Stanovení konformace chromozomů

Chromosom conformation capture ,  často zkráceně 3C ( chromosome conformation capture , 3C ) [1]  je souborem molekulárně biologických metod používaných ke studiu prostorové organizace chromatinu v buněčném jádře . Používají se ke kvantifikaci interakcí mezi genomickými lokusy umístěnými vedle sebe v trojrozměrném prostoru [2] .

Takové interakce mohou vznikat jako důsledek biologických funkcí, například mezi promotorem a enhancerem , nebo jako výsledek náhodného zacyklení polymeru , kdy fyzikální pohyb chromatinu způsobí „kolizi“ lokusů [3] . Současně mohou být regulační prvky umístěny ve vzdálenosti několika milionů párů bází od genů, které řídí [4] . Navzdory skutečnosti, že oblast kontroly lokusu je umístěna ve vzdálenosti několika desítek kilobází od genů, komplexní konformace oblasti DNA mezi nimi jim umožňuje přímou interakci, a tím kontrolu genové exprese [5 ] .

Interakční frekvence lze analyzovat přímo [6] nebo převést na vzdálenosti a použít k rekonstrukci trojrozměrných struktur [7] .

Hlavní rozdíly mezi metodami založenými na 3C jsou jejich možnosti a rozsah [8] . Hluboké sekvenování materiálu odvozeného z 3C také umožňuje mapování interakcí v celém genomu.

Historie

Historicky byla mikroskopie hlavní metodou pro studium jaderné organizace [9] .

V roce 1984 vyvinul John T. Lees metodu imunoprecipitace chromatinu , jejíž principy se používají v řadě 3C metod. V roce 2002 Job Dekker navrhl myšlenku použití matice frekvenční hustoty interakcí mezi lokusy k určení prostorové organizace genomů. Tato myšlenka byla základem pro vývoj metody 3C, o které první článek publikovali v roce 2002 Job Dekker a profesorka Nancy Klöckner z Harvardské univerzity [10] [11] . V roce 2006 pak Marike Simonis vyvinula metodu 4C [12] a Josie Dosti vyvinula metodu 5C [13] . Dále vyvinuté metody jako ChIP-seq [14] , Hi-C [15] a ChIA-pet [16] .

Experimentální metody

Všechny metody fixace konformace chromozomů začínají podobným souborem manipulací v počáteční fázi, prováděných na vzorku buňky. Níže jsou uvedeny hlavní kroky klasické metody 3C.

1. Zpracování s formaldehydem [17] , který zesíťuje sousední genomické oblasti a proteiny v prostoru, čímž zmrazí interakce mezi lokusy. Nejčastěji se používá 1-3% formaldehyd k fixaci po dobu 10-30 minut při pokojové teplotě [18] . Reakční doba a koncentrace jsou omezené, protože nadměrné zesítění může interferovat s restrikcí v dalším kroku.
2. Fragmentace restrikčními endonukleázami ( restrikčními enzymy ). Konečné rozlišení je určeno velikostí fragmentů. K tomuto účelu se používají středně štěpící restriktázy, které rozpoznávají a štěpí 6 bp. Například EcoR1 nebo HindIII : štěpí genom jednou za 4000 bp. Při použití středně řezného restrikčního enzymu je tedy možné získat asi 1 milion různých fragmentů z lidského genomu [18] [19] .
3. Náhodná ligace , která se provádí při nízkých koncentracích DNA pomocí T4 DNA ligázy [20] . V důsledku toho se spojí konce těch úseků DNA, které byly zesíťovány formaldehydem. Nízké koncentrace poskytují ligační specificitu (pouze mezi zesíťovanými interagujícími fragmenty). Následně jsou interagující lokusy kvantifikovány amplifikací ligovaných fragmentů pomocí PCR [18] [20] .
4. Vytvoření párové 3C knihovny . Tepelné zpracování vede k rozbití vazeb a tvorbě lineárních chimérických fragmentů DNA. V důsledku toho bude vytvořena knihovna interagujících fragmentů DNA (3C-knihovna) [21] .
5. Real-time PCR umožňuje vyhodnotit pravděpodobnost interakce mezi dvěma specifickými oblastmi genomu. Primeryvybránytakovým způsobem, že každý primer je komplementární ke svému odpovídajícímu lokusu. V případě interakce se oba primery anelují a fragment se amplifikuje [8] .

Základní metody

Ke kvantifikaci interakce mezi vybraným párem genomových lokusů je vyžadováno zachycení konformace chromozomů ( 3C ) .  Například 3C lze použít k prozkoumání potenciálních interakcí promotor-zesilovač. Ligované fragmenty jsou detekovány pomocí PCR pomocí primerů ke známým sekvencím [10] [2] .

