SNRNP 200

Malý jaderný ribonukleoprotein 200 kDa (U5)

Dostupné struktury

Ortologické vyhledávání: PDBe , RCSB

Seznam PDB ID
2Q0Z , 4F91 , 4F92 , 4F93 , 4KIT

Identifikátory

Symbol

SNRNP200 ; ASCC3L1; BRR2; HELIC2; RP33; U5-200KD

Externí ID

OMIM: 601664 MGI : 2444401 HomoloGene : 5859 GeneCards : SNRNP200 Gene

EC číslo

3.6.4.13

Genová ontologie
Funkce	• Aktivita RNA helikázy závislá na ATP • vazba na protein • vazba na ATP • aktivita helikázy závislá na ATP • identická vazba na protein • vazba poly(A) RNA
buněčná složka	• jádro • nukleoplazma • spliceosomální komplex • U5 snRNP • jadérko • membrána • katalytický krok 2 spliceosom
biologický proces	• cis sestavení prekatalytického spliceosomu • sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu • diferenciace osteoblastů • katabolický proces ATP • sestřih RNA • genová exprese
Zdroje: Amigo / QuickGO

ortology

Pohled

Člověk

Myš

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 2:
96,94 – 96,97 Mb

Chr 2:
127,21 - 127,24 Mb

Hledejte v PubMed

[jeden]

[2]

Malá jaderná ribonukleoproteinová helikáza 200 kDa (U5) je enzym kódovaný v lidském těle genem SNRNP200 [ 1] [2] [3] [4] [5] .

Sestřih pre-m RNA je katalyzován spliceosomem , komplexem specializovaných RNA a proteinových podjednotek, které odstraňují introny z pre-m RNA segmentu . Spliceosom se skládá z malých jaderných proteinů RNA (snRNP) U1, U2, U4, U5 a U6 spolu s asi 80 konzervovanými proteiny . snRNP U5 obsahuje devět specifických proteinů . Tento gen kóduje jeden z proteinů U5 specifických pro snRNP , který pravděpodobně patří do DEXH-boxu helikázové RNA rodiny . Je hlavní složkou U4/U6-U5 snRNP a předpokládá se, že katalyzuje na ATP závislé odvíjení U4/U6 RNA . Mutace v tomto genu způsobují autozomálně dominantní retinitis pigmentosa typ 33. Byly nalezeny alternativní varianty sestřihových transkriptů kódujících různé izoformy , ale plná povaha těchto variant zůstává nejistá [5] .

Poznámky

↑ Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XI. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro // DNA Res : deník. - 1999. - Duben ( ročník 5 , č. 5 ). - str. 277-286 . - doi : 10.1093/dnares/5.5.277 . — PMID 9872452 .
↑ Lauber J., Fabrizio P., Teigelkamp S., Lane WS, Hartmann E., Luhrmann R. HeLa 200 kDa U5 snRNP-specifický protein a jeho homolog v Saccharomyces cerevisiae jsou členy rodiny proteinů DEXH-box domnělé RNA helicases (anglicky) // EMBO J : deník. - 1996. - říjen ( roč. 15 , č. 15 ). - S. 4001-4015 . — PMID 8670905 .
↑ Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luhrmann R. Lidský protein U5-220kD (hPrp8) tvoří stabilní komplex bez RNA s několika proteiny specifickými pro U5, včetně RNA unwindase, homolog ribozomálního elongačního faktoru EF-2 a nového proteinu WD-40 // Mol Cell Biol : deník. - 1998. - Listopad ( roč. 18 , č. 11 ). - S. 6756-6766 . — PMID 9774689 .
↑ Laggerbauer B., Achsel T., Luhrmann R. Lidský protein U5-200kD DEXH-box odvíjí duplicity RNA U4/U6 in vitro // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 1998. - Květen ( roč. 95 , č. 8 ). - str. 4188-4192 . - doi : 10.1073/pnas.95.8.4188 . — PMID 9539711 .
↑ 1 2 Entrez Gen: ASCC3L1 aktivační kointegrátor signálu 1 komplexní podjednotka 3-jako 1 . (neurčitý)

