Sekvenování nanopórů

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 17. prosince 2020; kontroly vyžadují 7 úprav .

Nanopore sekvenování  je rodina vysoce účinných metod třetí generace DNA nebo RNA sekvenování [1] . Metoda je založena na použití proteinových, pevných nebo jiných pórů o průměru několika nanometrů , které jsou citlivé na nukleové kyseliny.

Sekvenování nanopórů se vyhýbá krokům PCR - amplifikace a chemického značení vzorku DNA nebo RNA [2] . To je významná výhoda oproti jiným metodám sekvenování, které používají alespoň jeden z těchto kroků. Mezi možnosti metody patří relativně levné genotypování , vysoká mobilita, rychlá analýza a zobrazování výsledků v reálném čase. Využití metody při rychlé detekci virových patogenů [3] , sledování bakteriální rezistence [4] , sekvenování lidského [5] [6] a rostlinného [7] genomu , haplotypizace [8] , sledování viru Ebola [9] a další pole byla popsána.

Historie

V roce 1989 byla prokázána tvorba kanálků ( nanopórů ) v umělé fosfolipidové membráně alfa-toxinem syntetizovaným Staphylococcus aureus [10] [11] . V roce 1995 byla poprvé navržena myšlenka sekvenování nanopórů - stanovení vlastností lineárního polymeru , když je protažen pórem v membráně. Při průchodu pórem s ním polymer určitým způsobem interaguje, což umožňuje určit jeho vlastnosti [12] . O rok později, v roce 1996, se objevila první práce popisující možnost využití nanopórů ( jako nanopór byl použit alfa-hemolyzin ) k charakterizaci nukleových kyselin [13] .

V letech 1999-2000 bylo prokázáno, že pomocí stafylokokového alfa-hemolyzinu jako nanopóru je možné odlišit jednovláknovou RNA od jednovláknové DNA [14] [15] .

V roce 2001 byly poprvé provedeny práce, při kterých byla pomocí nanopórů zjišťována přítomnost krátkých sekvencí DNA [16] . Teprve do roku 2009 bylo možné prokázat schopnost rozlišit všechny báze v sekvenci DNA s nanopóry, což je nezbytné pro vytvoření sekvenačních metod [17] .

V roce 2012 Oxford Nanopore Technologies předvedl první sekvenátory nanoporů: GridION a MinION [18] .

Zároveň se ukázala zásadní možnost využití této metody – genom bakteriofága phiX byl sekvenován o délce 5,4 tisíce párů bází (bp) [19] .

Jak to funguje

Nanopórový systém je reakční komora rozdělená na dvě části membránou obsahující otvor o velikosti nanometru, nanopór. Na části komory je přivedeno napětí , v důsledku čehož studované molekuly procházejí pórem ve směru elektrického pole . Při průchodu molekuly nukleové kyseliny pórem ovlivňují jednotlivé nukleotidy ten či onen měřený parametr systému, což umožňuje určit nukleotidovou sekvenci [2] . V prakticky používané verzi sekvenování nanopórů se komora naplní elektrolytickým roztokem a měří se síla proudu iontů protékajících pórem při působení pole; když nukleotidy procházejí pórem, zmenšují průřez dostupný pro ionty a proud se snižuje [20] .

Možnosti sekvenování nanoporů

V závislosti na tom, zda si sekvenované molekuly nukleové kyseliny zachovají svou chemickou integritu, existují dvě možnosti – celovláknové sekvenování a sekvenování exonukleáz [21] .

Celovláknové sekvenování

Při této metodě se řetězce nukleové kyseliny neštěpí. Přenos celých molekul DNA a RNA přes pór lze provést následujícími způsoby:

Sekvenování exonukleáz

Při této metodě je řetězec nukleové kyseliny štěpen na jednotlivé nukleotidy exonukleázou umístěnou v bezprostřední blízkosti póru. Působením pole záporně nabité nukleotidy nezávisle vstupují do pórů, kde se stanovují báze [21] .

Typy nanopórů

Pro sekvenování se používají proteinové nanopóry a syntetické nanopóry v pevné fázi [21] .