Metoda zachycení uzavřené konformace chromozomů ( anglicky circlerized  chromosom conformation capture , 4С ) pokrývá interakce mezi jedním vybraným lokusem a dalšími genomovými lokusy. Slouží k nalezení oblasti genomu, která interaguje s danou sekvencí DNA [22] a je kombinací standardní metody 3C s invertovanou PCR .

První 4 kroky se shodují s kroky metody fixace konformace chromozomů. Dále se postupně provádí fragmentace výsledné knihovny 3C restrikčními enzymy; ligací za účelem cyklizace fragmentů DNA, což vede ke knihovně „kruhové“ chimérické DNA (knihovna 4C) [23] . Invertovaná PCR umožňuje amplifikaci neznámé sekvence pomocí k ní ligované známé sekvence [12] . Analýza knihovny 4C se provádí pomocí DNA mikročipů .

Na rozdíl od 3C a 5C metody 4C nevyžadují předchozí znalost nukleotidových sekvencí obou interagujících chromozomálních oblastí [8] . Výsledky získané s 4C jsou vysoce reprodukovatelné pro většinu interakcí mezi proximálními oblastmi. Na jednom mikročipu lze analyzovat asi milion interakcí [1] .

5C detekuje interakce mezi všemi fragmenty v dané oblasti a velikost této oblasti obvykle nepřesahuje megabázi. Umožňuje vyhledávat oblasti DNA, které interagují s několika vybranými oblastmi genomu a je kombinací metody 3C a multiplexní PCR [13] .

První 4 kroky se shodují s kroky metody fixace konformace chromozomů. Dále jsou adaptéry postupně ligovány ke všem fragmentům pomocí Taq ligázy; analýza knihovny 5C se provádí pomocí DNA microarrays a sekvenování [21] . 5C je užitečný pro studium komplexních interakcí, má však relativně nízké pokrytí. Metoda není vhodná pro studium komplexních interakcí v celém genomu, protože by to vyžadovalo miliony 5C primerů [8] .

Metoda Hi-C obsahuje další kroky zaměřené na obohacení výsledné knihovny o fragmenty nesoucí informaci o kontaktech DNA v buňce, tedy o chimérické fragmenty. Po restrikci se provede biotinylace konců DNA, poté ligace a poté se z konců molekul DNA odstraní biotinylované nukleotidy. Výsledkem je, že biotin obsahuje pouze ty fragmenty DNA, které prošly všemi předchozími reakcemi. Potom se takové molekuly oddělí od těch, které statisticky nevstoupily do jedné z reakcí, pomocí specifické vazby biotinu streptavidinem.. Po přípravě knihovny výsledných fragmentůk určení nukleotidové sekvence chimérických fragmentůvysoce výkonné sekvenování[15]. Sekvence, které tvoří tyto molekuly, jsou nezávisle mapovány na genom, což umožňuje určit, které části genomu se vyskytují, a podle toho, které části genomu v buňce interagovaly. Jsou tak kontrolovány všechny možné párové interakce mezi oblastmi genomu[24].

Vědci se snaží stanovit limity použitelnosti Hi-C metody na příkladu studie o screeningu primárních mozkových nádorů [25] . Před screeningem rakoviny se Hi-C používal hlavně pro práci na buněčných liniích [26] .

Speciální metody

Specifické metody zahrnují metody založené na zachycení sekvence, metody založené na jedné buňce a metody založené na imunoprecipitaci. Jednobuněčný Hi-C lze například použít ke studiu interakcí v jednotlivých buňkách [24] .

Metody založené na zachycení sekvencí využívají fixaci oligonukleotidů k ​​obohacení knihoven požadovaných lokusů 3C a Hi-C [27] . Patří sem: Capture-C [28] , NG Capture-C [29] , Capture-3C [30] a Capture Hi-C [31] . Tyto metody dosahují vyššího rozlišení a citlivosti než metody založené na 4C [8] .

Metody založené na imunoprecipitaci umožňují izolovat lokusy, které interagují pomocí specifických proteinů, jako jsou transkripční faktory nebo izolátorové proteiny [32] . Mezi nimi jsou takové metody jako ChIP-loop a ChIA-PET. ChIP-loop kombinuje 3C s ChIP-seq k detekci interakce mezi dvěma zájmovými lokusy zprostředkované zájmovým proteinem [33] . ChIA-PET kombinuje Hi-C a ChIP-seq k detekci všech interakcí zprostředkovaných proteinem zájmu [16] [2] .

Biologický význam

Metody 3C přispěly k velkému množství důležitých biologických objevů, včetně nových údajů o strukturních rysech chromozomů, klasifikaci chromatinových smyček a také pomohly prohloubit znalosti o mechanismech regulace transkripce (jejíž porušení může vést k řadě onemocnění ) [9] .

