Haploskupina R (mtDNA)

Haploskupina R  je haploskupina lidské mitochondriální DNA .

Původ

Haploskupina R je potomkem makroskupiny N a podle své starobylosti, šíře rozšíření a počtu potomkových skupin ji lze samotnou nazvat makroskupinou. Pravděpodobně vznikl na Předním východě krátce (jen několik tisíc let) poté, co byl osídlen lidmi (asi před 55 tisíci lety). Později byla z této oblasti provedena expanze, takže se nositelé skupiny R (často spolu s dalšími podklady skupiny N) rozšířili: na jih do Arábie a severovýchodní Afriky , na východ podél íránské plošiny , dále do střední Asie na Altaj a Hindustan , na sever do Anatolie , na Kavkaz a dále do východní Evropy .

Podklady R5, R6 , R7 , R8, R30, R31 jsou autochtonní haploskupiny v Indii. V souboru dat pro Střední Asii (Comas et al. 2004) z 232 linií patří pouze 2 k R5 [1] .

Mezi potomky této skupiny patří B , UK (a jeho potomci U a K ), F , R0 (a jeho potomci HV , H a V ) a pre-JT (a jeho potomci JT , J a T ).

Paleogenetika

Mitochondriální haploskupina R* byla objevena u Paleosibiřana z Ust-Ishimu ( Ust-Ishim muž ), který žil před 45 tisíci lety [2] , ale v roce 2016 Poznikův tým klasifikoval mitochondriální haploskupinu U* v Ust-Ishim [3 ] .

Haploskupina R byla určena v pozdně paleolitickém vzorku CC7-2289 (asi před 44 tisíci lety) z jeskyně Bacho Kiro v Bulharsku [4]

Haploskupina R* zahrnuje mitochondriální genom mléčného zubu z jeskyně Fumane ( it: Grotta di Fumane ), nalezený ve vrstvě staré 41 110–38 500 let (protoaurignacien) [5] .

Bylo zjištěno, že pozůstatky dívky Paglichci 23 ( en: Paglicci 23 ) z italské jeskyně Paglichci , staré asi 28 tisíc let, mají referenční sekvenci Cambridge ( en: Cambridge Reference Sequence ) HVR1, což naznačuje, že jedinec měl buď mitochondriální haploskupina R nebo mitochondriální haploskupina H [6] . Analýza DNA kromaňonského Paglicci-12 , který žil asi před 24 tisíci lety, ukázala, že patřil do mitochondriální haploskupiny R [7] .

Podklad R1b byl nalezen u obyvatele hory Afontova AG-3, který žil před 16 930–16 490 lety.

R1 byl stanoven ve vzorku yak025 (14865-14590 př. n. l.) z jeskyně Khaiyrgas (jeskyně Khaiyrgas, kultura Dyuktai ) [8] . Ve vzorku Khaiyrgas-1 z Jakutska (před 16,9 tisíci lety) byl určen R1b [9] .

R9c1b byl identifikován ve vzorku Qihe3 (před 11 747–11 356 lety ) z provincie Fujian v Číně [10] .

R2-a* byl identifikován ve vzorku AH2 (8205-7756 př.nl) z Tepe Abdul Hosein v Íránu (Shahrestan Nurabad ) [11] .

R11 [12] byl stanoven ve vzorku NE35 (AR8.9K, ARpost9K, před 9131-8770 lety ) z oblasti Amur ( Čína ) [13] .

R3 se nachází u představitele neolitu Maďarska, který žil cca. Před 7500 lety [14] .

R1b byl identifikován u druhohorního obyvatele ostrova South Deer Island [15] .

R1a byla určena v eneolitických exemplářích I2055 (Unakozovskaya, před 6533 lety) a I2056 (Unakozovskaya, před 6477,5 lety) ze severního Kavkazu (Unakozovsky jeskyně na potoku Meshoko) [16] .

R1b1 byl identifikován od zástupce estonské kultury bojových seker SOP002 (2864–2495 př. n. l.) z pohřebiště Sope v okrese Ida-Viru [17] .

