TATA box

TATA box ( box je opakující se sekvence nukleotidů, která tvoří transkripční nebo regulační signál), nebo Hogness box  je konzervativní motiv DNA ( cis-regulační prvek ) eukaryot s 5'- TATAAA3' sekvencí [1] . TATA box se nachází v promotorové oblasti genů u archaea a eukaryot [2] přibližně 30 nukleotidů proti směru transkripce od místa začátku transkripce [3] . Podle přítomnosti TATA boxu lze rozpoznat templátový řetězec DNA, který bude transkribován [1] . Váže transkripční faktory , které přitahují RNA polymerázu k místu začátku transkripce [1] (například faktor TFIID nebo faktor TATA [4] ). TATA box je tedy funkčně ekvivalentní Pribnowově boxu u bakterií [5] .

Funkční

Normálně se TATA box na začátku transkripce váže na TATA-binding protein (TBP), který odvíjí DNA. Místo bohaté na AT usnadňuje odvíjení, protože 2 vodíkové vazby v páru А-Тjsou méně silné než 3 v páru G-C. TBP je neobvyklý protein , který se váže na vedlejší rýhu DNA a je složen z β-listů [6] .

TATA box se typicky nachází na vazebných místech RNA polymerázy II . Transkripční faktor TFIID se váže na TATA box a za ním se k jeho horní části připojuje další transkripční faktor TFIIA [en a k jeho spodní části TFIIB . Vazba na tyto faktory je také usnadněna odvíjením DNA vyvolaným TBP [3] . RNA polymeráza II rozpoznává a váže se na tento multiproteinový komplex, doprovázený různými dalšími transkripčními faktory, jako jsou TFIIF , TFIIE a TFIIH . To iniciuje transkripci a RNA polymeráza II se pohybuje podél řetězce DNA, zatímco TFIID a TFIIA zůstávají spojeny s TATA boxem. V budoucnu to může usnadnit připojení dalších molekul RNA polymerázy II. Navíc se ukázalo, že TATA box může iniciovat transkripci prováděnou nejen RNA polymerázou II, ale také RNA polymerázou III [7] .

Distribuce

TATA box je velmi starý, vysoce konzervovaný eukaryotický promotorový motiv během evoluce a první takový motiv identifikovaný. TATA box však není u obratlovců příliš rozšířen [3] . Většina lidských genů nemá TATA box a svou roli v nich hraje iniciační element nebo složitější promotor typu CpG . Přibližně 24 % lidských genů obsahuje TATA box umístěný v centrálním promotoru [8] (podle jiných výzkumníků se TATA box nachází v 10 % lidských genových promotorů [9] ). O něco dříve analýza asi tisíce genů odhalila přítomnost TATA boxu v promotorech u 32 % z nich [10] . Bylo zjištěno, že TATA box je nejvíce distribuován mezi geny zapojené do buněčných odpovědí a organogeneze. Promotory s TATA boxem jsou zjevně charakteristické pro geny specifické pro určité typy buněk , zatímco promotory CpG jsou charakteristické pro provozní geny [3] .

Viz také

• Přibnovský box

Poznámky

1. ↑ 1 2 3 SCitable Glosář: ​​TATA box . Získáno 6. března 2014. Archivováno z originálu dne 8. března 2014. (neurčitý)
2. ↑ Smale ST , Kadonaga JT Hlavní promotor RNA polymerázy II.  (anglicky)  // Annual review of biochemistry. - 2003. - Sv. 72. - S. 449-479. - doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161520 . — PMID 12651739 .
3. ↑ 1 2 3 4 Barrett et. al., 2013 , str. čtyři.
4. ↑ Konichev, Sevastyanova, 2012 , str. 265.
5. ↑ Arefiev V. A., Lisovenko L. A. TATA-box // Anglicko-ruský vysvětlující slovník genetických termínů. - M . : Nakladatelství VNIRO, 1995. - ISBN 5-85382-132-6 .
6. ↑ Patikoglou GA , Kim JL , Sun L. , Yang SH , Kodadek T. , Burley SK Rozpoznávání prvků TATA proteinem TATA box-binding protein bylo v průběhu evoluce zachováno.  (anglicky)  // Genes & development. - 1999. - Sv. 13, č. 24 . - S. 3217-3230. — PMID 10617571 .
7. ↑ Wang Y. , Jensen RC , Stumph WE Role sekvence a orientace TATA boxu při určování transkripční specificity RNA polymerázy II/III.  (anglicky)  // Výzkum nukleových kyselin. - 1996. - Sv. 24, č. 15 . - S. 3100-3106. — PMID 8760900 .
8. ↑ Yang C. , Bolotin E. , Jiang T. , Sladek FM , Martinez E. Prevalence iniciátoru nad TATA boxem v lidských a kvasinkových genech a identifikace motivů DNA obohacených o lidské jádrové promotory bez TATA.  (anglicky)  // Gene. - 2007. - Sv. 389, č.p. 1 . - S. 52-65. - doi : 10.1016/j.gene.2006.09.029 . — PMID 17123746 .
9. ↑ Carninci P. , Sandelin A. , Lenhard B. , Katayama S. , Shimokawa K. , Ponjavic J. , Semple CA , Taylor MS , Engström PG , Frith MC , Forrest AR , Alkema WB , Tan SL , Plessy C. Kodzius R. , Ravasi T. , Kasukawa T. , Fukuda S. , Kanamori-Katayama M. , Kitazume Y. , Kawaji H. , Kai C. , Nakamura M. , Konno H. , Nakano K. , Mottagui-Tabar S , Arner P. , Chesi A. , Gustincich S. , Persichetti F. , Suzuki H. , Grimmond SM , Wells CA , Orlando V. , Wahlestedt C. , Liu ET , Harbers M. , Kawai J. , Bajic VB , Hume DA , Hayashizaki Y. Genomová analýza architektury a evoluce savčích promotorů.  (anglicky)  // Genetika přírody. - 2006. - Sv. 38, č.p. 6 . - S. 626-635. - doi : 10.1038/ng1789 . — PMID 16645617 .
10. ↑ Suzuki Y. , Tsunoda T. , Sese J. , Taira H. , Mizushima-Sugano J. , Hata H. , Ota T. , Isogai T. , Tanaka T. , Nakamura Y. , Suyama A. , Sakaki Y. , Morishita S. , Okubo K. , Sugano S. Identifikace a charakterizace potenciálních promotorových oblastí 1031 druhů lidských genů.  (anglicky)  // Genome research. - 2001. - Sv. 11, č. 5 . - S. 677-684. - doi : 10.1101/gr.164001 . — PMID 11337467 .

Literatura

• Lucy W. Barrett, Sue Fletcher, Steve D. Wilton. Nepřeložené genové oblasti a další nekódující prvky . - SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology, 2013. - 57 s. - ISBN 978-3-0348-0679-4 .
• Konichev A.S., Sevastyanova G.A. Molekulární biologie. - Ediční centrum "Akademie", 2012. - 400 s. — ISBN 978-5-7695-9147-1 .