Metody zachycení konformace chromozomů prokázaly důležitost prostorové blízkosti genových regulačních prvků. Například v tkáních exprimujících globinové geny tvoří kontrolní oblast lokusu β-globinu smyčku spolu s těmito geny. Současně smyčka chybí ve tkáních, kde tento gen není exprimován [34] .

Fixace konformace chromozomů umožnila detekovat velkou úroveň jejich organizace, tzv. TAD ( topologically related domains ), které korelují se změnami epigenetických markerů. Některé TAD nevykazují transkripční aktivitu, zatímco aktivita jiných je potlačena [35] . Velké množství TADs bylo nalezeno u D. melanogaster , myší a lidí [36] . Transkripční faktor CTCF a proteinový komplex kohesin hrají hlavní roli při určování interakcí mezi TAD, enhancery a promotory . Výsledky experimentů 3C ukazují na důležitost orientace tváří v tvář vazebných motivů CTCF a smyčky zesilovač-promotor. To je nezbytné pro správné umístění zesilovače vzhledem k jeho cíli [37] .

Lidské nemoci

Existuje řada onemocnění způsobených defekty v interakci promotor-enhancer [38] . Patří mezi ně takové onemocnění krve, jako je beta-talasémie , ke které dochází v důsledku delece enhancerového prvku LKO [39] [40] . Mutace v zesilovači SBE2, který naopak zeslabuje expresi genu SHH [41] , vede k rozvoji holoprosencefalie . Zároveň je narušena tvorba telencephalonu, rozděleného na hemisféry. Dalším příkladem onemocnění spojeného se změněnou expresí SHH je polydaktylie typu 2 PPD2 (trifalangeální palec). Vzniká mutací regulačního prvku ZRS, která ovlivňuje zvýšenou produkci SHH [42] . Porucha interakcí mezi promotorem a enhancerem ovlivňuje nejen malformace, ale může způsobit i onkologická onemocnění. Adenokarcinom plic se tedy může vyvinout v důsledku duplikace enhancerového prvku genu MYC [43] . Akutní lymfoblastická leukémie T-buněk může být způsobena objevením se nového enhanceru v důsledku mutace v intronové sekvenci [44] .

Analýza dat

Data vyplývající z různých 3C experimentů se vyznačují odlišnou strukturou a statistickými vlastnostmi. Pro zpracování každého typu experimentu tedy existuje softwarový balík [27] .

Hi-C data se často používají při analýze úrovní organizace chromatinu v celém genomu. V důsledku zpracování existujícími algoritmy se rozlišují TAD, což jsou rozšířené lineární oblasti genomu, které jsou prostorově příbuzné [45] [35] [6] .

Hi-C a jeho deriváty se neustále zdokonalují. Fit-Hi-C [3]  je metoda založená na principu diskrétního binningu dat. Jeho modifikace jsou možné s přihlédnutím k interakční vzdálenosti (zpřesnění počátečního splajnu nebo spline-1) a zpřesnění nulového modelu (spline-2). Výsledkem Fit-Hi-C je seznam párových intrachromozomálních interakcí s odpovídajícími hodnotami p a q [46] .

3D organizaci genomu lze stanovit pomocí spektrálního rozkladu kontaktní matrice. Každému vlastnímu vektoru odpovídá množina lokusů se společnými strukturními vlastnostmi (tyto lokusy nemusí být uspořádány lineárně za sebou) [47] .

Jedním z matoucích faktorů pro technologii 3C jsou časté nespecifické interakce mezi lokusy vyplývající z náhodného chování polymeru. Specifičnost interakce mezi dvěma lokusy musí být nutně potvrzena na příslušné hladině statistické významnosti [3] .

Normalizace mapy kontaktů Hi-C

Existují dva hlavní způsoby, jak normalizovat nezpracovaná data kontaktní teplotní mapy Hi-C. Prvním je předpoklad stejné dostupnosti, což znamená, že každá pozice na chromozomu má stejnou šanci zúčastnit se interakce. V souladu s tím musí být skutečným signálem mapy kontaktů Hi-C vyvážená matice (vyvážená matice je taková, pro kterou jsou součty hodnot v řádcích a sloupcích stejné). Příkladem takového algoritmu je Sinhorn-Knoppův algoritmus , který redukuje předběžnou kontaktní mapu na vyváženou matici [48] .

Jiná metoda používá předpoklad, že s každou polohou chromozomu je spojeno určité zkreslení. Hodnota kontaktní mapy pro každou souřadnici se bude rovnat skutečnému signálu pro tuto pozici vynásobenému offsety pro dvě sousední polohy. Algoritmy, které používají zkreslený model, zahrnují algoritmus iterativní korekce. Během jeho provádění je z primární kontaktní mapy iterativně eliminováno vychýlení řádků a sloupců [47] .