R1a byla identifikována u zástupce novosvobodněnského stupně kultury Maikop I6268 (před 5564 lety) z kladenského traktu v Adygeji [16] .

R1a1a byla stanovena ve vzorku MK5009.A0101 ze severního Kavkazu (Marinskaya 5, před 4710 lety) [16] .

R1b1 byl stanoven ve vzorku GLZ003 z Glazkova (Glazkovskoe predmestie), datovaného před 4519–4417 lety. n. (Starší doba bronzová Bajkalu) [18] .

R1a byl identifikován mezi zástupci kultury darkveti-Meshokovskaya (perlová keramika) pozdního eneolitu [19] .

R1b byl určen ze vzorku Anosovo-1 z doby bronzové ze Zabajkalska (asi před 4 tisíci lety) [9] .

R1b byl identifikován u zástupce post-katakombové lolinské kultury NV3001 (Nevinnomiskiy 3, před 3970,5 lety) v Kalmykii ( Lola ) [16] .

R1b1 byl identifikován ve vzorku BIY002.A0101 (3.–2. století př. n. l., horizont Sargat) z traktu Gornaya Bitiya na řece Ishim, který se nachází 8 km jihozápadně od vesnice Nizhnyaya Ilyinka (Omská oblast) [20] .

R1b1 byl identifikován u Tarimské mumie L5213 (před 2000–1800 lety) [21] .

R11 [12] byl nalezen v neklasifikovaném exempláři KHI001 (střední a pozdní doba bronzová) z východoeurasijské stepi z Altaje [22] .

R1a byl stanoven ve vzorku ALA135 (1876-1636 př. n. l.) z Tell-Atchan ( Alalakh , Turecko) [23] .

R1b1 byl identifikován u zástupců únětické kultury z České republiky I14191 (Czech_EBA_Unětice, před 3850 lety) [24] .

R1b1 byl nalezen ve vzorku I3860 (Oy-Dzhaylau III, před 3626 lety) ze střední a pozdní doby bronzové v Kazachstánu (Oy_Dzhaylau_MLBA_o) [25] .

R9b1a3 byl identifikován ve vzorku LayiKD01 (před 1532–1403 lety), R9b1b ve vzorku QinchangKD14 (před 1545–1407 lety) z Číny (autonomní oblast Guangxi Zhuang) [10] .

R1a1a byl nalezen ve vzorku z pohřebiště Kanagegh (Kanagegh, Arménie) z let 1500-1300 př. n. l . [26] .

R1b1 byl nalezen u obyvatele Nerkina Getashen (Nerqin Getashen, Arménie), který žil v letech 1400-1200 př.nl [26] .

Mitochondriální haploskupiny R2 a R5 byly identifikovány ve vzorcích z oblasti Haft-Tape z období středního Elamu [27] .

R6 byl identifikován u představitele kobanské kultury z pohřebiště Zayukovo-3, které se nachází nedaleko vesnice Zayukovo v oblasti Baksan Kabardino-balkánské republiky (VIII-VI století př. n. l.) [28] .

R9 byl stanoven ze vzorku závěsných rakví z Yunnanu [29] .

R30 bylo stanoveno u osoby s jihoasijskou příměsí 40-50% ze hřbitova Wat Komnou (Vat Komnou) v Angkor Borei ( Kambodža ), která žila na počátku 1. tisíciletí (95% interval spolehlivosti - 78- 234, datum kalibrace) [30] .

R0a1 byla určena ve vzorcích z křesťanského hřbitova R (∼650–1000) na ostrově Kulubnarti v severním Súdánu [31] .

R11a byl nalezen v pozdně středověkém exempláři DEC01/SHR001 z Mongolska [22] .

R1a1a byl nalezen v norském exempláři VK114 z Trondheimu (12.-13. století) [32] .

