CHD4

Helikázová chromodoména proteinu vázajícího DNA 4

PDB je znázorněno jako příklad v 1 mm2.

Dostupné struktury

Ortologické vyhledávání: PDBe , RCSB

Seznam PDB ID
1MM2 , 1MM3 , 2EE1 , 2L5U , 2L75

Identifikátory

Symbol

CHD4 ; CHD-4; Mi-2b; Mi2-BETA

Externí ID

OMIM: 603277 MGI : 1344380 HomoloGene : 68175 GeneCards : CHD4 Gene

EC číslo

3.6.4.12

Genová ontologie
Funkce	• Vazba DNA pro sekvenčně specifickou sekvenci pro proximální oblast RNA polymerázy II • RNA polymeráza II distální enhancerová sekvenčně specifická vazba DNA • RNA polymeráza II potlačující vazbu transkripčního faktoru • Vazba DNA • ATP-dependentní aktivita DNA helikázy • vazba na protein • Vazba ATP • vazba na mikrotubuly • vazba na ionty zinku • vazba nukleozomální DNA
buněčná složka	• jaderný chromatin • jádro • nukleoplazma • cytoplazma • centrosom • membrána • NuRD komplex • proteinový komplex
biologický proces	• Katabolický proces ATP • transkripce, DNA-templát • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II • odvíjení duplexu DNA • ATP-dependentní remodelace chromatinu • montáž vřetena
Zdroje: Amigo / QuickGO

Profil exprese RNA

Více informací

ortology

Pohled

Člověk

Myš

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 12:
6,68 – 6,72 Mb

Chr 6:
125,1 – 125,13 Mb

Hledejte v PubMed

[jeden]

[2]

Chromodoména helikázy protein 4 vázající DNA je enzym kódovaný u lidí genem CHD4 . [1] [2] [3]

Produkt tohoto genu patří do rodiny helikáz SNF2/RAD54 . Je hlavní složkou nukleozomální remodelace a komplexu deacetylázy a hraje důležitou roli v epigenetické transkripční represi . U pacientů s dermatomyozitidou se vytvářejí protilátky proti tomuto proteinu. [3]

Interakce

Ukázalo se, že CHD4 interaguje s HDAC1 , [4] [5] [6] histon deacetylázou 2 , [7] [8] [6] MTA2 , [4] SATB1 [9] a ATR . [osm]

Poznámky

↑ Seelig HP, Moosbrugger I., Ehrfeld H., Fink T., Renz M., Genth E. Hlavní autoantigen Mi-2 specifický pro dermatomyozitidu je předpokládaná helikáza zapojená do aktivace transkripce // Arthritis Rheum : deník. - 1995. - Listopad ( roč. 38 , č. 10 ). - S. 1389-1399 . - doi : 10.1002/art.1780381006 . — PMID 7575689 .
↑ Seelig HP, Renz M., Targoff IN, Ge Q., Frank MB Dvě formy hlavního antigenního proteinu autoantigenu Mi-2 specifického pro dermatomyozitidu // Arthritis Rheum : deník. - 1996. - Listopad ( roč. 39 , č. 10 ). - S. 1769-1771 . - doi : 10.1002/art.1780391029 . — PMID 8843877 .
↑ 1 2 Entrez Gen: CHD4 chromodoménová helikáza DNA vázající protein 4 . (neurčitý)
↑ 1 2 Yao, Ya-Li; Yang Wen Ming. Proteiny 1 a 2 spojené s metastázami tvoří odlišné proteinové komplexy s aktivitou histondeacetylázy // J. Biol. Chem. : deník. - Spojené státy americké, 2003. - říjen ( sv. 278 , č. 43 ). - S. 42560-42568 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M302955200 . — PMID 12920132 .
↑ Grozinger, CM; Hassig C.A.; Schreiber SL. Tři proteiny definují třídu lidských histonových deacetyláz souvisejících s kvasinkou Hda1p (anglicky) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - SPOJENÉ STÁTY, 1999. - Duben ( sv. 96 , č. 9 ). - str. 4868-4873 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
↑ 12 Tong , JK; Hassig C.A.; Schnitzler GR; Kingston RE; Schreiber S L. Deacetylace chromatinu pomocí komplexu remodelace nukleozomů závislých na ATP (anglicky) // Nature : journal. - ANGLIE, 1998. - říjen ( roč. 395 , č. 6705 ). - S. 917-921 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. Kandidátní gen mentální retardace vázaný na X je součástí nové rodiny komplexů obsahujících histondeacetylázu // J. Biol. Chem. : deník. - Spojené státy americké, 2003. - Únor ( sv. 278 , č. 9 ). - str. 7234-7239 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
↑ 12 Schmidt, D.R .; Schreiber S L. Molekulární asociace mezi ATR a dvěma složkami nukleozomového remodelačního a deacetylačního komplexu, HDAC2 a CHD4 // Biochemistry: journal. - SPOJENÉ STÁTY, 1999. - Listopad ( sv. 38 , č. 44 ). - S. 14711-14717 . — ISSN 0006-2960 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
↑ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 se zaměřuje na remodelaci chromatinu k regulaci genů na dlouhé vzdálenosti // Nature : journal. - Anglie, 2002. - říjen ( sv. 419 , č. 6907 ). - str. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .

