Exosom (komplex)

Exosom (komplex) , neboli PM/Scl komplex  , je multiproteinový komplex schopný ničit různé typy molekul RNA . Exozomy jsou přítomny v eukaryotech a archaeách , zatímco u bakterií plní podobné funkce jednodušeji uspořádaný komplex- degradosom .

Jádro (centrální) část exosomu je šestičlenný kruh, ke kterému jsou připojeny další proteiny . U eukaryot jsou exozomy přítomny v cytoplazmě , jádře a zejména jadérku , ačkoli tyto kompartmenty obsahují některé proteiny, které interagují s exozomy a regulují jejich aktivitu, aby degradovaly substráty RNA specifické pro tyto buněčné kompartmenty. Substráty exosomálního komplexu zahrnují mRNA , rRNA a mnoho dalších typů malých RNA. Exosom má exoribonukleolytickou aktivitu, to znamená, že ničí molekuly RNA, počínaje jedním z jejich konců (3'-konec), a u eukaryot je také charakterizován endoribonukleolytickou aktivitou, to znamená, že je schopen štěpit RNA v místech (místa) umístěná ve vnitřní části molekuly .

Několik exosomálních proteinů je cílem autoprotilátek u pacientů trpících specifickými autoimunitními chorobami , zejména skleromyozitidou ; kromě toho je fungování exozomů blokováno některými typy protirakovinné antimetabolické chemoterapie. Konečně mutace v exosomální složce 3 způsobují cerebellopontinní hypoplazii a poruchy motorických neuronů v míše .

Historie objevů

Exozom byl poprvé popsán v roce 1997 jako RNáza z pučící kvasinky Saccharomyces cerevisiae [1] . Brzy, v roce 1999, bylo zjištěno, že kvasinkový exozom je ekvivalentní již popsaným lidským PM/Scl komplexům , které byly původně popsány jako autoantigen u pacientů s určitými autoimunitními poruchami o několik let dříve [ 2 ] . Izolace takových lidských PM/Scl komplexů umožnila identifikovat další exosomální proteiny a nakonec popsat všechny složky komplexu [3] [4] . V roce 2001 rostoucí množství genomických dat předpovídalo přítomnost exosomálních proteinů v archaea, ačkoli první exosomální komplex byl izolován z archaea až o dva roky později [5] [6] .

Struktura

Kravské veverky

Jádro (centrální) část komplexu má kruhovou strukturu a skládá se ze 6 proteinů, z nichž každý patří do stejné třídy RNáz - proteiny podobné RNáze PH [7] . Archaea má dva různé proteiny podobné RNase PH, Rrp41 a Rrp42, z nichž každý se vyskytuje třikrát v kruhu a je rozptýlen s proteinem jiného druhu. U eukaryot je kruhová struktura tvořena šesti různými proteiny [8] [9] . Ze šesti eukaryotických proteinů se tři podobají archaálnímu proteinu Rrp41 a tři další se podobají Rrp42 [10] .

Na vrcholu těchto kruhových proteinů jsou tři proteiny obsahující S1 RNA-vazebné domény . Dva z těchto tří proteinů mají také K-homologní doménu [7] . U eukaryot jsou všechny tři tyto proteiny obsahující S1 odlišné, zatímco u archaea jsou reprezentovány proteiny jednoho nebo dvou různých druhů, i když ve všech případech jsou ke kruhu připojeny pouze tři podjednotky [11] .

Kruhová struktura exozomu je velmi podobná struktuře RNázy PH a polynukleotidové fosforylázy (PNPáza). V bakteriích tvoří RNáza PH zapojená do zpracování tRNA hexamerní kruh sestávající ze šesti identických podjednotek [12] [13] . V případě PNPázy ( fosforolytický RNA-degradující enzym (nachází se v bakteriích a také v chloroplastech a mitochondriích některých eukaryot), obě domény RNázy PH a také domény vázající S1 a KH-RNA , jsou části jednoho proteinu, který tvoří trimerní komplex, struktura se téměř zcela shoduje s exosomem [14] Vzhledem k vysoké podobnosti obou proteinových domén a struktury jsou tyto komplexy považovány za evolučně příbuzné a mají jednoho společného předka [15] RNPáza a RNáza RNáza jsou členy rodiny RNázy RNázy RNázy a jsou to fosforolytické exoribonukleázy, to znamená, že používají anorganický fosfát k odstranění nukleotidů z 3'-konce molekul RNA [7] .