Analýza motivů DNA

Motivy DNA  jsou specifické krátké sekvence, často dlouhé 8–20 nukleotidů [49] , které jsou statisticky nadměrně zastoupeny v souboru sekvencí se společnou biologickou funkcí. V tuto chvíli ještě nejsou dostatečně prozkoumány regulační motivy dálkových interakcí chromatinu [50] .

Analýza genomů rakoviny

Techniky založené na metodách 3C mohou vrhnout světlo na chromozomální přestavby v genomech rakoviny [25] . Navíc jsou schopny ukázat změny v prostorové blízkosti regulačních prvků a jejich cílových genů, což umožňuje hlubší pochopení strukturní a funkční organizace genomu jako celku [51] .

Viz také

• ATAC seq

Poznámky

1. ↑ 1 2 de Wit E. , de Laat W. Dekáda technologií 3C: pohledy do jaderné organizace  //  Genes & Development. - 2012. - 1. ledna ( roč. 26 , č. 1 ). - str. 11-24 . — ISSN 0890-9369 . - doi : 10.1101/gad.179804.111 .
2. ↑ 1 2 3 Hakim Ofir , Misteli Tom. SnapShot: Zachycení konformace chromozomu   // Buňka . - 2012. - březen ( roč. 148 , č. 5 ). - S. 1068-1068.e2 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2012.02.019 .
3. ↑ 1 2 3 Ay F. , Bailey TL , Noble WS Statistický odhad spolehlivosti pro data Hi-C odhaluje kontakty regulačního chromatinu  //  Genome Research. - 2014. - 5. února ( roč. 24 , č. 6 ). - S. 999-1011 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.160374.113 .
4. ↑ Dekker Job. Tři „C“ zachycení konformace chromozomů: kontroly, kontroly, kontroly  //  Metody přírody. - 2005. - 20. prosince ( roč. 3 , č. 1 ). - str. 17-21 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth823 .
5. ↑ Dekker Job. Bližší pohled na chromozomální interakce s dlouhým dosahem  //  Trends in Biochemical Sciences. - 2003. - Červen ( roč. 28 , č. 6 ). - str. 277-280 . — ISSN 0968-0004 . - doi : 10.1016/S0968-0004(03)00089-6 .
6. ↑ 1 2 Rao Suhas SP , Huntley Miriam H. , Durand Neva C. , Stamenova Elena K. , Bochkov Ivan D. , Robinson James T. , Sanborn Adrian L. , Machol Ido , Omer Arina D. , Lander Eric S. , Aiden Erez Lieberman. 3D mapa lidského genomu v rozlišení kilobází odhaluje principy chromatinové smyčky   // Cell . - 2014. - prosinec ( roč. 159 , č. 7 ). - S. 1665-1680 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2014.11.021 .
7. ↑ Varoqaux N. , Ay F. , Noble W.S. , Vert J.-P. Statistický přístup pro odvození 3D struktury genomu   // Bioinformatika . - 2014. - 15. června ( roč. 30 , č. 12 ). - str. i26-i33 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btu268 .
8. ↑ 1 2 3 4 5 Davies James OJ , Oudelaar A Marieke , Higgs Douglas R , Hughes Jim R. Jak nejlépe identifikovat chromozomální interakce: srovnání přístupů  //  Nature Methods. - 2017. - únor ( roč. 14 , č. 2 ). - str. 125-134 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.4146 .
9. ↑ 1 2 Denker Annette , de Laat Wouter. Druhá dekáda technologií 3C: podrobné vhledy do jaderné organizace  //  Genes & Development. - 2016. - 15. června ( roč. 30 , č. 12 ). - S. 1357-1382 . — ISSN 0890-9369 . - doi : 10.1101/gad.281964.116 .
10. ↑ 1 2 Dekker J. Zachycení konformace chromozomů   // Věda . - 2002. - 15. února ( roč. 295 , č. 5558 ). - S. 1306-1311 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1067799 .
11. ↑ Osborne CS , Ewels PA , Young ANC Seznamte se se sousedy: nástroje k pitvě jaderné struktury a funkce  //  Briefings in Functional Genomics. - 2011. - 1. ledna ( roč. 10 , č. 1 ). - str. 11-17 . — ISSN 2041-2649 . - doi : 10.1093/bfgp/elq034 .