R9b1b byl stanoven ve vzorku HuatuyanNL18 (před 500 lety), R+16189 ve vzorku HuatuyanNL19 (před 455–294 lety) z Číny (autonomní oblast Guangxi Zhuang) [10] .

Poznámky

1. ↑ Malliya gounder Palanichamy et al. Fylogeneze mitochondriální DNA makrohaploskupiny N v Indii na základě kompletního sekvenování: Důsledky pro obyvatelstvo jižní Asie Archivováno 5. května 2021 na Wayback Machine , prosinec 2004
2. ↑ DOPLŇUJÍCÍ INFORMACE 8. ANALÝZA MITOCHONDRIÁLNÍHO GENOMU . Získáno 23. října 2014. Archivováno z originálu dne 24. března 2016. (neurčitý)
3. ↑ Posnik GD a kol. (2016) Přerušované vzplanutí v lidské mužské demografii odvozené z 1 244 celosvětových sekvencí Y-chromozomů Archivováno 28. května 2017 na Wayback Machine , Nature Genetics, 48, 593–599 (Poznik supp. obr. 15).
4. ↑ Jean-Jacques Hublin a kol. Počáteční svrchní paleolit ​​Homo sapiens z jeskyně Bacho Kiro, Bulharsko Archivováno 19. června 2020 ve Wayback Machine , 11. května 2020
5. ↑ Paleogenetická data potvrdila, že tvůrci protoaurignacienské kultury byli moderní lidé Archivováno 29. dubna 2015 na Wayback Machine , 27.04.2015
6. ↑ 28 000 let stará kromaňonská sekvence mtDNA se liší od všech potenciálně kontaminujících moderních sekvencí
7. ↑ Starověká DNA . Datum přístupu: 1. února 2015. Archivováno z originálu 23. dubna 2015. (neurčitý)
8. ↑ Gülşah Merve Kılınç a kol. Zkoumání historie lidské populace holocénu v severní Asii pomocí starověkých mitogenomů Archivováno 31. července 2020 ve Wayback Machine , 12. června 2018 // Soubor dat 1 / Tabulka S4
9. ↑ 1 2 Gülşah Merve Kılınç et al. Dynamika lidské populace a Yersinia pestis ve starověké severovýchodní Asii Archivováno 17. června 2021 na Wayback Machine , 2021
10. ↑ 1 2 3 Tianyi Wang a kol. Historie lidské populace na křižovatce východní a jihovýchodní Asie od doby před 11 000 lety // Cell, 24. června 2021
11. ↑ Brousaki F. a kol. (červenec 2016). „Genomy raného neolitu z východního úrodného půlměsíce“ . věda . 353 (6298). doi : 10.1126/science.aaf7943 . PMC  5113750 . PMID  27417496 . Archivováno z originálu dne 22.02.2020 . Staženo 2021-05-30 . Použitý zastaralý parametr |deadlink=( help );Zkontrolujte datum na |date=( nápověda v angličtině )
12. ↑ 12 R11 MStrom
13. ↑ Xiaowei Mao a kol. Hluboká populační historie severní východní Asie od pozdního pleistocénu po holocén Archivováno 28. června 2021 na Wayback Machine , 27. května 2021
14. ↑ Fu. Q. a kol. Genetická historie doby ledové v Evropě , Nature, zveřejněno online 2. května 2016.
15. ↑ Alissa Mittnik a kol. Genetická historie severní Evropy archivována 25. dubna 2017 na Wayback Machine , 3. 3. 2017
16. ↑ 1 2 3 4 Chuan-Chao Wang a kol. Genetická prehistorie Velkého Kavkazu Archivováno 9. května 2020 na Wayback Machine , 16. května 2018
17. ↑ Lehti Saag, Sergej V. Vasiljev, Světlana V. Oshibkina a kol. Genetické změny předků v přechodu z doby kamenné do doby bronzové ve východoevropské rovině Archivováno 23. ledna 2021 ve Wayback Machine (Tabulka 1), 3. července 2020 ( bioRxiv Archivováno 30. ledna 2021 ve Wayback Machine )