Asociované proteiny

Kromě devíti základních proteinů uvedených výše jsou s eukaryotickými exozomy často spojeny dva další proteiny. Jednou z nich je Rrp44, hydrolytická RNáza, která patří do rodiny hydrolytických exoribonukleáz RNázy R (využívá vodu k přerušení vazeb mezi nukleotidy). Kromě exoribonukleotické aktivity může Rrp44 fungovat také jako endoribonukleáza, tuto aktivitu vykazuje samostatná doména tohoto proteinu [16] [17] . U kvasinek je Rrp44 spojen se všemi exosomálními komplexy a je nezbytný pro jejich fungování [18] . Ačkoli mají lidé homologní protein Rrp44 , dlouho neexistoval žádný důkaz, že tento homolog je také spojen s exosomy [7] . V roce 2010 se však zjistilo, že u lidí existují tři homology Rrp44 a dva z nich mohou spolupracovat s exosomy. Nejpravděpodobnější je, že tyto dva proteiny degradují různé substráty RNA v důsledku různé lokalizace v buňce: jeden, Dis3L1, je lokalizován v cytoplazmě a druhý, Dis3  , se nachází v jádře [19] [20] .

Další protein často spojený s exozomem je Rrp6 (v kvasinkách) nebo PM/Scl-100 (u lidí), podobně jako Rrp44 je tento protein hydrolytická exoribonukleáza, ale patří do rodiny RNázy D [21] . Protein PM/Scl-100 se nejčastěji nachází v exosomálních komplexech lokalizovaných v jádře, může však být i součástí cytoplazmatických exozomů [22] .

Regulační proteiny

Kromě dvou výše uvedených proteinů, které jsou silně spojeny s exosomálním komplexem, mnoho proteinů interaguje s exozomy v cytoplazmě a jádře buňky. Tyto proteiny, které se slabě vážou na exosomy, mohou regulovat aktivitu a specificitu exosomových komplexů. V cytoplazmě exosom interaguje s proteiny, které se vážou na prvky bohaté na AU , včetně KRSP a TTP , které stimulují nebo zabraňují degradaci RNA. Jaderné exozomy se vážou na proteiny vázající RNA (včetně MPP6/Mpp6 a C1D/Rrp47 u lidí/kvasinek), které jsou nutné pro zpracování několika substrátů [7] .

Exosomy interagují nejen s jednotlivými proteiny, ale také s proteinovými komplexy. Jedním z nich je cytoplazmatický Ski komplex , který zahrnuje RNA helikázu (Ski2); podílí se na degradaci mRNA [23] . V jádře je zpracování rRNA a malých nukleolárních RNA pomocí exozomů řízeno komplexem TRAMP , který vykazuje aktivity RNA helikázy (Mtr4) a polyadenylační (Trf4) [24] .

Funkce

Enzymatické funkce

Jak je ukázáno výše, exosomální komplex zahrnuje mnoho proteinů s ribonukleázovými doménami. Specifická povaha těchto domén se v průběhu evoluce měnila od bakteriálních přes archaální až po eukaryotické komplexy a různé enzymatické aktivity byly ztraceny nebo získány. Exosom funguje hlavně jako 3'→5'-exoribonukleáza, to znamená, že ničí molekuly RNA počínaje jejich 3'-koncem. Exoribonukleázy, které tvoří exosom, mohou být buď fosforolytické (jako proteiny jako RNáza PH) nebo u eukaryot hydrolytické (proteiny obsahující domény R a D RNázy). Fosforolytické enzymy používají anorganický fosfát k rozbití fosfodiesterových vazeb a uvolnění nukleotidových difosfátů. Hydrolytické enzymy využívají vodu k hydrolýze těchto vazeb za uvolnění nukleotidových monofosfátů.

U archaea je protein Rrp41 exosomálního komplexu fosforolytická exoribonukleáza. V kruhu jsou tři kopie tohoto proteinu, které jsou zodpovědné za aktivitu komplexu [9] . U eukaryot všechny podjednotky RNázy PH ztratily svou katalytickou aktivitu, to znamená, že jádrový kruh lidského exozomu neobsahuje žádný aktivní enzym [25] . Navzdory ztrátě katalytické aktivity je struktura exosomového jádra vysoce konzervovaná od archaea po člověka, což naznačuje, že tento komplex je životně důležitý pro buněčnou funkci. U eukaryot je ztráta fosforolytické aktivity kompenzována přítomností hydrolytických enzymů , které u těchto organismů zajišťují ribonukleázovou aktivitu exozomu [26] [25] [27] .

Jak bylo uvedeno výše, hydrolytické proteiny Rrp6 a Rrp44 jsou spojeny s kvasinkovými a lidskými exozomy; navíc Rrp6 a dva různé proteiny, Dis3 a Dis3L1, se mohou vázat na exozom v místě kvasinkového proteinu Rrp44 [19] [20]. . Ačkoli se původně předpokládalo, že proteiny obsahující doménu S1 vykazují aktivitu 3'→5'-exoribonukleázy, existence této aktivity v těchto proteinech byla nedávno zpochybněna a tyto proteiny mohou hrát roli pouze ve vazbě substrátu na komplex dříve k degradaci [26] .