12. ↑ 1 2 Simonis Marieke , Klous Petra , Splinter Erik , Moshkin Yuri , Willemsen Rob , de Wit Elzo , van Steensel Bas , de Laat Wouter. Nukleární organizace aktivních a neaktivních chromatinových domén odkrytých zachycením konformace chromozomů na čipu (4C  )  // Nature Genetics. - 2006. - 8. října ( roč. 38 , č. 11 ). - S. 1348-1354 . — ISSN 1061-4036 . doi : 10.1038 / ng1896 .
13. ↑ 1 2 Dostie J. , Richmond TA , Arnaout RA , Selzer RR , Lee WL , Honan TA , Rubio ED , Krumm A. , Lamb J. , Nusbaum C. , Green RD , Dekker J. Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5 ): Masivně paralelní řešení pro mapování interakcí mezi genomickými prvky  (anglicky)  // Genome Research. - 2006. - 1. října ( roč. 16 , č. 10 ). - S. 1299-1309 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.5571506 .
14. ↑ Albert Istvan , Mavrich Travis N. , Tomsho Lynn P. , Qi Ji , Zanton Sara J. , Schuster Stephan C. , Pugh B. Franklin. Translační a rotační nastavení nukleozomů H2A.Z napříč genomem Saccharomyces cerevisiae   // Příroda . - 2007. - březen ( roč. 446 , č. 7135 ). - str. 572-576 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature05632 .
15. ↑ 1 2 Lieberman-Aiden E. , van Berkum NL , Williams L. , Imakaev M. , Ragoczy T. , Telling A. , Amit I. , Lajoie BR , Sabo PJ , Dorschner MO , Sandstrom R. , Bernstein B. , Bender MA , Groudine M. , Gnirke A. , Stamatoyannopoulos J. , Mirny LA , Lander ES , Dekker J. Komplexní mapování interakcí na velké vzdálenosti odhaluje skládací principy lidského genomu   // Věda . - 2009. - 8. října ( roč. 326 , č. 5950 ). - str. 289-293 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1181369 .
16. ↑ 1 2 Fullwood Melissa J. , Liu Mei Hui , Pan You Fu , Liu Jun , Xu Han , Mohamed Yusoff Bin , Orlov Yuriy L. , Velkov Stoyan , Ho Andrea , Mei Poh Huay , Chew Elaine GY , Huang Phillips Yao Hui , Welboren Willem-Jan , Han Yuyuan , Ooi Hong Sain , Ariyaratne Pramila N. , Vega Vinsensius B. , Luo Yanquan , Tan Peck Yean , Choy Pei Ye , Wansa KD Senali Abayratna , Zhao Bing , Lim Kar Chi Sian , Yow Jit Sin , Joseph Roy , Li Haixia , Desai Kartiki V. , Thomsen Jane S. , Lee Yew Kok , Karuturi R. Krishna Murthy , Herve Thoreau , Bourque Guillaume , Stunnenberg Hendrik G. , Ruan Xiaoan , Cacheux Valering - Ratabou -Kin , Liu Edison T. , Wei Chia-Lin , Cheung Edwin , Ruan Yijun. Lidský chromatinový interaktom vázaný na estrogen-receptor-α  (anglicky)  // Nature. - 2009. - Listopad ( roč. 462 , č. 7269 ). - str. 58-64 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08497 .
17. ↑ Gavrilov Alexey , Eivazova Elvira , Pirozhkova Iryna , Lipinski Marc , Razin Sergey , Vassetzky Yegor. Zachycení konformace chromozomu (od 3C do 5C) a jeho modifikace na bázi ChIP  //  Chromatin Immunoprecipitation Assays. - 2009. - S. 171-188 . — ISBN 9781603274135 . — ISSN 1064-3745 . - doi : 10.1007/978-1-60327-414-2_12 .
18. ↑ 1 2 3 Naumova Natalia , Smith Emily M. , Zhan Ye , Dekker Job. Analýza chromatinových interakcí s dlouhým dosahem pomocí zachycování konformace chromozomů   // Metody . - 2012. - Listopad ( roč. 58 , č. 3 ). - S. 192-203 . — ISSN 1046-2023 . - doi : 10.1016/j.ymeth.2012.07.022 .
19. ↑ Belton Jon-Matthew , Dekker Job. Zachycení konformace chromozomů (3C ) v Puding Yeast   // Cold Spring Harbor Protocols. - 2015. - Červen ( roč. 2015 , č. 6 ). — P.pdb.prot085175 . — ISSN 1940-3402 . - doi : 10.1101/pdb.prot085175 .
20. ↑ 1 2 Gavrilov Alexey A. , Golov Arkadiy K. , Razin Sergey V. Aktuální frekvence ligace v postupu zachycení konformace chromozomů  (anglicky)  // PLoS ONE. - 2013. - 26. března ( roč. 8 , č. 3 ). — P.e60403 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0060403 .
