SATB1

ATB1 (Special AT-Rich Binding Sequence Protein 1)  je protein kódovaný u lidí genem SATB1 [1] .

Funkce

SATB1, globální organizátor chromatinu a transkripční faktor , se ukázal jako klíčový faktor vyššího řádu v integraci architektury chromatinu s genovou regulací [2] . Nedávné studie odhalily roli SATB1 v organizaci cyklu chromatinu a jeho dynamické odpovědi na fyziologické podněty [3] . Na úrovni genomu se zdá, že SATB1 hraje důležitou roli v organizaci transkripčně vyváženého chromatinu. SATB1 organizuje lokus MHC I. třídy v různých chromatinových smyčkách vazbou MAR jaderných templátů na pevné vzdálenosti. SATB1 umlčování napodobuje účinky zpracování IFN-γ na chromatinovou smyčku architektury lokusu MHC třídy I a změny v genové expresi v lokusu. Bylo také prokázáno, že SATB1 způsobuje růst nádoru rakoviny prsu a metastázování změnou exprese velkého počtu genů.

Interakce

Ukázalo se, že SATB1 interaguje s HDAC1 [4] , SMARCA5 [4] , MTA2 [ 4] , CHD4 [4] , CUTL1 [5] , POLR2J [6] a BAZ1A [4] .

Poznámky

1. ↑ Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1 . Archivováno z originálu 5. prosince 2010. (neurčitý)
2. ↑ Pavan Kumar P., Purbey PK, Sinha CK, Notani D., Limaye A., Jayani RS, Galande S. Fosforylace SATB1, globálního genového regulátoru, působí jako molekulární přepínač regulující jeho transkripční aktivitu in vivo   // Mol. buňka : deník. - 2006. - Duben ( roč. 22 , č. 2 ). - str. 231-243 . - doi : 10.1016/j.molcel.2006.03.010 . — PMID 16630892 .
3. ↑ Galande S., Purbey PK, Notani D., Kumar PP Třetí dimenze genové regulace: organizace dynamické chromatinové smyčky pomocí SATB1   // Curr . Opin. Genet. dev. : deník. - 2007. - říjen ( roč. 17 , č. 5 ). - str. 408-414 . - doi : 10.1016/j.gde.2007.08.003 . — PMID 17913490 .
4. ↑ 1 2 3 4 5 Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 se zaměřuje na remodelaci chromatinu k regulaci genů na dlouhé vzdálenosti  // Nature  :  journal. - Anglie, 2002. - říjen ( sv. 419 , č. 6907 ). - str. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .
5. ↑ Liu, J; Barnett A; Neufeld EJ; Dudley J. P. Homeoproteiny CDP a SATB1 Interact: Potenciál pro tkáňově specifické regulace   // Mol . buňka. Biol. : deník. - SPOJENÉ STÁTY, 1999. - Červenec ( vol. 19 , č. 7 ). - S. 4918-4926 . — ISSN 0270-7306 . — PMID 10373541 .
6. ↑ Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G. Tymocyty -specifický MAR vazebný protein, SATB1, interaguje in vitro s novou variantou DNA-řízené RNA polymerázy II, podjednotka 11  // Genomics  :  journal. - Spojené státy americké: Academic Press , 2002. - Červen ( vol. 79 , č. 6 ). - S. 809-817 . — ISSN 0888-7543 . - doi : 10.1006/geno.2002.6772 . — PMID 12036295 .

