Proteiny skupiny polycomb

Polycomb group proteiny ( PcG ) jsou rodinou proteinů schopných  remodelovat chromatin [ 1 ] . Tyto regulační proteiny byly poprvé popsány u Drosophila [1] , kde potlačují homeotické geny , které řídí jednotlivé segmentové rozdíly ve vyvíjejícím se embryu [2] [3] [4] .

Proteiny polycomb group (PcG) jsou rodinou epigenetických regulátorů, které modifikací histonů potlačují aktivitu více genů odpovědných za buněčnou diferenciaci [5] [6] [7] . Tím, že sedí na chromatinu, aby způsobil lokální a globální změny v chromozomální konformaci, polycomb proteiny regulují organizaci svých cílových genů v trojrozměrném jaderném prostoru. Ovlivněním 3D architektury genomu se podílejí na regulaci buněčné diferenciace a udržování buněčné paměti [8] . Mění strukturu chromatinu takovým způsobem, že se transkripční faktory nemohou vázat na sekvence promotorové DNA [9] [10] .

Klasifikace

V organismech zvířat (drosophila, savci) a rostlinách bylo identifikováno nejméně pět typů komplexů obsahujících polycomb proteiny:

• inhibiční komplex 1 (polycomb repressive complex 1, PRC1 ) [11] ;
• inhibiční komplex 2 ( PRC2 ) [12] ;
• Inhibiční komplex Pho (PhoRC) obsahující proteiny vázající DNA Pho (pleiohomeotické) a dSfmbt (podobné Sccm se čtyřmi doménami mbt), stejně jako podle některých zpráv histon deacetylázu Rpd3, histonový chaperon NAP1, nehistonový protein HP1b, chromatin vázající a necharakterizovaný protein CG3363 [13] ;
• dRing (Drosophila Ring) komplex příbuzných faktorů (dRAF), který se skládá z proteinů dRing/Sce (Sex combs extra), Psc (Posterior sex combs) a dKdm2 (Drosophila histon lysindemethylase) [14] [15]
• de ubikvitinázový represorový komplex ( PR-DUB ) [16] .

Savčí PcG

U savců byly nalezeny dvě hlavní skupiny obsahující komplexy proteinů skupiny polycomb - jedná se o inhibiční komplexy 1 a 2 (PRC1 a PRC2), geny PRC1 savců jsou významně podobné odpovídajícím genům Drosophila. Ukázalo se, že exprese genů skupiny polycomb má velký význam ve vývoji embrya; myši s knockoutem pro obě kopie genů PRC2 umírají v embryonálním stadiu, zatímco knockouty pro geny PRC1 jsou homeotické mutanty a umírají po narození [12] . Zvýšení úrovně exprese proteinů skupiny polycomb zvyšuje invazivitu a koreluje se závažnějším rozvojem rakovinných nádorů. [17]

Komplex PRC1

Komplex PRC1 se skládá z několika podjednotek [18] [19] [20] :

• PHC1 a PHC2 (polyhomeotické) – přesná funkce zatím není jasná.

• Rodina podjednotek CBX , které se podílejí na mechanismech udržování rovnováhy mezi sebeobnovou a diferenciací kmenových buněk: [21] (podjednotky CBX2, CBX4 a CBX8 se váží na histon H3 K27me3, inhibují expresi genu CBX7 [ 19] , který je nezbytný k udržení pluripotentního stavu buňky a tím k podpoře diferenciace buněk [22] [23] , CBX7 zase inhibuje syntézu podjednotek CBX2, CBX4 a CBX8 potřebných pro diferenciaci, a tím udržuje pluripotentní stav buňky). Protein CBX7 (a jeho prostřednictvím celý komplex PRC1) se pomocí své chromodomény váže na histon H3K27me3 nukleozomu. Byly vyvinuty malé molekuly obsahující trimethyllysin schopné zabránit tvorbě komplexu CBX7-H3K27me3. [24] Bylo zjištěno, že podjednotka CBX7 je nezbytná pro udržení svalů a života v těle během diapauzy [25] .
• Bmi1 (Homolog B lymfomu Mo‑MLV inzerční oblasti 1) — nezbytný pro proliferaci kmenových buněk . [26] [27] To je způsobeno tím, že potlačuje expresi proteinů p16Ink4a [28] a p19Arf (oba tyto proteiny jsou kódovány alternativními čtecími rámci lokusu Ink4a/Arf, známého také jako Cdkn2a), který zabránit přeprogramování na indukované pluripotentní kmenové buňky ( iPSC ) . Kromě toho může Bmi1 nahradit transkripční faktory Sox2, Klf4 a c-Myc při přeprogramování fibroblastů na iPSC. [29] Předpokládá se, že Bmi1 řídí fungování mitochondrií a tvorbu reaktivních forem kyslíku v nich, které mohou způsobit poškození DNA. [30] Množství Bmi1 v buňce je regulováno mikroRNA-141, která potlačuje jeho syntézu vazbou na jeho mRNA v 3'-nepřekládané oblasti. [31] Naregulaci hladiny Bmi1 v buňce se podílejí transkripční faktory rodin Myc , Myb , Twist1 , SALL4 , E2F1 a GLI1 . [32] Protože Bmi1 je atraktivním terapeutickým cílem pro léčbu různých lidských rakovin a přeprogramování buněk srdečního svalu , bylo zjištěno, že malá molekula PTC-209 specificky inhibuje Bmi1. [32] [33] [34]
• PCGF1 (Polycomb group RING finger protein 1). V komplexu PCGF1-PRC1 podobnému PRC1 je podjednotka PCGF1 potřebná k zahájení represe genu zprostředkované skupinou Polycomb během diferenciace, protože reguluje aktivitu ubikvitin ligázy RING1B, která katalyzuje ubikvitinaci Lys119 na histonu H2A, což je nutné. naverbovat PRC2 na CpG ostrovy . [35] Absence PCGF1-PRC1 vede k aberantní expresi cílových genů. [36]
• PCGF2 (Polycomb group RING finger protein 2) ortolog Bmi1. Funkčně se neliší od Bmi1. [37]
• PCGF6 byl nalezen v komplexech PRC1, které mají methyltransferázu H3K9, a v komplexech, které mají aktivitu demetylázy H3K4 [38] . Pcgf6 je nutný k udržení identity embryonálních kmenových buněk (ESC). Na rozdíl od kanonické PRC1 působí komplexy s Pcgf6 jako pozitivní regulátor transkripce a vážou se přednostně na promotory nesoucí aktivní chromatinové značky. Úroveň syntézy Pcgf6 v ESC je obvykle vysoká a je nutná k zabránění diferenciace, protože Pcgf6 je nutný k udržení syntézy transkripčních faktorů Oct-4 , Sox2 a Nanog [39] .
• RYBP nebo jeho homologní podjednotka YAF2 alternativního komplexu RYBP-PRC1 [19] , který obsahuje RYBP, RING1B a PCGF2/Bmi1 a neobsahuje podjednotky CBX, PHC, SCM. [40] Aktivace RYBP vyžaduje potlačení „zrání“ miRNA -125b, která inhibuje RYBP. Aktivace RYBP vede k RYBP-dependentní H2AK119 ubikvitinaci a downregulaci genů potřebných pro diferenciaci. Kromě toho je RYBP nutný k tomu, aby OCT4 přistál na promotoru Kdm2b (gen histondemetylázy), který je nezbytný pro úspěšnou aktivaci endogenních genů pluripotence během přeprogramování buněk na iPSC . [41]
• RING1  je podjednotka komplexu PRC1, která monoubikvitinuje histon H2A za vzniku H2A K119ub. Delece genu Ring1B vede ke ztrátě několika proteinů PRC1, včetně RYBP, Cbx4, PCGF2 a Bmi1 [42] .
• SUV39H1 ( histon-lysin N-methyltransferáza ) - tento jaderný protein se během mitózy přesouvá do centromer. Hraje důležitou roli v organizaci chromatinu, separaci chromozomů a v mechanismech mitózy, funguje jako methyltransferáza, která methyluje H3 histon lysin-9 za vzniku H3K9me3, represivní značky [43] .
• L3mbtl2  je členem atypického komplexu PRC1. Je nezbytný pro raný embryonální vývoj. Podporuje buněčnou proliferaci a inhibuje diferenciaci. Interaguje s faktory pluripotence a analogem PRC1 obsahujícím G9A, Hdac1 a Ring1b. [44]

Komplex PRC1 inhibuje genovou expresi a převádí chromatin na kompaktní formu [19] [45]  — heterochromatin . Pomocí podjednotky CBX váže „značku represe“ – histon H3K27me3 jako součást nukleozomu. Kromě toho pomocí podjednotky Bmi1 komplex váže nukleozomy prostřednictvím komplexu transkripčního faktoru Runx1/CBFβ, bez ohledu na značku H3K27me3. S pomocí podjednotky RING1, stimulované podjednotkou Bmi1 nebo RYBP, PRC1 monoubikvitinuje histon H2A za vzniku H2A K119ub, což má za následek zhutnění chromatinu. Navíc pomocí podjednotky CBX7 podporuje vazbu dlouhé nekódující RNA (lncRNA) na promotorové oblasti, což vede k inhibici odpovídajících genů. [46] [47] V tomto případě hraje CBX7 roli „capping“ čepice, která zabraňuje degradaci lncRNA s následnou „neplánovanou“ aktivací genu.

