Histon deacetyláza 3

Histon deacetyláza 3
Dostupné struktury
PNR Ortologické vyhledávání: PDBe , RCSB
Identifikátory
SymbolHDAC3  ; HD3; RPD3; RPD3-2
Externí IDOMIM:  605166 MGI :  1343091 HomoloGene :  48250 IUPHAR : ChEMBL : 1829 GeneCards : HDAC3 Gene
EC číslo3.5.1.98
Profil exprese RNA
Více informací
ortology
PohledČlověkMyš
Entrez884115183
SouborENSG00000171720ENSMUSG00000024454
UniProtO15379Q3UM33
RefSeq (mRNA)NM_003883NM_010411
RefSeq (protein)NP_003874NP_034541
Locus (UCSC)Chr 5:
141 – 141,02 Mb		Chr 18:
37,94 – 37,95 Mb
Hledejte v PubMed[jeden][2]

Histon deacetyláza 3 ( Histone  deacetyláza 3 ) je enzym kódovaný u lidí genem HDAC3 [1] [2] .

Funkce

Histony hrají klíčovou roli v regulaci transkripce , buněčného cyklu a vývojových procesů. Acetylace/deacetylace histonů mění strukturu chromozomů a ovlivňuje přístup transkripčních faktorů k DNA . Protein kódovaný tímto genem patří do rodiny histondeacetylázy/acuc/APHA. Má funkci histondeacetylázy a po navázání na promotor potlačuje transkripci . Může se podílet na regulaci transkripce vazbou na transkripční faktor zinkový prst YY1 . Tento protein může také negativně regulovat funkci p53 a tím modulovat buněčný růst a apoptózu . Tento gen je považován za potenciální tumor supresorový gen [3] .

Tento enzym se podílí na koordinaci synantropní bakteriálně závislé střevní homeostázy , když je exprimován ve střevních epiteliálních buňkách.

Alternativní funkce

Histonové deacetylázy mohou být regulovány endogenními faktory, biologicky aktivními složkami, syntetickými inhibitory a bakteriálně odvozenými signály. Studie na myších s jednoznačnou delecí HDAC3 ve střevních epiteliálních buňkách (IEC) ukázaly deregulovanou expresi genu IEC. U těchto delecí mutantních myší byla pozorována ztráta Panethových buněk , poškození funkce IEC a změny ve složení střevních komenzálních bakterií. Skutečnost, že tyto negativní účinky nebyly pozorovány u sterilních myší, ukazuje, že účinky delece jsou pozorovány pouze v přítomnosti střevní mikrobiální kolonizace. Negativní účinky delecí HDAC3 však nejsou způsobeny přítomností změněné mikroflóry, protože kolonie normálních sterilních myší se změněnou mikroflórou nevykazovaly negativní účinky pozorované u delečních mutantů.

Ačkoli přesný mechanismus a specifika signálů nejsou dobře pochopeny, je jasné, že HDAC3 interaguje s přijatými signály komenzálních bakterií střevní mikroflóry . Tyto interakce jsou zodpovědné za kalibraci odpovědí epiteliálních buněk ve smyslu potřeby vytvořit normální vztahy mezi hostitelskými a komenzálními buňkami a také udržovat střevní homeostázu [4] [5] [6] [7] .

Modelové organismy

Ke studiu funkcí HDAC3 byly použity modelové organismy. Předběžná linie knockout myší nazvaná Hdac3 tm1a(EUCOMM)Wtsi [8] [9] byla založena v rámci programu International Knockout Mice Consortium , vysoce výkonného projektu mutageneze za účelem generování a šíření modelů zvířecích chorob. zainteresovaní vědci [ 10] [11] [12] .

Muži a ženy podstoupili standardizovaný fenotypový screening ke stanovení následků delece [13] [14] .

Na mutantních myších bylo provedeno 26 testů a byly pozorovány dvě významné abnormality [13] . Během těhotenství nebyla identifikována žádná homozygotní mutantní embrya a v samostatných studiích ani jedno nepřežilo do konce laktace. Zbytek testů byl proveden na heterozygotních mutantních dospělých myších; u těchto zvířat nebyly pozorovány žádné významné abnormality [13] .

