Thaumarchaeota

Thaumarchaeota
vědecká klasifikace
Doména:ArchaeaTyp:Thaumarchaeota
Mezinárodní vědecký název
Thaumarchaeota Brochier-Armanet a kol. 2008
Synonyma
Aigarchaeota Nunoura a kol. 2011 [1] Nitrososphaeraeota Oren a kol. 2015 [1]
Systematika na Wikispecies Vyhledávání obrázků na Wikimedia Commons TO JE   951425 NCBI   651137 EOL   10594366

Thaumarchaeota ( latinsky , z řeckého thaumas  - zázrak) je druh archaea obsahující pouze 3 pěstované druhy a asi 20 kandidátů (Candidatus). Všichni v současnosti objevení zástupci jsou chemolithotrofové a oxidují čpavek . Mohou hrát důležitou roli v biochemickém cyklu, zejména cyklu dusíku .

Historie studia

Kmen byl izolován v roce 2008 na základě fylogenetických dat, jako jsou genové sekvence rRNA těchto organismů , stejně jako jejich produkce topoizomerázy typu I , o které se dříve předpokládalo, že je jedinečná pro eukaryota [2] [3] . Tyto předpoklady byly potvrzeny dodatečnými analýzami, jejichž výsledky byly publikovány v roce 2010. Testovali genomy čpavek oxidujících archaea Nitrosopumilus maritimus a Candidatus Nitrososphaera gargensis . Na základě výsledků těchto studií bylo zjištěno, že tyto dva druhy mají samostatný původ spolu s dalším druhem, Cenarcaeum symbiosum , který byl prvním popsaným druhem Thaumarchaeota [4] .

Klasifikace

Současná klasifikace je založena na Seznamu prokaryotických jmen se stálou nomenklaturou (LPSN) a Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI). Jestliže k červenci 2017 je v prvním zdroji typ zastoupen jediným druhem Nitrososphaera viennensis [5] ze třídy Nitrososphaeria [6] , pak druhý zahrnuje větší počet taxonů od druhu k řádu, z nichž většina je kandidátů. Níže uvedená klasifikace zobrazuje všechny taxony až do rodu včetně a všechny pěstované druhy [7] , přičemž taxony, jejichž zástupci jsou známí v čisté kultuře, jsou na prvním místě:

• Třída Nitrososphaeria Stieglmeier et al. 2014
  • Řád Nitrososphaerales Stieglmeier et al. 2014
    • Čeleď Nitrososphaeraceae Stieglmeier et al. 2014
      • Rod Nitrososphaera Stieglmeier et al. 2014
        • Nitrososphaera viennensis Stieglmeier et al. 2014 [8] a další 2 kandidáti
      • Rod Candidatus Nitrosocosmicus  Lehtovirta-Morley et al. 2016 (3 kandidáti)
  • Řád Candidatus Nitrosocaldales  Qin et al. 2017
    • Čeleď Candidatus Nitrosocaldaceae  Qin et al. 2016
      • Rod Candidatus Nitrosocaldus  de la Torre et al. 2008 (1 kandidát)
• Řád incertae sedis
  • Objednávka Cenarcaeales DeLong a Preston 1996 - klasifikovaná jako Crenarchaeota v LPSN
    • Čeleď Cenarcaeaceae DeLong a Preston 1996
      • Rod Cenarcaeum DeLong a Preston 1996
        • Cenarcaeum symbiosum DeLong a Preston 1996
  • Řád Nitrosopumilales Konneke et al. 2005
    • Čeleď Nitrosopumilaceae Konneke et al. 2005
      • Rod Nitrosopumilus Konneke et al. 2005
        • Nitrosopumilus maritimus Konneke et al. 2006 a 5 dalších kandidátů
      • Rod Candidatus Nitrosoarchaeum Blainey  et al. 2011 (2 kandidáti)
      • Rod Candidatus Nitrosomarinus (1 kandidát)
  • rody incertae sedis
    • Rod Candidatus Caldiarchaeum  Nunoura et al. 2011 (1 kandidát)
    • Rod Candidatus Giganthauma  Muller et al. 2010 (2 kandidáti)
    • Rod Candidatus Nitrosopelagicus  Santoro et al. 2014 (1 kandidát)
    • Rod Candidatus Nitrosotalea  Lehtovirta et al. 2011 (1 kandidát)
    • Rod Candidatus Nitrosotenuis  Li et al. 2016 (2 kandidáti)

Poznámky

1. ↑ 1 2 Thaumarchaeota  (anglicky) na stránkách Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI). (Přístup: 5. srpna 2017) .
2. ↑ Brochier-Armanet C., Boussau B., Gribaldo S., Forterre P. Mesophilic crenarchaeota: Návrh na třetí archaální kmen, Thaumarchaeota  // Nature Reviews Microbiology  : journal  . - 2008. - Sv. 6 , č. 3 . - str. 245-252 . - doi : 10.1038/nrmicro1852 . — PMID 18274537 .
3. ↑ Brochier-Armanet C., Gribaldo S., Forterre P. A DNA topoizomeráza IB v Thaumarchaeota svědčí o přítomnosti tohoto enzymu u posledního společného předka Archaea a Eucarya   // Biology Direct : deník. - 2008. - Sv. 3 . — S. 54 . - doi : 10.1186/1745-6150-3-54 . — PMID 19105819 .
4. ↑ Spang A., Hatzenpichler R., Brochier-Armanet C., Rattei T.,. Odlišná sada genů ve dvou různých liniích archaea oxidujících amoniak podporuje kmen Thaumarchaeota  //  Trends in Microbiology : deník. - Cell Press , 2010. - Vol. 18 , č. 8 . - str. 331-340 . - doi : 10.1016/j.tim.2010.06.003 . — PMID 20598889 .
5. ↑ Rod Nitrososphaera  : [ angl. ]  // LPSN.  (Přístup: 5. srpna 2017) .
6. ↑ Klasifikace domén a kmenů - Hierarchická klasifikace prokaryot (bakterií) : Verze 2.0  : [ eng. ]  // LPSN. - 2016. - 2. října.
7. ↑ Prohlížeč taxonomie: Thaumarchaeota  : [ eng. ]  // NCBI.  (Přístup: 5. srpna 2017) .
8. ↑ Tourna M., Stieglmeier M., Spang A., Könneke M., Schintlmeister A., ​​​​Urich T., Engel M., Schloter M., Wagner M. Nitrososphaera viennensis, archaeon oxidující amoniak z půdy  (anglicky)  / / Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2011. - Sv. 108 , č. 20 . - S. 8420-8425 . - doi : 10.1073/pnas.1013488108 . — PMID 21525411 .