Substráty

Exozomy se podílejí na degradaci a zpracování mnoha RNA, v buněčné cytoplazmě se podílejí na obratu mRNA. Exosomy mohou degradovat mRNA, které byly označeny pro degradaci kvůli chybám, které obsahují, prostřednictvím interakce s proteiny, které poskytují nesmyslně zprostředkovaný rozpad a nepřetržitý rozpad . Na druhé straně je degradace zásadním krokem v životním cyklu mRNA. Několik proteinů, které stabilizují nebo destabilizují mRNA vazbou na prvky bohaté na AU umístěné v 3′-nepřekládané oblasti mRNA, interaguje s komplexem exosomů [28] [29] [30] . V jádře jsou exosomy nutné pro normální zpracování několika typů malých jaderných RNA [31] . Většina exozomů se nachází v jadérku. Zde se podílejí na zpracování 5,8S rRNA (první identifikovaná funkce exozomů) a některých malých nukleolárních RNA [1] [31] [32] .

Ačkoli většina buněk má jiné enzymy, které degradují RNA z jejich 3' nebo 5' konců, exosomy jsou nezbytné pro přežití buněk. Pokud je exprese exosomálních proteinů uměle snížena nebo zastavena, například interferencí RNA , buňka přestane růst a brzy zemře. Exozom vyžaduje 9 jádrových proteinů a 2 hlavní proteiny asociované s exozomy [34] . Bakterie nemají exozomy, ale podobné funkce plní jednodušší komplex obsahující protein RNPázy, degradosom [35] .

Exosom je hlavním komplexem, který zajišťuje kontrolu kvality buněčné RNA. Na rozdíl od prokaryot, eukaryota mají vysoce aktivní systémy, které řídí buněčnou RNA a rozpoznávají nezpracované nebo nesprávně zpracované RNA-proteinové komplexy (jako jsou ribozomy ) předtím, než opustí jádro. Předpokládá se, že tyto systémy brání účasti defektních komplexů v důležitých buněčných procesech, jako je syntéza proteinů [36] .

V epidermis bylo zjištěno, že exozomy selektivně degradují mRNA kódující transkripční faktory indukující diferenciaci (zejména transkripční faktor GRHL3). To zajišťuje schopnost progenitorových buněk epidermis zůstat v nediferencovaném stavu, což je nezbytné pro udržení jejich schopnosti proliferace [33] .

Kromě toho, že se exozomy podílejí na zpracování, cirkulaci a kontrole kvality RNA, hrají důležitou roli při degradaci tzv. kryptických nestabilních transkriptů (CUT), které jsou čteny z tisíců lokusů v kvasinkách [37] [38] . Význam těchto nestabilních RNA a jejich degradace zůstává neznámý, ale podobné RNA byly identifikovány také v lidských buňkách [39] .

Klinický význam

Autoimunitní onemocnění

Exosomální komplexy jsou cíleny protilátkami u pacientů trpících různými autoimunitními onemocněními. Takové autoprotilátky se nacházejí hlavně u lidí trpících skleromyozitidou  – autoimunitním onemocněním, při kterém mají pacienti příznaky sklerodermie a polymyozitidy nebo dermatomyozitidy [40] . Přítomnost autoprotilátek v plazmě pacientů může být stanovena různými metodami. V minulosti se k tomuto účelu nejčastěji používala dvojitá imunodifúze pomocí extraktu z telecího brzlíku , imunofluorescence v buňkách HEp-2 nebo imunoprecipitace extraktů lidských buněk . protilátky došlo k vysrážení určité sady proteinů. Dlouho před objevením exosomů se takové precipitační komplexy nazývaly PM/Scl komplexy [41] . Imunofluorescence s použitím plazmy těchto pacientů ukazuje charakteristické zbarvení buněčného jádra, což naznačuje, že antigen rozpoznávaný autoprotilátkami může hrát důležitou roli v syntéze ribozomů [42] . Nedávno se staly dostupnými rekombinantní exosomální proteiny, které byly použity k vývoji lineárního imunotestu a enzyme- linked immunosorbent assay (ELISA) k detekci přítomnosti těchto protilátek [7] .

U takových autoimunitních onemocnění jsou protilátky namířeny primárně proti dvěma exosomálním komplexním proteinům: PM/Scl-100 (protein podobný RNáze D) a PM/Scl-75 (jeden z kruhových proteinů podobných RNáze PH). Protilátky, které tyto proteiny rozpoznávají, se nacházejí přibližně u 30 % pacientů se skleromyozitidou [43] . Ačkoli jsou tyto dva proteiny hlavními cíli autoprotilátek, mohou být u těchto pacientů ovlivněny další exosomální podjednotky a související proteiny (např. C1D ) [44] [45] . V současnosti je nejcitlivější metodou detekce těchto protilátek použití peptidu odvozeného z proteinu PM/Scl-100, spíše než celého proteinu, jako antigenu ELISA. Touto metodou jsou autoprotilátky detekovány u 55 % pacientů se skleromyozitidou, lze je však detekovat i u pacientů trpících pouze sklerodermií, polymyozitidou nebo dermatomyozitidou [46] .