Proteinové nanopóry

Alfa-hemolyzin

Alfa-hemolyzin Staphylococcus aureus  je ve vodě rozpustný monomer , který spontánně tvoří heptamer v membráně . Transmembránová doména se skládá z stonku a hlavy póru. Hlavička póru obsahuje dutinu o průměru asi 4,5 nm . Na přechodu hlavně a hlavy je zúžení kanálu o šířce 1,5 nm. Pórový kmen se skládá ze 14 antiparalelních beta řetězců tvořících průchozí kanál o šířce asi 2 nm. Při neutrálním pH je mnoho aminokyselinových zbytků v póru nabito (například kladně nabitý lysinový zbytek K147 a záporně nabitý glutamátový zbytek E111). V 1 M roztoku KCl je na póru (od stonku k hlavě) udržován potenciál 120 mV, což způsobuje proud 120 pA [22] . V kmeni jsou tři rozpoznávací místa nukleotidů , což teoreticky umožňuje více než jednomu místu rozpoznat jeden nukleotid (což zvyšuje přesnost čtení) [23] .

MSPA

Porin A Mycobacterium smegmatis  ( Eng.  Mycobacterium smegmatis porin A, MspA ) je nanopór o průměru 1,2 nm. Má strukturní vlastnosti (tvar a průměr pórů), které zlepšují poměr signálu k šumu při sekvenování DNA ve srovnání s alfa-hemolyzinem [24] . MspA má však také významnou nevýhodu: záporně nabité jádro interferuje s postupem jednovláknové DNA uvnitř póru. Proto byly pro sekvenování v původním proteinu tři negativně nabité aspartátové zbytky nahrazeny neutrálními asparaginovými zbytky [25] .

Balící protein motorové DNA bakteriofága phi29

Motorický protein balení DNA bakteriofága phi29 se podílí na balení DNA do kapsidy virů a také na uvolňování DNA z kapsidy po infekci. Klíčovým rozdílem od výše uvedených proteinů je to, že mají větší průměr kanálu (od 3,6 nm do 6 nm) a jsou schopny procházet dvouvláknovou DNA. Motorický protein phi29 se díky své povaze na rozdíl od jiných pórů neintegruje do membrány ve své původní podobě, ale tento problém je řešen modifikací proteinu [26] . Jiné modifikace umožňují proteinu přeskočit jednovláknovou DNA nebo jednovláknovou RNA [27] .

Pevné nanopóry

Kromě proteinových nanopórů se používají i nebiologické nanopóry v pevné fázi. Pro analýzu nukleových kyselin se nanopóry používají v substrátech vyrobených z křemíku , nitridu křemíku a polyethyleniminu [27] . Póry jsou obvykle vypáleny iontovými nebo elektronovými paprsky, což umožňuje snadno měnit jejich velikost [28] . Samostatně stojí za to zdůraznit materiály, které tvoří velmi tenké „2D“ póry: grafen , disulfid molybdenu a další [27] . Grafen má také extrémně malou tloušťku, což přispívá ke zvýšení prostorového rozlišení podél DNA a zároveň pevnosti, chemické inertnosti a elektrické vodivosti . Tyto vlastnosti usnadňují použití těchto materiálů při sekvenování nanopórů [28] .

Grafen

Vzhledem k tenké a iontově nepropustné struktuře je grafen dobrým sekvenačním materiálem na bázi nanopórů. Bylo tedy prokázáno, že grafenové nanopóry lze použít jako elektrodu pro měření proudu protékajícího nanopóry mezi dvěma komorami obsahujícími iontové roztoky [28] .

Detekce fluorescence

V roce 2010 byla vyvinuta metoda nanosekvenování v pevné fázi založená na detekci fluorescenčního signálu . Nejprve se požadovaná DNA převede na DNA, ve které každá původní báze odpovídá krátké sekvenci. Fluorescenční sondy ( molekulární majáky ) hybridizují na tyto krátké sekvence , přičemž konec jedné sondy zháší fluorescenci fluoroforu na začátku druhé sondy. Zároveň jsou ke kódování čtyř bází potřeba pouze dva typy sond: každá báze (přesněji jí odpovídající krátká sekvence) odpovídá dvěma fluorescenčním signálům (00, 01, 10 nebo 11, kde 0 odpovídá jednomu barva a 1 k jiné). Při průchodu pórem se výsledná dvouvláknová DNA rozvine, sonda se oddělí a podle toho začne svítit fluorofor na další sondě [29] [30] .