21. ↑ 1 2 Stadhouders Ralph , Kolovos Petros , Brouwer Rutger , Zuin Jessica , van den Heuvel Anita , Kockx Christel , Palstra Robert-Jan , Wendt Kerstin S , Grosveld Frank , van Ijcken Wilfred , Soler Eric. Multiplexní sekvenování zachycení konformace chromozomů pro rychlou detekci interakcí chromatinu s dlouhým dosahem ve vysokém rozlišení v genomu  //  Nature Protocols. - 2013. - 14. února ( roč. 8 , č. 3 ). - str. 509-524 . — ISSN 1754-2189 . - doi : 10.1038/nprot.2013.018 .
22. ↑ Zhao Zhihu , Tavoosidana Gholamreza , Sjölinder Mikael , Göndör Anita , Mariano Piero , Wang Sha , Kanduri Chandrasekhar , Lezcano Magda , Singh Sandhu Kuljeet , Singh Umashankar , Singh Umashankar , Tiwari Vinasulf Kurija , Tiwari Vinakulf , Kuruti Zachycení konformace cirkulárních chromozomů (4C) odhaluje rozsáhlé sítě epigeneticky regulovaných intra- a interchromozomálních interakcí  //  Nature Genetics. - 2006. - 8. října ( roč. 38 , č. 11 ). - S. 1341-1347 . — ISSN 1061-4036 . doi : 10.1038 / ng1891 .
23. ↑ van de Werken Harmen JG , Landan Gilad , Holwerda Sjoerd JB , Hoichman Michael , Klous Petra , Chachik Ran , Splinter Erik , Valdes-Quezada Christian , Öz Yuva , Bouwman Britta AM , Verstegen Marjon JAM , de Wit Amos Elzo Laat Wouter. Robustní analýza dat 4C-seq pro screening regulačních interakcí DNA  //  Nature Methods. - 2012. - 9. září ( roč. 9 , č. 10 ). - S. 969-972 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.2173 .
24. ↑ 1 2 Nagano Takashi , Lubling Yaniv , Stevens Tim J. , Schoenfelder Stefan , Yaffe Eitan , Dean Wendy , Laue Ernest D. , Tanay Amos , Fraser Peter. Jednobuněčný Hi-C odhaluje mezibuněčnou variabilitu ve struktuře chromozomů   // Nature . - 2013. - 25. září ( roč. 502 , č. 7469 ). - str. 59-64 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/příroda12593 .
25. ↑ 1 2 Harewood Louise , Kishore Kamal , Eldridge Matthew D. , Wingett Steven , Pearson Danita , Schoenfelder Stefan , Collins V. Peter , Fraser Peter. Hi-C jako nástroj pro přesnou detekci a charakterizaci chromozomálních přestaveb a variací počtu kopií v lidských nádorech  //  Genome Biology. - 2017. - 27. června ( roč. 18 , č. 1 ). — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-017-1253-8 .
26. ↑ Burton Joshua N , Adey Andrew , Patwardhan Rupali P , Qiu Ruolan , Kitzman Jacob O , Shendure Jay. Scaffolding de novo genomových sestav založených na interakcích chromatinu  //  Nature Biotechnology. - 2013. - 3. listopadu ( roč. 31 , č. 12 ). - S. 1119-1125 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.2727 .
27. ↑ 1 2 Schmitt Anthony D. , Hu Ming , Ren Bing. Celogenomové mapování a analýza architektury chromozomů  //  Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2016. - 1. září ( roč. 17 , č. 12 ). - str. 743-755 . — ISSN 1471-0072 . - doi : 10.1038/nrm.2016.104 .
28. ↑ Hughes Jim R , Roberts Nigel , McGowan Simon , Hay Deborah , Giannoulatou Eleni , Lynch Magnus , De Gobbi Marco , Taylor Stephen , Gibbons Richard , Higgs Douglas R. Analýza stovek cis-regulačních krajin ve vysokém rozlišení v jediném, vysokém -throughput experiment  (anglicky)  // Nature Genetics. - 2014. - 12. ledna ( roč. 46 , č. 2 ). - S. 205-212 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.2871 .
29. ↑ Davies James OJ , Telenius Jelena M , McGowan Simon J , Roberts Nigel A , Taylor Stephen , Higgs Douglas R , Hughes Jim R. Multiplexní analýza konformace chromozomů při výrazně zlepšené citlivosti  //  Nature Methods. - 2015. - 23. listopadu ( roč. 13 , č. 1 ). - S. 74-80 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.3664 .
