| LAMPY | |
|---|---|
| Typ | Molekulární dynamika |
| Vývojář | Sandia National Laboratories |
| Zapsáno v | C++ |
| Operační systém | Křížová platforma |
| Nejnovější verze | Rolovací uvolnění |
| Licence | GPL |
| webová stránka | lamps.sandia.gov |
LAMMPS ( L arge -scale A tomic / M olecular Massively Parallel Simulator ) je bezplatný balíček pro klasickou molekulární dynamiku napsaný skupinou ze Sandia National Laboratories . Balíček lze použít pro velké výpočty (až desítky milionů atomů [1] ). Pro práci na víceprocesorových systémech se používá rozhraní MPI . Balíček je distribuován pod licencí GPL a je dostupný jako zdrojové kódy, stejně jako zkompilované balíčky pro Microsoft Windows a různé distribuce Linuxu.
Je možné zkompilovat jak paralelní verzi LAMMPS (používá MPI ), tak verzi pro provoz v režimu jednoho procesoru.
LAMMPS podporuje většinu dvoučásticových a mnohačásticových potenciálů krátkého dosahu (potenciály Lennard-Jones , Morse, Yukawa , EAM, AI-REBO).
Pro výpočet sil v systémech s Coulombovou interakcí jsou implementovány metody Ewald a PPPM (Particle-particle-articulate-mesh) .
Kromě MD lze LAMMPS použít k provádění výpočtů mezoskopických systémů a koloidních roztoků. K tomu jsou implementovány metody peridynamiky, DPD (disipativní dynamika částic), SRD (stochastická rotační dynamika).
Použití seznamů sousedů při výpočtu sil krátkého dosahu.
Využití prostorové dekompozice ve výpočtech na víceprocesorových systémech.
Je možné zapisovat atomické konfigurace do textového nebo binárního souboru. Počáteční konfigurace atomů pro výpočet může být buď vygenerována v programu nebo načtena z binárního/textového souboru.
Existují vestavěné funkce pro analýzu atomové konfigurace „za běhu“: sestavení párové korelační funkce, určení koordinačního čísla, parametru centrální symetrie atd.
Vestavěné termostaty, barostaty, metody sčítání vnějších sil a potenciálních stěn.
Možnost výstupu do nativního formátu pro vizualizér AtomEye.
Použití GPU pro výpočty ( technologie CUDA ). GPU lze použít pouze pro potenciály Lennard-Jones a Coulomb.
Balíček LAMMPS má zabudované benchmarky, které lze použít zejména pro nezávislé testování a zjišťování výkonu osobních počítačů a jejich komponent. [2] , [3]