Kaumoebavirus

Kaumoebavirus
vědecká klasifikace
Skupina:Viry [2]Oblast:incertae sedis [1]Pohled:Kaumoebavirus
Mezinárodní vědecký název
Kaumoebavirus
Baltimorská skupina
I: dsDNA viry

Kaumoebavirus  (lat.) je obří virus , který je morfologicky a geneticky blízký dalšímu obřímu viru , Faustoviru , stejně jako virům z čeledi Asfarviridae . Má ikosaedrickou kapsidu o velikosti asi 250 nm a její genom je reprezentován molekulou DNA sestávající z asi 350 tisíc párů bází (bp) a obsahující 465 předpokládaných genů kódujících protein [ 3] .

Virus byl popsán v roce 2016 při kultivaci améboidního protist Vermamoeba vermiformis ze vzorku odpadních vod z jižní Saúdské Arábie [3] .

Od listopadu 2018 není rod Kaumoebavirus registrován v databázi International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) [4] .

Popis

Jak bylo uvedeno výše, Kaumoebavirus má ikosaedrickou kapsidu o velikosti asi 250 nm. Jeho genom je reprezentován kruhovou molekulou DNA obsahující přibližně 351 731 bp. V genomu nejsou žádné opakující se sekvence , s výjimkou dlouhé invertované tandemové repetice o délce 1407 bp. GC složení genomu je 43,7 %. Podle bioinformatické analýzy obsahuje genom Kaumoebaviru 465 genů, které kódují proteiny o délce od 113 do 6209 aminokyselinových zbytků (a.a.). V jeho genomu nebyly identifikovány žádné geny tRNA . Z hlediska homologie je 74 (59 %) proteinů Kaumoebaviru nejblíže jiným virovým proteinům, 19 (15 %) bakteriálním proteinům , 31 (25 %) eukaryotickým proteinům a dva (2 %) archaálním proteinům . Stejně jako faustovirus se kaumoebavirus spojuje během zrání mRNA [ 3] .

Životní cyklus

V časném stádiu infekce (2 hodiny po průniku do buňky protista Vermamoeba vermiformis ) jsou v cytoplazmě buňky pozorovány fagocytární vakuoly obsahující viriony Kaumoebaviru . O tři hodiny později již vytvořili shluky 2-4 virových částic uvnitř vakuol. 4 hodiny po penetraci vstoupí virová DNA do cytoplazmy a další dvě hodiny lze v blízkosti buněčného jádra pozorovat virové továrny , ve kterých se replikují virové genomy a shromažďují viriony. Od 8 do 16 hodin po infekci jsou ve virové továrně detekovány nově vytvořené částice viru Kaumoebavirus . Během replikace kaumoebaviru se morfologie buněčného jádra nemění. Nakonec dojde k buněčné lýze a viriony se uvolní. Celkový životní cyklus kaumoebaviru je 16 až 20 hodin, podobně jako u faustoviru [3] .

Fylogeneze a vztahy

Z virových proteinů jsou proteinům Kaumoebaviru nejblíže proteiny virů řádu Megavirales , zejména další obří virus Faustovirus a také proteiny čeledi Asfarviridae . Mezi další příbuzné Kaumoebaviru patří členové čeledí Mimiviridae , Phycodnaviridae , Poxviridae , Baculoviridae a také obří viry rodu Marseillevirus . Z evolučního hlediska zaujímá Kaumoebavirus střední pozici mezi Faustoviry a Asfarviridae [3] .

V roce 2018 byly zveřejněny výsledky analýzy, která dále potvrdila úzkou příbuznost Kaumoebaviru s Faustovirem a Asfarviridae . Studie testovala, zda sekvence charakteristické pro dříve identifikované promotory Asfarviridae jsou charakteristické pro obří viry Kaumoebavirus a Faustovirus . Dříve bylo ukázáno, že členové čeledi Asfarviridae se vyznačují přítomností sekvencí bohatých na A / T v promotorech. Ukázalo se, že u promotorů Kaumoebaviru a Faustoviru dominují motivy TATTT a TATATA bohaté na AT, což je dále přibližuje k Asfarviridae [5] .

Podle fylogenetického stromu postaveného na bázi genové sekvence DNA polymerázy B rodiny tvoří , Kaumoebavirus , Faustovirus a Asfarviridae monofyletický klad . Tyto viry měly zjevně společného předka [6] .

Poznámky

  1. ↑ Taxon není uznáván Mezinárodním výborem pro taxonomii virů (ICTV).
  2. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) .
  3. ↑ 1 2 3 4 5 Bajrai LH , Benamar S. , Azhar EI , Robert C. , Levasseur A. , ​​Raoult D. , La Scola B. Kaumoebavirus, nový virus, který se shlukuje s faustoviry a Asfarviridae.  (anglicky)  // Viry. - 2016. - 28. října ( roč. 8 , č. 11 ). - doi : 10.3390/v8110278 . — PMID 27801826 .
  4. ↑ Prohledejte Kaumoebavirus v databázi ICTV (downlink) . Získáno 11. listopadu 2018. Archivováno z originálu 4. října 2013. 
  5. ↑ Oliveira GP , de Aquino ILM , Luiz APMF , Abrahão JS domnělé analýzy motivu promotéra posilují evoluční vztahy mezi faustoviry, kaumoebaviry a asfarviry.  (anglicky)  // Frontiers In Microbiology. - 2018. - Sv. 9 . - S. 1041-1041 . - doi : 10.3389/fmicb.2018.01041 . — PMID 29875752 .
  6. ↑ Andreani J. , Khalil JYB , Sevvana M. , Benamar S. , Di Pinto F. , Bitam I. , Colson P. , Klose T. , Rossmann MG , Raoult D. , La Scola B. Pacmanvirus, nový obr ikosaedrický Virus na křižovatce mezi Asfarviridae a Faustoviry.  (anglicky)  // Journal Of Virology. - 2017. - 15. července ( roč. 91 , č. 14 ). - doi : 10.1128/JVI.00212-17 . — PMID 28446673 .