Interakce

Ukázalo se, že HDAC3 interaguje s:

Viz také

Poznámky

  1. ↑ Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Characterization of a human RPD3 ortholog, HDAC3   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - Duben ( roč. 95 , č. 6 ). - S. 2795-2800 . - doi : 10.1073/pnas.95.6.2795 . — PMID 9501169 .
  2. ↑ Dangond F., Hafler DA, Tong JK, Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans SR  Diferenciální zobrazení cDNA nové lidské histon deacetylázy (HDAC3) z imunitních buněk aktivovaných PHA  // Biochem Biophys Res Commun : deník. - 1998. - březen ( roč. 242 , č. 3 ). - S. 648-652 . - doi : 10.1006/bbrc.1997.8033 . — PMID 9464271 .
  3. ↑ Entrez Gen: HDAC3 histon deacetyláza 3 .
  4. ↑ Donohoe DR, Bultman SJ Metaboloepigenetika: vzájemné vztahy mezi energetickým metabolismem a epigenetickou kontrolou genové exprese  //  J. Cell. fyziol. : deník. - 2012. - Sv. 227 , č.p. 9 . - str. 3169-3177 . - doi : 10.1002/jcp.24054 . — PMID 22261928 .
  5. ↑ Haberland M., Montgomery RL, Olson CS Mnoho rolí histonových deacetyláz ve vývoji a fyziologii: důsledky pro onemocnění a terapii   // Nat . Rev. Genet.  : deník. - 2009. - Sv. 10 , č. 1 . - str. 32-42 . - doi : 10.1038/nrg2485 . — PMID 19065135 .
  6. ↑ Kim GW, Gocevski G., Wu CJ, Yang XJ Dietní, metabolická a potenciálně environmentální modulace mechanismu acetylace lysinu  //  Int J Cell Biol: journal. - 2010. - Sv. 2010 . — S. 632739 . - doi : 10.1155/2010/632739 . — PMID 20976254 .
  7. ↑ Dashwood RH, Ho E. Dietní inhibitory histondeacetylázy: od buněk k myším k člověku   // Semin . Rakovina biol. : deník. - 2007. - Sv. 17 , č. 5 . - str. 363-369 . - doi : 10.1016/j.semcancer.2007.04.001 . — PMID 17555985 .
  8. ↑ International Knockout Mouse Consortium (odkaz není dostupný) . Získáno 25. 5. 2015. Archivováno z originálu 20. 3. 2012. 
  9. ↑ Informatika genomu myši . Získáno 25. 5. 2015. Archivováno z originálu 24. 9. 2015.
  10. ↑ Skarnes WC, Rosen B., West AP, Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica AO, Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A. Podmíněný knockout zdroj pro genomovou studii funkce myšího genu  //  Nature: journal. - 2011. - Sv. 474 , č.p. 7351 . - str. 337-342 . - doi : 10.1038/příroda10163 . — PMID 21677750 .
  11. ↑ Knihovna Dolgin E. Mouse nastavena jako knockout   // Nature . - 2011. - Červen ( roč. 474 , č. 7351 ). - str. 262-263 . - doi : 10.1038/474262a . — PMID 21677718 .
  12. ↑ Collins FS, Rossant J., Wurst W. Myš ze všech důvodů   // Cell . - Cell Press , 2007. - Leden ( roč. 128 , č. 1 ). - S. 9-13 . - doi : 10.1016/j.cell.2006.12.018 . — PMID 17218247 .
  13. ↑ 1 2 3 Gerdin AK The Sanger Mouse Genetics Program: Vysoce výkonná charakterizace knockout myší  //  Acta Ophthalmologica : deník. - 2010. - Sv. 88 , č. S248 . - doi : 10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x .
  14. ↑ van der Weyden L., White JK, Adams DJ, Logan DW Sada nástrojů pro genetiku myši: odhalující funkce a mechanismus. (anglicky)  // Genome Biol : deník. - 2011. - Sv. 12 , č. 6 . — S. 224 . - doi : 10.1186/cz-2011-12-6-224 . — PMID 21722353 .
  15. ↑ Hoogeveen AT, Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. Transkripční korepresor MTG16a obsahuje novou nukleolární zaměřovací sekvenci narušenou v t (16; 21) -pozitivní myeloidní malignity  (anglicky)  // Onkogen : deník. - 2002. - září ( roč. 21 , č. 43 ). - S. 6703-6712 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205882 . — PMID 12242670 .