Komplex PRC2

Komplex PRC2 indukuje transkripční represi methylací histonů a nehistonových proteinů. Pro jeho přistání na cílový gen je zapotřebí aktivní chromatinová značka H3K4me3 (při jejímž vzniku hrají důležitou roli proteiny skupiny Trithorax ) a speciální nekódující RNA, která váže podjednotku SUZ12. [12] Existují dvě různé formy PRC2, které kromě jádra sestávajícího z EZH1/2, SUZ12, EED a také ( RBBP4 /7) [48] , obsahují kofaktory [49] , jsou to: PRC2. 1 (obsahující jeden z proteinů podobných polycomu PALI1/2) a PRC2.2 (obsahující AEBP2 a JARID2). Komplex PRC2 má složitou molekulární architekturu [50] a skládá se z několika podjednotek:

• Ezh1 pomáhá zadržovat PRC2 na chromatinu klidových buněk, ve kterých není Jarid2 syntetizován [51] .
• EZH2 (Enhancer of Zester Homolog 2) je methyltransferáza histonů a nehistonových proteinů. Ezh2 je obvykle přítomen v buňkách, které jsou špatně diferencované a aktivně se dělící [51] . EZH2 je nezbytný pro opravu tkání a podporuje regenerační proliferaci progenitorových buněk. Ztráta EZH2 vede k poruše regenerace, zatímco nadměrná syntéza EZH2 metyltransferázy vede k neoplastické transformaci buňky a mutace v její katalytické doméně vedou k lymfomu . GSK126, který vysoce selektivně inhibuje EZH2 a zároveň soutěží s S-adenosyl methioninem (SAM), může pomoci v boji proti těmto onemocněním, což má za následek snížení hladiny methylovaného H3K27 a aktivaci cílových genů potlačených PRC2. [52] [53] [54] Histon H3 má několik izoforem, z nichž jedna je histon H3.3 (obsahující threonin na pozici 31 aminokyselinové sekvence) je přítomen pouze v těch místech, kde jsou geny aktivní, zatímco H3 Izoforma .1 (obsahující na pozici 31 alanin) se nachází hlavně v částech genomu, kde nejsou žádné aktivní geny. To je vysvětleno skutečností, že methyltransferáza ATXR5 (Arabidopsis Trithorax-related protein 5), která methyluje lysin-27 histonu H3 (H3K27), má doménu, která po „přečtení“ threoninu-31 (místo alaninu-31) v histon H3, inhibuje aktivitu methyltransferázy ATXR5. Proto izoformu H3.3 nelze modifikovat pomocí značky H3K27me1. Genové oblasti obsahující velké množství histonů H3.3 jsou tak chráněny před heterochromatizací a supresí aktivity během replikace DNA [55]
• EED ( embryonic ectoderm development ) je  podjednotka komplexu PRC2, jejíž funkce není dosud plně objasněna. Předpokládá se, že má schopnost vázat se jak na proteiny komplexu PRC2, tak na proteiny komplexu PRC1. EED tedy konsoliduje proteiny komplexu PRC2 a usnadňuje následné přistání komplexu PRC1 na trojitě metylovaném lokusu H3K27 cílového genu a také zvyšuje aktivitu ubikvitin ligázy PRC1 [56]
• SUZ12 ( Suppressor of Zeste  12 ) je podjednotka, která váže krátké nekódující RNA dlouhé 50-200 nukleotidů, exprimované z 5'-konce polycomb cílových genů v primárních T-lymfocytech a zárodečných kmenových buňkách [57]
• AEBP2 (Adipocyte Enhancer-Binding Protein) – tento protein je RBBP4 /7-vazebný kofaktor PRC2.2 [58] , regulovaný promotorem umístěným na retrotranspozonu , který má neobvyklý vzor methylace DNA [59] . Předpokládá se, že je to díky regulaci podjednotkou AEBP2, že PRC2 přednostně váže methylovanou DNA a zároveň potlačuje transkripci na chromatinu [60] . Tato podjednotka snižuje methylační aktivitu a tím i hladinu histonu H3K27me3 [61]
• Jarid2 ( jumonji  , AT bohatá interaktivní doména 2 ) je histondemethyláza, jeden z klíčových epigenetických regulátorů vývojových procesů. Jarid2, stejně jako Ezh2, je obvykle přítomen v buňkách, které jsou špatně diferencované a aktivně se dělící [51] a funguje jako transkripční represor cílových genů. Předpokládá se, že JARID2 interaguje s nekódujícími RNA (lncRNA) a komplexem PRC2 a reguluje tak vazbu PRC2 na chromatin [62] [63] . Syntéza Jarid2 je významně zvýšena v ESC ve srovnání s diferencovanými buňkami. Knockdown této podjednotky vede k aktivaci genů spojených s buněčnou diferenciací a významně snižuje možnost přeprogramování fibroblastů na iPSC. [64]
• Mtf2 ( metal response element binding transkripční faktor 2 ) je také známý jako PCL2 ( polycomb -like 2 ) .  Knockdown genu této podjednotky vede k aktivaci genů spojených s diferenciací buněk a významně snižuje možnost přeprogramování fibroblastů na iPSC [65] 
• esPRC2p48  je exprimován v myších embryonálních kmenových buňkách na vyšší úrovni než v diferencovaných buňkách. Společná exprese genů JARID2, MTF2 a esPRC2p48 zvyšuje přeprogramování myších embryonálních fibroblastů zprostředkované Oct4/Sox2/Klf4 na indukované pluripotentní kmenové buňky.
• Mdm2 ( Mouse  double minute 2 homolog ), fyzikálně se vázající na EZH2 na chromatinu, podporuje Polycombem zprostředkovanou represi řady genů, podporuje zvýšení trimetylace histonu 3 na lysinu 27 a ubikvitinaci histonu 2A na lysinu 119 (H2AK119). Delece nebo inaktivace MDM2 současně s H2AK119 E3 ligázou Ring1B/ RNF2 zastavuje buněčnou proliferaci nezávisle na p53 [66] .Mitogenní role MDM2 je zásadní pro hojení ran při poškození tkání. Současně MDM2 podporuje zánět tkáně [67] .
• PALI1 a PALI2, respektive označované jako PRC2 asociovaný LCOR 1 a PRC2 asociovaný LCORL 2,  jsou proteiny, které jsou přítomny pouze u obratlovců a nenacházejí se u bezobratlých nebo rostlin. Chybí také v komplexech PRC2 obsahujících AEBP2. Zvyšte aktivitu metylace a hladinu histonu H3K27me3 [61] 
• ASXL1 ( anglicky:  Addition of sex combs-like 1 ), fyzicky interaguje s členy PRC2 a je nezbytný pro jeho přistání na chromatinové DNA. Ztráta nebo mutace ASXL1 v hematopoetických buňkách je spojena s globální ztrátou H3K27me3 v celém genomu a zejména v lokusu HOXA , což vede k šíření mutantních klonů a také podporuje transformaci na myeloidní buňky . [68] [69]

Dlouhé a krátké nekódující RNA (lncRNA a miRNA)

Dlouhé nekódující RNA ( lncRNA ) interagují s chromatinem a inhibují transkripci odpovídajících genů, pomáhají komplexům PRC2 a PRC1 vybrat cílový gen [70] [71] [72] [73] . Bylo zjištěno, že tkáňová specificita je mnohem výraznější pro lncRNA ve srovnání s kódujícími RNA, což z nich činí atraktivní diagnostické markery [74] .

