Ligamenvirales

Ligamenvirales

Virion z rodu Betalipothrixvirus
vědecká klasifikace
Skupina:Viry [1]Oblast:AdnaviriaKrálovství:ZilligviraeTyp:TaleaviricotaTřída:TokiviricetesObjednat:Ligamenvirales
Mezinárodní vědecký název
Ligamenvirales
Baltimorská skupina
I: dsDNA viry

Ligamenvirales  jsou linie virů, které infikujíarchaea Thermoproteota ( dříve Crenarchaeota) a mají genomy dvouvláknové DNA [2] . Objednávku navrhli David Prangishvili a Mart Krupovich v roce 2012 a následně ji vytvořil Mezinárodní výbor pro systematiku virů (ICTV).

Název pochází z latinského ligamen , což znamená provázek nebo nit .

Klasifikace

V tomto pořadí jsou dvě čeledi - Lipothrixviridae a Rudiviridae .

Virony jsou vláknité se šroubovicovou nukleokapsidou . Na obou koncích jsou připojeny buď klky nebo složitější struktury podílející se na adhezi k hostitelské buňce.

Hlavní obalové proteiny lipotrixvirů i rudivirů mají neobvyklou topologii svazku čtyř šroubovic [3] [4] [5] [6] . Genom je nesegmentovaná lineární dvouvláknová DNA. Viry z těchto dvou rodin sdílejí až deset genů. Hlavní rozdíl mezi těmito dvěma rodinami je v tom, že členové čeledi Rudiviridae nejsou obaleni, zatímco nukleokapsidy lipothrixvirů jsou obklopeny lipidovou membránou. Kromě toho, zatímco kapsida rudivirů je složena z jediného jádrového proteinu, kapsida lipotrixvirů je tvořena dvěma paralogními jádrovými proteiny. U obou skupin virů tvoří hlavní kapsidové proteiny drápovitý dimer (homodimer u rudivirů a heterodimer u lipothrixvirů), který se obaluje kolem dsDNA.

Zástupci Ligamenvirales jsou strukturálně příbuzní archaálním virům z čeledi Tristromaviridae , které stejně jako lipotrixviry kódují dva paralogní hlavní kapsidové proteiny se stejným složením jako ligamenviry [7] . Kvůli těmto strukturálním podobnostem byly řád Ligamenvirales a čeleď Tristromaviridae navrženy ke spojení do třídy „Tokiviricetes“ (toki znamená v gruzínštině „nit“ a viricetes je oficiální přípona pro třídu virů) [7] .

Od března 2020 objednávka zahrnuje 2 rodiny a 5 rodů [8] :

Zástupci oddělení mají až 10 společných genů.

Poznámky

  1. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) .
  2. ↑ Prangishvili D ; Krupovic M (2012). „Nový navrhovaný taxon pro viry s dvouvláknovou DNA, řád Ligamenvirales “. Arch Virol . 157 (4): 791-795. DOI : 10.1007/s00705-012-1229-7 . PMID22270758  . _
  3. ↑ Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009) Obalové proteiny vláknitého viru Acidianus 1 vykazují spirálovitý záhyb pokrývající linii filamentózních archaálních virů. PNAS 106 (50) 21155-60
  4. ↑ DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Krupovič, M; Prangishvili, D; Egelman, EH (2015). Virologie. Virus, který infikuje hypertermofil, enkapsiduje A-formu DNA“ . věda . 348 (6237): 914-7. doi : 10.1126/science.aaa4181 . PMC  5512286 . PMID  25999507 .
  5. ↑ Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Krupovič, M; Schouten, S; Prangishvili, D; Egelman, EH (2017). „Model pro nový membránový obal ve vláknitém hypertermofilním viru“ . eLife . 6 : e26268. DOI : 10.7554/eLife.26268 . PMC  5517147 . PMID  28639939 .
  6. ↑ Liu, Y; Osinski, T; Wang, F; Krupovič, M; Schouten, S; Kasson, P; Prangishvili, D; Egelman, EH (2018). „Strukturální konzervace v membránou obaleného filamentózního viru infikujícího hypertermofilního acidofila“ . Příroda komunikace . 9 (1): 3360. Bibcode : 2018NatCo...9.3360L . DOI : 10.1038/s41467-018-05684-6 . PMC  6105669 . PMID  30135568 .
  7. ↑ 12 Wang, Fengbin ; Baquero, Diana P; Su, Zhangli; Osinski, Tomasz; Prangišvili, David; Egelman, Edward H; Krupovic, Mart (2020). "Struktura vláknitého viru odhaluje rodinné vazby v archaální virosféře . " Evoluce virů . 6 (1): veaa023. DOI : 10.1093/ve/veaa023 . PMC  7189273 . PMID  32368353 .
  8. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) . (Přístup: 24. dubna 2020) .