SARS-CoV-2 beta kmen

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 9. června 2022; kontroly vyžadují 2 úpravy .

SARS-CoV-2 beta kmen koronaviru [1] , také známý jako linie 501.V2, 20C/501Y.V2 nebo B.1.351 [ ]2 [4] ) je kmen SARS-CoV- 2 virus , který způsobuje COVID-19 . Tento kmen byl poprvé detekován v okrese Nelson Mandela Bay District [5] v oblasti Eastern Cape v Jižní Africe [6] , jak informovalo jihoafrické ministerstvo zdravotnictví 18. prosince 2020 [7] .

Kmen

Výzkumníci a úředníci uvedli, že prevalence tohoto kmene byla vyšší u mladých lidí bez jakýchkoliv zdravotních potíží a ve srovnání s jinými kmeny je pravděpodobnější, že v takových případech povede k vážnému onemocnění. Jihoafrické ministerstvo zdravotnictví také uvedlo, že tento kmen může být hnacím motorem druhé vlny pandemie COVID-19 v zemi, protože kmen se šíří rychleji než jiné dřívější kmeny viru.

Vědci poznamenali, že tento kmen obsahuje několik mutací, které mu umožňují snadněji se připojit k lidským buňkám díky třem mutacím v doméně vázající receptor (RBD) ve vrcholovém glykoproteinu viru: N501Y (aminokyselina asparagin (N) je nahrazena aminokyselinou tyrosinem (Y) v poloze 501), K417N a E484K. Dvě z těchto mutací (E484K a N501Y) jsou v motivu vázajícím receptor (RBM) v doméně vázající receptor (RBD).

Mutace N501Y byla také nalezena v kmeni 202012/01 , který je široce distribuován ve Spojeném království. Dvě další mutace nalezené v 501.V2, E484K a K417N, v britském kmeni chybí. Navíc 501.V2 nemá mutaci 69-70del nalezenou u jiného kmene.

Objev

Nový kmen byl objeven sekvenováním celého genomu. Několik genomových sekvencí z této linie bylo předloženo do databáze genetických sekvencí GISAID, například sekvence EPI_ISL_678597.

Mezinárodní distribuce

23. prosince Matt Hancock oznámil, že dva lidé, kteří cestovali z Jižní Afriky do Spojeného království, byli infikováni 501.V2. 28. prosince byl tento kmen nalezen u dvou lidí ve Švýcarsku a jedné osoby ve Finsku. 29. prosince byl kmen detekován u cestovatele z Jižní Afriky do Japonska a u mezinárodního cestovatele v australském Queenslandu. 30. prosince byl kmen detekován v Zambii. 31. prosince byl nalezen také ve Francii u pasažéra vracejícího se z Jižní Afriky. 2. ledna 2021 byl v Jižní Koreji zjištěn první případ infekce tímto kmenem. Rakousko oznámilo svůj první případ infekce tímto kmenem a také čtyři případy infekce britským kmenem dne 4. ledna. 8. ledna 2021 Irsko ohlásilo objevení 3 případů tohoto kmene, přičemž všechny byly spojeny s cestováním z Jižní Afriky.

V Rusku byl tento kmen poprvé identifikován v březnu 2021 [8] .

Necitlivost na vakcínu

4. ledna 2021 The Telegraph oznámil, že oxfordský imunolog Sir John Bell věří, že nový jihoafrický kmen vyvolává „velkou otázku“, protože by mohl být odolný vůči vakcínám, čímž by rozbil naděje a nahradil je strachem [9] . Ve stejný den profesor vakcinologie Shabir Madhi řekl CBS News, že není jisté, že nový kmen 501.V2 bude schopen „obejít“ ochranu vakcíny, ale věří, že „může být méně účinný“ [10 ] . Další mutace v spike proteinu v kmeni 501.V2 byly citovány docentem buněčné mikrobiologie z University of Reading Simonem Clarkem jako znepokojivé, protože "mohou způsobit, že virus bude méně náchylný k imunitní odpovědi vyvolané vakcínou." Lawrence Young, virolog na University of Warwick, také poznamenal, že mnohočetné mutace hrotu u tohoto kmene „mohou vést k určitému úniku z imunitní obrany“ [11] .

