Omicron kmen SARS-CoV-2

Omicron-kmen SARS-CoV-2 ( SARS-CoV-2 Omicron , SARS-CoV-2 B.1.1.529 ) je kmen koronaviru SARS-CoV-2 [1] , poprvé identifikovaný v Botswaně a Jižní Africe v listopadu 2021, vyznačující se velkým počtem mutací v popeloměrech .

Při infekci kmenem omikron je podle Světové zdravotnické organizace onemocnění mírnější nebo stejné jako při infekci kmenem delta . Rychlé šíření nového kmene však může vést k vysoké zátěži pro zdravotnický systém a celkové riziko jím způsobené hodnotí WHO jako „velmi vysoké“ [2] . Může infikovat uzdravené a očkované [3] .

Od konce prosince 2021 rychle nahradil kmen delta v těch zemích, kde se začal šířit [4] . Nalezeno ve více než 100 zemích .

V Rusku podle informací k 7. červnu 2022 tvořil omikronový kmen 98,29 % případů COVID-19 zjištěných v zemi, kmen delta — 0,43 % a další varianty — 1,28 % [5] .

Funkce

Kmen SARS-CoV-2 B.1.1.529 je potomkem (zástupcem linie generací) B.1.1 [6] .

Vyznačuje se velkým počtem mutací v spike proteinu , více než 30 [7] : A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S37N, S3751L, S37N, S3751L , N440K podle subvarianty delta AY, která je rozšířena v Evropě [6] .

Kmen Omicron má mnoho jedinečných vlastností. Některé z jeho mutací jsou podobné jako u kmenů delta a beta , nicméně od konce listopadu 2021 nebyly kmeny se středními mutacemi, které se obvykle vyskytují během evoluce „divokého“ viru, dříve identifikovány. Absence intermediárních virových mutací v populaci je pro virology neobvyklá a neočekávaná [8] .

Existují tři hlavní hypotézy vysvětlující vznik nového kmene [9] :

  1. Předchůdci kmene omicron jednoduše zůstali bez povšimnutí v populaci, kde byl nový koronavirus špatně monitorován a jeho genom byl zřídka sekvenován (nemluvíme o Jihoafrické republice, která vynaložila velké úsilí na sekvenování genomů koronaviru ). Někteří odborníci sice tuto verzi odmítají jako nepravděpodobnou, protože je těžké si představit území, na kterém se virus bude vyvíjet po dlouhou dobu, zůstat mimo zorné pole vědců a nevymanit se z něj, nicméně taková možnost nemůže být vyloučen kvůli nedostatečně pečlivému sběru a analýze genomů nového koronaviru v mnoha zemích [9] [10] .  
  2. Virus se vyvinul u pacienta s narušeným imunitním systémem. Imunitní systém lidí s imunosupresí způsobenou určitou nemocí nebo léčbou není schopen virus rychle potlačit, v důsledku čehož má čas zmutovat a získat schopnost uniknout imunitní reakci; v důsledku toho se imunitní systém musí adaptovat na novou variantu viru – tento boj může trvat mnoho měsíců, i když u většiny infikovaných to trvá několik dní [11] . Studie ukázaly, že nový koronavirus poté, co se vyvíjel několik měsíců v tělech lidí trpících HIV [12] a rakovinou [13] , získal řadu mutací, které byly pozorovány u kmenů koronaviru, o které se jedná. Zároveň jeden z virologů dotazovaných časopisem Science tuto hypotézu odmítl, protože podle jeho názoru se mutace, které umožňují viru úspěšně přežít u jedné infikované osoby, velmi liší od mutací, které umožňují jeho přenos mezi lidmi [ 9] .
  3. Virus přešel z člověka na zvíře a naopak. Zatímco do GISAID EpiCoV bylo nahráno 6 milionů nových lidských genetických sekvencí koronaviru, je k dispozici pouze 1 500 zvířecích genetických sekvencí nového koronaviru [14] . Toto je "slepé místo" a může skrývat vodítko k původu omikronového kmene. V jedné studii byly studovány mutace v spike proteinu kmene omicron a bylo zjištěno, že některé z nich byly pozorovány u koronavirů nalezených u myší a zlepšily schopnost spike proteinu vázat se na myší ACE2 receptorový protein [15] .

Příznaky

Podle údajů získaných z výsledků cesty ruských specialistů do JAR příznaky infekce kmenem omikron připomínají chřipku [16] .

Závažnost onemocnění a úmrtnost

Francouzský ministr solidarity a zdravotnictví Olivier Veran začátkem ledna 2022 oznámil, že kmen omikronů tvoří většinu hospitalizovaných pacientů na běžných odděleních, zatímco pacienti na jednotkách intenzivní péče a jednotkách intenzivní péče jsou infikováni převážně kmenem delta [17] .

O mírnějším průběhu onemocnění svědčí i informace zveřejněná 18. ledna 2022 moskevským starostou Sergejem Sobyaninem: zdvojnásobení výskytu COVID-19 za týden, k němuž došlo v souvislosti s šířením nového kmene v Moskva, neměla na počet hospitalizací téměř žádný vliv [18] .

Světová zdravotnická organizace (WHO) vyhodnotila k 24. prosinci 2021 závažnost onemocnění u kmene omikron jako nižší nebo stejnou jako u kmene delta [2] . Dne 28. prosince 2021 vedoucí Rospotrebnadzor Anna Popova na základě dat získaných v Jihoafrické republice uvedla, že těžký průběh onemocnění při infekci novým kmenem je pozorován pouze u neočkovaných jedinců a těch, kteří jsou zhoršeni doprovodnými onemocněními. - těžká forma diabetu a těžká forma onkologických onemocnění [19] .

Belgický virolog Mark Van Ranst na základě údajů dostupných do konce prosince 2021 uvedl, že mladí lidé nejsou novým kmenem zasaženi ani ovlivněni v menší míře, ale jeho vliv na starší osoby je ještě třeba studovat [20] .