  16. ↑ Amann JM, Nip J., Strom DK, Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing JR, Meyers S., Hiebert SW ETO, cíl t(8;21) u akutní leukémie, vytváří zřetelné kontakty s více histonovými deacetylázami a váže mSin3A prostřednictvím své oligomerizační domény   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2001. - říjen ( roč. 21 , č. 19 ). - str. 6470-6483 . - doi : 10.1128/MCB.21.19.6470-6483.2001 . — PMID 11533236 .
  17. ↑ Petre-Draviam CE, Williams EB, Burd CJ, Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl JA, Knudsen KE Centrální doména cyklinu D1 zprostředkovává  aktivitu korepresoru jaderného receptoru //  Onkogen : deník. - 2005. - Leden ( roč. 24 , č. 3 ). - str. 431-444 . - doi : 10.1038/sj.onc.1208200 . — PMID 15558026 .
  18. ↑ Lin HM, Zhao L., Cheng SY Cyclin D1 Is a Ligand-independent Cor-repressor for Thyroid Hormone Receptors  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2002. - srpen ( roč. 277 , č. 32 ). - S. 28733-28741 . - doi : 10.1074/jbc.M203380200 . — PMID 12048199 .
  19. ↑ Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Změněná interakce HDAC5 s GATA-1 během   diferenciace buněk MEL // Onkogen : deník. - 2003. - prosinec ( roč. 22 , č. 57 ). - S. 9176-9184 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206902 . — PMID 14668799 .
  20. ↑ Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. Histone deacetyláza 3 asociuje a potlačuje transkripční faktor GATA   -2 / Krev : deník. — Americká hematologická společnost, 2001. - říjen ( roč. 98 , č. 7 ). - S. 2116-2123 . - doi : 10.1182/krev.V98.7.2116 . — PMID 11567998 .
  21. ↑ 1 2 3 4 Zhang J., Kalkum M., Chait BT, Roeder RG Komplex korepresoru jaderného receptoru N-CoR-HDAC3 inhibuje dráhu JNK prostřednictvím integrální podjednotky GPS2   // Mol . buňka : deník. - 2002. - březen ( roč. 9 , č. 3 ). - str. 611-623 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00468-9 . — PMID 11931768 .
  22. ↑ Wen YD, Cress WD, Roy AL, Seto E. Histondeacetyláza 3 se váže na multifunkční transkripční faktor TFII-I a reguluje jej  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2003. - Leden ( roč. 278 , č. 3 ). - S. 1841-1847 . - doi : 10.1074/jbc.M206528200 . — PMID 12393887 .
  23. ↑ Tussié-Luna MI, Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle FH, Roy AL Fyzikální a funkční interakce histondeacetylázy 3 s proteiny rodiny TFII-I a PIASxbeta  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : deník. - 2002. - říjen ( roč. 99 , č. 20 ). - S. 12807-12812 . - doi : 10.1073/pnas.192464499 . — PMID 12239342 .
  24. ↑ 1 2 3 Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E. Aktivita lidské HDAC7 histon deacetylázy je spojena s HDAC3 in vivo  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2001. - září ( roč. 276 , č. 38 ). - S. 35826-35835 . - doi : 10.1074/jbc.M104935200 . — PMID 11466315 .
  25. ↑ 1 2 Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL Tři proteiny definují třídu lidských histonových deacetyláz souvisejících s kvasinkou Hda1p  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1999. - Duben ( roč. 96 , č. 9 ). - str. 4868-4873 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
  26. ↑ 1 2 3 4 Fischle W., Dequiedt F., Hendzel MJ, Guenther MG, Lazar MA, Voelter W., Verdin E. Enzymatická aktivita spojená s HDAC třídy II je závislá na multiproteinovém komplexu obsahujícím HDAC3 a SMRT/N-CoR  (anglicky)  // Mol. buňka : deník. - 2002. - Leden ( roč. 9 , č. 1 ). - str. 45-57 . - doi : 10.1016/S1097-2765(01)00429-4 . — PMID 11804585 .
  27. ↑ 1 2 Grozinger CM, Schreiber SL Regulace histondeacetylázy 4 a 5 a transkripční aktivity buněčnou lokalizací závislou na 14-3-3  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2000. - Červenec ( roč. 97 , č. 14 ). - str. 7835-7840 . - doi : 10.1073/pnas.140199597 . — PMID 10869435 .
