| UGENE | |
|---|---|
| Typ | Bioinformatický program |
| Vývojář | Unipro |
| Zapsáno v | C++ , Qt |
| Operační systém | Multiplatformní software |
| Jazyky rozhraní | ruština , angličtina |
| Nejnovější verze | 43 (21. srpna 2022) |
| Čitelné formáty souborů | Proteinová databanka |
| Licence | GPL |
| webová stránka | ugene.net |
UGENE je bezplatný bioinformatický software . [jeden]
UGENE lze spustit na osobním počítači se systémem Windows , Mac OS X nebo Linux .
UGENE poskytuje grafické rozhraní pro práci se sekvencemi, anotacemi, vícenásobným zarovnáním , fylogenetickými stromy , sekvenačními daty ( NGS ) a dalšími. Data mohou být uložena jak lokálně (na osobním počítači), tak ve sdíleném úložišti (v laboratorní databázi).
UGENE zahrnuje desítky populárních bioinformatických algoritmů a nástrojů, stejně jako vlastní vývoj pro práci s těmito daty v kontextu genomiky , evoluční biologie , virologie a dalších oborů. Pro všechny nástroje je k dispozici také grafické rozhraní , které biologům bez zkušeností s programováním usnadňuje analýzu těchto dat.
UGENE poskytuje možnost streamovat analýzu velkého množství dat pomocí „Computational Circuit Designer“. Výpočetní obvod je v tomto případě složen z různých bloků: čtení dat, aplikace vestavěných algoritmů/nástrojů, záznam dat. V případě potřeby lze do schématu přidat bloky libovolných nástrojů příkazového řádku, bloky skriptů atd. Návrhář má připravené příklady schémat (pro anotaci sekvencí, převod formátů, analýzu sekvenačních dat a další).
Kromě GUI poskytuje UGENE rozhraní příkazového řádku . Výpočetní schéma sestavené v návrháři lze také spustit z příkazového řádku.
Pro zajištění maximálního výpočetního výkonu využívá UGENE výkon vícejádrových CPU a GPU k optimalizaci určitých výpočetních úloh.
Níže jsou uvedeny hlavní vlastnosti produktu:
Sekvenční editor (“Sequence View”) umožňuje zobrazovat, analyzovat a upravovat nukleotidové nebo aminokyselinové sekvence. Pro různé typy dat jsou také podporovány další možnosti vizualizace v okně editoru sekvencí:
Editor vícenásobného zarovnání („Editor zarovnání“) vám umožňuje pracovat s více nukleotidy nebo aminokyselinami – zarovnávat je, ručně upravovat, analyzovat, ukládat konsensus, vytvářet fylogenetické stromy atd.
Prohlížeč fylogenetických stromů umožňuje zobrazovat a upravovat fylogenetické stromy. Je možné synchronizovat strom a vícenásobné zarovnání, na kterém je postaven.
Návrhář výpočetního schématu umožňuje vytvářet a spouštět vícekroková výpočetní schémata. Charakteristickým rysem návrháře výpočetních schémat UGENE je, že schémata jsou spouštěna na lokálním počítači uživatele, což eliminuje režii nahrávání dat na server.
Každý obvod se skládá z výpočetních prvků. Návrhář obsahuje prvky pro většinu algoritmů integrovaných do UGENE. Je také možné vytvářet vlastní prvky, například na základě libovolného programu spouštěného z příkazové řádky. Výpočtové schéma lze uložit pro pozdější opětovné použití nebo pro přenos na jiného uživatele.
Vytvořené výpočetní schéma lze spustit pomocí grafického uživatelského rozhraní nebo rozhraní příkazového řádku . Grafické rozhraní poskytuje funkce pro sledování provádění obvodu: zobrazení výsledků, uložení parametrů, zobrazení chyb atd.
Vestavěná knihovna obsahuje hotová schémata pro převod, filtrování a anotaci dat. Ve spolupráci s NIH NIAID byla vyvinuta schémata pro analýzu dat NGS (hledání mutací, ChIP-seq , RNA-seq ).
Assembly Browser začal v roce 2010 jako vstup do soutěže Illumina iDEA Challenge 2011 . Assembly Browser vám umožňuje vizualizovat a prozkoumat velká (až stovky milionů krátkých čtení) data sekvenování celého genomu . Podporované formáty: ACE, SAM a jeho binární verze BAM. Chcete-li zobrazit data v UGENE, vstupní soubor musí být převeden do nativního formátu UGENE. Tento přístup má výhody i nevýhody. Nevýhodou je doba konverze, která může být u velkých souborů značná, a velikost databází. Na druhou stranu vám převod umožňuje pohodlně zobrazit celou sestavu, procházet sestavou a rychle přejít do hustě pokrytých oblastí.
Projekt vyvíjí společnost Unipro se sídlem v Akademgorodoku v Novosibirsku . Každá iterace trvá přibližně 1 až 2 měsíce, poté je vydána další verze. Uživatelé mají k dispozici také středně pokročilé sestavení .
Funkce, které budou zahrnuty v budoucích verzích, jsou do značné míry určeny požadavky uživatelů.
V roce 2010 byl UGENE [3] oceněn jako „Nejlepší bezplatný projekt v Rusku – 2010“ v kategorii „Skupinový projekt“ v soutěži časopisu Linux Format .
V roce 2010 se UGENE také umístila na třetím místě v „All-Russian každoroční soutěži projektů v oblasti vysoce výkonných počítačů (High Performance Computing)“ , podporované společnostmi Rosnano a Intel .
V roce 2008 získal projekt HMMER Algorithm Optimization Project společnosti UGENE první místo v soutěži PowerXCell 8i Processor Software Development Competition (nedostupný odkaz) pořádané společností T-Platforms .