Literatura

Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H. a kol. Konstrukce cDNA klonů připravených pro expresi pro geny KIAA: manuální úprava 330 klonů cDNA KIAA // DNA Res . : deník. - 2003. - Sv. 9 , č. 3 . - str. 99-106 . - doi : 10.1093/dnares/9.3.99 . — PMID 12168954 .
Laggerbauer B., Lauber J., Lührmann R. Identifikace RNA-dependentní ATPázové aktivity u savců U5 snRNP // Nucleic Acids Res . : deník. - 1996. - Sv. 24 , č. 5 . - S. 868-875 . doi : 10.1093 / nar/24.5.868 . — PMID 8600454 .
Meister G., Hannus S., Plöttner O., a kol. SMNrp je základní sestřihový faktor pre-mRNA nutný pro vytvoření zralého spliceosomu // EMBO J. : deník. - 2001. - Sv. 20 , č. 9 . - S. 2304-2314 . - doi : 10.1093/emboj/20.9.2304 . — PMID 11331595 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH a kol. Řízená proteomická analýza lidského jadérka (anglicky) // Curr. Biol. : deník. - 2002. - Sv. 12 , č. 1 . - str. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. Purifikace a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu // RNA : journal. - 2002. - Sv. 8 , č. 4 . - str. 426-439 . - doi : 10.1017/S1355838202021088 . — PMID 11991638 .
Peng R., Dye BT, Perez I. a kol. PSF a p54nrb vážou konzervovaný kmen v U5 snRNA (nedefinováno) // RNA. - 2002. - T. 8 , č. 10 . - S. 1334-1347 . - doi : 10.1017/S1355838202022070 . — PMID 12403470 .
Nakayama M., Kikuno R., Ohara O. Interakce protein-protein mezi velkými proteiny: dvouhybridní screening pomocí funkčně klasifikované knihovny složené z dlouhých cDNA // Genome Res . : deník. - 2003. - Sv. 12 , č. 11 . - S. 1773-1784 . - doi : 10.1101/gr.406902 . — PMID 12421765 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších sekvencí cDNA v plné délce // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Sv. 99 , č. 26 . - S. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T. a kol. Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky // Nat . Genet. : deník. - 2004. - Sv. 36 , č. 1 . - str. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Will CL, Schneider C., Hossbach M. a kol. Lidský 18S U11/U12 snRNP obsahuje sadu nových proteinů, které se nenacházejí v U2-dependentním spliceosomu // RNA: journal. - 2004. - Sv. 10 , č. 6 . - S. 929-941 . - doi : 10.1261/rna.7320604 . — PMID 15146077 .
Vertegaal AC, Ogg SC, Jaffray E. a kol. Proteomická studie cílových proteinů SUMO-2 (anglicky) // J. Biol. Chem. : deník. - 2004. - Sv. 279 , č.p. 32 . - str. 33791-33798 . - doi : 10.1074/jbc.M404201200 . — PMID 15175327 .
Beausoleil SA, Jedrychowski M., Schwartz D. a kol. Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů buněk HeLa (anglicky) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 2004. - Sv. 101 , č. 33 . - S. 12130-12135 . - doi : 10.1073/pnas.0404720101 . — PMID 15302935 .
Jin J., Smith F.D., Stark C. a kol. Proteomická, funkční a doménová analýza in vivo vazebných proteinů 14-3-3 zapojených do cytoskeletální regulace a buněčné organizace // Curr . Biol. : deník. - 2004. - Sv. 14 , č. 16 . - S. 1436-1450 . - doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . — PMID 15324660 .
Gerhard DS, Wagner L., Feingold EA a kol. Stav, kvalita a expanze projektu NIH Full-Length cDNA: The Savmalian Gene Collection (MGC ) // Genome Res. : deník. - 2004. - Sv. 14 , č. 10B . - S. 2121-2127 . - doi : 10.1101/gr.2596504 . — PMID 15489334 .
Andersen JS, Lam YW, Leung AK a kol. Dynamika nukleárních proteomů (anglicky) // Nature. - 2005. - Sv. 433 , č.p. 7021 . - str. 77-83 . - doi : 10.1038/nature03207 . — PMID 15635413 .