  28. ↑ Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. Gen histon deacetylázy 9 kóduje více izoforem proteinu  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2003. - Květen ( roč. 278 , č. 18 ). - S. 16059-16072 . - doi : 10.1074/jbc.M212935200 . — PMID 12590135 .
  29. ↑ Zhou X., Richon VM, Rifkind RA, Marks PA Identifikace transkripčního represoru souvisejícího s nekatalytickou doménou histonových deacetyláz 4 a 5  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  :  journal . - 2000. - únor ( roč. 97 , č. 3 ). - S. 1056-1061 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1056 . — PMID 10655483 .
  30. ↑ Baek SH, Ohgi KA, Rose DW, Koo EH, Glass CK, Rosenfeld MG Výměna komplexů korepresoru N-CoR a koaktivátoru Tip60 spojuje genovou expresi pomocí NF-kappaB a prekurzorového proteinu beta-amyloidu  // Cell  :  journal . - Cell Press , 2002. - Červenec ( roč. 110 , č. 1 ). - str. 55-67 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)00809-7 . — PMID 12150997 .
  31. ↑ Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histonová deacetyláza 3, histonová deacetyláza třídy I, potlačuje aktivaci aktivačního transkripčního faktoru-2 zprostředkovanou MAPK11 a potlačuje   expresi genu TNF / J. Immunol . : deník. - 2004. - Září ( roč. 173 , č. 6 ). - S. 3979-3990 . - doi : 10.4049/jimmunol.173.6.3979 . — PMID 15356147 .
  32. ↑ 1 2 3 Yoon HG, Chan DW, Reynolds AB, Qin J., Wong J. N-CoR zprostředkovává represi závislou na methylaci DNA prostřednictvím methyl CpG vazebného proteinu Kaiso   // Mol . buňka : deník. - 2003. - září ( roč. 12 , č. 3 ). - str. 723-734 . - doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.008 . — PMID 14527417 .
  33. ↑ 1 2 Yoon HG, Chan DW, Huang ZQ, Li J., Fondell JD, Qin J., Wong J. Purifikace a funkční charakterizace lidského komplexu N-CoR: role HDAC3, TBL1 a  TBLR1  // EMBO J . : deník. - 2003. - březen ( roč. 22 , č. 6 ). - S. 1336-1346 . - doi : 10.1093/emboj/cdg120 . — PMID 12628926 .
  34. ↑ 1 2 Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu JM, Qin J., Wong J. Oba korepresorové proteiny SMRT a N-CoR existují ve velkých proteinových komplexech obsahujících   HDAC3 // EMBO J. : deník. - 2000. - srpen ( roč. 19 , č. 16 ). - S. 4342-4350 . - doi : 10.1093/emboj/19.16.4342 . — PMID 10944117 .
  35. ↑ 1 2 Underhill C., Qutob MS, Yee SP, Torchia J. Nový  J.//korepresorový komplex jaderného receptoru, N-CoR, obsahuje složky savčího komplexu SWI/SNF a korepresoru KAP-1 Chem.  : deník. - 2000. - prosinec ( roč. 275 , č. 51 ). - S. 40463-40470 . - doi : 10.1074/jbc.M007864200 . — PMID 11013263 .
  36. ↑ 1 2 Guenther MG, Lane WS, Fischle W., Verdin E., Lazar MA, Shiekhattar R. Corepressor complex SMRT obsahující HDAC3 a TBL1, WD40-repeating protein spojený s hluchotou  // Genes Dev  .  : deník. - 2000. - Květen ( roč. 14 , č. 9 ). - S. 1048-1057 . — PMID 10809664 .
  37. ↑ 1 2 Guenther MG, Yu J., Kao GD, Yen TJ, Lazar MA Sestavení represního komplexu SMRT-histone deacetyláza 3 vyžaduje kruhový komplex TCP-1  // Genes Dev  .  : deník. - 2002. - prosinec ( roč. 16 , č. 24 ). - S. 3130-3135 . - doi : 10.1101/gad.1037502 . — PMID 12502735 .
  38. ↑ 1 2 Franco PJ, Li G., Wei LN Interakce nukleárních receptorů zinkových prstů DNA vazebných domén s histondeacetylázou   // Mol . buňka. Endocrinol. : deník. - 2003. - srpen ( roč. 206 , č. 1-2 ). - str. 1-12 . - doi : 10.1016/S0303-7207(03)00254-5 . — PMID 12943985 .
  39. ↑ Shi Y., Hon M., Evans RM Receptor delta aktivovaný peroxisomovým proliferátorem, integrátor transkripční represe a signalizace nukleárních receptorů  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - březen ( roč. 99 , č. 5 ). - S. 2613-2618 . - doi : 10.1073/pnas.052707099 . — PMID 11867749 .