Přestože se autoprotilátky vyskytují u pacientů, kteří mají rysy několika různých autoimunitních onemocnění, klinické projevy těchto onemocnění se značně liší. Nejčastěji pozorované příznaky bývají typické pro autoimunitní onemocnění; takové symptomy zahrnují Raynaudovu chorobu , artritidu , myositidu a sklerodermii [47] . Léčba je symptomatická a podobná jako u jiných autoimunitních onemocnění, často s použitím imunosupresivních a imunomodulačních léků [48] .

Léčba rakoviny

Bylo prokázáno, že práce exozomů je inhibována antimetabolitem 5-fluorouracilem  , lékem protinádorové chemoterapie . Je to jeden z nejúčinnějších léků pro léčbu velkých nádorů . U kvasinek ošetřených 5-fluorouracilem byly pozorovány defekty ve zpracování rRNA, podobné těm, ke kterým došlo, když byla exosomová aktivita blokována molekulárně biologickými metodami. Nedostatek správného zpracování rRNA je pro buňky fatální, což vysvětluje účinnost léku [49] .

Neurologické poruchy

Mutace v exosomální složce 3 způsobují vrozené onemocnění motorických neuronů míchy , cerebelární atrofii , progresivní mikrocefalii a závažné opoždění vývoje, které je charakteristické pro cerebellopontinní hypoplazii typu 1B [50] .

Nomenklatura exosomových podjednotek

Nomenklatura podjednotek exosomálního komplexu [25] [51] [52] [53]
Ne. Podjednotka Doména Člověk Droždí Archaea MW (kD) lidský gen Kvasinkový gen
jeden Csl4 S1 RBD hCsl4 Csl4p/Ski4p Csl4 21-32 EXOSC1 YNL232W
2 Rrp4 S1/KH RBD hrRrp4 Rrp4p Rrp4 28-39 EXOSC2 YHR069C
3 Rrp 40 S1/KH RBD hRrp40 Rrp 40p (Rrp4) A 27-32 EXOSC3 YOL142W
čtyři Rrp 41 RNáza PH hrRrp41 Rrp41p/Ski6p Rrp41C _ 26-28 EXOSC4 YGR195W
5 Rrp46 RNáza PH hrRrp46 Rrp46p (Rrp41) A, C 25-28 EXOSC5 YGR095C
6 mtr3 RNáza PH hMtr3 Mtr3p (Rrp41) A, C 24-37 EXOSC6 YGR158C
7 Rrp42 RNáza PH hrRrp42 Rrp42p Rrp42 29-32 EXOSC7 YDL111C
osm Rrp43 RNáza PH OIP2 Rrp43p (Rrp42) A 30-44 EXOSC8 YCR035C
9 Rrp 45 RNáza PH PM/Scl-75 Rrp 45p (Rrp42) A 34-49 EXOSC9 YDR280W
deset Rrp6 RNáza D PM/Scl - 100 ° C Rrp6p C n/a 84-100 EXOSC10 YOR001W
jedenáct Rrp44 RNáza R Dis3 B, C