Mezi výhody metody patří přesnost signálu – kamery registrují signál mnohem přesněji než jiné dostupné techniky. Metoda však vyžaduje předúpravu vzorku: konverzi každého nukleotidu na přibližně 12 nukleotidů (což také prodlužuje samotnou DNA) [29] .

Srovnání pevných a biologických nanopórů

Pevné nanopóry postrádají některé nevýhody biologických nanopórů: citlivost na pH , teplotu , koncentraci elektrolytů , mechanické namáhání atd. Navíc jsou stabilnější, déle vydrží, je mnohem snazší získat různé tvary a velikostí takových pórů a technologie výroby je podobná výrobě polovodičů , což značně usnadňuje proces získávání takových pórů a umožňuje je potenciálně kombinovat s jinými nanozařízeními. Mezi výhody biologických nanopórů patří možnost chemické nebo genetické modifikace, chemická specifita pro DNA nebo RNA a relativně nízká rychlost průchodu DNA nebo RNA pórem [28] [31] .

Jiné nanopóry

K získání nanopórů lze použít technologii DNA origami . Tato možnost byla poprvé prokázána v roce 2012, kdy byla pomocí DNA origami získána struktura podobná alfa hemolyzinu. Výsledná struktura se spontánně začlenila do membrán [27] .

V roce 2010 se ukázalo, že jednostěnné uhlíkové nanotrubice mohou být také zabudovány do membrán a umožňují průchod DNA [27] .

Od roku 2020 nemají nanopóry v pevné fázi chemickou specifitu proteinů, proto se aktivně studuje možnost integrace proteinových nanopórů do substrátů v pevné fázi [28] .

Dalším slibným směrem je využití nanopórů v pevné fázi se senzory (kapacitní senzory, tunelové elektronické a další detektory) [28] .

Výhody a nevýhody

V porovnání se stávajícími sekvenačními metodami má použití této sekvenační metody výhody [2] , jako je nízká cena a snadné použití (vzhledem k absenci nutnosti přípravy vzorku a použití reagencií), vysoká citlivost (až po sekvenování). bez amplifikace DNA z krve a slin ), vysoká délka čtení (až desítky tisíc bází), vysoká mobilita, rychlá analýza a zobrazení výsledků v reálném čase [2] .

Mezi nevýhody patří takové vlastnosti, jako je nízká kvalita čtení ve srovnání s technologiemi short-read sekvenování (tato situace se však se vznikem nových algoritmů mění k lepšímu), ztráta funkčních vlastností biologických pórů v průběhu času (póry spolehlivě fungují pouze po určitou dobu). běží) a vliv faktorů prostředí na rychlost čtení sekvence a následně i na její kvalitu (motorový protein může pracovat dostatečnou rychlostí pouze v určitém rozsahu pH, přičemž ne pracuje dostatečně rychle mimo rozsah) [32] .

Komerční využití

Oxford Nanopore Technologies

V únoru 2012 na konferenci AGBT na Floridě představila společnost Oxford Nanopore Technologies prototypy dvou platforem pro vysoce výkonné sekvenování dlouhých fragmentů založených na celovláknovém sekvenování nanoporů: GridION a MinION. Jako demonstrace byl sekvenován 5386 bp bakteriofágový genom PhiX. [19] Pro rok 2020 společnost vydává několik zařízení. Všechny umožňují analýzu dat v reálném čase [33]

Minion

MinION je malý jednorázový buněčný sekvencer určený pro domácí použití s ​​cílovou cenou kolem 900 $. Sekvencer má konektor USB 3.0 pro připojení k počítači. Obsahuje 512 nanopórů s podobnými vlastnostmi [2] . Buňka umožňuje sekvenovat až 30 milionů bp. DNA (přibližně za dva dny lze digitalizovat 10-20 milionů bp DNA) [34] . V roce 2019 společnost začala uvolňovat Flongle, adaptér pro MinION nebo GridION, který vám umožňuje pracovat s méně produktivními (~1 Gb, 126 nanopórů místo 512), ale mnohem levnějšími (90 $) články [35] .

GridION

GridION je zařízení určené pro sekvenování celého genomu (v podstatě MinION se zvýšenou propustností). Prototyp měl 2000 jednotlivých nanopórů, z nichž každý byl schopen přijímat čtení až do délky 5100 bp. rychlostí 150 milionů bp/h po dobu 6 hodin [2] . GridION Mk1 stojí 49 955 $ a obsahuje 5 nezávislých buněk. S jeho pomocí lze v jednom experimentu sekvenovat až 150 milionů bp. DNA [36] .

