MBD3

Protein domény 3 vázající methyl-CpG je protein kódovaný u lidí genem MBD3 [1] [2] [3] .

Funkce

Methylace DNA je hlavní modifikací eukaryotického genomu a hraje důležitou roli ve vývoji savců. Lidské proteiny MECP2 , MBD1 , MBD2 , MBD3 a MBD4 patří do rodiny jaderných proteinů spojených na základě přítomnosti vazebné domény methyl-CpG . Na rozdíl od jiných členů rodiny se však MBD3 nedokáže vázat na methylovanou DNA, ale místo toho se váže na hydroxymethylovanou DNA [3] . Primární struktura MBD3 je ze 71 % a 94 % identická se strukturou MBD2 (izoforma 1) a myší Mbd3. MBD3 je podjednotka multipodjednotkového komplexu NuRD, schopná modifikovat nukleozomy a má aktivitu histon deacetylázy . MBD3 zprostředkovává vazbu proteinu 2 asociovaného s metastázami ( MTA2 ) na jádro komplexu histon deacetylázy [3] .

MBD3 také obsahuje coiled-coil doménu společnou pro všechny tři známé izoformy MBD3. Je to doména coiled coil, a nikoli doména MBD, která pomáhá udržovat pluripotenci embryonálních kmenových buněk nasměrováním polycomb repressor complex 2 (PRC2) na vývojové a organogeneze související podskupiny genů, čímž udržuje jejich stabilní represi [4] .

Interakce

Ukázalo se, že MBD3 interaguje s:

• AURKA , [5]
• GATAD2B , [6] [7]
• HDAC1 , [5] [8] [9]
• MTA2 , [5] [8] [9] a
• MBD2 . [8] [10]

Poznámky

1. ↑ Hendrich B., Bird A. Identifikace a charakterizace rodiny savčích methyl-CpG vazebných proteinů  //  Mol Cell Biol : deník. - 1998. - Listopad ( roč. 18 , č. 11 ). - S. 6538-6547 . — PMID 9774669 .
2. ↑ Hendrich B., Abbott C., McQueen H., Chambers D., Cross S., Bird A. Genomová struktura a chromozomální mapování myších a lidských genů Mbd1, Mbd2,  Mbd3 a Mbd4  // Mamm Genom : deník. - 1999. - září ( roč. 10 , č. 9 ). - S. 906-912 . - doi : 10.1007/s003359901112 . — PMID 10441743 .
3. ↑ 1 2 Entrez Gen: MBD3 protein vazebné domény methyl-CpG 3 . (neurčitý)
4. ↑ Hirasaki, M., Ueda, A., Asaka, MN, Uranishi, K., Suzuki, A., Kohda, M., ... & Koseki, H. (2018). Identifikace domény Coiled-Coil jako základního prvku Mbd3 pro zachování potenciálu závaznosti linie u embryonálních kmenových buněk . KMENOVÉ BUŇKY. doi : 10.1002/stopka.2849
5. ↑ 1 2 3 Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim MH, Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 a HDAC1, dvě složky komplexu NuRD, jsou lokalizovány na Aurora- A-pozitivní centrosomy v M ​​fázi  (anglicky)  // J. Biol. Chem.  : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 50 . - S. 48714-48723 . - doi : 10.1074/jbc.M208461200 . — PMID 12354758 .
6. ↑ Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Dva vysoce příbuzné proteiny p66 tvoří novou rodinu účinných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 43 . - S. 40958-40966 . - doi : 10.1074/jbc.M207467200 . — PMID 12183469 .
7. ↑ Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. Identifikace a funkční charakterizace složek p66/p68 komplexu MeCP1   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2002. - Sv. 22 , č. 2 . - str. 536-546 . - doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . — PMID 11756549 .
8. ↑ 1 2 3 Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analýza podjednotek NuRD odhaluje komplex jádra histon deacetylázy  a /spojení s metylací DNA  Genes Dev.  : deník. - 1999. - Sv. 13 , č. 15 . - S. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
9. ↑ 1 2 Saito M., Ishikawa F. mCpG-vazebná doména lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje s NuRD/Mi2 složkami HDAC1 a MTA2  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 38 . - S. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
10. ↑ Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP MBD3L1 je transkripční represor, který interaguje s methyl-CpG-vazebným proteinem 2 (MBD2) a složkami komplexu NuRD  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2004. - Sv. 279 , č.p. 50 . - S. 52456-52464 . - doi : 10.1074/jbc.M409149200 . — PMID 15456747 .