Dis3L1 B, C

Rrp44p/Dis3p C n/a 105-113 DIS3

DIS3L1

YOL021C

Poznámky

  1. ↑ 1 2 Mitchell P. , Petfalski E. , Shevchenko A. , Mann M. , Tollervey D. Exosom: konzervovaný komplex pro zpracování eukaryotické RNA obsahující více 3'-->5' exoribonukleáz.  (anglicky)  // Cell. - 1997. - Sv. 91, č.p. 4 . - S. 457-466. — PMID 9390555 .
  2. ↑ Allmang C. , Petfalski E. , Podtelejnikov A. , Mann M. , Tollervey D. , Mitchell P. Kvasinkový exosom a lidský PM-Scl jsou příbuzné komplexy 3' --> 5' exonukleáz.  (anglicky)  // Genes & development. - 1999. - Sv. 13, č. 16 . - S. 2148-2158. — PMID 10465791 .
  3. ↑ Brouwer R. , Allmang C. , Raijmakers R. , van Aarssen Y. , Egberts WV , Petfalski E. , van Venrooij WJ , Tollervey D. , Pruijn GJ Tři nové složky lidského exosomu.  (anglicky)  // The Journal of biologické chemie. - 2001. - Sv. 276, č.p. 9 . - S. 6177-6184. - doi : 10.1074/jbc.M007603200 . — PMID 11110791 .
  4. ↑ Chen CY , Gherzi R. , Ong SE , Chan EL , Raijmakers R. , Pruijn GJ , Stoecklin G. , Moroni C. , Mann M. , Karin M. AU vazebné proteiny získávají exosom k degradaci ARE obsahujících mRNA.  (anglicky)  // Cell. - 2001. - Sv. 107, č.p. 4 . - S. 451-464. — PMID 11719186 .
  5. ↑ Koonin EV , Wolf YI , Aravind L. Predikce archaálního exozomu a jeho spojení s proteazomem a mechanismy translace a transkripce komparativním-genomickým přístupem.  (anglicky)  // Genome research. - 2001. - Sv. 11, č. 2 . - S. 240-252. - doi : 10.1101/gr.162001 . — PMID 11157787 .
  6. ↑ Evguenieva-Hackenberg E. , Walter P. , Hochleitner E. , Lottspeich F. , Klug G. Exosom-like complex in Sulfolobus solfataricus.  (anglicky)  // hlásí EMBO. - 2003. - Sv. 4, č. 9 . - S. 889-893. - doi : 10.1038/sj.embor.embor929 . — PMID 12947419 .
  7. ↑ 1 2 3 4 5 6 Schilders G. , van Dijk E. , Raijmakers R. , Pruijn GJ Buňka a molekulární biologie exozomu: jak vytvořit nebo rozbít RNA.  (anglicky)  // Mezinárodní přehled cytologie. - 2006. - Sv. 251. - S. 159-208. - doi : 10.1016/S0074-7696(06)51005-8 . — PMID 16939780 .
  8. ↑ Lorentzen E. , Walter P. , Fribourg S. , Evguenieva-Hackenberg E. , Klug G. , Conti E. Archaální jádro exosomu je hexamerní kruhová struktura se třemi katalytickými podjednotkami.  (anglicky)  // Strukturální a molekulární biologie přírody. - 2005. - Sv. 12, č. 7 . - S. 575-581. doi : 10.1038 / nsmb952 . — PMID 15951817 .
  9. ↑ 1 2 Shen V. , Kiledjian M. Pohled na zabití: struktura RNA exosomu.  (anglicky)  // Cell. - 2006. - Sv. 127, č.p. 6 . - S. 1093-1095. - doi : 10.1016/j.cell.2006.11.035 . — PMID 17174886 .
  10. ↑ Raijmakers R. , Egberts WV , van Venrooij WJ , Pruijn GJ Interakce protein-protein mezi složkami lidského exosomu podporují sestavení podjednotek typu RNázy PH do šestičlenného kruhu podobného PNPáze.  (anglicky)  // Journal of molekulární biologie. - 2002. - Sv. 323, č.p. 4 . - S. 653-663. — PMID 12419256 .
  11. ↑ Walter P. , Klein F. , Lorentzen E. , Ilchmann A. , Klug G. , Evguenieva-Hackenberg E. Charakterizace nativních a rekonstituovaných komplexů exosomů z hypertermofilního archaeona Sulfolobus solfataricus.  (anglicky)  // Molekulární mikrobiologie. - 2006. - Sv. 62, č.p. 4 . - S. 1076-1089. - doi : 10.1111/j.1365-2958.2006.05393.x . — PMID 17078816 .
  12. ↑ Ishii R. , Nureki O. , Yokoyama S. Krystalová struktura enzymu zpracovávajícího tRNA RNáza PH z Aquifex aeolicus.  (anglicky)  // The Journal of biologické chemie. - 2003. - Sv. 278, č.p. 34 . - S. 32397-32404. - doi : 10.1074/jbc.M300639200 . — PMID 12746447 .
  13. ↑ Harlow LS , Kadziola A. , Jensen KF , Larsen S. Krystalová struktura fosforolytické exoribonukleázy RNázy PH z Bacillus subtilis a důsledky pro její kvartérní strukturu a vazbu tRNA.  (anglicky)  // Protein science: publikace Protein Society. - 2004. - Sv. 13, č. 3 . - S. 668-677. - doi : 10.1110/ps.03477004 . — PMID 14767080 .