• Kcnq1ot1  - interaguje s PRC2 a PRC1, inhibuje shluk Kcnq1. [75]
• Xist  interaguje s PRC2, podílí se na modifikaci histonů X-chromozomu [76] [77] Během inaktivace X-chromozomu je produkt Xist distribuován přes euchromatické oblasti poblíž telomer X-chromozomu podle jejich trojrozměrné struktury, nikoli však nukleotidová sekvence [78] [79] [80] . K tomu, aby Xist interagoval s PRC2 a umístil jej na chromozom X, jsou zapotřebí proteiny SHARP (SMRT and HDAC related repressor protein), které interagují skorepresorem SMRT [81] a HDAC3 histondeacetylázou 3 [82] [83] .
• HOTAIR  interaguje s PRC2 a inhibuje lokus HOX [84] [85] .
• ANRIL (Antisense Non-coding RNA in the INK4 Locus) – interaguje s PRC1 a PRC2. Způsobuje inhibici komplexem PRC1 lokusu INK4b/ARF/INK4a, který je zodpovědný za supresi nádorového růstu aktivací stárnutí buněk [86] Bylo zjištěno, že ANRIL urychluje rozvoj aterosklerózy a je tedy biomarkerem a rizikový faktor pro ischemickou chorobu srdeční . [87]
• Gtl2 ( Meg3 ) je lncRNA, která reguluje imprinting v lokusu Dlk1-Dio3 . [88] Váže se přímo na PRC2. Knockdown Gtl2 v myších embryonálních kmenových buňkách vede ke snížení obsahu Ezh2 na promotoru Dlk1 a aktivaci exprese Dlk1 [89] . iPSC, ve kterých je potlačena syntéza Gtl2, nejsou schopné normální diferenciace, o čemž svědčí jejich neschopnost dát vzniknout chimérickým myším a myším sestávajícím pouze z iPSC [90]
• Fendrr hraje důležitou roli v regulačních sítích, které řídí tvorbu mezodermů . Podílí se na epigenetické modifikaci genových promotorů . Vazbou na komplex PRC2 působí jako modulátor chromatinu, který mění aktivitu odpovídajících genů. U embryí s deficitem Fendrr je vývoj srdečních stěn narušen, což je spojeno s prudkým poklesem počtu PRC2 a poklesem trimetylace H3K27 v místech promotorů. [91]
• Pint (p53-indukovaný nekódující transkript) je dlouhá intergenová nekódující RNA ( lincRNA ) regulovaná p53 . Pint podporuje buněčnou proliferaci a přežití regulací genové exprese v drahách TGF-beta , MAPK a p53. Pint je jaderná lincRNA, která přímo interaguje s PRC2 a je nutná pro cílené dodání PRC2 do specifických genů pro trimethylaci H3K27, což způsobuje jejich represi. Pint se účastní mechanismu negativní autoregulace p53, kde lincRNA spojuje aktivaci p53 s epigenetickou represí indukovanou PRC2 [92] .
• lncRNA H19/miR-675 je schopna aktivovat buněčnou proliferaci potlačením syntézy transkripčního faktoru RUNX1 [93] a vazbou na EZH2 polycomb promotor [94] . Kromě toho váže mikroRNA lethal-7 (let-7) [95] jako molekulární houba , která hraje důležitou roli při syntéze EZH2 [15] a při interakci s MBD1 (protein 1 methyl-CpG-binding domain ) protein, podílí se na udržování represivních histonových značek H3K9me3 potřebných k potlačení sítě pro imprinting genů [96] , která je zase nezbytná pro kontrolu úrovně exprese růstových faktorů v embryích. H19 je hojně syntetizován ve fetálních tkáních, ale po narození je silně potlačován. Esenciální transkripce je zachována pouze v kosterním svalu, kde je nutná pro diferenciaci satelitních buněk na zralé svalové buňky a regeneraci [97] .
• lncRNA FAL1 (fokálně amplifikovaná na chromozomu 1) je onkogenní RNA, která reguluje stabilitu Bmi1, což vede ke změnám v transkripci řady genů, včetně inhibice CDKN1A/p21 . Represe syntézy FAL1 brání růstu nádoru, ale aktivuje stárnutí [98]
• lncRNA MIR31HG interaguje s proteiny skupiny Polycomb a spolu s nimi se podílí na represi lokusu INK4A v mechanismu, který aktivuje stárnutí během onkogeneze, což je důležitý mechanismus pro potlačení nádorového růstu [99] .
• TERRA - interaguje se SUZ12 komplexu PRC2 za účelem vytvoření a udržení telomerového chromatinu ve formě heterochromatinu [100] , [101] . Předpokládá se, že TERRA-zprostředkovaná vazba polycomb komplexu na pluripotenci a diferenciační geny je regulována složkou TRF1 (Telomere Repeat Binding Factor 1) komplexu úkrytu [ 102 ]

Viz také recenze [103]

Transkripční faktory

• Transkripční faktor REST , také známý jako NRSF (neuron-restriktivní tlumící faktor), inhibuje vazbu PRC1 a PRC2 na místa v blízkosti promotoru a vazbou na podjednotku CBX podporuje vazbu PRC1 nezávislou na H3K27me3 na místa vzdálená od promotor [104] . REST vysoce koreluje se zvýšenou životností. Hladiny REST byly nejvyšší v mozcích lidí, kteří se dožili 90–100 let, aniž by se u nich rozvinula demence [105] .
• Runx1 / CBFβ (transkripční faktor 1 související s runt/podjednotka beta faktoru vázající jádro) může interagovat s SUV39H1 a s podjednotkou Bmi1 komplexu PRC1. [106] Runx1 je transkripční faktor, který reguluje diferenciaci hematopoetických kmenových buněk na zralé krvinky. Runx proteiny tvoří s CBFβ heterodimerní komplex, který zvyšuje stabilitu jeho vazby na DNA.
• Transkripční faktor YY1 (Yin a Yang 1) [107]  — spolu s Id1 inhibuje syntézu proteinu p16 , čímž brání stárnutí buněk. [108] Je vyžadován pro přistání RYBP-PRC1 na promotor.

Diagram epigenetické regulace komplexy PRC2 a PRC1

Aby komplex PRC2 přesně zasáhl požadované místo cílového genu, musí se vázat na krátkou nekódující RNA, která je transkribována z 5' konce cílového genu, který má být reprimován. Protein vázající RNA RBFox2 zjevně také pomáhá při přistání komplexu PRC2 v místech vystavených represi, protože jeho inaktivace vede ke genové derepresi [109] . Tato RNA je transkribována RNA polymerázou II-S5p z genového promotoru aktivovaného značkou H3K4me3. Teprve poté, co se PRC2 naváže na tuto RNA prostřednictvím své podjednotky SUZ12, je schopen metylovat histon H3 lysin 27 v nukleozomu, který řídí cílový gen. K tomu však musí být lysin 27 nejprve deacetylován komplexem NuRD [110] [111] . Poté, co PRC2 pomocí své podjednotky EZH2 trojnásobně metyluje histon H3 za vzniku H3K27me3, vstupuje do činnosti PRC1, který se váže na nukleozom buď prostřednictvím „represivní značky“ - H3K27me3, kterou rozpozná její podjednotka CBX, nebo prostřednictvím jedné transkripčních faktorů (REST, YY1 nebo Runx1/CBFp). [112] Dále PRC1 posiluje inhibici genu vazbou ubikvitinu na histon lysin 119 H2A (H2A K119ub).

Skutečnost, že ke značení H3K27me3 obvykle dochází v buněčném cyklu před replikací DNA, naznačuje, že modifikace histonů proteiny Polycomb hrají důležitou roli při udržování epigenetické paměti během buněčného dělení [113] [114] [115]

Ukázalo se, že změny v transkripční aktivitě samy o sobě mohou regulovat modifikaci histonů H3K27me3. Zrušení transkripce způsobené delecí místa počátku transkripce je dostatečné k tomu, aby způsobilo akumulaci H3K27me3. Na druhou stranu vynucená aktivace transkripce umělým aktivátorem d Cas9 je dostatečná k odstranění značky H3K27me3 [116] .

Komplexem PRC2 zprostředkovaná trimethylace lysinu 27 v histonu H3 a s tím spojená inhibice řady genů jsou nezbytnou podmínkou pro přeprogramování somatických buněk na iPSC [6] [117] [118]

Bivalentní oblasti chromatinu

Pozornost mnoha výzkumníků přitahují geny zvané bivalentní , protože mají jak represivní markery (H3K27me3), tak aktivační markery (H3K4me3) [119] [120] , které působí jako alosterické regulátory [121] . Enzym, který katalyzuje trimethylaci H3K4 na bivalentních promotorech vývojových genů, jako jsou geny Hox z embryonálních kmenových buněk, je členem rodiny COMPASS nazývané Mll2 (KMT2b). [122] Marker H3K4me3 je nutný pro transkripční aktivitu S5p RNA polymerázy II, která syntetizuje krátkou nekódující RNA potřebnou pro vazbu PRC2, zatímco H3K27me3 je vyžadována pro vazbu CBX proteinů komplexu PRC1. Bivalentní oblasti chromatinu jsou přítomny v embryích od 8-buněčného stadia až po stadium blastocysty, kdy jsou buňky rozděleny do dvou populací: vnitřní buňky, ze kterých se tvoří embryonální kmenové buňky , a povrchová vrstva embrya ( trofoblast ). Genová sada buněk povrchové vrstvy stále obsahuje bivalentní geny, nicméně PRC1 již v těchto oblastech není přítomen, ačkoli PRC2 je stále přítomen. Klíčovou roli v těchto buňkách již hraje Suv39h1 , který v bivalentních genech katalyzuje trimethylaci lysinu 9 v histonu H3 (H3K9me3) [123] a komplex G9a/GLP, který plní stejnou funkci, ale za účasti PRC2 komplex [124] . Značka H3K9me3 zabraňuje přeprogramování somatických buněk na indukované kmenové buňky , protože interferuje s vazbou proteinových přeprogramovacích pluripotenčních faktorů (Oct4, Sox2, Klf4 a c-Myc) na cílové geny. Inaktivace enzymů, které způsobují toto označení, značně zvyšuje rychlost přeprogramování. [125] Bylo zjištěno, že dva typy represních markerů, modifikace H3K9me2 a H3K27me3, se vzájemně vylučují. [126] Při diferenciaci embryonálních kmenových buněk bivalentní geny mizí, [127] zůstávají pouze v méně diferencovaných buňkách, jako jsou dospělé kmenové buňky, krvetvorné (hematopoetické) buňky a satelitní (progenitorové) buňky těla. Vyskytují se však během buněčné proliferace v důsledku regenerace nebo růstu nádoru. [128] [129] [130] Když jsou somatické buňky přeprogramovány na iPSC , lokus Ink4a/Arf je epigeneticky transformován do „tiché“ bivalentní formy pomocí markerů H3K27me3 a H3K4me3, což vede k represi lokusu Ink4a/Arf, což kóduje takové inhibitory kinázy buněčného cyklu (CDK) jako p16INK4A a p19Arf [131] . Opačný proces je pozorován během stárnutí indukovaného RAF1, kdy MSK1 (mitogenem a stresem aktivovaná kináza 1) fosforyluje serin 28 v histonu H3K27me3, což způsobuje odstranění komplexů represoru PRC1/2 a aktivuje expresi Ink4ab/Arf. lokusu, což vede ke stárnutí.buňkám [132] .

