ClpP

ClpP ( Kaseinolytická proteáza P , vyjádřeno clip pi) je serinová proteáza nacházející se v bakteriálních buňkách, mitochondriích a eukaryotických chloroplastech. Složka komplexů ClpXP a ClpAP [1] , které patří do významné skupiny ATP-dependentních proteáz, kam patří také proteazomy , Lon , HslVU a FtsH. Všichni členové této skupiny používají ATP v procesu hydrolýzy polypeptidů .

Podle klasifikace MEROPS patří do rodiny S14 [2] . Strukturně je sedm jednotlivých ClpP polypeptidových řetězců spojeno nekovalentně do kruhu. Dva sedmičlenné kruhy jsou spojeny nad sebou a tvoří válcovitý tetradodekamer, v jehož dutině se nachází aktivní místo a dochází k destrukci buněčných polypeptidů, které se tam dostaly [3] .

ClpP provádí procesní nespecifickou degradaci proteinů a peptidů [1] . Specificitu zajišťují další proteiny, v jejichž komplexu ClpP v buňce existuje — chaperonové proteiny ClpX (prokaryota, mitochondrie) [4] , ClpA (gram-negativní bakterie) [5] nebo ClpC (gram-pozitivní bakterie) [6] as nimi související další faktory jako ClpS (pro ClpA) [7] , SspB [8] a RssB (pro ClpX) [9] . Chaperonové proteiny také aktivují ClpP, rozvinou substrátové proteiny a přesunou je dovnitř tetradodekameru, k čemuž využívají energii hydrolýzy ATP [1] . V nepřítomnosti chaperonových proteinů je ClpP neaktivní, avšak některá antibiotika, zejména acyldepsipeptidy (ADEP), jsou schopna aktivovat ClpP, což vede k nekontrolované proteolýze a v konečném důsledku ke smrti bakteriální buňky [10] .

Substrátové proteiny pro ClpXP nebo komplexy ClpAP jsou obvykle rozpoznávány krátkými aminokyselinovými motivy nebo dokonce, jako v případě ClpS, jedinou N-koncovou aminokyselinou. Velkou třídu substrátů v bakteriálních buňkách tvoří proteiny s ocasem ssrA. Takový konec 11 aminokyselin (u Escherichia coli ) se přidává k proteinům, jejichž mRNA byla poškozena a jejich syntéza na ribozomu nemůže být dokončena (viz tmRNA ).

Poznámky

1. ↑ 1 2 3 Maurizi a kol. J Biol Chem. 25. července 1990;265(21):12536-45. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 22. května 2016. (neurčitý)
2. ↑ MEROPS, rodina S14 . Získáno 28. července 2013. Archivováno z originálu 30. června 2013. (neurčitý)
3. ↑ Wang a kol. buňka. 14. listopadu 1997;91(4):447-56. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 7. června 2016. (neurčitý)
4. ↑ Gottesman a kol. J Biol Chem. 25. října 1993;268(30):22618-26.
5. ↑ Katayama a kol. J Biol Chem. 15. října 1988;263(29):15226-36. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 12. června 2015. (neurčitý)
6. ↑ Msadek a kol. Proč Natl Acad Sci US A. 21. června 1994;91(13):5788-92. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 12. června 2015. (neurčitý)
7. ↑ Dougan a kol. Mol Cell. březen 2002;9(3):673-83. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 8. května 2016. (neurčitý)
8. ↑ Levčenko a kol. Věda. 29. září 2000;289(5488):2354-6. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 20. května 2016. (neurčitý)
9. ↑ Zhou a kol. Gene Dev. 1. března 2001;15(5):627-37. . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 19. května 2016. (neurčitý)
10. ↑ Kirstein a kol. EMBO Mol Med. 2009 duben;1(1):37-49 . Získáno 3. října 2017. Archivováno z originálu 22. května 2016. (neurčitý)