  14. ↑ Symmons MF , Jones GH , Luisi BF Duplikovaný fold je strukturálním základem pro katalytickou aktivitu, procesivitu a regulaci polynukleotid fosforylázy.  (anglicky)  // Structure (Londýn, Anglie: 1993). - 2000. - Sv. 8, č. 11 . - S. 1215-1226. — PMID 11080643 .
  15. ↑ Lin-Chao S. , Chiou NT , Schuster G. PNPáza, exosom a RNA helikázy jako stavební složky evolučně konzervovaných strojů na degradaci RNA.  (anglicky)  // Journal of biomedical science. - 2007. - Sv. 14, č. 4 . - S. 523-532. - doi : 10.1007/s11373-007-9178-y . — PMID 17514363 .
  16. ↑ Lebreton A. , Tomecki R. , Dziembowski A. , Séraphin B. Endonukleolytické štěpení RNA eukaryotickým exozomem.  (anglicky)  // Nature. - 2008. - Sv. 456, č.p. 7224 . - S. 993-996. - doi : 10.1038/nature07480 . — PMID 19060886 .
  17. ↑ Schneider C. , Leung E. , Brown J. , Tollervey D. N-terminální PIN doména exosomové podjednotky Rrp44 nese endonukleázovou aktivitu a připojuje Rrp44 k exozomu jádra kvasinek.  (anglicky)  // Výzkum nukleových kyselin. - 2009. - Sv. 37, č.p. 4 . - S. 1127-1140. - doi : 10.1093/nar/gkn1020 . — PMID 19129231 .
  18. ↑ Schneider C. , Anderson JT , Tollervey D. Exosomová podjednotka Rrp44 hraje přímou roli v rozpoznávání substrátu RNA.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2007. - Sv. 27, č. 2 . - S. 324-331. - doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.006 . — PMID 17643380 .
  19. ↑ 1 2 Staals RH , Bronkhorst AW , Schilders G. , Slomovic S. , Schuster G. , Heck AJ , Raijmakers R. , Pruijn GJ Dis3-like 1: nová exoribonukleáza spojená s lidským exozomem.  (anglicky)  // The EMBO journal. - 2010. - Sv. 29, č. 14 . - S. 2358-2367. - doi : 10.1038/emboj.2010.122 . — PMID 20531389 .
  20. ↑ 1 2 Tomecki R. , Kristiansen MS , Lykke-Andersen S. , Chlebowski A. , Larsen KM , Szczesny RJ , Drazkowska K. , Pastula A. , Andersen JS , Stepien PP , Dziembowski A. , Jenosome TH Lidské jádro interaguje s odlišně lokalizovanými procesními RNázami: hDIS3 a hDIS3L.  (anglicky)  // The EMBO journal. - 2010. - Sv. 29, č. 14 . - S. 2342-2357. - doi : 10.1038/emboj.2010.121 . — PMID 20531386 .
  21. ↑ Mian IS Srovnávací sekvenční analýza ribonukleáz HII, III, II PH a D.  //  Výzkum nukleových kyselin. - 1997. - Sv. 25, č. 16 . - S. 3187-3195. — PMID 9241229 .
  22. ↑ Raijmakers R. , Schilders G. , Pruijn GJ Exosom, molekulární stroj pro řízenou degradaci RNA v jádře i cytoplazmě.  (anglicky)  // European journal of cell biology. - 2004. - Sv. 83, č.p. 5 . - S. 175-183. - doi : 10.1078/0171-9335-00385 . — PMID 15346807 .
  23. ↑ Wang L. , Lewis MS , Johnson AW Interakce domény v rámci komplexu Ski2/3/8 a mezi komplexem Ski a Ski7p.  (anglicky)  // RNA (New York, NY). - 2005. - Sv. 11, č. 8 . - S. 1291-1302. - doi : 10.1261/rna.2060405 . — PMID 16043509 .
  24. ↑ LaCava J. , Houseley J. , Saveanu C. , Petfalski E. , Thompson E. , Jacquier A. , ​​Tollervey D. Degradace RNA exosomem je podporována jaderným polyadenylačním komplexem.  (anglicky)  // Cell. - 2005. - Sv. 121, č.p. 5 . - S. 713-724. - doi : 10.1016/j.cell.2005.04.029 . — PMID 15935758 .
  25. ↑ 1 2 3 Liu Q. , Greimann JC , Lima CD Rekonstituce, aktivity a struktura exozomu eukaryotické RNA.  (anglicky)  // Cell. - 2006. - Sv. 127, č.p. 6 . - S. 1223-1237. - doi : 10.1016/j.cell.2006.10.037 . — PMID 17174896 .
  26. ↑ 1 2 Dziembowski A. , Lorentzen E. , Conti E. , Séraphin B. Jediná podjednotka, Dis3, je v podstatě zodpovědná za aktivitu jádra exosomu kvasinek.  (anglicky)  // Strukturální a molekulární biologie přírody. - 2007. - Sv. 14, č. 1 . - S. 15-22. doi : 10.1038 / nsmb1184 . — PMID 17173052 .