Promethion

Nejvýkonnější sekvencer společnosti umožňuje sekvenování několika bilionů bp v jediném experimentu. DNA. PromethION 24 obsahuje 24 buněk a je schopen digitalizovat 3,8 bilionu bp za tři dny. DNA, PromethION 48 obsahuje 48 buněk a je schopen digitalizovat 7,6 bilionu bp za tři dny. DNA. Buňky sekvenceru obsahují 3000 nanopórů [37] . Datový tok z takového počtu nanopórů nemůže být analyzován konvenčním počítačem, takže k použití tohoto sekvenátoru je nutný superpočítač (pokud však provozujete pouze jednu buňku, zvládne to běžný počítač) [37] [38] .

Další vývoj

Společnost plánuje vydat další dvě zařízení: SmidgION, sekvencer, který se připojuje k chytrému telefonu, a Plongle, sekvencer, který obsahuje 96 nezávislých, ale málo propustných buněk, a je tedy navržen pro časté sekvenování velkého množství krátké DNA. [39] .

Následné zpracování dat Oxford Nanopore

Po použití produktů Oxford Nanopore jsou výstupem nezpracovaná data ve formátu FAST5. Formát FAST5 používaný společností Oxford Nanopore je variantou standardu HDF5 s hierarchickou vnitřní strukturou navrženou pro ukládání metadat a událostí souvisejících se sekvencí DNA (agregovaná měření celkového proudu) předem zpracovaných pracovním zařízením. Výsledky zpracování se zobrazují v reálném čase v grafickém rozhraní MinKNOW a data se zaznamenávají ve formátu souborů FASTQ nebo .fast5 [40] . Dále musíte provést rozpoznání nukleotidů ( anglicky  base calling ). Tento proces zpracuje nezpracovaná data formátu FAST5 do formátu FASTQ (v MinKNOW lze tento proces spustit během čtení čtení). Můžete také použít programy jako poreTools [41] , Guppy [42] [43] .

Dále musíte vyčistit přijaté sekvence, abyste se zbavili dat s příliš velkým šumem. K tomuto úkolu se používá např. program NanoFilt [44] [45] . Jakmile jsou data vyčištěna, mohou být výsledná data použita pro následný sběr dat a analýzu [43] .