Na konci prosince 2021 vešly ve známost odhady zveřejněné Agenturou pro zdravotní bezpečnost Spojeného království (UKHSA) , podle kterých je u infikovaných kmenem omikronů o 50–70 % nižší pravděpodobnost, že půjdou do nemocnice ve srovnání s infikovanými. u kmene delta však výzkumníci z Imperial College London obdrželi nižší odhady, podle kterých je toto riziko sníženo pouze o 15–20 % [21] .

Podle údajů získaných v Jižní Africe Národním institutem infekčních nemocí v Jižní Africe a Univerzitou v Pretorii se úmrtnost na kmen omikron snížila o 75 % ve srovnání s předchozími vlnami COVID-19. Údaje byly získány sledováním pacientů v nemocnici v městské části Tswane (provincie Gauteng ): mezi těmi, kteří byli přijati s tímto kmenem, zemřelo 4,5 % pacientů a před úmrtím byl podíl 21,3 %. Kromě toho byli infikovaní kmenem omikron propuštěni z nemocnice rychleji: v průměru již čtyři dny po hospitalizaci a zápal plic se vyvinul pouze u třetiny pacientů [22] .

Na druhou stranu rané odhady virulence kmene omikron mají značné metodologické nedostatky [23] [24] . Skutečný pokles virulence viru je nutné oddělit od vlivu předchozí imunity: omikronový kmen lépe uniká imunitní reakci, a proto je pravděpodobnější, že infikuje očkované a uzdravené pacienty, kteří pravděpodobněji tolerují infekce tímto kmenem. Přestože se výzkumníci snaží zohlednit reinfekce a dostupnost očkování, velká část reinfekcí může stále zůstat nepovšimnuta. Autoři rané studie z Jižní Afriky, která prokázala 80% snížení rizika hospitalizace po infekci omikronem ve srovnání s rizikem po infekci kmenem delta, tedy připustili, že neúplné údaje o očkování a velký počet nepozorovaných re -infekce plně nevysvětlují účinek předchozí imunity [25] . Autoři britské analýzy z UKHSA rovněž uznali, že jejich úpravy nemusí plně zohledňovat dopad reinfekcí kvůli jejich podcenění [26] . Údaje z Dánska, země s velkým systémem testování populace a nízkým podílem neodhalených případů COVID-19, ukázaly 36% snížení rizika hospitalizace kvůli omikronovému kmeni ve srovnání s rizikem hospitalizace kvůli kmeni delta [ 27] .

Je pravděpodobné, že jak získaná imunita, tak snížená virulence omikronů per se zodpovídají za snížené riziko hospitalizace u jedinců infikovaných omikrony. Snížená závažnost onemocnění s omikronovou infekcí byla pozorována také u laboratorních zvířat [28] , studie navíc ukázala, že omikron se v lidských plicích množil hůře než původní kmen SARS-CoV-2 [29] .

Spread rate

Podle WHO se nový kmen šíří rychleji než ty předchozí [2] . O výrazně vyšší rychlosti šíření hovoří i údaje ruských specialistů [16] . To může být způsobeno vysokou rychlostí reprodukce viru v průduškách a epitelu nosu a jeho schopností obejít imunitní systém [30] .

Rychlé šíření omikronového kmene [19]a riziku jeho přetížení[2]vede ke zvýšení zátěže zdravotnického systému[31]a nárůst počtu případů[2] [32] . Takže v řadě zemí, například v USA, Izraeli a Dánsku, vlna infekcí omikronem již způsobila rekordní počet hospitalizací.

Nemocnost mezi dětmi a mládeží

Děti se omikronovým kmenem nakazí častěji než v předchozích vlnách morbidity [16] [32] a častěji vyžadují intenzivní péči; mladí lidé jsou také častěji nemocní [32] .

Objev a distribuce

Počet zemí s identifikovanými případy infekce
datum Počet zemí
30. listopadu 2021 [33] asi 20
2. prosince 2021 [34] 32
12. prosince 2021 [3] 63
24. prosince 2021 [2] 110

Omikronový kmen byl poprvé identifikován 9. listopadu 2021 v Botswaně a o několik dní později v Jižní Africe [35] . 11. listopadu byl do databází poprvé vložen kmen SARS-CoV-2 B.1.1.529. Poté bylo v Jižní Africe identifikováno několik případů [7] .

První případ infekce novým kmenem v Evropě byl zaznamenán v Belgii u cestovatele, který se vrátil z Egypta 11. listopadu ; první příznaky se objevily 22. listopadu [36] .

Do 26. listopadu 2021 byl B.1.1.529 nalezen také v zemích jako Izrael , Velká Británie , Nizozemsko , Hong Kong a úřady České republiky a Německa oznámily, že jejich občané, kteří se vrátili z Egypta a Jihoafrické republiky , byli pravděpodobně infikován novým kmenem ) [7] .

K 2. prosinci 2021 bylo registrováno 514 případů infekce ve 32 zemích, z toho 227 v Jihoafrické republice [34] .

Od konce prosince 2021 v zemích, kde se začal šířit, nový kmen rychle nahrazuje kmen delta [4] (zejména se tak děje v Dánsku, Norsku, Spojeném království a USA) [37] , ale v Rusku tento proces ještě nebyl pozorován [4] . Již dříve, na konci listopadu 2021, Světová zdravotnická organizace uvedla, že považuje další šíření nového kmene koronaviru po celém světě za pravděpodobné [38] .

Austrálie

Na konci prosince 2021 byl v Austrálii zaznamenán první případ úmrtí na infekci kmenem omikron [39] .

Belgie

Od 28. prosince 2021 tvoří omikronový kmen 60 % infekcí v Belgii. Navzdory tomu, že místní odborníci považují nový kmen za méně nebezpečný, považují booster dávku vakcíny (přeočkování) za důležitou [20] .

Bulharsko

3. ledna 2022 vyšlo najevo, že v Bulharsku bylo zjištěno prvních 12 případů infekce kmenem omikron, která byla zjištěna u 9 mužů a 3 žen žijících v Sofii (11 osob) a jejích předměstích (1 osoba). Mezi nimi bylo 5 lidí před devíti měsíci plně očkováno proti COVID-19 léky od společností Pfizer, Moderna a Johnson & Johnson, ale žádný z nich nebyl přeočkován. Pouze jeden člověk z nakažených v poslední době vycestoval do zahraničí. Žádný z pacientů nepotřebuje léčbu v nemocnici [40] .

