ČÁRY
LINEs ( Long interspersed nuclear element , Long Dispersed Repeats [1] ) jsou dlouhé (několik tisíc párů bází [ 2] ) sekvence DNA v eukaryotickém genomu , což jsou retrotranspozony , které neobsahují dlouhé koncové repetice .
První popis sekvence LINE o délce asi 6400 párů bází byl publikován v roce 1980. [3]
Budova
Na 3' konci LINE obsahují buď poly( A ) konec, sekvenci bohatou na adenin nebo sekvence tandemové repetice. ŘÁDKY obsahují jeden nebo dva otevřené čtecí rámce [4] .
Existuje 5 superrodin LINES [4] :
- R2 . Obsahují jeden otevřený čtecí rámec, který kóduje reverzní transkriptázu a endonukleázu . Předpokládá se, že se jedná o nejstarší rodinu retropozonů, které neobsahují dlouhé terminální repetice .
- R.T.E. _ Obsahují také jeden otevřený čtecí rámec kódující apurin-apurimidin endonukleázu a reverzní transkriptázu.
Tři další nadrodiny obsahují dva otevřené čtecí rámce. Produkt prvního z nich (ORF1) kóduje protein podobný vlastnostmi jako produkt genu gag retrovirů.
- žokej . Druhý otevřený čtecí rámec (ORF2) kóduje apurin-apurimidin endonukleázu a reverzní transkriptázu.
- L1 . ORF2 kóduje stejné prvky jako superrodina Jockey . LINIE této nadrodiny jsou nejlépe prozkoumané a nejhojnější v savčím genomu. Lidský genom tedy obsahuje více než 500 tisíc kopií retropozonů LINE-1 , což je asi 17 % genomu.
- I. _ ORF2, kromě apurin-apurimidinové endonukleázy a reverzní transkriptázy, také kóduje RNázu H.
Viz také
Poznámky
- ↑ Singer MF SINEs and LINEs: vysoce opakované krátké a dlouhé proložené sekvence v savčích genomech. (anglicky) // Cell. - 1982. - Sv. 28, č. 3 . - S. 433-434. — PMID 6280868 .
- ↑ Antonio Lima de Faria. Chvála za "hloupost" chromozomu: přiznání vzdorovité molekuly. — Moskva: Binom. Vědomostní laboratoř, 2012. - S. 275. - 312 s. - ISBN 978-5-9963-0974-0 .
- ↑ Adams, JW , Kaufman, RE , Kretschmer, PJ , Harrison, M. , Nienhuis, AW Rodina dlouhých opakovaných sekvencí DNA, jejichž jedna kopie je vedle genu lidského beta globinu // Nucleic Acids Research: Journal. - 1980. - V. 8 , č. 24 . - S. 6113 . doi : 10.1093 / nar/8.24.6113 .
- ↑ 1 2 López-Flores I., Garrido-Ramos MA Obsah repetitivní DNA v eukaryotických genomech // Dynamika genomu Garrido-Ramos MA . - 2012. - T. 7 . - S. 1-28 . — ISBN 978-3-318-02149-3 . - doi : 10.1159/isbn.978-3-318-02150-9 .