Poznámky

  1. ↑ Niedringhaus Thomas P. , Milanova Denitsa , Kerby Matthew B. , Snyder Michael P. , Barron Annelise E. Landscape of Next-Generation Sequencing Technologies  //  Analytical Chemistry. - 2011. - 15. června ( roč. 83 , č. 12 ). - str. 4327-4341 . — ISSN 0003-2700 . - doi : 10.1021/ac2010857 .
  2. ↑ 1 2 3 4 5 6 Maitra RD , Kim J. , Dunbar WB Nedávné pokroky v sekvenování nanopórů.  (anglicky)  // Elektroforéza. - 2012. - prosinec ( roč. 33 , č. 23 ). - str. 3418-3428 . - doi : 10.1002/elps.201200272 . — PMID 23138639 .
  3. ↑ Greninger Alexander L. , Naccache Samia N. , Federman Scot , Yu Guixia , Mbala Placide , Bres Vanessa , Stryke Doug , Bouquet Jerome , Somasekar Sneha , Linnen Jeffrey M. , Dodd Roger , Mulembakani Brady , S. S. Tamfum Jean-Jacques , Stramer Susan L. , Chiu Charles Y. Rychlá metagenomická identifikace virových patogenů v klinických vzorcích pomocí analýzy sekvenování nanopórů v reálném čase  //  Genome Medicine. - 2015. - 29. září ( díl 7 , č. 1 ). - ISSN 1756-994X . - doi : 10.1186/s13073-015-0220-9 .
  4. ↑ Cao Minh Duc , Ganesamoorthy Devika , Elliott Alysha G. , Zhang Huihui , Cooper Matthew A. , Coin Lachlan JM Streamovací algoritmy pro identifikaci patogenů a potenciálu antibiotické rezistence ze sekvenování MinIONTM v reálném čase   // GigaScience . - 2016. - 26. července ( ročník 5 , č. 1 ). — ISSN 2047-217X . - doi : 10.1186/s13742-016-0137-2 .
  5. ↑ nanopore-wgs-consortium/NA12878 . — 2020-03-01. Archivováno z originálu 8. března 2021.
  6. ↑ Lidský genom na MinIONu  . Oxford Nanopore Technologies (20. října 2016). Získáno 12. března 2020. Archivováno z originálu dne 6. října 2020.
  7. ↑ Solanum pennellii (podle LA5240) - PlabiPD . www.plabipd.de. Získáno 12. března 2020. Archivováno z originálu dne 28. ledna 2020.
  8. ↑ Ammar Ron , Paton Tara A. , Torti Dax , Shlien Adam , Bader Gary D. Long read nanopore sekvenování pro detekci HLA a CYP2D6 variant a haplotypů   // F1000Research . - 2015. - 20. května ( díl 4 ). — Str. 17 . — ISSN 2046-1402 . - doi : 10.12688/f1000research.6037.2 .
  9. ↑ Nick Loman. Jak malý batoh pro rychlé genomické sekvenování pomáhá v boji proti ebole  . Konverze. Získáno 12. března 2020. Archivováno z originálu dne 22. února 2020.
  10. ↑ O. V. Krasilnikov . Proteinové kanály v lipidové dvojvrstvě. Abstrakt disertační práce pro titul doktor biologických věd: 03.00.02. Moskevská státní univerzita. M .: 1989, 30 s.
  11. ↑ K. G. Rodriguez, L. Yuldasheva. Nano-počítadlo pro "nano-ovečky" // Věda a život . - 2021. - č. 3 . - S. 68 .
  12. ↑ Charakterizace jednotlivých molekul polymeru na základě interakcí monomer-rozhraní  . Získáno 12. března 2020. Archivováno z originálu dne 4. září 2021.
  13. ↑ Kasianowicz JJ , Brandin E. , Branton D. , Deamer DW Charakterizace jednotlivých polynukleotidových molekul pomocí membránového kanálu  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1996. - 26. listopadu ( roč. 93 , č. 24 ). - S. 13770-13773 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.93.24.13770 .
  14. ↑ Akeson M. , Branton D. , Kasianowicz JJ , Brandin E. , Deamer DW Mikrosekundová diskriminace v časovém měřítku mezi polycytidylovou kyselinou, polyadenylovou kyselinou a polyuridylovou kyselinou jako homopolymery nebo jako segmenty v rámci jednotlivých molekul RNA.  (anglicky)  // Biophysical Journal. - 1999. - prosinec ( roč. 77 , č. 6 ). - str. 3227-3233 . - doi : 10.1016/S0006-3495(99)77153-5 . — PMID 10585944 .
  15. ↑ Meller A. , ​​Nivon L. , Brandin E. , Golovchenko J. , Branton D. Rychlá nanopórová diskriminace mezi jednotlivými polynukleotidovými molekulami.  (anglicky)  // Proceedings Of The National Academy of Sciences Of The United States Of America. - 2000. - 1. února ( roč. 97 , č. 3 ). - S. 1079-1084 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1079 . — PMID 10655487 .