Literatura

• Dickinson LA, Joh T., Kohwi Y., Kohwi-Shigematsu T. Tkáňově specifický MAR/SAR DNA-binding protein s neobvyklým rozpoznáním vazebného místa  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1992. - Sv. 70 , č. 4 . - S. 631-645 . - doi : 10.1016/0092-8674(92)90432-C . — PMID 1505028 .
• Robertson NG, Khetarpal U., Gutierrez-Espeleta GA, a kol. Izolace nových a známých genů z knihovny lidské kochleární cDNA lidského plodu pomocí subtraktivní hybridizace a diferenciálního screeningu  // Genomics  :  journal. - Academic Press , 1995. - Sv. 23 , č. 1 . - str. 42-50 . - doi : 10.1006/geno.1994.1457 . — PMID 7829101 .
• Nakagomi K., Kohwi Y., Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T. Nový motiv vázající DNA v proteinu vázajícím DNA na nukleární matrici SATB1   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1994. - Sv. 14 , č. 3 . - S. 1852-1860 . — PMID 8114718 .
• Xu L., Deng HX, Xia JH a kol. Přiřazení SATB1 k pásu lidského chromozomu 3p23 hybridizací in situ   // Cytogenet . Cell Genet. : deník. - 1997. - Sv. 77 , č. 3-4 . - S. 205-206 . - doi : 10.1159/000134577 . — PMID 9284917 .
• Reddy PH, Stockburger E., Gillevet P., Tagle DA Mapování a charakterizace nových (CAG)n repetitivních cDNA z dospělého lidského mozku odvozených metodou zachycení oligo  // Genomics  :  journal. - Academic Press , 1998. - Sv. 46 , č. 2 . - S. 174-182 . - doi : 10.1006/geno.1997.5044 . — PMID 9417904 .
• Escalier D., Allenet B., Badrichani A., Garchon HJ Vysoká hladina exprese jaderného proteinu Xlr v nezralých thymocytech a kolokalizace s proteinem SATB1 vážícím oblast asociovaný s matricí  //  J. Immunol. : deník. - 1999. - Sv. 162 , č.p. 1 . - str. 292-298 . — PMID 9886398 .
• Liu J., Barnett A., Neufeld EJ, Dudley JP Homeoproteiny CDP a SATB1 Interact: Potenciál pro tkáňově specifickou regulaci   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1999. - Sv. 19 , č. 7 . - S. 4918-4926 . — PMID 10373541 .
• Galande S., Dickinson LA, Mian IS a kol. SATB1 štěpení kaspázou 6 narušuje PDZ doménou zprostředkovanou dimerizaci, což způsobuje oddělení od chromatinu časně v apoptóze T-buněk   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2001. - Sv. 21 , č. 16 . - S. 5591-5604 . - doi : 10.1128/MCB.21.16.5591-5604.2001 . — PMID 11463840 .
• Kieffer LJ, Greally JM, Landres I. a kol. Identifikace kandidátní regulační oblasti v lidském genovém komplexu CD8 kolokalizací hypersenzitivních míst DNázy I a oblastí pro připojení matrice, které vážou SATB1 a GATA-3  //  J. Immunol. : deník. - 2002. - Sv. 168 , č.p. 8 . - S. 3915-3922 . - doi : 10.4049/jimmunol.168.8.3915 . — PMID 11937547 .
• Durrin LK, Krontiris TG Pro thymocyty specifický MAR vazebný protein, SATB1, interaguje in vitro s novou variantou DNA-řízené RNA polymerázy II, podjednotka 11  // Genomics  :  journal. - Academic Press , 2002. - Vol. 79 , č. 6 . - S. 809-817 . - doi : 10.1006/geno.2002.6772 . — PMID 12036295 .
• Yasui D., Miyano M., Cai S. a kol. SATB1 se zaměřuje na remodelaci chromatinu k regulaci genů na dlouhé vzdálenosti   // Nature . - 2002. - Sv. 419 , č.p. 6907 . - str. 641-645 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších sekvencí cDNA v plné délce  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2003. - Sv. 99 , č. 26 . - S. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
• Cai S., Han HJ, Kohwi-Shigematsu T. Tkáňově specifická jaderná architektura a genová exprese regulovaná SATB1   // Nat . Genet.  : deník. - 2003. - Sv. 34 , č. 1 . - str. 42-51 . - doi : 10.1038/ng1146 . — PMID 12692553 .
• Fujii Y., Kumatori A., Nakamura M. SATB1 tvoří komplex s p300 a potlačuje aktivitu promotoru gp91(phox)  (anglicky)  // Microbiol. Immunol. : deník. - 2004. - Sv. 47 , č. 10 . - S. 803-811 . - doi : 10.1111/j.1348-0421.2003.tb03438.x . — PMID 14605447 .
• Gerhard DS, Wagner L., Feingold EA a kol. Stav, kvalita a expanze projektu NIH Full-Length cDNA: The Savmalian Gene Collection (MGC  )  // Genome Res. : deník. - 2004. - Sv. 14 , č. 10B . - S. 2121-2127 . - doi : 10.1101/gr.2596504 . — PMID 15489334 .
• Gocke CB, Yu H., Kang J. Systematická identifikace a analýza savčích malých modifikátorových substrátů podobných ubikvitinu  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2005. - Sv. 280 , č.p. 6 . - S. 5004-5012 . - doi : 10.1074/jbc.M411718200 . — PMID 15561718 .
• Wen J., Huang S., Rogers H. a kol. Protein rodiny SATB1 exprimovaný během časné erytroidní diferenciace modifikuje  expresi globinového genu //  Krev : deník. — Americká hematologická společnost, 2005. - Sv. 105 , č. 8 . - str. 3330-3339 . - doi : 10.1182/krev-2004-08-2988 . — PMID 15618465 .
• Seo J., Lozano MM, Dudley JP Vazba jaderné matrice reguluje SATB1-zprostředkovanou transkripční represi  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2005. - Sv. 280 , č.p. 26 . - S. 24600-24609 . - doi : 10.1074/jbc.M414076200 . — PMID 15851481 .
• Nakayama Y., Mian IS, Kohwi-Shigematsu T., Ogawa T. Nukleární cílený determinant pro SATB1, organizátor genomu v linii T buněk  (anglicky)  // Cell Cycle : deník. - 2006. - Sv. 4 , ne. 8 . - S. 1099-1106 . — PMID 15970696 .
• Rual JF, Venkatesan K., Hao T. a kol. Směrem k proteomové mapě interakční sítě mezi lidskými proteiny a proteiny  (anglicky)  // Nature : journal. - 2005. - Sv. 437 , č.p. 7062 . - S. 1173-1178 . - doi : 10.1038/nature04209 . — PMID 16189514 .