Spojené království

K 2. prosinci 2021 bylo ve Spojeném království hlášeno 75 případů infekce kmenem omikron [34] .

Brzy, 13. prosince 2021, však BBC oznámila, že omikronový kmen již představuje 20 % případů infekce COVID-19 v Anglii a 44 % v Londýně. Navíc byla potvrzena smrt minimálně jednoho člověka nakaženého tímto kmenem. Britský premiér Boris Johnson doporučil, aby jeho krajané dostali posilovací dávku vakcíny a nepovažovali omikronový kmen za méně nebezpečný než jeho předchůdci [41] .

Kromě toho BBC uvedla, že počet infekcí novým kmenem se zdvojnásobuje každé dva nebo tři dny, takže v krátké době může být malý počet infekcí obrovský [41] .

Dánsko

28. listopadu 2021 byly v Dánsku detekovány dva případy infekce kmenem omikron [42] .

Irsko

V Irsku bylo 25. prosince 2021 registrováno přes 13,7 tisíce nových případů nákazy COVID-19, což je o 2,5 tisíce více než den předtím. Předpokládá se, že omikronový kmen tvoří 83 % z nich [43] .

Čína

Dne 14. prosince 2021 byly v Číně detekovány první 2 případy infekce kmenem omikron [44] .

Rusko

Počet zjištěných případů infekce omikronovým kmenem v Rusku
datum Počet infekcí
6. prosince 2021 [45] 2
16. prosince 2021 [46] 25
21. prosince 2021 [47] 41
30. prosince 2021 [48] 103
11. ledna 2022 [49] 305
12. ledna 2022 [50] 698
18. ledna 2022 [51] 1682

6. prosince 2021 byl omikronový kmen detekován u dvou Rusů, kteří přijeli z Jižní Afriky [45] .

22. prosince 2021 se vešlo ve známost o výskytu zápalu plic u jednoho z infikovaných Rusů. Pacient byl ve středně těžkém stavu [52] .

Podle oficiálních údajů jsou k 25. prosinci 2021 všechny potvrzené případy infekce kmenem omikron v Rusku importovány [53] [Comm. 1] ; K 30. prosinci byly všechny případy infekce kmenem omikron detekovány buď mezi příchozími ze zemí mimo Rusko, nebo mezi těmi, kteří byli s příchozími v úzkém kontaktu [55] .

Dne 6. ledna 2022 ministr zdravotnictví Michail Murashko potvrdil, že u lidí, kteří neopustili Ruskou federaci, byly nalezeny případy infekce omikronovým kmenem nového koronaviru [56] .

Geografie detekce omikronového kmene v Rusku:

16. prosince 2021 – Moskva, Moskevská oblast, Petrohrad, Rostov na Donu [46]

11. ledna 2022 - 13 regionů [49] [Kom. 2]

18. ledna 2022 – 42 regionů [51] [57]

20. ledna 2022 – 55 regionů [58]

24. ledna 2022 – 64 regionů [59]

25. ledna 2022 – 68 regionů [59]

11. ledna 2022 vedoucí Rospotrebnadzor, Anna Popova , uvedla, že na pozadí šíření omikronového kmene by se denní nárůst výskytu COVID-19 mohl stát šesticiferným (ve stovkách tisíc). Popova také uvedla, že omikronový kmen byl do Ruska dovezen z 25 zemí a že k největšímu počtu případů jeho importu došlo ve Spojených arabských emirátech , Velké Británii a Turecku [49] .

K 12. lednu 2022 byla většina případů v Moskevské oblasti [50] .

Podle údajů zveřejněných ve stejný den Veronikou Skvortsovou přesáhl podíl infikovaných kmenem omikron v Moskvě 76 %. Tato data získala Federální lékařská a biologická agentura (FMBA), v jejímž čele stojí, při zkoumání jejich testovacího systému určeného k detekci omikronového kmene [60] [Comm. 3] .

Do 18. ledna 2022 podle Taťány Golikové , místopředsedkyně ruské vlády , dominoval kmen omikronů v Moskvě, Moskevské oblasti a Petrohradu [51] .

Ve stejný den byl zveřejněn rozhovor s epidemiologem Alexandrem Gorelovem , podle kterého situace v evropské části Ruska a za Uralem nebyla stejná a na Dálném východě Ruska nadále převládal kmen delta [31]. .

Podle informací zveřejněných 20. ledna 2022 operačním velitelstvím pro boj proti nové nákaze koronavirem tvořil kmen omikron 42,8 % případů COVID-19 zjištěných v zemi a kmen delta 56,2 % [ 58] .

Následně omikronový kmen téměř úplně nahradil kmen delta a k 7. červnu 2022 98,29 % případů COVID-19 zjištěných v Rusku představovalo omikronový kmen (0,43 % u kmene delta, 0,43 % u druhého možnosti - 1,28%) [5] .

Spojené státy americké

1. prosince 2021 byl ve Spojených státech detekován první případ infekce kmenem omikron [61] .

První případ úmrtí na infekci novým kmenem byl zaznamenán 21. prosince 2021. Podle místních zdravotnických úřadů nebyl muž očkován a byl zhoršen komorbiditami [61] .

Podle Centra pro kontrolu a prevenci nemocí v USA za týden od 26. prosince 2021 do 1. ledna 2022 tvořil omikronový kmen 95,4 % nových infekcí, přičemž kmen delta představoval zbývajících 4,6 %. Během předchozího týdne (který skončil 25. prosince) tyto kmeny představovaly 77 % a 22,8 % z celkového počtu infekcí [61] .

4. ledna 2022 vyšlo najevo, že za poslední den bylo ve Spojených státech detekováno více než 1 milion případů infekce COVID-19 (jedná se o údaje z Johns Hopkins University). Byl tak aktualizován maximální počet infekcí od začátku pandemie [62] .

Toto číslo bylo výrazně překročeno 11. ledna 2022, kdy počet detekovaných infekcí činil 1,35 milionu [63] .