Literatura

• Shen L., Zhang Y. 5-Hydroxymethylcytosine  : generace, osud a genomová distribuce  // Aktuální názor v buněčné biologii : deník. — Elsevier , 2013. — Sv. 25 , č. 3 . - str. 289-296 . - doi : 10.1016/j.ceb.2013.02.017 . — PMID 23498661 .
• Abbott WM, Mellor A., ​​​​Edwards Y., Feizi T. Rozpustný bovinní lektin vázající galaktózu. Klonování cDNA odhaluje kompletní aminokyselinovou sekvenci a antigenní vztah s hlavní encefalitogenní doménou myelinového bazického proteinu. (anglicky)  // Biochem. J. : deník. - 1989. - Sv. 259 , č.p. 1 . - S. 283-290 . — PMID 2470348 .
• Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP, Lane WS, Reinberg D. Autoantigen Mi2 specifický pro dermatomyozitidu je složkou komplexu obsahujícího histondeacetylázu a aktivity remodelace nukleozomů. (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 1998. - Sv. 95 , č. 2 . - str. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
• Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL Deacetylace chromatinu komplexem remodelace nukleozomů závislým na ATP. (anglicky)  // Nature: journal. - 1998. - Sv. 395 , č.p. 6705 . - S. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
• Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analýza podjednotek NuRD odhaluje komplex jádra histon deacetylázy a spojení s metylací DNA. (anglicky)  // Genes Dev.  : deník. - 1999. - Sv. 13 , č. 15 . - S. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
• Wade PA, Gegonne A., Jones PL, Ballestar E., Aubry F., Wolffe AP Mi-2 komplex spojuje metylaci DNA s remodelací chromatinu a deacetylací histonů. (anglicky)  // Nat. Genet.  : deník. - 1999. - Sv. 23 , č. 1 . - S. 62-6 . - doi : 10.1038/12664 . — PMID 10471500 .
• Tatematsu KI, Yamazaki T., Ishikawa F. Komplex MBD2-MBD3 se váže na hemimethylovanou DNA a tvoří komplex obsahující DNMT1 v replikačních ohniscích v pozdní S fázi. (anglicky)  // Genes Cells : deník. - 2000. - Sv. 5 , č. 8 . - str. 677-688 . - doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00359.x . — PMID 10947852 .
• Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR, Hirai T., Qin J., Nakatani Y., Howard BH Stabilní histondeacetylázové komplexy vyznačující se přítomností SANT doménových proteinů CoREST/kiaa0071 a Mta-L1. (anglicky)  // J. Biol. Chem.  : deník. - 2001. - Sv. 276 , č.p. 9 . - str. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
• Shi Y., Downes M., Xie W., Kao HY, Ordentlich P., Tsai CC, Hon M., Evans RM Sharp, indukovatelný kofaktor, který integruje represi a aktivaci jaderného receptoru. (anglicky)  // Genes Dev.  : deník. - 2001. - Sv. 15 , č. 9 . - S. 1140-1151 . - doi : 10.1101/gad.871201 . — PMID 11331609 .
• Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. Identifikace a funkční charakterizace složek p66/p68 komplexu MeCP1. (anglicky)  // Mol. buňka. Biol. : deník. - 2002. - Sv. 22 , č. 2 . - str. 536-546 . - doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . — PMID 11756549 .
• Schlegel J., Güneysu S., Mennel HD Exprese genů proteinů domény vázající methyl v lidských gliomech. (anglicky)  // Oncol. Rep. : deník. - 2002. - Sv. 9 , č. 2 . - str. 393-395 . - doi : 10.3892/nebo.9.2.393 . — PMID 11836615 .
• Saito M., Ishikawa F. mCpG-vazebná doména lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje s NuRD/Mi2 složkami HDAC1 a MTA2. (anglicky)  // J. Biol. Chem.  : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 38 . - S. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
• Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Dva vysoce příbuzné proteiny p66 zahrnují novou rodinu účinných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3. (anglicky)  // J. Biol. Chem.  : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 43 . - S. 40958-40966 . - doi : 10.1074/jbc.M207467200 . — PMID 12183469 .
• Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim MH, Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 a HDAC1, dvě složky komplexu NuRD, jsou lokalizovány na Aurora-A-pozitivních centrosomech v M fázi. (anglicky)  // J. Biol. Chem.  : deník. - 2003. - Sv. 277 , č.p. 50 . - S. 48714-48723 . - doi : 10.1074/jbc.M208461200 . — PMID 12354758 .
• Fujita N., Jaye DL, Kajita M., Geigerman C., Moreno CS, Wade PA MTA3, podjednotka komplexu Mi-2/NuRD, reguluje invazivní růstovou dráhu u rakoviny prsu. (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 113 , č. 2 . - str. 207-219 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00234-4 . — PMID 12705869 .
• Fujita N., Jaye DL, Geigerman C., Akyildiz A., Mooney MR, Boss JM, Wade PA MTA3 a komplex Mi-2/NuRD regulují buněčný osud během diferenciace B lymfocytů. (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 2004. - Vol. 119 , č. 1 . - str. 75-86 . - doi : 10.1016/j.cell.2004.09.014 . — PMID 15454082 .