Role v imprintingu

Genomický imprinting je epigenetický jev, při kterém jsou geny v potomstvu vyjádřeny monoalelicky v závislosti na tom, kterému z rodičů (otci nebo matce) patřili před oplodněním. Bylo zjištěno, že značka H3K27me3 připojená komplexem PRC2 hraje důležitou roli v mechanismech imprintingu [133] [134] Zejména ztráta otisku zprostředkovaného H3K27me3 snižuje účinnost klonování zvířat a přispívá k vývojovým defektům pozorované u klonovaných embryí [134] [135] . Proto fixace otisku zprostředkovaného H3K27me3 může významně zlepšit účinnost klonování [136] .

Role polycomb represorových komplexů ve vývoji a stárnutí

Cílová místa proteinů SUZ12 a EED (které jsou součástí represivního komplexu PRC2) a bivalentní chromatinové domény, které řídí expresi takových homeotických genů jako HOX a PAX a dalších ontogenetických genů obratlovců, jak se ukázalo, obsahují geny obsahující hypermetylovaná místa CpG související s věkem . Proto jak modifikace H3K27me3 v nukleozomech [137] , tak regulace metylace genů na promotorech zapojených do vývoje a stárnutí mohou představovat jediný klíčový mechanismus pro růst a stárnutí , který se odráží ve vzorcích univerzálních epigenetických hodin pro výpočet biologického věku . . [138]