Některé studie ukazují únik tohoto kmene z neutralizační multiklonální protilátky zacílené na spike protein SARS-CoV-2 [12] [13] .

Ugur Sahin, generální ředitel společnosti BioNTech , uvedl, že je zapotřebí dalšího výzkumu, aby se zajistilo, že současná vakcína společnosti funguje proti kmenu 501.V2, pokud však bude potřeba vakcínu upravit, společnost tak může učinit přibližně za 6 týdnů [ 14] .

8. ledna Guardian oznámil, že vakcína COVID-19 společnosti Pfizer a BioNTech prokázala v testech zahrnujících 20 krevních testů, že je schopna poskytnout ochranu proti kmeni 501.V2. Pro stanovení přesného stupně ochrany je zapotřebí další výzkum [15] .

Moderna plánuje otestovat novou verzi své vakcíny , speciálně upravenou pro ochranu proti kmenu 501.V2 [16] , Novavax přijímá podobná opatření [17] . Podle klinické studie vakcíny Ad26.COV2.S společnosti Johnson & Johnson je její účinnost v jižní Africe o 15 % nižší než ve Spojených státech (57 %, resp. 72 %); rozdíl pravděpodobně souvisí s prevalencí kmene 501.V2 v Jižní Africe [18] . Další studie vakcíny ( NVX-CoV2373 od Novavax) ukázala [17] [19] 60% účinnost (u HIV-negativních účastníků) v Jižní Africe ve srovnání s 90% účinností ve Spojeném království. Podle agentury Reuters je vakcína Pfizer proti 501.V2 jen o něco méně účinná [20] . AstraZeneca plánuje adaptovat svou vakcínu na tento kmen a nová vakcína by měla být připravena na podzim 2021 [21] .

24. února 2021 oznámila Moderna zahájení klinických zkoušek nové verze své vakcíny. Nová verze je určena speciálně pro boj s 501.V2 [22] [23] .

Mutace E484K

Bylo hlášeno, že změna v aminokyselině E484K, mutaci domény vázající receptor (RBD), je „spojená s unikajícími neutralizačními protilátkami“, což může nepříznivě ovlivnit účinnost vakcín proti COVID, které se zaměřují na spike protein [24] [25 ] . Hrotová mutace E484K byla spojována s případem reinfekce kmenem 501.V2 SARS-CoV-2 v Brazílii, což byl podle výzkumníků první takový případ reinfekce kmenem obsahujícím tuto mutaci. [26] .

Statistiky

Případy podle zemí (k 9. lednu 2021)
Země Potvrzené případy datum Prameny
Velká Británie 2 23. prosince 2020 [27]
Švýcarsko 2 28. prosince 2020 [28]
Finsko jeden 28. prosince 2020 [29]
Japonsko jeden 29. prosince 2020 [třicet]
Austrálie jeden 29. prosince 2020 [31]
Zambie jeden 30. prosince 2020 [32]
Francie jeden 31. prosince 2020 [33]
Jižní Korea jeden 2. ledna 2021 [34]
Rakousko jeden 4. ledna 2021 [35]
Irsko 3 8. ledna 2021 [36]
Kanada jeden 8. ledna 2021 [37]
Celosvětově (11 dalších zemí) patnáct