Portugalsko

29. listopadu 2021 bylo v Portugalsku detekováno 13 případů infekce kmenem omikron [64] . O méně než měsíc později se tento kmen stal dominantním a k 22. prosinci 2021 představoval 61,5 % infekcí COVID-19. Absolutní počet lidí nakažených COVID-19 v Portugalsku 25. prosince 2021 byl 12,9 tisíce lidí, což odpovídá úrovním z ledna 2021 [43] .

Od 25. prosince 2021 vstoupila v Portugalsku v platnost omezující opatření: školy, bary a noční kluby mají být uzavřeny do 10. ledna 2022, Portugalci byli vyzváni, aby pracovali na dálku, a v prostorách se staly povinné roušky [ 43] .

Francie

Na pozadí rychlého šíření omikronového kmene přesáhl na začátku ledna 2022 denní počet infekcí ve Francii rekordních 200 000 lidí denně [17] .

Jižní Korea

Na konci prosince 2021 byla v zemi zaznamenána smrt dvou 90letých mužů infikovaných kmenem omikron; přesná příčina smrti se upřesňuje [65] .

Důsledky

Omezení vstupu

Německo , Itálie a Spojené království zakázaly vstup osobám z Jihoafrické republiky [66] . Od 28. listopadu 2021 Rusko omezilo vstup cizích občanů z devíti afrických zemí a Hongkongu [67] .

Zastavení výroby

Toyota učinila nucené rozhodnutí uzavřít 11 ze svých 15 hlavních závodů v Japonsku kvůli vysokému nárůstu počtu omikronů mezi zaměstnanci. Odstávka 21 linek automobilových závodů bude pravděpodobně trvat minimálně od 21. ledna do 24. ledna 2022 [68] .

Zrušení letu

Infekce pilotů, pozorovaná v zemích s intenzivním šířením omikronového kmene, vede ke zrušení letů [32] .

Zrušení hromadných akcí

Dne 29. listopadu 2021 byla z důvodu šíření nového kmene zrušena Světová zimní univerziáda 2021 , která se měla konat v prosinci ve Švýcarsku . Dříve byl od ledna 2021 přeplánován [69] .

Dne 2. prosince 2021 bylo zrušeno finále krasobruslení Grand Prix v japonské Ósace , které se mělo konat od 9. do 12. prosince, protože vláda země od 30. listopadu uzavřela vstup pro cizince. [70] .

Přechod do režimu práce na dálku

Od 21. ledna 2022 by vláda Ruské federace, federální útvary a jejich územní útvary v souladu s pokynem předsedy vlády měly pokud možno přejít na dálkový režim práce; řešení je způsobeno šířením omikronového kmene. V této době také velké ruské společnosti začaly zvyšovat počet zaměstnanců pracujících na dálku [71] .

Izolace Šanghaje

Na konci března 2022 byla v Šanghaji vyhlášena největší karanténa v Číně za dva roky v důsledku šíření podtypu omikroviru, zvaného stealth omicron (BA.2) [72] . Celé město, jehož populace je asi 26 milionů lidí, bylo v karanténě [73] . Ve městě přestala fungovat MHD. Mnohé organizace, aby mohly pokračovat v práci v době karantény, zamkly pracovníky v podnicích, protože pohyb po městě je zakázán. Uzamčení v Šanghaji bylo zahájeno 28. března 2022 [74] a úplné omezení bylo zavedeno 5. dubna [73] . Důvodem pro zavedení takového hromadného lockdownu byl velký počet asymptomatických nosičů nové varianty virového kmene [75] .

Imunitní reakce na omikronový kmen

Ačkoli jsou očkovaní lépe chráněni proti novému kmeni než neočkovaní [76] , kmen omikron může infikovat uzdravené a očkované lidi.

Jak laboratorní experimenty, tak epidemiologická data naznačují možnost infekce kmenem omikron u očkovaných a očkovaných osob [21] .

Na druhou stranu ti očkovaní, infikovaní kmenem omikron, podle předběžných údajů získají imunitu, která chrání před infekcí kmenem delta. Dokazují to výsledky výzkumníků z Jižní Afriky, kteří studovali neutralizaci virových částic protilátkami z krve nemocných (nebo nemocných a současně očkovaných). Studie zahrnovala 23 lidí (z nichž 10 bylo očkovaných), kteří nedávno prodělali onemocnění způsobené kmenem omikron. Vědci zjistili, že omikronová infekce zvýšila hladinu protilátek proti kmeni delta 6krát u očkovaných, ale pouze 2,5krát u neočkovaných a u nich tento nárůst nebyl statisticky významný. Velikost vzorku je však malá a autoři upozorňují, že někteří neočkovaní účastníci mohli mít nezjištěnou předchozí infekci delta, která jim poskytla určitou imunitu proti kmeni delta ještě před zahájením studie [77] .

Jiná studie na myších exprimujících lidský ACE2 ukazuje, že séra z myší infikovaných omikronem neneutralizovala dobře jiné kmeny, ačkoli séra od lidí, kteří byli očkovaní a infikovaní omikronem, dobře neutralizovala všechny studované kmeny [78] .

Výzkum vakcín

Na konci prosince 2021 zveřejnil Úřad pro zdravotní bezpečnost Spojeného království (UKHSA) data ze studie, která ukazuje, že ochrana proti omikronovému kmenu získaná během očkování a revakcinace v průběhu času rychle klesá [21] .

Studie porovnávala podíly očkovaných jedinců, kteří obdrželi pozitivní a negativní výsledky testu PCR na COVID-19. Bylo zohledněno 68,5 tisíce případů infekce kmenem omikron a přibližně dvakrát více případů infekce kmenem delta. Účastníci dostali dvě dávky AstraZeneca, BioNTech/Pfizer nebo Moderna během primární vakcinace a jednu dávku BioNTech/Pfizer nebo Moderna během přeočkování [21] .

Mezi těmi, kteří byli nejprve očkováni vektorovou vakcínou AstraZeneca a poté jednou z mRNA vakcín, byla účinnost ochrany proti omikronovému kmenu dva až čtyři týdny po přeočkování asi 60 % a po dvou měsících klesla na 35 % (přeočkování s BioNTech /Pfizer) a 45 % (přeočkování Modernou) [21] .

