Faustovirus

faustovirus

Rekonstrukce faustovirového virionu pomocí kryoelektronové mikroskopie
vědecká klasifikace
Skupina:Viry [2]Oblast:incertae sedis [1]Pohled:faustovirus
Mezinárodní vědecký název
faustovirus
Baltimorská skupina
I: dsDNA viry

Faustovirus  (latinsky) je obří virus , který je morfologicky a geneticky blízký dvěma dalším obřím virům , Pacmanviru a Kaumoebaviru , a také virům z čeledi Asfarviridae . Faustovirus byl izolován v roce 2015 z protista Vermamoeba vermiformis [3] .

Od listopadu 2018 není rod Faustovirus registrován v databázi International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) [4] .

Popis

Faustovirus má ikosaedrické viriony o velikosti asi 200 nm [3] . V roce 2016 byly faustovirové viriony podrobně studovány pomocí kryoelektronové mikroskopie . Hlavní kapsidový protein ( MCP ) vnějšího obalu tohoto viru tvoří trimery , z nichž každý monomer se skládá ze dvou strukturních motivů rosolovitých umístěných jeden po druhém . Jeden motiv želé role obsahuje 8 beta listů . Podobná organizace hlavního proteinu kapsidy se nachází u mnoha virů. Kapsomera je reprezentována MCP hexamerem a má průměr asi 75 Á . Na rozdíl od většiny ostatních obřích virů má Faustovirus také druhou, vnitřní vrstvu kapsidy, rovněž tvořenou hexamery proteinů [5] .  

Genom

Genom faustoviru je reprezentován kruhovou dvouřetězcovou molekulou DNA o 466265 párech bází (bp). GC složení genomu je 36 %. V genomu je 451 genů kódujících protein , délky jejich produktů jsou v rozmezí od 47 do 2980 aminokyselinových zbytků (a.a.). V genomu faustoviru nebyly identifikovány žádné geny kódující tRNA . Pouze 31 % proteinů faustoviru našlo v databázích homology . Většina proteinů Faustoviru je homologních s proteiny Asfarviridae ; existují také proteiny příbuzné proteinům virů čeledí Phycodnaviridae , Mimiviridae , Marseilleviridae a Ascoviridae . Některé proteiny jsou příbuzné proteinům bakteriofágů , navíc řada proteinů má příbuzné pouze mezi buněčnými organismy: eukaryota , bakterie a archaea . V genech kódujících kapsidové proteiny bylo identifikováno mnoho intronů [5] , včetně 6 samosestřihujících intronů skupiny I – velmi atypický případ pro viry [3] .

Životní cyklus

Infekce buněk Vermamoeba vermiformis začíná fagocytózou virových částic prvokem. 2-4 hodiny po infekci jsou viriony detekovány uvnitř fagozomů , z nichž některé mohou být dokonce umístěny v blízkosti buněčného jádra , ačkoli nebyla nalezena žádná interakce virových částic s jádrem. Poté fagozomy uvolní svůj obsah do cytoplazmy hostitelské buňky: vnitřní membrána viru splyne s membránou fagozomu a obsah virionu vyjde ven, podobně jako u mimiviru . Poté některé viriony přestanou být viditelné. K uvolnění proteinů a DNA faustoviru do buňky dochází 4-6 hodin po infekci. Je zvláštní, že současně jádro hostitelské buňky prochází určitou reorganizací, konkrétně ztrácí svůj kulovitý tvar. 8-10 hodin po infekci se buňka zakulatí a ztratí kontakt se substrátem a v cytoplazmě se jasně zviditelní virová továrna obsahující nově vytvořené virové částice a obklopená mitochondriemi . Některé buňky mají ve svých virových továrnách pouze prázdné kapsidy. 12–14 hodin po infekci zabírá virová továrna téměř veškerý volný prostor v buňce a po 18–20 hodinách je většina buněk lyžována a dochází k uvolňování nových virionů [3] .

Fylogeneze a vztahy

Podle fylogenetického stromu postaveného na bázi genové sekvence DNA polymerázy B rodiny tvoří , Kaumoebavirus , Faustovirus a Asfarviridae monofyletický klad . Tyto viry měly zjevně společného předka . Sekvence lokusu kódujícího hlavní kapsidový protein přibližuje Pacmanvirus k Asfarviridae , ale architektura virionu je bližší architektuře faustoviru [ 6] .  

Poznámky

  1. ↑ Taxon není uznáván Mezinárodním výborem pro taxonomii virů (ICTV).
  2. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) .
  3. ↑ 1 2 3 4 Reteno DG , Benamar S. , Khalil JB , Andreani J. , Armstrong N. , Klose T. , Rossmann M. , Colson P. , Raoult D. , La Scola B. Faustovirus, novinka související s asfarvirem linie obřích virů infikujících améby.  (anglicky)  // Journal Of Virology. - 2015. - Červenec ( roč. 89 , č. 13 ). - S. 6585-6594 . - doi : 10.1128/JVI.00115-15 . — PMID 25878099 .
  4. ↑ Hledat Faustovirus v databázi ICTV (downlink) . Získáno 11. listopadu 2018. Archivováno z originálu 4. října 2013. 
  5. ↑ 1 2 Klose T. , Reteno DG , Benamar S. , Hollerbach A. , Colson P. , La Scola B. , Rossmann MG Struktura faustoviru, velkého dsDNA viru.  (anglicky)  // Proceedings Of The National Academy of Sciences Of The United States Of America. - 2016. - 31. května ( roč. 113 , č. 22 ). - S. 6206-6211 . - doi : 10.1073/pnas.1523999113 . — PMID 27185929 .
  6. ↑ Andreani J. , Khalil JYB , Sevvana M. , Benamar S. , Di Pinto F. , Bitam I. , Colson P. , Klose T. , Rossmann MG , Raoult D. , La Scola B. Pacmanvirus, nový obr ikosaedrický Virus na křižovatce mezi Asfarviridae a Faustoviry.  (anglicky)  // Journal Of Virology. - 2017. - 15. července ( roč. 91 , č. 14 ). - doi : 10.1128/JVI.00212-17 . — PMID 28446673 .