Poznámky

1. ↑ 1 2 Lanzuolo C. , Orlando V. Vzpomínky na proteiny polycomb group.  (anglicky)  // Každoroční přehled genetiky. - 2012. - Sv. 46. ​​​​- S. 561-589. - doi : 10.1146/annurev-genet-110711-155603 . — PMID 22994356 .
2. ↑ Mallo M. , Alonso ČR Regulace exprese genu Hox během vývoje zvířat.  (anglicky)  // Vývoj (Cambridge, Anglie). - 2013. - Sv. 140, č.p. 19 . - S. 3951-3963. - doi : 10.1242/dev.068346 . — PMID 24046316 .
3. ↑ Lewis EB Genový komplex řídící segmentaci u Drosophila.  (anglicky)  // Nature. - 1978. - Sv. 276, č.p. 5688 . - S. 565-570. — PMID 103000 .
4. ↑ Pirrotta V. Polycombing genomu: PcG, trxG a umlčování chromatinu.  (anglicky)  // Cell. - 1998. - Sv. 93, č.p. 3 . - S. 333-336. — PMID 9590168 .
5. ↑ Huang C. , Xu M. , Zhu B. Epigenetická dědičnost zprostředkovaná metylací histonového lysinu: zachování transkripčních stavů bez přesné obnovy znamének?  (anglicky)  // Filosofické transakce Královské společnosti v Londýně. Řada B, Biologické vědy. - 2013. - Sv. 368, č.p. 1609 . - S. 20110332. - doi : 10.1098/rstb.2011.0332 . — PMID 23166395 .
6. ↑ 1 2 Fragola G. , Germain PL , Laise P. , Cuomo A. , Blasimme A. , Gross F. , Signaroldi E. , Bucci G. , Sommer C. , Pruneri G. , Mazzarol G. , Bonaldi T. , Mostoslavsky G. , Casola S. , Testa G. Přeprogramování buněk vyžaduje umlčení základní podmnožiny polycombových cílů.  (anglicky)  // genetika PLoS. - 2013. - Sv. 9, č. 2 . — P. e1003292. - doi : 10.1371/journal.pgen.1003292 . — PMID 23468641 .
7. ↑ Aloia L. , Di Stefano B. , Di Croce L. Polycombové komplexy v kmenových buňkách a embryonálním vývoji.  (anglicky)  // Vývoj (Cambridge, Anglie). - 2013. - Sv. 140, č.p. 12 . - S. 2525-2534. - doi : 10.1242/dev.091553 . — PMID 23715546 .
8. ↑ Entrevan M. , Schuettengruber B. , Cavalli G. Regulace architektury a funkce genomu pomocí Polycomb Proteins.  (anglicky)  // Trendy v buněčné biologii. - 2016. - doi : 10.1016/j.tcb.2016.04.009 . — PMID 27198635 .
9. ↑ Kirmizis A. , Bartley SM , Kuzmichev A. , Margueron R. , Reinberg D. , Green R. , Farnham PJ Umlčení lidských polycomb cílových genů je spojeno s methylací histonu H3 Lys 27.  //  Genes & development. - 2004. - Sv. 18, č. 13 . - S. 1592-1605. - doi : 10.1101/gad.1200204 . — PMID 15231737 .
10. ↑ Portoso M a Cavalli G. Role RNAi a nekódujících RNA v Polycomb zprostředkované kontrole genové exprese a genomovém programování // RNA a regulace genové exprese: Skrytá vrstva  složitosti . – Caister Academic Press, 2008.
11. ↑ Molitor A. , ​​Shen WH Polycomb complex PRC1: složení a funkce v rostlinách.  (anglicky)  // Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao. - 2013. - Sv. 40, č. 5 . - S. 231-238. - doi : 10.1016/j.jgg.2012.12.005 . — PMID 23706298 .
12. ↑ 1 2 3 Margueron R. , Reinberg D. Polycombový komplex PRC2 a jeho životní značka.  (anglicky)  // Nature. - 2011. - Sv. 469, č.p. 7330 . - S. 343-349. - doi : 10.1038/nature09784 . — PMID 21248841 .
13. ↑ Grimm C. , Matos R. , Ly-Hartig N. , Steuerwald U. , Lindner D. , Rybin V. , Müller J. , Müller CW Molekulární rozpoznání metylace histonového lysinu skupinovým represorem Polycomb dSfmbt.  (anglicky)  // The EMBO journal. - 2009. - Sv. 28, č. 13 . - S. 1965-1977. - doi : 10.1038/emboj.2009.147 . — PMID 19494831 .
14. ↑ Lagarou A. , Mohd-Sarip A. , Moshkin YM , Chalkley GE , Bezstarosti K. , Demmers JA , Verrijzer CP dKDM2 spojuje ubikvitylaci histonu H2A s demetylací histonu H3 během umlčování skupiny Polycomb.  (anglicky)  // Genes & development. - 2008. - Sv. 22, č. 20 . - S. 2799-2810. - doi : 10.1101/gad.484208 . — PMID 18923078 .
15. ↑ 1 2 Tzatsos A. , Paskaleva P. , Lymperi S. , Contino G. , Stoykova S. , Chen Z. , Wong KK , Bardeesy N. Lysin-specifická demethyláza 2B (KDM2B)-let-7-enhancer homologu zester 2 (EZH2) dráha reguluje progresi buněčného cyklu a stárnutí v primárních buňkách.  (anglicky)  // The Journal of biologické chemie. - 2011. - Sv. 286, č.p. 38 . - S. 33061-33069. - doi : 10.1074/jbc.M111.257667 . — PMID 21757686 .
16. ↑ Scheuermann JC , de Ayala Alonso AG , Oktaba K. , Ly-Hartig N. , McGinty RK , Fraterman S. , Wilm M. , Muir TW , Müller J. Aktivita deubikvitinázy Histone H2A represivního komplexu Polycomb PR-DUB.  (anglicky)  // Nature. - 2010. - Sv. 465, č.p. 7295 . - S. 243-247. - doi : 10.1038/nature08966 . — PMID 20436459 .
17. ↑ Piunti, A., & Shilatifard, A. (2021). Role represivních komplexů Polycomb ve vývoji savců a rakovině. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 22(5):326-345 PMID 33723438 doi : 10.1038/s41580-021-00341-1
18. ↑ Gil J. , O'Loghlen A. Komplexní diverzita PRC1: kam nás vede?  (anglicky)  // Trendy v buněčné biologii. - 2014. - Sv. 24, č. 11 . - S. 632-641. - doi : 10.1016/j.tcb.2014.06.005 . — PMID 25065329 .
19. ↑ 1 2 3 4 Morey L. , Aloia L. , Cozzuto L. , Benitah SA , Di Croce L. RYBP a Cbx7 definují specifické biologické funkce polycomb komplexů v myších embryonálních kmenových buňkách.  (anglicky)  // Přehledy buněk. - 2013. - Sv. 3, č. 1 . - S. 60-69. - doi : 10.1016/j.celrep.2012.11.026 . — PMID 23273917 .
20. ↑ Turner SA , Bracken AP "Složitý" problém: dešifrování role varianty PRC1 v ESC.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2013. - Sv. 12, č. 2 . - S. 145-146. - doi : 10.1016/j.stem.2013.01.014 . — PMID 23395440 .
21. ↑ Camahort R. , Cowan CA Cbx proteiny pomáhají ESC projít linii mezi sebeobnovou a diferenciací.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 10, č. 1 . - str. 4-6. - doi : 10.1016/j.stem.2011.12.011 . — PMID 22226347 .
22. ↑ Morey L. , Pascual G. , Cozzuto L. , Roma G. , Wutz A. , Benitah SA , Di Croce L. Nepřekrývající se funkce skupiny proteinů skupiny Polycomb Cbx v embryonálních kmenových buňkách.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 10, č. 1 . - S. 47-62. - doi : 10.1016/j.stem.2011.12.006 . — PMID 22226355 .
23. ↑ O'Loghlen A. , Muñoz-Cabello AM , Gaspar-Maia A. , Wu HA , Banito A. , Kunowska N. , Racek T. , Pemberton HN , Beolchi P. , Lavial F. , Masui O. , Vermeulen M , Carroll T. , Graumann J. , Heard E. , Dillon N. , Azuara V. , Snijders AP , Peters G. , Bernstein E. , Gil J. MikroRNA regulace Cbx7 zprostředkovává změnu polycombových ortologů během ESC diferenciace.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 10, č. 1 . - S. 33-46. - doi : 10.1016/j.stem.2011.12.004 . — PMID 22226354 .
24. ↑ Simhadri C. , Daze KD , Douglas SF , Quon TT , Dev A. , Gignac MC , Peng F. , Heller M. , Boulanger MJ , Wulff JE , Hof F. Antagonisté chromodomény, které se zaměřují na chromo protein methyllysinového čtecího proteinu polycomb-group homolog 7 (CBX7).  (anglicky)  // Journal of medical chemistry. - 2014. - Sv. 57, č.p. 7 . - S. 2874-2883. - doi : 10.1021/jm401487x . — PMID 24625057 .
25. ↑ Chi-Kuo Hu, Wei Wang, Julie Brind'Amour a kol., (2020). Diapauza obratlovců dlouhodobě chrání organismy prostřednictvím členů komplexu Polycomb Archivováno 22. února 2020 na Wayback Machine . Věda. 367(6480), 870-874 doi : 10.1126/science.aaw2601
26. ↑ George Wendt, Shunsuke Nakamura, Atsushi Iwama. Zásadní role genového produktu skupiny Polycomb BMI-1 při udržování samoobnovujících se hematopoetických kmenových buněk // Kmenové buňky a rakovinné kmenové buňky. - 2013. - T. 9. - S. 143-153. - doi : 10.1007/978-94-007-5645-8_14 .
27. ↑ Molofsky AV , Pardal R. , Iwashita T. , Park IK , Clarke MF , Morrison SJ Závislost na Bmi-1 odlišuje sebeobnovu nervových kmenových buněk od proliferace progenitorů.  (anglicky)  // Nature. - 2003. - Sv. 425, č.p. 6961 . - S. 962-967. - doi : 10.1038/nature02060 . — PMID 14574365 .
28. ↑ Wang Y. , Zang X. , Wang Y. , Chen P. Vysoká exprese p16INK4a a nízká exprese Bmi1 jsou spojeny se stárnutím endotelových buněk v lidské rohovce.  (anglicky)  // Molekulární vidění. - 2012. - Sv. 18. - S. 803-815. — PMID 22509111 .
