články . BioRxiv. Získáno 22. listopadu 2021. Archivováno z originálu dne 21. listopadu 2021.
  14. ↑ 1 2 3 John Sever. bioRxiv: zpráva o pokroku . ASAPbio. Získáno 29. června 2021. Archivováno z originálu dne 9. července 2021.
  15. ↑ O bioRxiv . bioRxiv. Získáno 3. července 2021. Archivováno z originálu 1. prosince 2018.
  16. ↑ 1 2 3 Fraser, 2020 , str. 618-636.
  17. ↑ Gemma Conroy. Předtisky zvyšují citace článků a zmínky . Index přírody (9. července 2019). Získáno 3. července 2021. Archivováno z originálu dne 9. července 2021.
  18. ↑ Abdill, 2020 .

Literatura

Odkazy

  Přejděte na položku Wikidata  V sociálních sítích
Tematické stránky