Mezi těmi, kteří byli poprvé očkováni BioNTech/Pfizer, byla ochrana krátce po přeočkování 70 % (booster s BioNTech/Pfizer) a poté klesla na 45 %. Po přeočkování přípravkem Moderna byla ochrana udržována na 70–75 % po dobu devíti týdnů [21] .

Malé množství údajů o očkovaných vakcínou Moderna a následně přeočkovaných neumožňovalo výpočty, nicméně po 20–24 týdnech po primovakcinaci klesla účinnost ochrany před infekcí téměř na nulu [21] .

Publikovaný článek uvádí, že provedené výpočty mohou být nepřesné a je třeba je brát s rezervou [21] .

Novější zpráva UKHSA, zveřejněná 27. ledna, obsahuje také údaje o účinnosti vakcín proti hospitalizaci a úmrtí. Až 25 týdnů po vakcinaci byla účinnost dvou primárních dávek přípravků Pfizer a AstraZeneca proti hospitalizaci 50–80 %, u těch více než 25 týdnů po vakcinaci klesla na 25–35 %. Booster dávka Pfizeru obnovila účinnost vakcín proti hospitalizaci na 90 %, po 10-14 týdnech klesla na 75 %. Účinnost vakcín proti hospitalizaci u očkovaných posilovací dávkou Moderny byla udržována na 90–95 % po dobu 9 týdnů.

Účinnost vakcíny proti úmrtí více než 25 týdnů po dvou dávkách vakcíny byla zjištěna jako 59 % (s širokým intervalem spolehlivosti 4–82 %), přičemž u osob očkovaných třemi dávkami dosáhla 95 % [79] .

Data z USA ukázala, že 6 měsíců po druhé dávce vakcíny mRNA nedošlo k žádnému významnému ovlivnění rizika infekce. Účinnost tří dávek vakcín byla v průměru 67 % [80] . Jiná studie hodnotila účinnost mRNA vakcín proti návštěvám pohotovosti a hospitalizacím [81] .

Účinnost mRNA vakcín proti různým následkům infekce omikronovým kmenem koronaviru
Dávka Interval po 2 dávkách Účinnost proti návštěvám pohotovosti Účinnost versus hospitalizace
2 14-179 dní 52 % 81 %
2 ⩾179 dní 38 % 57 %
3 ⩾14 dní 82 % 90 %

První údaje z Dánska ukázaly, že účinnost omikronové vakcinace byla negativní 3 měsíce po druhé dávce [82] . Antivakcinátoři proto tvrdili, že očkování vystavuje lidi zvýšenému riziku omikronové infekce. To je však s největší pravděpodobností způsobeno tím, že omikrony se mohli jako první nakazit cestovatelé, kteří byli očkováni, což zkreslilo výsledky studia raných případů infekce. Všechny observační studie účinnosti očkování mají navíc některé nevýhody: neberou v úvahu možné rozdíly v chování a frekvenci testování mezi očkovanými a neočkovanými [83] .

WHO poznamenává, že tváří v tvář klesající účinnosti vakcíny je pro prevenci šíření infekce důležité ochranné chování, jako je udržování vzdálenosti, nošení roušek a větrání místností [84] .

Modifikace vakcín

Dne 29. listopadu 2021 ředitel NICEM pojmenovaný po N. F. Gamalei, akademik Ruské akademie věd Alexander Gintsburg uvedl, že jeho zaměstnanci mohou vyvinout vakcínu proti kmenu omikron za deset dní a povolení k jejímu použití lze získat minimálně za 45 dní [85] , a 14. prosince 2021 oznámil, že centrum již vyvinulo upravenou verzi vakcíny pro nový kmen [86] .

Dne 23. prosince 2021 však Alexander Gintsburg prohlásil, že modifikace vakcíny Sputnik V pro omikronový kmen nebude nutná, dokud nebudou klinické důkazy o těžkém průběhu onemocnění u těch, kteří byli očkováni touto vakcínou podle „ plné schéma, dvojité očkování plus přeočkování“ [87] .

Poznámky

Komentáře

  1. ↑ Neodpovídá to neoficiálním údajům, podle kterých případy domácí nákazy novým kmenem zaznamenali specialisté z Výzkumného ústavu chřipkového. A.A. Smorodintsev v polovině prosince 2021 [54] .
  2. Do této doby byl kmen omikron registrován v Moskvě, Petrohradu, Permském území, Leningradu, Moskvě, Murmansku, Nižním Novgorodu, Oriolu, Orenburgu, Rostově a Rjazaňské oblasti, Baškirské republice a Ingušské republice [49] .
  3. FMBA oznámila vývoj vlastního testovacího systému pro detekci omikronového kmene den předtím, 11. ledna. Bylo oznámeno, že sada činidel testovacího systému umožňuje detekovat a rozlišovat mezi omikronovými a delta kmeny [60] .