  16. ↑ Howorka Stefan , Cheley Stephen , Bayley Hagan. Sekvenčně specifická detekce jednotlivých řetězců DNA pomocí umělých nanopórů  //  Nature Biotechnology. - 2001. - Červenec ( roč. 19 , č. 7 ). - S. 636-639 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/90236 .
  17. ↑ Stoddart D. , Heron AJ , Mikhailova E. , Maglia G. , Bayley H. Jednonukleotidová diskriminace v imobilizovaných DNA oligonukleotidech s biologickým nanopórem  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2009. - 20. dubna ( roč. 106 , č. 19 ). - S. 7702-7707 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0901054106 .
  18. ↑ Oxford Nanopore představuje „sekvenování řetězců“ DNA na vysoce výkonné platformě GridION a představuje MinION, sekvencer velikosti USB flash  disku . Oxford Nanopore Technologies (17. února 2012). Získáno 12. března 2020. Archivováno z originálu dne 19. ledna 2021.
  19. ↑ 1 2 Ejzenštejn Michael. Oznámení Oxford Nanopore rozvíří sektor sekvenování  //  Nature Biotechnology. - 2012. - Duben ( roč. 30 , č. 4 ). - str. 295-296 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt0412-295 .
  20. ↑ Stephanie J. Heerema, Cees Dekker. Grafenová nanozařízení pro sekvenování DNA  //  Nature Nanotechnology. — 2016-02. — Sv. 11 , iss. 2 . — S. 127–136 . — ISSN 1748-3395 1748-3387, 1748-3395 . - doi : 10.1038/nnano.2015.307 . Archivováno 17. listopadu 2020.
  21. ↑ 1 2 3 4 5 6 Wanunu Meni. Nanopóry: Cesta k sekvenování DNA  //  Recenze Physics of Life. - 2012. - Červen ( roč. 9 , č. 2 ). - S. 125-158 . — ISSN 1571-0645 . - doi : 10.1016/j.plrev.2012.05.010 .
  22. ↑ Nakane Jonathan J , Akeson Mark , Marziali Andre. Nanopore senzory pro analýzu nukleových kyselin  (anglicky)  // Journal of Physics: Condensed Matter. - 2003. - 1. srpna ( roč. 15 , č. 32 ). - P.R1365-R1393 . — ISSN 0953-8984 . - doi : 10.1088/0953-8984/15/32/203 .
  23. ↑ Stoddart David , Maglia Giovanni , Mikhailova Ellina , Heron Andrew J. , Bayley Hagan. Více míst pro rozpoznávání bází v biologickém nanopóru: Dvě hlavy jsou lepší než jedna  //  Angewandte Chemie International Edition. - 2009. - 11. prosince ( roč. 49 , č. 3 ). - str. 556-559 . — ISSN 1433-7851 . - doi : 10.1002/anie.200905483 .
  24. ↑ Manrao Elizabeth A. , Derrington Ian M. , Pavlenok Michail , Niederweis Michael , Gundlach Jens H. Nukleotidová diskriminace s DNA imobilizovanou v MspA Nanopore  //  PLoS ONE. - 2011. - 4. října ( ročník 6 , č. 10 ). — P. e25723 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0025723 .
  25. ↑ Butler TZ , Pavlenok M. , Derrington IM , Niederweis M. , Gundlach JH Jednomolekulární detekce DNA s upraveným nanopórem proteinu MspA  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - 19. prosince ( roč. 105 , č. 52 ). - S. 20647-20652 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0807514106 .
  26. ↑ Wendell David , Jing Peng , Geng Jia , Subramaniam Varuni , Lee Tae Jin , Montemagno Carlo , Guo Peixuan. Translokace dvouvláknové DNA prostřednictvím membránově adaptovaných nanopórů motorického proteinu phi29   // Nature Nanotechnology . - 2009. - 27. září ( díl 4 , č. 11 ). - str. 765-772 . — ISSN 1748-3387 . - doi : 10.1038/nnano.2009.259 .
  27. ↑ 1 2 3 4 5 Guo Bing-Yuan , Zeng Tao , Wu Hai-Chen. Nedávné pokroky v sekvenování DNA pomocí technologií založených na nanopórech  //  Science Bulletin. - 2015. - únor ( roč. 60 , č. 3 ). - str. 287-295 . — ISSN 2095-9273 . - doi : 10.1007/s11434-014-0707-6 .
  28. ↑ 1 2 3 4 5 6 Typy  nanopórů . Oxford Nanopore Technologies. Získáno 12. března 2020. Archivováno z originálu dne 21. ledna 2020.
