Finnlakeviridae

Finnlakeviridae

Elektronová mikrofotografie virionů FLiP virionů Flavobacterium virus
vědecká klasifikace
Skupina:Viry [1]Oblast:VaridnaviriaRodina:Finnlakeviridae
Mezinárodní vědecký název
Finnlakeviridae
Baltimorská skupina
II: viry ssDNA

Finnlakeviridae  (lat.) je čeleď bakteriofágů obsahujících DNA nejasné taxonomické pozice. Od roku 2022 rodina zahrnuje jediný rod Finnlakevirus , reprezentovaný jediným druhem Flavobacterium fág FLiP . Tento virus byl popsán v roce 2010 a je prvním známým virem s genomem jednovláknové DNA (ssDNA) , který má vnitřní membránu . Délka genomu viru Finnlake je asi 9,2 tisíce nukleotidů . Pokud jde o genomovou sekvenci, Finnlakevirus nevykazuje podobnosti s žádnými jinými popsanými viry [2] .

Popis

Capsid

FLiP virion Flavobacterium se skládá z ikosaedrické proteinové kapsidy a vnitřního obalu. Virion obsahuje genom reprezentovaný kruhovou ssDNA. Průměr virionu je asi 59 nm . Pentamerické hroty, dlouhé asi 12 nm , vybíhají z vrcholů, ve kterých se pět rovin sbíhá. Vnitřní povrch proteinové kapsidy je pokryt lipidovou dvojvrstvou o tloušťce asi 5 nm. Kapsida se skládá z molekul hlavního [3] kapsidového proteinu ( major kapsidový protein, MCP ) . Obecná organizace kapsidy se podobá organizaci fága Pseudoalteromonas PM2 fága , jehož genom je reprezentován dvouvláknovou DNA. MCP se skládá ze dvou β-válců , jejichž topologie připomíná rosolový váleček , poté jsou spojeny do trimerů , které tvoří pseudohexamerní komplexy . Podobná organizace MCP byla popsána u některých zástupců království Bamfordvirae , jako je fág Enterobacteria phage PRD1 z čeledi Tectiviridae [2] .  

Viriony jsou citlivé na chloroform , mají plovoucí hustotu 1,21 g/l v roztoku chloridu česného a 1,18 g/l v roztoku sacharózy [4] . Mezi lipidy ve virionu převládají ceramidy . Lipidové složení vnitřní membrány virionu se liší od složení hostitelské bakteriální buňky, proto během sestavování virionu dochází k selektivnímu vychytávání lipidů z bakteriální buňky [2] .

Genom

FLiP viriony Flavobacterium fága obsahují jedinou kopii 9174 nukleotidového genomu. Genom je reprezentován kruhovou ssDNA a má GC složení 34 %. Sekvence genomu fága Flavobacterium FLiP je daleko od všech ostatních v současnosti známých virů. V genomu je predikováno 16 kódujících sekvencí ( anglicky  coding sequences, CDS ), umístěných ve stejné orientaci. Pět CDS, jmenovitě CDS7-9, 11 a 14, kóduje strukturální proteiny. Sekvence proteinového produktu CDS14 se podobá některým lytickým transglykosylázám a protein CDS15 je blízký proteinům zapojeným do replikace rotujícího kruhu [2] .

Životní cyklus

Flavobacterium phage FLiP je lytický fág a spouští lýzu hostitelské buňky , která uvolňuje potomstvo virionů. CDS14 pravděpodobně kóduje lytický protein spojený s virionem, který se účastní štěpení peptidoglykanové buněčné stěny infikované bakterie. Fág Flavobacterium FLiP nekóduje své vlastní DNA a RNA polymerázy . Podobnost proteinového produktu CDS15 s proteiny zapojenými do replikace rotujícího kruhu naznačuje, že genom FLiP fága Flavobacterium se duplikuje tímto mechanismem, který je používán mnoha dalšími viry obsahujícími ssDNA. Absence FLiP genů v genomu fága Flavobacterium kódujícího domnělou ATPázu zapojenou do sbalení genomu do kapsidy ukazuje, že k naložení genomu do virionů dochází jiným mechanismem [2] .

Historie studia

Fág Flavobacterium FLiP byl izolován v roce 2010 spolu se svým hostitelem, gramnegativní bakterií Flavobacterium (přesněji Flavobacterium sp. kmen B330.), z pobřežních sladkých vod jezera Jyväsjärvi ( fin. Jyväsjärvi ) v roce Finsko [2] . Zařazení viru do samostatné čeledi Finnlakeviridae navrhl Mezinárodní výbor pro taxonomii virů v roce 2019 [2] . Následně byl zařazen do říše Varidnaviria , kde je jedinou čeledí, jejíž zástupci mají genomy ve formě ssDNA [5] .

Poznámky

  1. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) .
  2. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 Mäntynen S. , Laanto E. , Sundberg LR , Poranen MM , Oksanen HM , Report Consortium I. ICTV Virus Taxonomy Profile: Finnlakeviridae .  (anglicky)  // The Journal Of General Virology. - 2020. - září ( roč. 101 , č. 9 ). - S. 894-895 . - doi : 10.1099/jgv.0.001488 . — PMID 32840474 .
  3. ↑ Bogomolová Elena Grigorjevna. Tvorba a charakterizace imunogenu na bázi proteinů VP6 a VP8 z rotaviru skupiny A  : disertační práce. - Petrohrad. , 2019. Archivováno z originálu 22. června 2021.
  4. ↑ Laanto E. , Mäntynen S. , De Colibus L. , Marjakangas J. , Gillum A. , Stuart DI , Ravantti JJ , Huiskonen JT , Sundberg L.-R. Virus nalezený v boreálním jezeře spojuje viry ssDNA a dsDNA  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2017. - 17. července ( roč. 114 , č. 31 ). - S. 8378-8383 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.1703834114 .
  5. ↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M., Varsani A., Wolf YI, Yutin N., Zerbini M., Kuhn JH Vytvořte megataxonomický rámec, který vyplňuje všechny hlavní taxonomické řady, pro DNA viry kódující hlavní kapsidu vertikálního želé roll-type proteiny  (anglicky) (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (18. října 2019). Získáno 10. června 2020. Archivováno z originálu dne 4. ledna 2022.