Literatura

Denslow SA, Wade PA Lidský Mi-2 / NuRD komplex a genová regulace // Onkogen. - 2007. - Sv. 26 , č. 37 . - S. 5433-5438 . - doi : 10.1038/sj.onc.1210611 . — PMID 17694084 .
Ge Q., Nilasena DS, O'Brien CA, a kol. Molekulární analýza hlavní antigenní oblasti 240-kD proteinu Mi-2 autoantigenu // J. Clin. Investovat. : deník. - 1995. - Sv. 96 , č. 4 . - S. 1730-1737 . - doi : 10.1172/JCI118218 . — PMID 7560064 .
Woodage T., Basrai MA, Baxevanis AD, a kol. Characterization of the CHD family of proteins (anglicky) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 1997. - Sv. 94 , č. 21 . - S. 11472-11477 . - doi : 10.1073/pnas.94.21.11472 . — PMID 9326634 .
Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP a kol. Autoantigen Mi2 specifický pro dermatomyozitidu je součástí komplexu obsahujícího aktivity histonové deacetylázy a remodelace nukleozomů (anglicky) // Cell : journal. - Cell Press , 1998. - Sv. 95 , č. 2 . - str. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, et al. Deacetylace chromatinu komplexem remodelace nukleozomů závislým na ATP (anglicky) // Nature : journal. - 1998. - Sv. 395 , č.p. 6705 . - S. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H. a kol. Analýza podjednotek NuRD odhaluje komplex jádra histondeacetylázy a spojení s metylací DNA // Genes Dev . : deník. - 1999. - Sv. 13 , č. 15 . - S. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
Schmidt DR, Schreiber SL Molekulární asociace mezi ATR a dvěma složkami nukleosomového remodelačního a deacetylačního komplexu, HDAC2 a CHD4 (anglicky) // Biochemistry: journal. - 1999. - Sv. 38 , č. 44 . - S. 14711-14717 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR a kol. Stabilní histondeacetylázové komplexy vyznačující se přítomností SANT doménových proteinů CoREST/kiaa0071 a Mta-L1 // J. Biol. Chem. : deník. - 2001. - Sv. 276 , č.p. 9 . - str. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH a kol. Řízená proteomická analýza lidského jadérka (anglicky) // Curr. Biol. : deník. - 2002. - Sv. 12 , č. 1 . - str. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Koipally J., Georgopoulos K. Molekulární disekce represních obvodů Ikaros // J. Biol. Chem. : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 31 . - S. 27697-27705 . - doi : 10.1074/jbc.M201694200 . — PMID 12015313 .
Saito M., Ishikawa F. mCpG-vazebná doména lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje s NuRD/Mi2 složkami HDAC1 a MTA2 // J. Biol. Chem. : deník. - 2002. - Sv. 277 , č.p. 38 . - S. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších sekvencí cDNA v plné délce // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Sv. 99 , č. 26 . - S. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Hakimi MA, Dong Y., Lane WS, a kol. Kandidátní gen mentální retardace vázaný na X je součástí nové rodiny komplexů obsahujících histondeacetylázu // J. Biol. Chem. : deník. - 2003. - Sv. 278 , č.p. 9 . - str. 7234-7239 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
Kwan AH, Gell DA, Verger A., et al. Konstrukce proteinového lešení z prstu PHD (neopr.) // Struktura. - 2004. - T. 11 , č. 7 . - S. 803-813 . - doi : 10.1016/S0969-2126(03)00122-9 . — PMID 12842043 .
Shimono Y., Murakami H., Kawai K., a kol. Mi-2 beta se asociuje s BRG1 a RET prstovým proteinem v odlišných oblastech s transkripčními aktivačními a represivními schopnostmi // J. Biol. Chem. : deník. - 2004. - Sv. 278 , č.p. 51 . - S. 51638-51645 . - doi : 10.1074/jbc.M309198200 . — PMID 14530259 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T. a kol. Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky // Nat . Genet. : deník. - 2004. - Sv. 36 , č. 1 . - str. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Williams CJ, Naito T., Arco PG a kol. Remodelátor chromatinu Mi-2beta je nutný pro expresi CD4 a vývoj T buněk // Imunita: časopis. - Cell Press , 2004. - Vol. 20 , č. 6 . - str. 719-733 . - doi : 10.1016/j.immuni.2004.05.005 . — PMID 15189737 .
Lehner B., Sanderson CM A proteinový interakční rámec pro degradaci lidské mRNA // Genome Res . : deník. - 2004. - Sv. 14 , č. 7 . - S. 1315-1323 . - doi : 10.1101/gr.2122004 . — PMID 15231747 .