Ro nezávislé ukončení

Vnitřní terminace , také ρ-nezávislá terminace , Rho -nezávislá terminace , je  mechanismus pro zastavení transkripce genu u prokaryot [1] . Podstata tohoto mechanismu je následující: mRNA obsahuje sekvenci obohacenou guaninem a cytosinem, která může tvořit struktury vlásenkového typu o délce 7-20 párů bází. Guanin a cytosin spolu tvoří tři vodíkové vazby a jsou tedy poměrně silně vázány [2] . Bezprostředně po vlásence je oblast obohacená o uracil . Vazby mezi uracilem a adeninem jsou velmi slabé. Protein asociovaný s RNA polymerázou ( nusA ) se váže tak pevně na vlásenku, že to způsobí dočasné vypnutí polymerázy a zastavení transkripce [3] . V tomto bodě je polymeráza umístěna na polyuracilové oblasti sekvence. Slabé adenin-uracilové vazby snižují destabilizační energii duplexu RNA-DNA, což jim umožňuje oslabit napětí polynukleotidového řetězce a disociovat z RNA polymerázy [2] .

Prvky Rho, které neobsahují polyuracilovou sekvenci, jsou schopny zastavit RNA polymerázu, ale obvykle po chvíli pokračuje v transkripci, protože duplex je příliš stabilní na to, aby způsobil disociaci RNA polymerázy a následné ukončení.

Rho-nezávislá transkripční terminace je běžný mechanismus, který je základem aktivity cis -regulačních RNA elementů , jako jsou riboswitche .

Poznámky

1. ↑ Farnham, PJ; Platt, T. Rho-nezávislá terminace: symetrie dyad v DNA způsobuje pauzu RNA polymerázy během transkripce in vitro  //  Nucleic Acids Research : deník. - 1981. - 11. února ( roč. 9 , č. 3 ). - str. 563-577 . doi : 10.1093 / nar/9.3.563 . — PMID 7012794 .
2. ↑ 1 2 Lewin, Benjamin. Genes IX  (neopr.) . — Sudbury, MA: Jones and Bartlett Publishers, 2007. - ISBN 0-7637-4063-2 .
3. ↑ Wilson KS, von Hippel PH Ukončení transkripce na vnitřních terminátorech: role vlásenky RNA  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1995. - září ( roč. 92 , č. 19 ). - S. 8793-8797 . - doi : 10.1073/pnas.92.19.8793 . — PMID 7568019 .