29. ↑ Moon JH , Heo JS , Kim JS , Jun EK , Lee JH , Kim A. , Kim J. , Whang KY , Kang YK , Yeo S. , Lim HJ , Han DW , Kim DW , Oh S. , Yoon BS , Schöler HR , You S. Přeprogramování fibroblastů na indukované pluripotentní kmenové buňky pomocí Bmi1.  (anglicky)  // Cell research. - 2011. - Sv. 21, č. 9 . - S. 1305-1315. - doi : 10.1038/cr.2011.107 . — PMID 21709693 .
30. ↑ Liu J. , Cao L. , Chen J. , Song S. , Lee IH , Quijano C. , Liu H. , Keyvanfar K. , Chen H. , Cao LY , Ahn BH , Kumar NG , Rovira II , Xu XL , van Lohuizen M. , Motoyama N. , Deng CX , Finkel T. Bmi1 reguluje mitochondriální funkci a dráhu reakce na poškození DNA.  (anglicky)  // Nature. - 2009. - Sv. 459, č.p. 7245 . - S. 387-392. - doi : 10.1038/nature08040 . — PMID 19404261 .
31. ↑ Dimri M. , Carroll JD , Cho JH , Dimri GP microRNA-141 reguluje expresi BMI1 a indukuje stárnutí v lidských diploidních fibroblastech.  (anglicky)  // Buněčný cyklus (Georgetown, Texas). - 2013. - Sv. 12, č. 22 . - S. 3537-3546. - doi : 10.4161/cc.26592 . — PMID 24091627 .
32. ↑ 1 2 Zhou, M., Xu, Q., Huang, D., & Luo, L. (2021). Regulace genové transkripce B lymfomu homolog inzerce oblasti 1 Mo‑MLV. Biomedical Reports, 14(6), 1-8. PMID 33884195 PMC 8056379 doi : 10.3892/br.2021.1428
33. ↑ Yang, D., Liu, HQ, Yang, Z., Fan, D., & Tang, QZ (2021). BMI1 v srdci: Nové funkce nad rámec tumorigeneze. EBioMedicine, 63, 103193. PMID 33421944 PMC 7804972 doi : 10.1016/j.ebiom.2020.103193
34. ↑ Testa, G., Russo, M., Di Benedetto, G., Barbato, M., Parisi, S., Pirozzi, F., ... & Passaro, F. (2020). Inhibitor Bmi1 PTC-209 podporuje chemicky indukované přímé přeprogramování srdečních fibroblastů na kardiomyocyty. Vědecké zprávy, 10(1), 1-16. PMID 32346096 PMC 7189257 doi : 10.1038/s41598-020-63992-8
35. ↑ Riising, E.M., Comet, I., Leblanc, B., Wu, X., Johansen, J.V., & Helin, K. (2014). Umlčování genů spouští nábor polycomb represivního komplexu 2 do celého genomu CpG ostrovů. Molecular cell, 55(3), 347-360. PMID 24999238 doi : 10.1016/j.molcel.2014.06.005
36. ↑ Sugishita H, Kondo T, Ito S, et al. (2021). "Varianta PCGF1-PRC1 spojuje nábor PRC2 s inaktivací transkripce v cílových genech spojenou s diferenciací." NatCommun . 12 (5341). DOI : 10.1038/s41467-021-24894-z .
37. ↑ Ishida A. , Asano H. , Hasegawa M. , Koseki H. , Ono T. , Yoshida MC , Taniguchi M. , Kanno M. Klonování a mapování chromozomů lidského genu Mel-18, který kóduje protein vázající DNA s nový motiv 'RING-finger'.  (anglicky)  // Gene. - 1993. - Sv. 129, č.p. 2 . - S. 249-255. — PMID 8325509 .
38. ↑ Gao Z. , Zhang J. , Bonasio R. , Strino F. , Sawai A. , Parisi F. , Kluger Y. , Reinberg D. PCGF homology, CBX proteiny a RYBP definují funkčně odlišné komplexy rodiny PRC1.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2012. - Sv. 45, č.p. 3 . - S. 344-356. - doi : 10.1016/j.molcel.2012.01.002 . — PMID 22325352 .
39. ↑ Yang CS , Chang KY , Dang J. , Rana TM Polycomb Group Protein Pcgf6 působí jako hlavní regulátor pro udržení identity embryonálních kmenových buněk.  (anglicky)  // Vědecké zprávy. - 2016. - Sv. 6. - S. 26899. - doi : 10.1038/srep26899 . — PMID 27247273 .
40. ↑ Gao Z. , Zhang J. , Bonasio R. , Strino F. , Sawai A. , Parisi F. , Kluger Y. , Reinberg D. PCGF homology, CBX proteiny a RYBP definují funkčně odlišné komplexy rodiny PRC1.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2012. - Sv. 45, č.p. 3 . - S. 344-356. - doi : 10.1016/j.molcel.2012.01.002 . — PMID 22325352 .
41. ↑ Huanhuan Li, Ping Lai, Jinping Jia et al., (2017). RNA Helicase DDX5 inhibuje přeprogramování na pluripotenci represí RYBP založenou na miRNA a jeho funkcí závislých a nezávislých na PRC1 Archivováno 7. dubna 2020 na Wayback Machine . Cell Stem Cell doi : 10.1016/j.stem.2016.12.002
42. ↑ Hanson IM , Poustka A. , Trowsdale J. Nové geny v oblasti II. třídy lidského hlavního histokompatibilního komplexu.  (anglicky)  // Genomics. - 1991. - Sv. 10, č. 2 . - S. 417-424. — PMID 1906426 .
43. ↑ Aagaard L. , Laible G. , Selenko P. , Schmid M. , Dorn R. , Schotta G. , Kuhfittig S. , Wolf A. , Lebersorger A. , Singh PB , Reuter G. , Jenuwein T. Funkční homology savců Drosophila PEV-modifikátor Su(var)3-9 kóduje proteiny spojené s centromerou, které tvoří komplex s heterochromatinovou složkou M31.  (anglicky)  // The EMBO journal. - 1999. - Sv. 18, č. 7 . - S. 1923-1938. - doi : 10.1093/emboj/18.7.1923 . — PMID 10202156 .
44. ↑ Qin J. , Whyte WA , Anderssen E. , Apostolou E. , Chen HH , Akbarian S. , Bronson RT , Hochedlinger K. , Ramaswamy S. , Young RA , Hock H. Polycomb group protein L3mbtl2 sestavuje atypický PRC1- rodinný komplex, který je nezbytný pro pluripotentní kmenové buňky a raný vývoj.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 11, č. 3 . - S. 319-332. - doi : 10.1016/j.stem.2012.06.002 . — PMID 22770845 .
45. ↑ Luis NM , Morey L. , Di Croce L. , Benitah SA Polycomb v kmenových buňkách: PRC1 se větví.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 11, č. 1 . - S. 16-21. - doi : 10.1016/j.stem.2012.06.005 . — PMID 22770239 .
46. ↑ Nakama M. , Kawakami K. , Kajitani T. , Urano T. , Murakami Y. Tvorba hybridu DNA-RNA zprostředkovává tvorbu heterochromatinu řízenou RNAi.  (eng.)  // Genes to cells: věnované molekulárním a buněčným mechanismům. - 2012. - Sv. 17, č. 3 . - S. 218-233. - doi : 10.1111/j.1365-2443.2012.01583.x . — PMID 22280061 .
47. ↑ Saxena A. , Carninci P. Dlouhá nekódující RNA modifikuje chromatin: epigenetické umlčování dlouhými nekódujícími RNA.  (anglicky)  // BioEssays: novinky a recenze v molekulární, buněčné a vývojové biologii. - 2011. - Sv. 33, č. 11 . - S. 830-839. - doi : 10.1002/bies.201100084 . — PMID 21915889 .
48. ↑ Kasinath, V., Faini, M., Poepsel, S., Reif, D., Feng, XA, Stjepanovic, G., ... & Nogales, E. (2018). Struktury lidské PRC2 s jejími kofaktory AEBP2 a JARID2. Science, 359(6378), 940-944 doi : 10.1126/science.aar5700
49. ↑ Moritz, LE a Trievel, RC (2017). Struktura, mechanismus a regulace polykombového represivního komplexu 2. Journal of Biological Chemistry, jbc-R117. doi : 10.1074/jbc.R117.800367jbc.R117.800367
50. ↑ Ciferri C. , Lander GC , Maiolica A. , Herzog F. , Aebersold R. , Nogales E. Molekulární architektura lidského polykombového represivního komplexu 2.  //  eLife. - 2012. - Sv. 1. - P. e00005. - doi : 10.7554/eLife.00005 . — PMID 23110252 .
51. ↑ 1 2 3 Son J. , Shen SS , Margueron R. , Reinberg D. Vazebné aktivity nukleozomů v rámci JARID2 a EZH1 regulují funkci PRC2 na chromatinu.  (anglicky)  // Genes & development. - 2013. - Sv. 27, č. 24 . - S. 2663-2677. doi : 10.1101 / gad.225888.113 . — PMID 24352422 .
52. ↑ McCabe MT , Ott HM , Ganji G. , Korenchuk S. , Thompson C. , Van Aller GS , Liu Y. , Graves AP , Della Pietra A. 3rd , Diaz E. , LaFrance LV , Mellinger M. , Duquenné C. , Tian X. , Kruger RG , McHugh CF , Brandt M. , Miller WH , Dhanak D. , Verma SK , Tummino PJ , Creasy CL Inhibice EZH2 jako terapeutická strategie pro lymfom s mutacemi aktivujícími EZH2.  (anglicky)  // Nature. - 2012. - Sv. 492, č.p. 7427 . - S. 108-112. - doi : 10.1038/příroda11606 . — PMID 23051747 .
53. ↑ Cavalli G. Molekulární biologie. EZH2 jde sólo.  (anglicky)  // Věda (New York, NY). - 2012. - Sv. 338, č.p. 6113 . - S. 1430-1431. - doi : 10.1126/science.1232332 . — PMID 23239724 .
54. ↑ Melnick A. Epigenetická terapie poskočila vpřed díky specifickému zacílení EZH2.  (anglicky)  // Cancer cell. - 2012. - Sv. 22, č. 5 . - S. 569-570. - doi : 10.1016/j.ccr.2012.10.016 . — PMID 23153531 .
55. ↑ Jacob Y. , Bergamin E. , Donoghue MT , Mongeon V. , LeBlanc C. , Voigt P. , Underwood CJ , Brunzelle JS , Michaels SD , ​​​​Reinberg D. , Couture JF , Martienssen RA Selektivní methylace histonu H3 varianty H3.1 reguluje replikaci heterochromatinu.  (anglicky)  // Věda (New York, NY). - 2014. - Sv. 343, č.p. 6176 . - S. 1249-1253. - doi : 10.1126/science.1248357 . — PMID 24626927 .