  40. ↑ Wu WS, Vallian S., Seto E., Yang WM, Edmondson D., Roth S., Chang KS Růstový supresor PML potlačuje transkripci funkční a fyzickou interakcí s histondeacetylázami   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2001. - Duben ( roč. 21 , č. 7 ). - str. 2259-2268 . - doi : 10.1128/MCB.21.7.2259-2268.2001 . — PMID 11259576 .
  41. ↑ Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouche D. Histondeacetyláza HDAC3 cílí RbAp48 na protein retinoblastomu  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2001. - srpen ( roč. 29 , č. 15 ). - str. 3131-3136 . doi : 10.1093 / nar/29.15.3131 . — PMID 11470869 .
  42. ↑ Fischle W., Verdin E., Greene WC Trvání jaderného působení NF-kappaB regulované reverzibilní acetylací  //  Science : journal. - 2001. - Srpen ( roč. 293 , č. 5535 ). - S. 1653-1657 . - doi : 10.1126/science.1062374 . — PMID 11533489 .
  43. ↑ Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril MB, Miard S., Auwerx J. Komplex retinoblastom-histone deacetyláza 3 inhibuje PPARgamma a diferenciaci adipocytů  (Angl.)  // Dev . buňka : deník. - 2002. - prosinec ( vol. 3 , č. 6 ). - S. 903-910 . - doi : 10.1016/S1534-5807(02)00360-X . — PMID 12479814 .
  44. ↑ Lai A., Lee JM, Yang WM, DeCaprio JA, Kaelin WG, Seto E., Branton PE RBP1 rekrutuje represivní aktivity závislé na histondeacetyláze i nezávislé na proteinech rodiny retinoblastomů   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1999. - říjen ( roč. 19 , č. 10 ). - S. 6632-6641 . — PMID 10490602 .
  45. ↑ Schroeder TM, Kahler RA, Li X., Westendorf JJ Histon deacetyláza 3 interaguje s runx2 za účelem potlačení promotoru osteokalcinu a regulace diferenciace osteoblastů  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2004. - říjen ( roč. 279 , č. 40 ). - S. 41998-42007 . - doi : 10.1074/jbc.M403702200 . — PMID 15292260 .
  46. ↑ Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouche D. Funkční a fyzikální interakce mezi histon methyl transferázou Suv39H1 a histon deacetylázami  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2002. - Leden ( roč. 30 , č. 2 ). - str. 475-481 . doi : 10.1093 / nar/30.2.475 . — PMID 11788710 .
  47. ↑ Li G., Franco PJ, Wei LN Identifikace domén histondeacetylázy-3, které interagují s osiřelým jaderným receptorem TR2   // Biochem . Biophys. Res. komunální. : deník. - 2003. - říjen ( roč. 310 , č. 2 ). - S. 384-390 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2003.08.145 . — PMID 14521922 .
  48. ↑ Franco PJ, Farooqui M., Seto E., Wei LN Orphan nukleární receptor TR2 interaguje přímo s histondeacetylázami třídy I a třídy II   // Mol . Endocrinol. : deník. - 2001. - srpen ( roč. 15 , č. 8 ). - S. 1318-1328 . - doi : 10.1210/mend.15.8.0682 . — PMID 11463856 .
  49. ↑ Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu BE, Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X ., Peng X. Proteomická analýza ubikvitinovaných proteinů v normální buněčné linii hepatocytů Chang liver cells  (anglicky)  // Proteomics : journal. - 2008. - Červenec ( roč. 8 , č. 14 ). - str. 2885-2896 . - doi : 10.1002/pmic.200700887 . — PMID 18655026 .
  50. ↑ Yang WM, Yao YL, Sun JM, Davie JR, Seto E. Izolace a charakterizace cDNA odpovídajících dalšímu členu rodiny genů lidské histondeacetylázy  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 1997. - říjen ( roč. 272 , č. 44 ). - S. 28001-28007 . doi : 10.1074 / jbc.272.44.28001 . — PMID 9346952 .
  51. ↑ Yao YL, Yang WM, Seto E. Regulace transkripčního faktoru YY1 acetylací a deacetylací   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2001. - září ( roč. 21 , č. 17 ). - S. 5979-5991 . - doi : 10.1128/MCB.21.17.5979-5991.2001 . — PMID 11486036 .

Literatura

Odkazy