Odkazy

  1. Silně zmutovaná varianta koronaviru uvádí vědce do pohotovosti  (  25. listopadu 2021). Archivováno z originálu 26. listopadu 2021. Staženo 26. listopadu 2021.
  2. 1 2 3 4 5 6 Omicron byl identifikován ve 110 zemích po celém světě . Kommersant (24. prosince 2021). Získáno 24. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 24. prosince 2021.
  3. 1 2 Isakova E. WHO považuje omikronový kmen koronaviru za méně nebezpečný než delta . RIA Novosti . Získáno 12. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 12. prosince 2021.
  4. 1 2 3 Anastasia Selivanova. Popova předpověděl vytěsnění „ delta“ kmene „ omikronem
  5. 1 2 Rospotrebnadzor uvedl, že omikron představuje 98,29 % případů covidu zjištěných v Ruské federaci // TASS , 06.07.2022.
  6. 1 2 B.1.1 potomek spojený s jižní Afrikou s vysokým počtem Spike mutací #  343 . cov-lineages/pango-designation (24. listopadu 2021). Získáno 26. listopadu 2021. Archivováno z originálu dne 26. listopadu 2021.
  7. 1 2 3 Co je známo o omikronovém kmeni koronaviru  : [ arch. 26. listopadu 2021 ] // TASS . - 2021. - 26. listopadu.
  8. Tomova, E. Imunolog Krjuchkov hovořil o vlastnostech „omikronu“ // Gazeta.ru. - 2021. - 29. listopadu.
  9. ↑ 1 2 3 Odkud se vzal „divný“ Omicron?  (anglicky) . www.science.org . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu dne 22. prosince 2021.
  10. Wentai Ma, Jing Yang, Haoyi Fu, Chao Su, Caixia Yu. Genomické perspektivy vznikající omikronové varianty SARS-CoV-2  //  Genomika, proteomika a bioinformatika. — 2022-01-13. — ISSN 1672-0229 . - doi : 10.1016/j.gpb.2022.01.001 . Archivováno z originálu 1. února 2022.
  11. Talha Burki. Původ variant SARS-CoV-2 vzbuzujících obavy  //  The Lancet Infectious Diseases. — 2022-02-01. - T. 22 , č.p. 2 . — S. 174–175 . — ISSN 1474-4457 1473-3099, 1474-4457 . - doi : 10.1016/S1473-3099(22)00015-9 .
  12. Sandile Cele, Farina Karim, Gila Lustig, James Emmanuel San, Tandile Hermanus. Pokročilá infekce SARS-CoV-2 během pokročilého onemocnění HIV se vyvíjí k rozsáhlému imunitnímu úniku  //  Cell Host & Microbe. — 2022-01-14. — ISSN 1931-3128 . - doi : 10.1016/j.chom.2022.01.005 . Archivováno z originálu 1. února 2022.
  13. Člověk, který přežil rakovinu, měl nejdelší zdokumentovanou infekci COVID-19.  Zde je to, co se vědci naučili . www.science.org . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu 1. února 2022.
  14. Prohlášení Poradní skupiny o vývoji SARS-CoV-2 u  zvířat . Světová organizace pro zdraví zvířat . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu 11. ledna 2022.
  15. Changshuo Wei, Ke-Jia Shan, Weiguang Wang, Shuya Zhang, Qing Huan. Důkaz pro myší původ varianty SARS-CoV-2 Omicron  //  Journal of Genetics and Genomics. — 12. 12. 2021. — Sv. 48 , iss. 12 . — S. 1111–1121 . — ISSN 1673-8527 . - doi : 10.1016/j.jgg.2021.12.003 . Archivováno z originálu 30. ledna 2022.
  16. 1 2 3 Murashko hovořil o výsledcích cesty ruských specialistů do Jižní Afriky Archivní kopie ze dne 29. prosince 2021 na Wayback Machine // TASS , 25. 12. 2021.
  17. 1 2 Vladislav Gordějev. Šéf francouzského ministerstva zdravotnictví nazval „omicron“ možnou „poslední vlnou“ Archivní kopie z 10. ledna 2022 na Wayback Machine
  18. Sobyanin nezaznamenal nárůst hospitalizací na pozadí šíření „omikronu“ Archivní kopie z 18. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 01/18/2022.
  19. 1 2 Popova: koronavirus vykazuje sezónnost a bude nadále mutovat
  20. 1 2 Belgičtí experti vyjádřili optimismus ohledně důsledků „omikronu“ Archivováno 29. prosince 2021 na Wayback Machine // Interfax , 28. 12. 2021.
  21. 1 2 3 4 5 6 7 8 Marat Kuzaev. "Omicron": ochrana proti "delta" a výhody boosterů. To hlavní o pandemii ze zahraničních médií Archivní kopie z 5. ledna 2022 na Wayback Machine // TASS-Nauka, 30.12.2021.
  22. Vědci z Jižní Afriky zveřejnili údaje o úmrtnosti na kmen omikronů Archivní kopie z 2. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 30. 12. 2021.
  23. Je Omicron skutečně méně závažný než předchozí varianty COVID-19?  (anglicky) . www.gavi.org . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu 1. února 2022.
  24. Je tedy omikron měkčí než delta, nebo ne? Vědci konečně mají data, která nám umožňují vyvodit spolehlivé závěry, jak se infekce liší na buněčné úrovni, je také jasnější . Meduza. Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu 1. února 2022.
  25. Nicole Wolter, Waasila Jassat, Sibongile Walaza, Richard Welch, Harry Moultrie. Včasné posouzení klinické závažnosti omikronové varianty SARS-CoV-2 v Jižní Africe: studie propojení dat  //  The Lancet. — 29. 1. 2022. - T. 399 , č.p. 10323 . — S. 437–446 . — ISSN 1474-547X 0140-6736, 1474-547X . - doi : 10.1016/S0140-6736(22)00017-4 .
  26. Technický briefing: Aktualizace o hospitalizaci a účinnosti vakcíny pro Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529  ) . Agentura Spojeného království pro zdravotní bezpečnost 4 (2021-31-12). Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu dne 27. ledna 2022.
  27. Peter Bager, Jan Wohlfahrt, Samir Bhatt, Sofie Marie Edslev, Raphael Niklaus Sieber. Snížené riziko hospitalizace spojené s infekcí SARS-CoV-2 Omicron ve vztahu k Delta: Dánská kohortová  studie . — Rochester, NY: Social Science Research Network, 2022-01-14. — Ne. ID 4008930 .