  27. ↑ Lorentzen E. , Conti E. Strukturální základ rozpoznávání 3' konce RNA a exoribonukleolytického štěpení jádrem exosomové RNázy PH.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2005. - Sv. 20, č. 3 . - S. 473-481. - doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.020 . — PMID 16285928 .
  28. ↑ Lejeune F. , Li X. , Maquat LE Rozpad mRNA zprostředkovaný smyslem v savčích buňkách zahrnuje decapping, deadenylační a exonukleolytické aktivity.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2003. - Sv. 12, č. 3 . - S. 675-687. — PMID 14527413 .
  29. ↑ Wilson MA , Meaux S. , van Hoof A. Genomický screening v kvasinkách odhaluje nové aspekty nonstop metabolismu mRNA.  (anglicky)  // Genetika. - 2007. - Sv. 177, č.p. 2 . - S. 773-784. - doi : 10.1534/genetika.107.073205 . — PMID 17660569 .
  30. ↑ Lin WJ , Duffy A. , Chen CY Lokalizace mRNA bohaté na prvky obsahující AU v cytoplazmatických granulích obsahujících exosomové podjednotky.  (anglicky)  // The Journal of biologické chemie. - 2007. - Sv. 282, č.p. 27 . - S. 19958-19968. - doi : 10.1074/jbc.M702281200 . — PMID 17470429 .
  31. ↑ 1 2 Allmang C. , Kufel J. , Chanfreau G. , Mitchell P. , Petfalski E. , Tollervey D. Funkce exozomu v syntéze rRNA, snoRNA a snRNA.  (anglicky)  // The EMBO journal. - 1999. - Sv. 18, č. 19 . - S. 5399-5410. - doi : 10.1093/emboj/18.19.5399 . — PMID 10508172 .
  32. ↑ Schilders G. , Raijmakers R. , Raats JM , Pruijn GJ MPP6 je protein vázající RNA asociovaný s exosomy, který se podílí na zrání 5.8S rRNA.  (anglicky)  // Výzkum nukleových kyselin. - 2005. - Sv. 33, č. 21 . - S. 6795-6804. doi : 10.1093 / nar/gki982 . — PMID 16396833 .
  33. ↑ 1 2 Mistry DS , Chen Y. , Sen GL Progenitorová funkce v samoobnovující se lidské epidermis je udržována exozomem.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 11, č. 1 . - S. 127-135. - doi : 10.1016/j.stem.2012.04.022 . — PMID 22770246 .
  34. ↑ van Dijk EL , Schilders G. , Pruijn GJ Růst lidských buněk vyžaduje funkční cytoplazmatický exosom, který se účastní různých drah rozpadu mRNA.  (anglicky)  // RNA (New York, NY). - 2007. - Sv. 13, č. 7 . - S. 1027-1035. - doi : 10.1261/rna.575107 . — PMID 17545563 .
  35. ↑ Carpousis AJ Degradosom RNA Escherichia coli: struktura, funkce a vztah v jiných ribonukleolytických multienzymových komplexech.  (anglicky)  // Transakce Biochemical Society. - 2002. - Sv. 30, č. 2 . - S. 150-155. — PMID 12035760 .
  36. ↑ Houseley J. , LaCava J. , Tollervey D. Kontrola kvality RNA exozomem.  (anglicky)  // Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. - 2006. - Sv. 7, č. 7 . - S. 529-539. - doi : 10.1038/nrm1964 . — PMID 16829983 .
  37. ↑ Wyers F. , Rougemaille M. , Badis G. , Rousselle JC , Dufour ME , Boulay J. , Régnault B. , Devaux F. , Namane A. , Séraphin B. , Libri D. , Jacquier A. Cryptic pol II přepis jsou degradovány cestou kontroly jaderné kvality zahrnující novou poly(A) polymerázu.  (anglicky)  // Cell. - 2005. - Sv. 121, č.p. 5 . - S. 725-737. - doi : 10.1016/j.cell.2005.04.030 . — PMID 15935759 .
  38. ↑ Neil H. , Malabat C. , d'Aubenton-Carafa Y , Xu Z. , Steinmetz LM , Jacquier A. Rozšířené obousměrné promotory jsou hlavním zdrojem kryptických transkriptů v kvasinkách.  (anglicky)  // Nature. - 2009. - Sv. 457, č.p. 7232 . - S. 1038-1042. - doi : 10.1038/nature07747 . — PMID 19169244 .
  39. ↑ Preker P. , Nielsen J. , Kammler S. , Lykke-Andersen S. , Christensen MS , Mapendano CK , Schierup MH , Jensen TH Deplece RNA exosomu odhaluje transkripci proti směru aktivních lidských promotorů.  (anglicky)  // Věda (New York, NY). - 2008. - Sv. 322, č.p. 5909 . - S. 1851-1854. - doi : 10.1126/science.1164096 . — PMID 19056938 .
  40. ↑ Papež JE Sklerodermie překrývající se syndromy.  (anglicky)  // Současný názor v revmatologii. - 2002. - Sv. 14, č. 6 . - S. 704-710. — PMID 12410095 .