56. ↑ Cao Q. , Wang X. , Zhao M. , Yang R. , Malik R. , Qiao Y. , Poliakov A. , Yocum AK , Li Y. , Chen W. , Cao X. , Jiang X. , Dahiya A . , Harris C. , Feng FY , Kalantry S. , Qin ZS , Dhanasekaran SM , Chinnaiyan AM Ústřední role EED v orchestraci komplexů polycombových skupin.  (anglicky)  // Nature communications. - 2014. - Sv. 5. - S. 3127. - doi : 10.1038/ncomms4127 . — PMID 24457600 .
57. ↑ Kanhere A. , Viiri K. , Araújo CC , Rasaiyaah J. , Bouwman RD , Whyte WA , Pereira CF , Brookes E. , Walker K. , Bell GW , Pombo A. , Fisher AG , Young RA , Jenner RG Short RNA jsou transkribovány z reprimovaných polycomb cílových genů a interagují s polycomb represivním komplexem-2.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2010. - Sv. 38, č.p. 5 . - S. 675-688. - doi : 10.1016/j.molcel.2010.03.019 . — PMID 20542000 .
58. ↑ Sun, A., Li, F., Liu, Z., Jiang, Y., Zhang, J., Wu, J., & Shi, Y. (2017). Strukturální a biochemické pohledy na lidský protein zinkového prstu AEBP2 odhalují interakce s RBBP4 Archived 11. dubna 2018 na Wayback Machine . Protein & buňka, 1-5. {{doi:10.1007/s13238-017-0483-6}}
59. ↑ Kim, H., Bakshi, A., & Kim, J. (2015). Promotor savčího aebp2 odvozený z retrotranspozonu. PloS one, 10(4), e0126966. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0126966
60. ↑ Wang, X., Pauček, RD, Gooding, AR, Brown, ZZ, Eva, JG, Muir, TW, & Cech, TR (2017). Molekulární analýza náboru PRC2 do DNA v chromatinu a jeho inhibice RNA. Nature Structural and Molecular Biology, 24(12), 1028-1038. doi : 10.1038/nsmb.3487
61. ↑ 1 2 Conway, E., Jerman, E., Healy, E., Ito, S., Holoch, D., Oliviero, G., .. & Watson, A. (2018). Rodina polykombů specifických pro obratlovce kódovaných činností LCOR/LCORL Genes Balance PRC2 Subtype Activities . Molekulární buňka. doi|10.1016/j.molcel.2018.03.005
62. ↑ Kaneko S. , Bonasio R. , Saldaña-Meyer R. , Yoshida T. , Son J. , Nishino K. , Umezawa A. , Reinberg D. Interakce mezi JARID2 a nekódujícími RNA inhibují nábor PRC2 do chromatinu.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2014. - Sv. 53, č.p. 2 . - S. 290-300. - doi : 10.1016/j.molcel.2013.11.012 . — PMID 24374312 .
63. ↑ Sanulli S. , Justin N. , Teissandier A. , Ancelin K. , Portoso M. , Caron M. , Michaud A. , Lombard B. , da Rocha ST , Offer J. , Loew D. , Servant N. , Wassef M. , Burlina F. , Gamblin SJ , Heard E. , Margueron R. Jarid2 Methylace prostřednictvím komplexu PRC2 reguluje ukládání H3K27me3 během buněčné diferenciace.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2015. - Sv. 57, č.p. 5 . - S. 769-783. - doi : 10.1016/j.molcel.2014.12.020 . — PMID 25620564 .
64. ↑ Zhang Z. , Jones A. , Sun CW , Li C. , Chang CW , Joo HY , Dai Q. , Mysliwiec MR , Wu LC , Guo Y. , Yang W. , Liu K. , Pawlik KM , Erdjument-Bromage H. , Tempst P. , Lee Y. , Min J. , Townes TM , Wang H. PRC2 komplexy s JARID2, MTF2 a esPRC2p48 v ES buňkách pro modulaci pluripotence ES buněk a přeprogramování somatických buněk.  (anglicky)  // Kmenové buňky (Dayton, Ohio). - 2011. - Sv. 29, č. 2 . - S. 229-240. doi : 10.1002 / stopka.578 . — PMID 21732481 .
65. ↑ Jones A. , Wang H. Polycomb represivní komplex 2 v embryonálních kmenových buňkách: přehled.  (anglicky)  // Protein & cell. - 2010. - Sv. 1, č. 12 . - S. 1056-1062. - doi : 10.1007/s13238-010-0142-7 . — PMID 21213100 .
66. ↑ Wienken Magdalena , Dickmanns Antje , Nemajerová Alice , Kramer Daniela , Najafova Zeynab , Weiss Miriam , Karpiuk Oleksandra , Kassem Moustapha , Zhang Yanping , Lozano Guillermina , Johnsen Steven A. , Moll Ute X.stein , Dobhang Matia M. MDM2 se spojuje s polycombovým represorovým komplexem 2 a zlepšuje chromatinové modifikace podporující stemness nezávisle na p53  // Molecular Cell. - 2016. - Leden ( roč. 61 , č. 1 ). - S. 68-83 . — ISSN 1097-2765 . - doi : 10.1016/j.molcel.2015.12.008 .
67. ↑ Ebrahim M. , Mulay SR , Anders HJ , Thomasova D. MDM2 mimo rakovinu: podoptóza, vývoj, zánět a regenerace tkání.  (anglicky)  // Histologie a histopatologie. - 2015. - Sv. 30, č. 11 . - S. 1271-1282. - doi : 10.14670/HH-11-636 . — PMID 26062755 .
68. ↑ Abdel-Wahab, O., Adli, M., LaFave, LM, Gao, J., Hricik, T., Shih, AH, ... & Levine, RL (2012). Mutace ASXL1 podporují myeloidní transformaci prostřednictvím ztráty genové represe zprostředkované PRC2. Cancer cell, 22(2), 180-193. PMID 22897849 PMC 3422511 doi : 10.1016/j.ccr.2012.06.032
69. ↑ Fujino, T., Goyama, S., Sugiura, Y., Inoue, D., Asada, S., Yamasaki, S., ... & Kitamura, T. (2021). Mutant ASXL1 indukuje věkem podmíněnou expanzi fenotypových hematopoetických kmenových buněk prostřednictvím aktivace Akt/mTOR dráhy. Přírodní komunikace, 12(1), 1-20. PMID 33758188 PMC 7988019 doi : 10.1038/s41467-021-22053-y
70. ↑ Quinodoz Sofia , Guttman Mitchell. Dlouhé nekódující RNA: vznikající spojení mezi genovou regulací a jadernou organizací  // Trendy v buněčné biologii. - 2014. - Listopad ( roč. 24 , č. 11 ). - S. 651-663 . — ISSN 0962-8924 . - doi : 10.1016/j.tcb.2014.08.009 .
71. ↑ Lee JT Epigenetická regulace dlouhými nekódujícími RNA.  (anglicky)  // Věda (New York, NY). - 2012. - Sv. 338, č.p. 6113 . - S. 1435-1439. - doi : 10.1126/science.1231776 . — PMID 23239728 .
72. ↑ Kornienko AE , Guenzl PM , Barlow DP , Pauler FM Genová regulace aktem dlouhé nekódující RNA transkripce.  (anglicky)  // BMC biology. - 2013. - Sv. 11. - S. 59. - doi : 10.1186/1741-7007-11-59 . — PMID 23721193 .
73. ↑ Long, Y., Hwang, T., Gooding, A. R. et al. RNA je nezbytná pro obsazení a funkci chromatinu PRC2 v lidských pluripotentních kmenových buňkách. Nat Genet (2020). https://doi.org/10.1038/s41588-020-0662-x
74. ↑ Reis EM , Verjovski-Almeida S. Perspektivy dlouhých nekódujících RNA v diagnostice rakoviny.  (anglicky)  // Hranice genetiky. - 2012. - Sv. 3. - S. 32. - doi : 10.3389/fgene.2012.00032 . — PMID 22408643 .
75. ↑ Kanduri C. Kcnq1ot1: chromatinová regulační RNA.  (anglicky)  // Semináře z buněčné a vývojové biologie. - 2011. - Sv. 22, č. 4 . - S. 343-350. - doi : 10.1016/j.semcdb.2011.02.020 . — PMID 21345374 .
76. ↑ Wang XQ , Crutchley JL , Dostie J. Tvarování genomu pomocí nekódujících RNA.  (anglicky)  // Současná genomika. - 2011. - Sv. 12, č. 5 . - S. 307-321. - doi : 10.2174/138920211796429772 . — PMID 21874119 .
77. ↑ Sado T. , Brockdorff N. Pokroky v porozumění umlčování chromozomů pomocí dlouhé nekódující RNA Xist.  (anglicky)  // Filosofické transakce Královské společnosti v Londýně. Řada B, Biologické vědy. - 2013. - Sv. 368, č.p. 1609 . - S. 20110325. - doi : 10.1098/rstb.2011.0325 . — PMID 23166390 .
78. ↑ Engreitz JM , Pandya-Jones A. , McDonel P. , Shishkin A. , Sirokman K. , Surka C. , Kadri S. , Xing J. , Goren A. , Lander ES , Plath K. , Guttman M. The Xist lncRNA využívá trojrozměrnou architekturu genomu k šíření přes X chromozom.  (anglicky)  // Věda (New York, NY). - 2013. - Sv. 341, č.p. 6147 . - S. 1237973. - doi : 10.1126/science.1237973 . — PMID 23828888 .
79. ↑ NEKÓDOVANÁ RNA POMÁHÁ HLEDAT POŽADOVANÉ GENY PRO REGULAČNÍ PROTEINY . Staženo 22. února 2020. Archivováno z originálu dne 22. února 2020. (neurčitý)
80. ↑ Kochanova Natalya (2013). Záhadná cesta nekódující RNA Xist podél chromozomu X Archivováno 19. října 2014.
81. ↑ Shi Y. , Downes M. , Xie W. , Kao HY , Ordentlich P. , Tsai CC , Hon M. , Evans RM Sharp, indukovatelný kofaktor, který integruje represi a aktivaci jaderného receptoru.  (anglicky)  // Genes & development. - 2001. - Sv. 15, č. 9 . - S. 1140-1151. - doi : 10.1101/gad.871201 . — PMID 11331609 .
82. ↑ McHugh CA , Chen CK , Chow A. , Surka CF , Tran C. , McDonel P. , Pandya-Jones A. , Blanco M. , Burghard C. , Moradian A. , Sweredoski MJ , Shishkin AA , Su J. . Lander ES , Hess S. , Plath K. , Guttman M. Xist lncRNA interaguje přímo s SHARP, aby umlčel transkripci prostřednictvím HDAC3.  (anglicky)  // Nature. - 2015. - Sv. 521, č.p. 7551 . - S. 232-236. - doi : 10.1038/příroda14443 . — PMID 25915022 .
83. ↑ Jak gen RNA umlčí celý chromozom. Archivováno 29. dubna 2015 na Wayback Machine . ScienceDaily, 27. dubna 2015