  28. Alex Sigal. Mírnější onemocnění s Omicronem: je to virus nebo již existující imunita?  (anglicky)  // Nature Reviews Immunology. — 2022-02. — Sv. 22 , iss. 2 . — S. 69–71 . - ISSN 1474-1741 . - doi : 10.1038/s41577-022-00678-4 . Archivováno z originálu 1. února 2022.
  29. HKUMed zjistil, že Omicron SARS-CoV-2 může infikovat rychleji a lépe než Delta v lidských průduškách, ale s méně závažnou infekcí v  plicích . www.med.hku.hk. _ Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu 10. ledna 2022.
  30. Kenneth McIntosh. COVID-19: Epidemiologie, virologie a prevence . www.update.com . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu 1. února 2022.
  31. 1 2 Veronika Kuláková. „Dokud bude mít virus prostor pro vývoj, bude nadále mutovat“ Archivní kopie ze dne 20. ledna 2022 na Wayback Machine // Izvestia , 18.1.2022.
  32. 1 2 3 4 Irina Tumáková. "Omicron je poslední velké ohnisko koronaviru." O šanci zemřít na nový kmen nebo být "očkován" nemocí - molekulární bioložka Olga Matveeva
  33. Volkov, K. "Omicron" byl nalezen v téměř 20 zemích a oblastech světa  : [ arch. 30. listopadu 2021 ] // Rossijskaja Gazeta. - 2021. - 30. listopadu.
  34. ↑ 1 2 3 VOC Omicron: Sledování  variant . GISAID (2/12/2021). Získáno 4. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 23. června 2021.
  35. ↑ s : Zpráva o mutaci S371L  . ohnisko.info . Získáno 26. listopadu 2021. Archivováno z originálu dne 28. listopadu 2021.
  36. Belgie detekuje první případ nové varianty COVID-19 v Evropě , Reuters  ( 26. listopadu 2021). Archivováno z originálu 26. listopadu 2021. Staženo 26. listopadu 2021.
  37. Expert řekl, že nový kmen „omikron“ začíná velmi rychle vytlačovat „deltu“
  38. WHO označila globální riziko způsobené omikronovým kmenem COVID-19 za velmi vysoké . " Kommersant " (29. listopadu 2021). Získáno 29. listopadu 2021. Archivováno z originálu 1. prosince 2021.
  39. Austrálie hlásí první úmrtí na kmen omikronů . Lenta.RU . Získáno 3. ledna 2022. Archivováno z originálu dne 3. ledna 2022.
  40. Prvních 12 případů omikronové infekce zjištěno v Bulharsku
  41. 1 2 Becky Morton, Doug Faulkner. Covid: První britská smrt zaznamenaná s variantou Omicron  (anglicky) . BBC (13. prosince 2021). Získáno 26. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 20. prosince 2021.
  42. V Dánsku byly nalezeny dva případy infekce omikronovým kmenem koronaviru . " Kommersant " (28. listopadu 2021). Získáno 29. listopadu 2021. Archivováno z originálu dne 28. listopadu 2021.
  43. 1 2 3 Rekordně vysoké úrovně infekce COVID-19 v Evropě díky „omikronové“ archivní kopii z 26. prosince 2021 na Wayback Machine // Interfax , 25. 12. 2021.
  44. Čína hlásí první případy infekce Omikronem . " Kommersant " (14. prosince 2021). Získáno 14. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 14. prosince 2021.
  45. 1 2 Kmen Omicron byl zjištěn u dvou Rusů, kteří přijeli z Jižní Afriky . " Kommersant " (6. prosince 2021). Získáno 6. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 6. prosince 2021.
  46. 1 2 Počet případů "omikronu" v Ruské federaci se zvýšil na 25 osob Archivní kopie ze dne 26. prosince 2021 na Wayback Machine // Interfax , 16.12.2021.
  47. Putin: Nové kmeny koronaviru se objevují tam, kde jsou zdravotní problémy Archivováno 25. prosince 2021 na Wayback Machine // TASS , 23.12.2021.
  48. V Ruské federaci bylo registrováno 103 případů COVID-19 kmene Omicron Archivováno 30. prosince 2021 na Wayback Machine // Izvestia , 30.12.2021.
  49. 1 2 3 4 V Rusku dosáhl počet lidí nakažených „omikronem“ 305 Archivní kopie ze dne 11. ledna 2022 na Wayback Machine // Interfax , 01/11/2022.
  50. 1 2 Golikova věří, že Moskva bude první, kdo bude čelit nárůstu výskytu kvůli „omikronové“ archivní kopii ze dne 12. ledna 2022 na Wayback Machine // TASS , 01/12/2022.
  51. 1 2 3 Golikova oznámila dominanci „omikronu“ v Moskvě a Petrohradu Archivní kopie ze dne 20. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 01/18/2022.
  52. Rus s "omikronem" dostal zápal plic, je ve středně závažném stavu Archivní kopie z 26. prosince 2021 na Wayback Machine // Interfax , 22.12.2021.
  53. Guvernéři Egoru, Natalia Anisimová. Ministerstvo zdravotnictví upřesnilo údaje o případech infekce " omikronem " v Rusku
  54. Maria Nedyuk, Julia Ignatieva. Kmen znamená: jak se "Omicron" rozšířil v Ruské federaci o prázdninách
  55. Počet případů infekce „omikronem“ v Rusku přesáhl 100 Archivní kopie ze dne 2. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 30.12.2021.
  56. V Rusku byly zjištěny případy infekce "omikronem" u lidí, kteří neopustili zemi Archivní kopie z 9. ledna 2022 na Wayback Machine // TASS , 01/06/2022.
  57. Ilja Furseev, Natalia Anisimová. V Rusku byla karanténa pro koronavirus zkrácena na sedm dní Archivní kopie ze dne 18. ledna 2022 na Wayback Machine
  58. 1 2 Evgenia Voropaeva. Omikronový kmen koronaviru identifikovaný v 55 regionech Ruska Archivní kopie z 20. ledna 2022 na Wayback Machine
  59. 1 2 V Rusku bylo za poslední den zjištěno 67 809 nových případů infekce COVID-19 Archivní kopie ze dne 26. ledna 2022 na Wayback Machine // Interfax , 25.1.2022.
  60. 1 2 Skvortsova pojmenovala podíl případů „omikronu“ v moskevské archivní kopii ze dne 13. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 01/12/2022.
