Barevné schéma Corey-Pauling-Koltun

V chemii je zbarvení CPK ( Eng.  Corey-Pauling-Koltun , Rus. Corey-Pauling-Koltun ) oblíbeným schématem pro barvení atomů různých chemických prvků v molekulárních modelech . Toto schéma je pojmenováno po molekulárním modelu CPK vytvořeném Robertem Coreyem a Linusem Paulingem a vylepšeným Walterem Koltunem .

Historie

V roce 1952 Corey a Pauling publikovali popis trojrozměrného modelu proteinů a dalších biomolekul , který vytvořili na California Institute of Technology . [1] Jejich model představoval atomy jako dřevěné kuličky natřené jasnými barvami odpovídajícími chemickým prvkům. Jejich barevný model zahrnoval:

• bílá pro vodík
• černá pro uhlík
• modrá pro dusík
• červená pro kyslík

Stavěli také zmenšené modely pomocí plastových kuliček stejného barevného schématu.

V roce 1965 si Koltun nechal patentovat vylepšenou verzi modelu Corey-Pauling. [2] Ve svém patentu uvádí tyto barvy:

• bílá pro vodík
• černá pro uhlík
• modrá pro dusík
• červená pro kyslík
• tmavě žlutá pro síru
• purpurová pro fosfor
• odstíny od světle do tmavě zelené, respektive pro halogeny ( F , Cl , Br , I )
• stříbro na kovy ( Co , Fe , Ni , Cu )

Typické kódy barev

Typická barevná označení v CPK zahrnují:

Některé z barev CPK jsou mnemotechnicky příbuzné barvám čistých prvků nebo jejich sloučenin. Například vodík je bezbarvý plyn, uhlík ve formě uhlí nebo grafitu je černý, mnoho forem síry je žluté, chlor je nazelenalý plyn, brom je tmavě červená kapalina, jód v éteru je fialový, jeden z alotropních modifikace fosforu je červená, železná rez má tmavě oranžový odstín atd. V případě ostatních prvků jako je kyslík a dusík je výběr barvy méně jednoznačný. Je pravděpodobné, že červená barva pro kyslík byla vybrána, protože je často spojována se spalováním, a modrá barva pro dusík je způsobena tím, že je hlavní složkou zemské atmosféry, která má modrý nádech.

Moderní varianty

Následující tabulka představuje barvy přiřazené každému prvku v oblíbených počítačových programech. Sloupec C obsahuje původní barvy Coreyho a Paulinga, [1] Sloupec K obsahuje barvy z Koltunova patentu. [2] Sloupec J popisuje barevné schéma používané molekulárním vizualizérem Jmol . [3] Sloupec R popisuje barevné schéma používané programem RasMol ; pokud jsou zadány dvě barvy, druhá je relevantní pro verze 2.7.3 a vyšší. [3] [4] Všechny barvy jsou přibližné a mohou se lišit podle nastavení zobrazení a videa.

Poznámky

1. ↑ 1 2 Robert B. Corey a Linus Pauling (1953): Molekulární modely aminokyselin, peptidů a proteinů. Review of Scientific Instruments, Volume 24, Issue 8, pp. 621-627. doi : 10.1063/1.1770803
2. ↑ 1 2 Walter L. Koltun (9165), Prostor vyplňující atomové jednotky a konektory pro molekulární modely . US patent 3170246.
3. ↑ 1 2 Jmol tabulka barev na sourceforge.net.
4. ↑ Tabulka barev Rasmol Archivováno 13. května 2001. na bio.cmu.edu.

Odkazy

• Co je základem barevného schématu CPK? Jaké barvy se používají pro který atom?
• Fyzikální molekulární modely
• Model Corey-Pauling-Koltun: Standard "molekulárního konstruktéra"