  41. ↑ Gelpi C. , Algueró A. , Angeles Martinez M. , Vidal S. , Juarez C. , Rodriguez-Sanchez JL Identifikace proteinových složek reaktivních s anti-PM/Scl autoprotilátkami.  (anglicky)  // Klinická a experimentální imunologie. - 1990. - Sv. 81, č.p. 1 . - S. 59-64. — PMID 2199097 .
  42. ↑ Targoff IN , Reichlin M. Nukleolární lokalizace antigenu PM-Scl.  (anglicky)  // Artritida a revmatismus. - 1985. - Sv. 28, č. 2 . - S. 226-230. — PMID 3918546 .
  43. ↑ Raijmakers R. , Renz M. , Wiemann C. , Egberts WV , Seelig HP , van Venrooij WJ , Pruijn GJ PM-Scl-75 je hlavním autoantigenem u pacientů s překryvným syndromem polymyozitida/sklerodermie.  (anglicky)  // Artritida a revmatismus. - 2004. - Sv. 50, č. 2 . - S. 565-569. - doi : 10.1002/art.20056 . — PMID 14872500 .
  44. ↑ Brouwer R. , Vree Egberts WT , Hengstman GJ , Raijmakers R. , van Engelen BG , Seelig HP , Renz M. , Mierau R. , Genth E. , Pruijn GJ , van Venrooij WJ Autoprotilátky zaměřené na nové složky PM/ Komplex Scl, lidský exosom.  (anglicky)  // Arthritis research. - 2002. - Sv. 4, č. 2 . - S. 134-138. — PMID 11879549 .
  45. ↑ Schilders G. , Egberts WV , Raijmakers R. , Pruijn GJ C1D je hlavním cílem autoprotilátek u pacientů s překrytím syndromu polymyozitidy a sklerodermie.  (anglicky)  // Artritida a revmatismus. - 2007. - Sv. 56, č.p. 7 . - S. 2449-2454. - doi : 10.1002/art.22710 . — PMID 17599775 .
  46. ↑ Mahler M. , Raijmakers R. , Dähnrich C. , Blüthner M. , Fritzler M. J. Klinické hodnocení autoprotilátek k novému peptidovému antigenu PM/Scl.  (anglicky)  // Výzkum a terapie artritidy. - 2005. - Sv. 7, č. 3 . - S. 704-713. doi : 10.1186 / ar1729 . — PMID 15899056 .
  47. ↑ Mahler M. , Raijmakers R. Nové aspekty autoprotilátek proti komplexu PM/Scl: klinické, genetické a diagnostické poznatky.  (anglicky)  // Recenze autoimunity. - 2007. - Sv. 6, č. 7 . - S. 432-437. - doi : 10.1016/j.autrev.2007.01.013 . — PMID 17643929 .
  48. ↑ Jablonska S. , Blaszczyk M. Skleromyositida: syndrom překrytí sklerodermie/polymyozitidy.  (anglicky)  // Klinická revmatologie. - 1998. - Sv. 17, č. 6 . - S. 465-467. — PMID 9890673 .
  49. ↑ Lum PY , Armor CD , Stepaniants SB , Cavet G. , Wolf MK , Butler JS , Hinshaw JC , Garnier P. , Prestwich GD , Leonardson A. , Garrett-Engele P. , Rush CM , Bard M. , Schimmack G. , Phillips JW , Roberts CJ , Shoemaker DD Objevování způsobů působení terapeutických sloučenin pomocí celogenomového screeningu kvasinkových heterozygotů.  (anglicky)  // Cell. - 2004. - Sv. 116, č.p. 1 . - S. 121-137. — PMID 14718172 .
  50. ↑ Wan J. , Yourshaw M. , Mamsa H. , Rudnik-Schöneborn S. , Menezes MP , Hong JE , Leong DW , Senderek J. , Salman MS , Chitayat D. , Seeman P. , von Moers A. , Graul- Neumann L. , Kornberg AJ , Castro-Gago M. , Sobrido MJ , Sanefuji M. , Shieh PB , Salamon N. , Kim RC , Vinters HV , Chen Z. , Zerres K. , Ryan MM , Nelson SF , Jen JC Mutations v genu RNA exosomové složky EXOSC3 způsobuje pontocerebelární hypoplazii a degeneraci spinálních motorických neuronů.  (anglicky)  // Genetika přírody. - 2012. - Sv. 44, č. 6 . - S. 704-708. - doi : 10.1038/ng.2254 . — PMID 22544365 .
  51. ↑ Sloan KE , Schneider C. , Watkins NJ Srovnání kvasinkových a lidských jaderných exosomových komplexů.  (anglicky)  // Transakce Biochemical Society. - 2012. - Sv. 40, č. 4 . - S. 850-855. - doi : 10.1042/BST20120061 . — PMID 22817747 .
  52. ↑ Houseley J. , Tollervey D. Mnoho cest degradace RNA.  (anglicky)  // Cell. - 2009. - Sv. 136, č.p. 4 . - S. 763-776. - doi : 10.1016/j.cell.2009.01.019 . — PMID 19239894 .
  53. ↑ Kiss DL , Andrulis ED Model exozymu: kontinuum funkčně odlišných komplexů.  (anglicky)  // RNA (New York, NY). - 2011. - Sv. 17, č. 1 . - str. 1-13. doi : 10.1261 /rna.2364811 . — PMID 21068185 .

Literatura

Odkazy