Viz také

Poznámky

  1. ↑ WHO se rozhodla pojmenovat kmeny koronaviru písmeny řecké abecedy . „Varianty koronaviru COVID-19 budou označeny písmeny řecké abecedy, aby nedošlo k diskriminaci mezi zeměmi, kde byly tyto kmeny poprvé objeveny, a pro snadnou výslovnost v nevědecké konverzaci Světová zdravotnická organizace ( Kdo říkal. V rámci nového systému bude „britský“ kmen koronaviru B.1.1.7 pojmenován „Alpha“, varianta B.1.351, poprvé objevená v Jižní Africe, se stane „Beta“ a brazilský P.1 – „ Gama". Dva poddruhy "indického" kmene koronaviru - B.1.617.2 a B.1.617.1 - se budou nazývat "Delta" a "Kappa". Získáno 28. června 2021. Archivováno z originálu dne 28. června 2021.
  2. ↑ CDC. Koronavirová nemoc 2019 (COVID-19  )  ? . Centra pro kontrolu a prevenci nemocí (11. února 2020). Získáno 9. ledna 2021. Archivováno z originálu 15. května 2021.
  3. ↑ Africký kmen koronaviru zpochybnil účinnost vakcín . www.mk.ru _ Získáno 9. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 11. ledna 2021.
  4. ↑ Nový „jihoafrický“ kmen koronaviru dorazil do Francie . lenta.ru _ Získáno 9. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 4. ledna 2021.
  5. ↑ SA dosáhlo ponurého milníku 1 milionu případů Covid-19  . www.iol.co.za. _ Získáno 9. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 26. května 2021.
  6. ↑ Covid: Jihoafrická republika překonala jeden milion infekcí, protože případy narůstají , BBC News  (28. prosince 2020). Archivováno z originálu 11. února 2021. Staženo 9. ledna 2021.
  7. ↑ Fink, Sheri . Jižní Afrika oznamuje novou variantu koronaviru. , The New York Times  (18. prosince 2020). Archivováno z originálu 21. prosince 2020. Staženo 9. ledna 2021.
  8. ↑ Kmeny koronaviru COVID-19 identifikované v Rusku - RIA Novosti, 21.10.2021
  9. ↑ Knapton, Sarah . Jihoafrická varianta se může vyhnout vakcínám a testování, varují vědci , The Telegraph  (4. ledna 2021). Archivováno z originálu 15. prosince 2021. Staženo 5. ledna 2021.
  10. ↑ Vakcíny proti COVID „nemusí“ fungovat stejně dobře na jihoafrický kmen,   varují vědci ? . www.cbsnews.com . Získáno 5. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 3. prosince 2021.
  11. ↑ Britští vědci se obávají, že vakcíny nemusí chránit proti variantě koronaviru nalezené v Jižní Africe | Zprávy CBC , CBC . Archivováno z originálu 5. ledna 2021. Staženo 5. ledna 2021.
  12. ↑ Yiska Weisblum, Fabian Schmidt, Fengwen Zhang, Justin DaSilva, Daniel Poston. Útěk před neutralizačními protilátkami pomocí variant spike proteinu SARS-CoV-2  // eLife. - T. 9 . — ISSN 2050-084X . - doi : 10.7554/eLife.61312 . Archivováno z originálu 3. ledna 2021.
  13. ↑ Stručná zpráva: U cestovatelů z Brazílie byl identifikován nový variantní kmen SARS-CoV-2 . Získáno 24. ledna 2021. Archivováno z originálu 15. ledna 2021.
  14. ↑ Vakcína BioNTech pro novou variantu COVID-19 by mohla být připravena za 6  týdnů . euronews (22. prosince 2020). Získáno 5. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 8. ledna 2021.
  15. ↑ Geddes, Linda . Vakcína Pfizer chrání před novými variantami Covid, uvádí studie The Guardian  (8. ledna 2021). Archivováno z originálu 8. ledna 2021. Staženo 9. ledna 2021.
  16. ↑ Grady, Denise . Moderna říká, že vakcína stále chrání před variantami virů , The New York Times  (25. ledna 2021). Archivováno z originálu 25. ledna 2021. Staženo 25. ledna 2021.
  17. ↑ 1 2 Vakcína Novavax COVID-19 prokázala 89,3% účinnost ve fázi 3 studie ve Spojeném království | Novavax Inc. - IR Site  (anglicky) . www.novavax.com . Získáno 30. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 6. června 2021.