18. ↑ He Yu a kol. Sibiřané od paleolitu po dobu bronzovou odhalují spojení s prvními Američany a napříč Eurasií Archivováno 2. července 2020 na Wayback Machine , 20. května 2020
19. ↑ Chuan-Chao Wang a kol. Genetická prehistorie Velkého Kavkazu Archivováno 18. května 2018 na Wayback Machine , 16. května 2018
20. ↑ Guido Alberto Gnecchi-Ruscone a kol. Starověký transekt genomického času ze středoasijské stepi odhaluje historii Skythů Archivováno 18. srpna 2021 na Wayback Machine // Science Advances. sv. 7, vydání 13, 26. května 2021
21. ↑ Tabulka rozšířených údajů 1 Shrnutí jednotlivců z doby bronzové ze Sin-ťiangu uvedených v této studii Archivováno 29. října 2021 ve Wayback Machine . Od: Fan Zhang a kol. Genomický původ mumií Tarim Basin z doby bronzové Archivováno 30. října 2021 ve Wayback Machine // Nature, 2021
22. ↑ 1 2 Choongwon Jeong a kol. Dynamická 6000letá genetická historie Eurasie's Eastern Steppe Archivována 3. listopadu 2020 na Wayback Machine , 2020
23. ↑ Tara Ingman a kol. Lidská mobilita v Tell Atchana (Alalakh), Hatay, Turecko během 2. tisíciletí před naším letopočtem: Integrace izotopových a genomických důkazů Archivováno 24. května 2022 na Wayback Machine // Plos One, 30. června 2021
24. ↑ Nick Patterson a spol. Velká migrace do Británie během střední až pozdní doby bronzové Archivováno 1. ledna 2022 ve Wayback Machine // Nature, 22. prosince 2021
25. ↑ Vagheesh M. Narasimhan a kol. Tvorba lidských populací v jižní a střední Asii  (anglicky)  // Věda. — 2019-09-06. — Sv. 365 , iss. 6457 . — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203 . - doi : 10.1126/science.aat7487 . Archivováno z originálu 4. dubna 2021. ( The Genomic Formation of South and Central Asia, bioRxiv archivováno 17. března 2021 na Wayback Machine )
26. ↑ 1 2 Margaryan, Derenko a kol. Osm tisíciletí matrilineální genetické kontinuity na jižním Kavkaze
27. ↑ تlf توالی dna میوکوکوکimes (mtdna) وقای اiclesی دوره‌ی ایلام inct مet هو Získáno 21. března 2020. Archivováno z originálu dne 21. března 2020. (neurčitý)
28. ↑ Eugenia Boulygina a kol. Mitochondriální a Y-chromozomová diverzita prehistorické kultury Koban na Severním Kavkaze , 2020
29. ↑ Xiaoming Zhang a kol. Matrilineální genetická perspektiva zakázkové rakve v jižní Číně a severním Thajsku , 24. dubna, 20.
30. ↑ Piya Changmai a kol. Starověká DNA z protohistorického období Kambodže naznačuje, že jižní Asiaté se mísili s místními populacemi již v 1. až 3. století našeho letopočtu , 5. července 2022
31. ↑ Kendra A. Sirak a kol. Sociální stratifikace bez genetické diferenciace na místě Kulubnarti v křesťanském období Núbie Archivováno 6. března 2021 na Wayback Machine , 17. února 2021 ( doplňkový obrázek 5, 6 Archivováno 23. října 2021 na Wayback Machine )
32. ↑ Ashot Margaryan a kol. Populační genomika světa Vikingů Archivováno 12. února 2020 na Wayback Machine , 2019

Viz také

Odkazy

Obecné informace

• Místo mitochondriální DNA Iana Logana
• PhyloTree.org – strom mtDNA Sestavení 17 (18. února 2016): podstrom R
• R YFull MTree 1.02.00 (ve výstavbě)

Haploskupina R

• • Rozšíření Haploskupiny R od National Geographic