  61. 1 2 3 Ve Spojených státech byl Omicron detekován v 95 % nových případů infekce COVID-19 za týden Archivní kopie z 10. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 01/05/2022.
  62. Konstantin Volkov. Ve Spojených státech bylo denně detekováno více než 1 milion případů infekce koronavirem
  63. Natalja Kostarnová. Archivní kopie Omicron-storm ze dne 21. ledna 2022 na Wayback Machine // noviny Kommersant, č. 3, 1.12.2022, s. 1
  64. V Portugalsku byly zjištěny případy infekce kmenem omikron . " Kommersant " (29. listopadu 2021). Získáno 29. listopadu 2021. Archivováno z originálu dne 29. listopadu 2021.
  65. Další země hlásí první úmrtí na kmen omikronů . Lenta.RU . Získáno 3. ledna 2022. Archivováno z originálu dne 3. ledna 2022.
  66. Nová omikronová varianta koronaviru vyvolává vážné obavy v Evropě a WHO , Deutsche Welle  (26. listopadu 2021). Archivováno z originálu 27. listopadu 2021. Staženo 27. listopadu 2021.
  67. Rusko omezuje vstup občanům devíti zemí . ura.news . Získáno 27. listopadu 2021. Archivováno z originálu dne 27. listopadu 2021.
  68. Jaroslav Gronsky. Toyota uzavře 11 závodů v Japonsku kvůli Omicronu Archivováno 21. ledna 2022 na Wayback Machine
  69. Zimní univerziáda 2021 zrušena kvůli novému kmeni koronaviru . RBC Sport (29. listopadu 2021). Získáno 29. listopadu 2021. Archivováno z originálu 1. prosince 2021.
  70. Japonsko ruší finále Grand Prix krasobruslení kvůli COVIDu . RBC Sport (2. prosince 2021). Získáno 2. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 2. prosince 2021.
  71. Georgij Tadtajev. Ruská vláda bude přenesena do vzdáleného umístění Archivní kopie ze dne 21. ledna 2022 na Wayback Machine // RBC , 21. 1. 2022.
  72. Deutsche Welle (www.dw.com). COVID: Frustrace narůstá z tvrdého uzamčení v Šanghaji | dw | 04/04/2022  (anglicky)  ? . DW.COM . Získáno 8. dubna 2022. Archivováno z originálu dne 8. dubna 2022.
  73. 12 Press, The Associated . 26 milionů lidí v Šanghaji je uzavřeno kvůli nárůstu případů COVID , NPR  (5. dubna 2022). Archivováno z originálu 8. dubna 2022. Staženo 8. dubna 2022.
  74. [ https://www.interfax.ru/world/831617 � ������ �������� ����������������������� �� ����] . Interfax.ru _ Získáno 8. dubna 2022. Archivováno z originálu 1. dubna 2022.
  75. Stanway, David . Celá Šanghaj vstoupila do uzamčení COVID navzdory nižším symptomatickým případům , Reuters  (6. dubna 2022). Archivováno z originálu 7. dubna 2022. Staženo 8. dubna 2022.
  76. Ministerstvo zdravotnictví Rakouska: dvakrát očkovaní jsou lépe chráněni před kmenem omikronů než neočkovaní // TASS . - 2021. - 30. listopadu.
  77. Khadija Khan, Farina Karim, Sandile Cele, James Emmanuel San, Gila Lustig. Omikronová infekce očkovaných jedinců zvyšuje neutralizační imunitu proti  variantě Delta . — 28. 1. 2022. — S. 2021.12.27.21268439 . - doi : 10.1101/2021.12.27.21268439v2 . Archivováno z originálu 1. února 2022.
  78. Rahul K. Suryawanshi, Irene P. Chen, Tongcui Ma, Abdullah M. Syed, Camille R. Simoneau. Omezená zkřížená imunita po infekci SARS-CoV-2 Omicron variantou bez očkování  (anglicky) . — 2022-01-17. – S. 2022.01.13.22269243 . - doi : 10.1101/2022.01.13.22269243v1 . Archivováno z originálu 1. února 2022.
  79. Zpráva o sledování vakcíny COVID-19  4. týden . Agentura pro zdravotní bezpečnost Spojeného království . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu dne 27. ledna 2022.
  80. Emma K. Accorsi, Amadea Britton, Katherine E. Fleming-Dutra, Zachary R. Smith, Nong Shang. Asociace mezi 3 dávkami mRNA vakcíny COVID-19 a symptomatickou infekcí způsobenou SARS-CoV-2 omikronovými a delta variantami  // JAMA. — 21. 1. 2022. — ISSN 0098-7484 . doi : 10.1001 / jama.2022.0470 .
  81. Mark G. Thompson. Účinnost třetí dávky mRNA vakcín proti COVID-19 – přidružené pohotovostní oddělení a neodkladná péče a hospitalizace mezi dospělými během období převahy delta a omikronových variant – VISION Network, 10 států, srpen 2021–leden   2022 // Týdenní zpráva o nemocnosti a úmrtnosti. - 2022. - T. 71 . — ISSN 1545-861X 0149-2195, 1545-861X . - doi : 10,15585/mmwr.mm7104e3 . Archivováno z originálu 2. února 2022.
  82. Christian Holm Hansen, Astrid Blicher Schelde, Ida Rask Moustsen-Helm, Hanne-Dorthe Emborg, Tyra Grove Krause. Účinnost vakcíny proti infekci SARS-CoV-2 s variantami Omicron nebo Delta po dvoudávkové nebo posilovací sérii očkování BNT162b2 nebo mRNA-1273: Dánská kohortová  studie . — 23. 12. 2021. — S. 2021.12.20.21267966 . - doi : 10.1101/2021.12.20.21267966v3.full . Archivováno z originálu 29. ledna 2022.
  83. Ne, studie z Dánska nezjistila, že by vakcíny proti COVID-19 dělaly lidi náchylnější k infekci; předsudky ve studii pravděpodobně vedly k podcenění   účinnosti vakcíny ? . Zdravotní zpětná vazba (17. ledna 2022). Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu dne 31. ledna 2022.
  84. Zlepšení odezvy na  variantu Omicron SARS-CoV-2 . www.who.int . Získáno 1. února 2022. Archivováno z originálu dne 29. listopadu 2021.
  85. Gunzburg oznámil načasování vývoje vakcíny proti omikronovému kmeni koronaviru // RIA Novosti. - 2021. - 29. listopadu.
  86. Centrum Gamaleya vytvořilo modifikaci Sputniku V pro kmen omikronů . " Kommersant " (14. prosince 2021). Získáno 14. prosince 2021. Archivováno z originálu dne 14. prosince 2021.
  87. ↑ Gunzburg se domníval, že zatím není potřeba upravovat Sputnik V pod omikronem