  18. ↑ Johnson & Johnson informuje o účinnosti své vakcíny proti COVID-19 . RBC . Získáno 29. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 29. ledna 2021.
  19. ↑ Novavax stoupá po pozitivních výsledcích z pokusu s vakcínou Covid , Bloomberg.com  (28. ledna 2021). Archivováno z originálu 29. ledna 2021. Staženo 29. ledna 2021.
  20. ↑ Geddes, Linda . Vakcína Pfizer chrání před novými variantami Covid, uvádí studie The Guardian  (8. ledna 2021). Archivováno z originálu 8. ledna 2021. Staženo 1. února 2021.
  21. ↑ AstraZeneca přizpůsobuje vakcínu pro boj s jihoafrickým kmenem COVID-19 . RBC . Získáno 12. února 2021. Archivováno z originálu dne 13. února 2021.
  22. ↑ Moderna oznámila vývoj vakcíny proti jihoafrickému kmeni COVID-19 - Interfax . Získáno 26. února 2021. Archivováno z originálu dne 27. února 2021.
  23. ↑ Berkeley Lovelace Jr. Moderna, aby zahájila klinické zkoušky boosterů Covid pro variantu z Jižní Afriky, posílá do NIH ke studiu  . CNBC (24. února 2021). Získáno 26. února 2021. Archivováno z originálu dne 25. února 2021.
  24. ↑ Nová mutace viru vyvolává  otázky týkající se očkování . Francie 24 (13. ledna 2021). Získáno 24. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 31. srpna 2021.
  25. ↑ Ewen Callaway. Mohly by nové varianty COVID podkopat vakcíny? Laboratoře se snaží zjistit   // Nature . — 2021-01-07. — Sv. 589 , iss. 7841 . — S. 177–178 . - doi : 10.1038/d41586-021-00031-0 . Archivováno z originálu 20. prosince 2021.
  26. ↑ Brito, Ricardo . Varianta jihoafrického koronaviru zjištěna v případě reinfekce v Brazílii , Reuters  (9. ledna 2021). Archivováno z originálu 28. ledna 2021. Staženo 24. ledna 2021.
  27. ↑ Potvrzené případy varianty COVID-19 z Jižní Afriky zjištěné ve Spojeném království . Vláda Spojeného království . Získáno 23. prosince 2020. Archivováno z originálu dne 23. prosince 2020.
  28. ↑ Jihoafrická varianta Covid objevená ve Švýcarsku . obchodní zasvěcenec . Získáno 29. prosince 2020. Archivováno z originálu dne 19. listopadu 2021.
  29. ↑ Aktualizace: Ve Finsku byly zjištěny nové britské, jihoafrické varianty kmenů Covid . Zprávy Yle . Získáno 29. prosince 2020. Archivováno z originálu dne 31. října 2021.
  30. ↑ V  Japonsku nalezena varianta jihoafrického koronaviru  ? . Novinky 24 . Získáno 29. prosince 2020. Archivováno z originálu dne 19. listopadu 2021.
  31. ↑ V Austrálii byl zjištěn první případ „nakažlivějšího“ kmene koronaviru . 9 Novinky (29. prosince 2020). Získáno 9. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 19. listopadu 2021.
  32. ↑ Zambie zažívá druhou vlnu Covid-19 jako variantu spojenou s novým kmenem v izolované Jižní Africe  , Luksaka Times (  30. prosince 2020). Archivováno z originálu 7. ledna 2021. Staženo 9. ledna 2021.
  33. ↑ Francie zaznamenala svůj první případ jihoafrické varianty koronaviru, uvedlo ve čtvrtek 24. prosince  (31. prosince 2020) ministerstvo zdravotnictví. Archivováno 19. listopadu 2021. Staženo 9. ledna 2021.
  34. ↑ 남아공 '변이 코로나' 첫 국내 확인…영국발 변이도 4건 추가  (Korea) , Donga Ilbo, 22. ledna (21. ledna). Archivováno 19. listopadu 2021. Staženo 13. června 2021.
  35. ↑ Ellyatt, Holly . Varianta Covid nalezená v Jižní Africe znepokojuje odborníky: Zde je to, co zatím víme , CNBC  (6. ledna 2021). Archivováno z originálu 7. ledna 2021. Staženo 9. ledna 2021.
  36. ↑ Prohlášení Národního pohotovostního týmu pro veřejné zdraví – pátek 8. ledna . Vláda Irska . Ministerstvo zdravotnictví (8. ledna 2021). Získáno 8. ledna 2021. Archivováno z originálu dne 7. prosince 2021.
  37. ↑ Alberta hlásí první případ varianty koronaviru v Kanadě nalezený v Jižní Africe . Zprávy CBC (8. ledna 2021). Získáno 9. ledna 2021. Archivováno z originálu 9. ledna 2021.

Odkazy