Deinococcus-Thermus

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 7. května 2022; kontroly vyžadují 2 úpravy .
Deinococcus-Thermus

Deinococcus radiodurans , člen řádu Deinococcales
vědecká klasifikace
Doména:bakterieTyp:Deinococcus-Thermus
Mezinárodní vědecký název
Deinococcus-Thermus
Synonyma
  • Deinococcaeota Oren a kol. 2015 [1]
Dceřiné taxony
  • Třída deinokoků
    • Objednejte si Deinococcales
    • Pořadí termiky

Deinococcus-Thermus  (lat.)  - malá divize bakterií , jejíž jediná třída , Deinococci , zahrnuje dva řády : Deinococcales , který zahrnuje jeden z nejvíce radiorezistentních organismů na světě , Deinococcus radiodurans , a Thermales , který zahrnuje Thermus aquaticus , známý pro svou polymerázu Taq , používanou v PCR , a další termostabilní enzymy .

Oddělení bylo pojmenováno podle typových rodů Deinococcus a Thermus [2] .

Cavalier- Smith nazývá toto oddělení Hadobacteria Cavalier-Smith 2002 (od slova Hades  - řecké podsvětí) [3] .

Popis

Všichni zástupci oddělení Deinococcus-Thermus mají buněčnou stěnu charakteristickou pro všechny gramnegativní bakterie (i když zástupci rodu Deinococcus se barví pozitivně podle Gramovy metody ) [4] . Členové řádu Deinococcales postrádají lipopolysacharidy ve své vnější membráně ; hromadí karotenoidy , které dávají buňkám červenou barvu. Genom je reprezentován dvěma vícekopiovými chromozomy . Shelled Thermales mají S-vrstvu a také hromadí karotenoidy, proto jsou jejich buňky často červené nebo žluté [5] .

Zástupci kmene Deinococcus-Thermus jsou aerobové a chemoorganoheterotrofové , vyskytující se všude (zástupci řádu Thermales se nacházejí v horkých pramenech). Fylogenetická analýza ukázala, že dělení Deinococcus-Thermus je jednou z nejarchaičtějších bakteriálních skupin [6] .

Základem pro vytvoření taxonu byla blízkost sekvencí genu 16S rRNA [ 7] , určitou míru homologie navíc vykazuje i srovnání genomů Deinococcus radiodurans a Thermus aquaticus . Obě skupiny bakterií se v průběhu evoluce zjevně vydaly stejnou cestou k získání odolnosti vůči vysokým teplotám [8] [9] . Je však třeba poznamenat, že na rozdíl od Deinococcus nemají zástupci rodu Thermus zvýšenou odolnost vůči záření [5] . S největší pravděpodobností je termofilita Thermales způsobena specifickými formami DNA- dependentní RNA polymerázy a DNA topoizomerázy I [10] , zatímco radiorezistence Deinococcus je způsobena specifickými formami excinukleázy ABC, DNA gyrázy a protein RadA zapojený do opravy DNA [11] .

Fylogeneze

Fylogenetický strom kmene Deinococcus -Thermus , rekonstruovaný na základě sekvencí 16S rRNA , je následující [12] .

Poznámky

  1. ↑ Deinococcus-Thermus  na stránkách Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI)  . (Přístup: 13. prosince 2018) .
  2. ↑ Pinevich, 2006 , s. 100.
  3. ↑ Cavalier-Smith T. Zakořenění stromu života pomocí přechodových analýz.  (anglicky)  // Přímá biologie. - 2006. - Sv. 1. - S. 19. - doi : 10.1186/1745-6150-1-19 . — PMID 16834776 .
  4. ↑ Battista JR Proti všem předpokladům: strategie přežití Deinococcus radiodurans.  (anglicky)  // Annual Review Of Microbiology. - 1997. - Sv. 51 . - str. 203-224 . - doi : 10.1146/annurev.micro.51.1.203 . — PMID 9343349 .
  5. ↑ 1 2 Pinevich, 2006 , s. 101.
  6. ↑ Pinevich, 2006 , s. 100-101.
  7. ↑ Weisburg WG , Giovannoni SJ , Woese ČR Kmen Deinococcus-Thermus a vliv složení rRNA na stavbu fylogenetického stromu.  (anglicky)  // Systematic And Applied Microbiology. - 1989. - Sv. 11 . - str. 128-134 . — PMID 11542160 .
  8. ↑ Omelchenko MV , Wolf YI , Gaidamakova EK , Matrosova VY , Vasilenko A. , Zhai M. , Daly MJ , Koonin EV , Makarova KS Srovnávací genomika Thermus thermophilus a Deinococcus radiodurans: divergentní cesty adaptační rezistence na termofilii a radiaci.  (anglicky)  // Evoluční biologie BMC. - 2005. - Sv. 5. - S. 57. - doi : 10.1186/1471-2148-5-57 . — PMID 16242020 .
  9. ↑ Makarova KS , Aravind L. , Wolf YI , Tatusov RL , Minton KW , Koonin EV , Daly MJ Genom extrémně radiačně odolné bakterie Deinococcus radiodurans nahlíženo z pohledu komparativní genomiky.  (anglicky)  // Recenze mikrobiologie a molekulární biologie : MMBR. - 2001. - Sv. 65, č.p. 1 . - S. 44-79. - doi : 10.1128/MMBR.65.1.44-79.2001 . — PMID 11238985 .
  10. ↑ Zhang G. , Campbell EA , Minakhin L. , Richter C. , Severinov K. , Darst SA Krystalová struktura polymerázy jádrové RNA Thermus aquaticus při rozlišení 3,3 A.  (anglicky)  // Cell. - 1999. - 17. září ( ročník 98 , č. 6 ). - S. 811-824 . — PMID 10499798 .
  11. ↑ Tanaka M. , Earl AM , Howell HA , Park MJ , Eisen JA , Peterson SN , Battista JR Analýza transkripční reakce Deinococcus radiodurans na ionizující záření a vysychání odhaluje nové proteiny, které přispívají k extrémní radiorezistenci.  (anglicky)  // Genetika. - 2004. - září ( roč. 168 , č. 1 ). - str. 21-33 . - doi : 10.1534/genetika.104.029249 . — PMID 15454524 .
  12. ↑ Vydání 123 LTP založené na rRNA 16S (úplný strom) . Komplexní databáze ribozomální RNA Silva. Získáno 20. března 2016. Archivováno z originálu 16. září 2016.

Literatura

  Přejděte na položku Wikidata  Slovníky a encyklopedie
Taxonomie