  29. ↑ 1 2 McNally Ben , zpěvák Alon , Yu Zhiliang , Sun Yingjie , Weng Zhiping , Meller Amit. Optické rozpoznávání přeměněných nukleotidů DNA pro jednomolekulární sekvenování DNA pomocí nanopórových polí  //  Nano Letters. - 2010. - 9. června ( roč. 10 , č. 6 ). - str. 2237-2244 . — ISSN 1530-6984 . - doi : 10.1021/nl1012147 .
  30. ↑ Soni Gautam V. , zpěvák Alon , Yu Zhiliang , Sun Yingjie , McNally Ben , Meller Amit. Synchronní optická a elektrická detekce biomolekul procházejících nanopóry v pevné fázi  //  Review of Scientific Instruments. - 2010. - Leden ( roč. 81 , č. 1 ). — S. 014301 . — ISSN 0034-6748 . - doi : 10.1063/1.3277116 .
  31. ↑ Liu Zewen , Wang Yifan , Deng Tao , Chen Qi. Solid-State Nanopore-Based DNA Sequencing Technology  (anglicky)  // Journal of Nanomaterials. - 2016. - Sv. 2016 . - str. 1-13 . — ISSN 1687-4110 . - doi : 10.1155/2016/5284786 .
  32. ↑ Zewen Liu, Yifan Wang, Tao Deng, Qi Chen. Solid-State Nanopore-Based DNA Sequencing Technology  (anglicky)  // Journal of Nanomaterials. - 2016. - Sv. 2016 . — S. 1–13 . — ISSN 1687-4129 1687-4110, 1687-4129 . - doi : 10.1155/2016/5284786 . Archivováno z originálu 2. dubna 2019.
  33. ↑ Produkty  _ _ Oxford Nanopore Technologies. Staženo 14. května 2020. Archivováno z originálu dne 13. května 2020.
  34. ↑ MinION  . _ Oxford Nanopore Technologies. Staženo 13. dubna 2020. Archivováno z originálu dne 14. dubna 2020.
  35. ↑ Adaptér Flongle  . Oxford Nanopore Technologies. Staženo 13. dubna 2020. Archivováno z originálu dne 13. května 2020.
  36. ↑ GridION  Mk1 . Oxford Nanopore Technologies. Staženo 13. dubna 2020. Archivováno z originálu dne 13. května 2020.
  37. ↑ 1 2 PromethION  . _ Oxford Nanopore Technologies. Staženo 13. dubna 2020. Archivováno z originálu dne 13. května 2020.
  38. ↑ Arne De Roeck, Wouter De Coster, Liene Bossaerts, Rita Cacace, Tim De Pooter. NanoSatellite: přesná charakterizace délky a sekvence rozšířené tandemové repetice prostřednictvím dlouhého čtení celého genomu na PromethION  //  Genome Biology. — 2019-12. — Sv. 20 , iss. 1 . — S. 239 . — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-019-1856-3 . Archivováno 4. května 2020.
  39. ↑ Produkty  _ _ Oxford Nanopore Technologies. Staženo 13. dubna 2020. Archivováno z originálu 8. dubna 2020.
  40. ↑ Camilla LC Ip, Matthew Loose, John R. Tyson, Mariateresa de Cesare, Bonnie L. Brown. Analytické a referenční konsorcium MinION: Vydání a analýza dat fáze 1  (anglicky)  // F1000Research. — 2015-10-15. — Sv. 4 . — S. 1075 . — ISSN 2046-1402 . - doi : 10.12688/f1000research.7201.1 . Archivováno z originálu 14. února 2020.
  41. ↑ arq5x/  poretools . GitHub. Staženo 14. května 2020. Archivováno z originálu dne 19. září 2020.
  42. ↑ nanoporetech/pyguppyclient . — 07.05.2020. Archivováno z originálu 28. prosince 2020.
  43. ↑ 1 2 Goldstein Sarah , Beka Lidia , Graf Joerg , Klassen Jonathan L. Hodnocení strategií pro sestavení různorodých bakteriálních genomů pomocí MinION long-read sekvenování  //  BMC Genomics. - 2019. - 9. ledna ( roč. 20 , č. 1 ). — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/s12864-018-5381-7 .
  44. ↑ Wouter De Coster. NanoFilt: Filtrování a ořezávání dat Oxford Nanopore Sequencing . Archivováno 14. října 2020.
  45. ↑ Stein Maria , Brinks Erik , Rathje Jana , Cho Gyu-Sung , Franz Charles MAP Kompletní genomová sekvence Serratia liquefaciens S1 odolná vůči tetracyklinu, izolovaná ze smíšených zelených, získaná pomocí Illumina MiSeq a Oxford Nanopore MinION Sequencing  //  Oznámení o mikrobiologii Zdroj - 2020. - 7. května ( díl 9 , č. 19 ). — ISSN 2576-098X . - doi : 10.1128/MRA.00156-20 .

Literatura

  • Kovaka, S., Fan, Y., Ni, B. et al. Cílené sekvenování nanopórů mapováním surového elektrického signálu v reálném čase pomocí UNCALLED. Nat Biotechnol (2020). https://doi.org/10.1038/s41587-020-0731-9

Program ( https://github.com/skovaka/UNCALLED )

  Přejděte na položku Wikidata  Slovníky a encyklopedie