30. ↑ GIANT Consortium. Šest nových lokusů spojených s indexem tělesné hmotnosti zdůrazňuje neuronální vliv na regulaci tělesné hmotnosti  //  Nature Genetics. - 2008. - 14. prosince ( roč. 41 , č. 1 ). - str. 25-34 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.287 .
31. ↑ Jäger Roland , Migliorini Gabriele , Henrion Marc , Kandaswamy Radhika , Speedy Helen E. , Heindl Andreas , Whiffin Nicola , Carnicer Maria J. , Broome Laura , Dryden Nicola , Nagano Yuushi , Schoenfelder Stefan , Jusan Taipiny Martin , Fraser Peter , Fletcher Olivia , Houlston Richard S. Capture Hi-C identifikuje chromatinový interaktom rizikových lokusů kolorektálního karcinomu  //  Nature Communications. - 2015. - 19. února ( roč. 6 , č. 1 ). — ISSN 2041-1723 . - doi : 10.1038/ncomms7178 .
32. ↑ Tiwari VK , Baylin SB Kombinovaný test 3C-ChIP-klonování (6C): Nástroj k odhalení proteinem zprostředkované genomové architektury  //  Cold Spring Harbor Protocols. - 2009. - 1. března ( roč. 2009 , č. 3 ). —P.pdb.prot5168 — pdb.prot5168 . — ISSN 1559-6095 . - doi : 10.1101/pdb.prot5168 .
33. ↑ Horike Shin-ichi , Cai Shutao , Miyano Masaru , Cheng Jan-Fang , Kohwi-Shigematsu Terumi. Ztráta tiché chromatinové smyčky a zhoršený otisk DLX5 u Rettova syndromu  //  Nature Genetics. - 2004. - 19. prosince ( roč. 37 , č. 1 ). - str. 31-40 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng1491 .
34. ↑ Tolhuis Bas , Palstra Robert-Jan , Splinter Erik , Grosveld Frank , de Laat Wouter. Smyčka a interakce mezi hypersenzitivními místy v aktivním β-globinovém lokusu  //  Molekulární buňka. - 2002. - prosinec ( roč. 10 , č. 6 ). - S. 1453-1465 . — ISSN 1097-2765 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00781-5 .
35. ↑ 1 2 Cavalli Giacomo , Misteli Tom. Funkční implikace topologie genomu  //  Strukturální a molekulární biologie přírody. - 2013. - březen ( roč. 20 , č. 3 ). - S. 290-299 . — ISSN 1545-9993 . - doi : 10.1038/nsmb.2474 .
36. ↑ Dekker Job , Marti-Renom Marc A. , Mirny Leonid A. Zkoumání trojrozměrné organizace genomů: interpretace dat interakcí chromatinu  //  Nature Reviews Genetics. - 2013. - 9. května ( roč. 14 , č. 6 ). - S. 390-403 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg3454 .
37. ↑ Guo Ya , Xu Quan , Canzio Daniele , Shou Jia , Li Jinhuan , Gorkin David U. , Jung Inkyung , Wu Haiyang , Zhai Yanan , Tang Yuanxiao , Lu Yichao , Wu Yonghu , Jia Zhilian , Li Wei , Michael , Ren Bing , Krainer Adrian R. , Maniatis Tom , Wu Qiang. CRISPR Inverze míst CTCF mění topologii genomu a funkci zesilovače/promotoru   // Buňka . - 2015. - Srpen ( roč. 162 , č. 4 ). - S. 900-910 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2015.07.038 .
38. ↑ Krijger Peter Hugo Lodewijk , de Laat Wouter. Regulace genové exprese související s onemocněním ve 3D genomu  //  Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2016. - 9. listopadu ( roč. 17 , č. 12 ). - str. 771-782 . — ISSN 1471-0072 . - doi : 10.1038/nrm.2016.138 .
39. ↑ Fritsch EF , Lawn RM , Maniatis T. Charakterizace delecí, které ovlivňují expresi fetálních globinových genů u člověka.  (anglicky)  // Nature. - 1979. - 14. června ( roč. 279 , č. 5714 ). - str. 598-603 . — PMID 450109 .
40. ↑ Van der Ploeg LH , Konings A. , Oort M. , Roos D. , Bernini L. , Flavell Studie RA gama-beta-Thalasemie ukazující, že delece gama- a delta-genů ovlivňuje expresi beta-globinu u člověka.  (anglicky)  // Nature. - 1980. - 14. února ( roč. 283 , č. 5748 ). - S. 637-642 . — PMID 6153459 .
41. ↑ Jeong Y. Funkční obrazovka pro regulační prvky Sonic Hedgehog v intervalu 1 Mb identifikuje dálkové ventrální zesilovače předního mozku   // Vývoj . - 2006. - 15. února ( roč. 133 , č. 4 ). - str. 761-772 . — ISSN 0950-1991 . - doi : 10.1242/dev.02239 .
42. ↑ Wieczorek Dagmar , Pawlik Barbara , Li Yun , Akarsu Nurten A. , Caliebe Almuth , May Klaus JW , Schweiger Bernd , Vargas Fernando R. , Balci Sevim , Gillessen-Kaesbach Gabriele , Wollnik Bernd. Specifická mutace v cis-regulátoru vzdáleného zvukového ježka (SHH) (ZRS) způsobuje Wernerův mesomelický syndrom (WMS), zatímco úplné duplikace ZRS jsou základem polysyndaktylie Haasova typu a preaxiální polydaktylie (PPD) s nebo bez trifalangeálního palce  //  Lidská mutace. - 2010. - Leden ( roč. 31 , č. 1 ). - str. 81-89 . — ISSN 1059-7794 . - doi : 10.1002/humu.21142 .
43. ↑ Zhang Xiaoyang , Choi Peter S , Francis Joshua M , Imielinski Marcin , Watanabe Hideo , Cherniack Andrew D , Meyerson Matthew. Identifikace fokálně amplifikovaných liniově specifických super-enhancerů u lidských epiteliálních rakovin   // Nature Genetics . - 2015. - 14. prosince ( roč. 48 , č. 2 ). - S. 176-182 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.3470 .
44. ↑ Mansour MR , Abraham BJ , Anders L. , Berezovskaya A. , Gutierrez A. , Durbin AD , Etchin J. , Lawton L. , Sallan SE , Silverman LB , Loh ML , Hunger SP , Sanda T. , Young RA , Podívejte AT Onkogenní super-enhancer vytvořený somatickou mutací nekódujícího intergenního prvku   // Science . - 2014. - 13. listopadu ( roč. 346 , č. 6215 ). - S. 1373-1377 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1259037 .
45. ↑ Dixon Jesse R. , Selvaraj Siddarth , Yue Feng , Kim Audrey , Li Yan , Shen Yin , Hu Ming , Liu Jun S. , Ren Bing. Topologické domény v savčích genomech identifikované analýzou interakcí chromatinu   // Nature . - 2012. - 11. dubna ( roč. 485 , č. 7398 ). - S. 376-380 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/příroda11082 .
46. ↑ Yardımcı Galip Gürkan , šlechtic William Stafford. Softwarové nástroje pro vizualizaci Hi-C dat  //  Genome Biology. - 2017. - 3. února ( roč. 18 , č. 1 ). — ISSN 1474-760X . - doi : 10.1186/s13059-017-1161-y .
47. ↑ 1 2 Imakaev Maxim , Fudenberg Geoffrey , McCord Rachel Patton , Naumova Natalia , Goloborodko Anton , Lajoie Bryan R , Dekker Job , Mirny Leonid A. Iterativní korekce Hi-C dat odhaluje znaky organizace chromozomů  (anglicky)  // Nature Methods. - 2012. - 2. září ( díl 9 , č. 10 ). - S. 999-1003 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.2148 .
48. ↑ Lajoie Bryan R. , Dekker Job , Kaplan Noam. Stopařův průvodce analýzou Hi-C: Praktické pokyny   // Metody . - 2015. - Leden ( sv. 72 ). - str. 65-75 . — ISSN 1046-2023 . - doi : 10.1016/j.ymeth.2014.10.031 .
49. ↑ Zambelli Federico , Pesole Graziano , Pavesi Giulio. Objev motivu a vazebná místa transkripčních faktorů před a po éře sekvenování nové generace  //  Briefings in Bioinformatics. - 2012. - 19. dubna ( roč. 14 , č. 2 ). - str. 225-237 . — ISSN 1477-4054 ​​. - doi : 10.1093/bib/bbs016 .
50. ↑ Wong Ka-Chun , Li Yue , Peng Chengbin. Identifikace párů vazebných motivů DNA na interakcích chromatinu s dlouhým dosahem v lidských buňkách K562   // Bioinformatika . - 2015. - 26. září ( roč. 32 , č. 3 ). - str. 321-324 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btv555 .
51. ↑ Taberlay Phillippa C. , Achinger-Kawecka Joanna , Lun Aaron TL , Buske Fabian A. , Sabir Kenneth , Gould Cathryn M. , Zotenko Elena , Bert Saul A. , Giles Katherine A. , Bauer Denis C. , K. Smyth Gordon , Stirzaker Clare , O'Donoghue Sean I. , Clark Susan J. Trojrozměrná dezorganizace genomu rakoviny nastává současně s dlouhodobými genetickými a epigenetickými změnami  //  Genome Research. - 2016. - 6. dubna ( roč. 26 , č. 6 ). - str. 719-731 . — ISSN 1088-9051 . - doi : 10.1101/gr.201517.115 .