84. ↑ Wutz A. RNA-zprostředkované umlčovací mechanismy v savčích buňkách.  (anglicky)  // Pokrok v molekulární biologii a translační vědě. - 2011. - Sv. 101. - S. 351-376. - doi : 10.1016/B978-0-12-387685-0.00011-1 . — PMID 21507358 .
85. ↑ Woo CJ , Kingston RE HOTAIR pozvedá nekódující RNA na novou úroveň.  (anglicky)  // Cell. - 2007. - Sv. 129, č.p. 7 . - S. 1257-1259. - doi : 10.1016/j.cell.2007.06.014 . — PMID 17604716 .
86. ↑ Yap KL , Li S. , Muñoz-Cabello AM , Raguz S. , Zeng L. , Mujtaba S. , Gil J. , Walsh MJ , Zhou MM Molekulární souhra nekódující RNA ANRIL a methylovaného histonu H3 lysinu 2CBX7 polycomb 2 v transkripčním umlčování INK4a.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2010. - Sv. 38, č.p. 5 . - S. 662-674. - doi : 10.1016/j.molcel.2010.03.021 . — PMID 20541999 .
87. ↑ Chen, L., Qu, H., Guo, M., Zhang, Y., Cui, Y., Yang, Q., ... & Shi, D. (2020). ANRIL a ateroskleróza Archivováno 14. června 2021 na Wayback Machine . Časopis klinické farmacie a terapeutiky, 45(2), 240-248. PMID 31703157 doi : 10.1111/jcpt.13060
88. ↑ Hung Ko-Hsuan , Wang Yang , Zhao Jing. Regulace dávkování savčích genů dlouhými nekódujícími RNA  // Biomolekuly. - 2013. - 4. února ( díl 3 , č. 4 ). - S. 124-142 . — ISSN 2218-273X . - doi : 10.3390/biom3010124 .
89. ↑ Zhao J. , Ohsumi TK , Kung JT , Ogawa Y. , Grau DJ , Sarma K. , Song JJ , Kingston RE , Borowsky M. , Lee JT Genome-wide identification of polycomb-associated RNAs by RIP-seq.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2010. - Sv. 40, č. 6 . - S. 939-953. - doi : 10.1016/j.molcel.2010.12.011 . — PMID 21172659 .
90. ↑ Stadtfeld M. , Apostolou E. , Akutsu H. , Fukuda A. , Follett P. , Natesan S. , Kono T. , Shioda T. , Hochedlinger K. Aberantní umlčování imprintovaných genů na chromozomu 12qF1 v myších kmenových buňkách .  (anglicky)  // Nature. - 2010. - Sv. 465, č.p. 7295 . - S. 175-181. - doi : 10.1038/nature09017 . — PMID 20418860 .
91. ↑ Grote P. , Wittler L. , Hendrix D. , Koch F. , Währisch S. , Beisaw A. , Macura K. , Bläss G. , Kellis M. , Werber M. , Herrmann BG Tkáňově specifická lncRNA Fendrr je nezbytný regulátor vývoje srdce a tělesné stěny u myši.  (anglicky)  // Vývojová buňka. - 2013. - Sv. 24, č. 2 . - S. 206-214. - doi : 10.1016/j.devcel.2012.12.012 . — PMID 23369715 .
92. ↑ Marín-Béjar O. , Marchese FP , Athie A. , Sánchez Y. , González J. , Segura V. , Huang L. , Moreno I. , Navarro A. , Monzó M. , García-Foncillas J. , Rinn JL , Guo S. , Huarte M. Pint lincRNA spojuje dráhu p53 s epigenetickým umlčením pomocí represivního komplexu Polycomb 2.  (anglicky)  // Genome biology. - 2013. - Sv. 14, č. 9 . - S. 104. - doi : 10.1186/cz-2013-14-9-r104 . — PMID 24070194 .
93. ↑ Zhuang M. , Gao W. , Xu J. , Wang P. , Shu Y. Dlouhá nekódující miR-675 odvozená od RNA H19 moduluje proliferaci buněk lidského karcinomu žaludku zacílením na tumor supresor RUNX1.  (anglicky)  // Biochemické a biofyzikální výzkumné komunikace. - 2014. - Sv. 448, č.p. 3 . - S. 315-322. - doi : 10.1016/j.bbrc.2013.12.126 . — PMID 24388988 .
94. ↑ Luo M. , Li Z. , Wang W. , Zeng Y. , Liu Z. , Qiu J. Dlouhá nekódující RNA H19 zvyšuje metastázy rakoviny močového měchýře tím, že se asociuje s EZH2 a inhibuje expresi E-cadherinu.  (anglicky)  // Cancer letters. - 2013. - Sv. 333, č.p. 2 . - S. 213-221. - doi : 10.1016/j.canlet.2013.01.033 . — PMID 23354591 .
95. ↑ Kallen AN , Zhou XB , Xu J. , Qiao C. , Ma J. , Yan L. , Lu L. , Liu C. , Yi JS , Zhang H. , Min W. , Bennett AM , Gregory RI , Ding Y , Huang Y. Imprintovaná H19 lncRNA antagonizuje let-7 mikroRNA.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2013. - Sv. 52, č.p. 1 . - S. 101-112. - doi : 10.1016/j.molcel.2013.08.027 . — PMID 24055342 .
96. ↑ Monnier P. , Martinet C. , Pontis J. , Stancheva I. , Ait-Si-Ali S. , Dandolo L. H19 lncRNA řídí genovou expresi Imprinted Gene Network rekrutováním MBD1.  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013. - Sv. 110, č.p. 51 . - S. 20693-20698. - doi : 10.1073/pnas.1310201110 . — PMID 24297921 .
97. ↑ Dey BK , Pfeifer K. , Dutta A. H19 dlouhá nekódující RNA dává vzniknout mikroRNA miR-675-3p a miR-675-5p k podpoře diferenciace a regenerace kosterního svalstva.  (anglicky)  // Genes & development. - 2014. - Sv. 28, č. 5 . - S. 491-501. - doi : 10.1101/gad.234419.113 . — PMID 24532688 .
98. ↑ Hu X. , Feng Y. , Zhang D. , Zhao SD , ​​Hu Z. , Greshock J. , Zhang Y. , Yang L. , Zhong X. , Wang LP , Jean S. , Li C. , Huang Q. , Katsaros D. , Montone KT , Tanyi JL , Lu Y. , Boyd J. , Nathanson KL , Li H. , Mills GB , Zhang L. Funkční genomický přístup identifikuje FAL1 jako onkogenní dlouhou nekódující RNA, která se spojuje s BMI1 a potlačuje expresi p21 u rakoviny.  (anglicky)  // Cancer cell. - 2014. - Sv. 26, č. 3 . - S. 344-357. - doi : 10.1016/j.ccr.2014.07.009 . — PMID 25203321 .
99. ↑ Montes Marta , Nielsen Morten M. , Maglieri Giulia , Jacobsen Anders , Højfeldt Jonas , Agrawal-Singh Shuchi , Hansen Klaus , Helin Kristian , van de Werken Harmen JG , Pedersen Jakob S. , Lund Anders H. Výraz lncgRNA461 MIRA potlačuje modulovat stárnutí  // Nature Communications. - 2015. - 24. dubna ( vol. 6 , No. 1 ). — ISSN 2041-1723 . - doi : 10.1038/ncomms7967 .
100. ↑ Montero, JJ, López-Silanes, I., Megías, D., Fraga, MF, Castells-García, Á., & Blasco, MA (2018). TERRA nábor polycomb do telomer je nezbytný pro histonové trymethylační značky na telomerickém heterochromatinu. Nature communications, 9(1), 1548. https://doi.org/10.1038/s41467-018-03916-3
101. ↑ Bettin, N., Oss Pegorar, C., & Cusanelli, E. (2019). Vznikající role TERRA při udržování telomer a stabilitě genomu. Cells, 8(3), 246; https://doi.org/10.3390/cells8030246
102. ↑ Marión RM et al., & Blasco MA (2019). eLife 2019;8:e44656 https://doi.org/10.7554/eLife.44656.001
103. ↑ Almeida, M., Bowness, JS, & Brockdorff, N. (2020). Mnoho tváří regulace Polycomb pomocí RNA. Current Opinion in Genetics & Development, 61, 53-61. PMID 32403014 doi : 10.1016/j.gde.2020.02.023
104. ↑ Ren X. , Kerppola TK REST interaguje s proteiny Cbx a reguluje obsazení polycomb represivního komplexu 1 na prvcích RE1.  (anglicky)  // Molekulární a buněčná biologie. - 2011. - Sv. 31, č. 10 . - S. 2100-2110. - doi : 10.1128/MCB.05088-11 . — PMID 21402785 .
105. ↑ Lu T. , Aron L. , Zullo J. , Pan Y. , Kim H. , Chen Y. , Yang TH , Kim HM , Drake D. , Liu XS , Bennett DA , Colaiácovo MP , Yankner BA REST a odolnost vůči stresu při stárnutí a Alzheimerově chorobě.  (anglicky)  // Nature. - 2014. - Sv. 507, č.p. 7493 . - S. 448-454. - doi : 10.1038/příroda13163 . — PMID 24670762 .
106. ↑ Yu M. , Mazor T. , Huang H. , Huang HT , Kathrein KL , Woo AJ , Chouinard ČR , Labadorf A. , Akie TE , Moran TB , Xie H. , Zacharek S. , Taniuchi I. , Roeder RG , Kim CF , Zon LI , Fraenkel E. , Cantor AB Přímý nábor polycomb represivního komplexu 1 do chromatinu pomocí jádrových vazebných transkripčních faktorů.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2012. - Sv. 45, č.p. 3 . - S. 330-343. - doi : 10.1016/j.molcel.2011.11.032 . — PMID 22325351 .
107. ↑ Berk AJ Jin a jang funkce zprostředkovatele odhalené lidskými mutanty.  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2012. - Sv. 109, č.p. 48 . - S. 19519-19520. - doi : 10.1073/pnas.1217267109 . — PMID 23184968 .
108. ↑ Rayess H. , Wang MB , Srivatsan ES Senescence buněk a tumor supresorový gen p16.  (anglicky)  // International journal of cancer. - 2012. - Sv. 130, č.p. 8 . - S. 1715-1725. - doi : 10.1002/ijc.27316 . — PMID 22025288 .
109. ↑ Wei C. , Xiao R. , Chen L. , Cui H. , Zhou Y. , Xue Y. , Hu J. , Zhou B. , Tsutsui T. , Qiu J. , Li H. , Tang L. , Fu XD RBFox2 váže vznikající RNA, aby globálně regulovala cílení Polycomb Complex 2 v genomech savců.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2016. - Sv. 62, č.p. 6 . - S. 875-889. - doi : 10.1016/j.molcel.2016.04.013 . — PMID 27211866 .
110. ↑ Hu G. , Wade PA NuRD a pluripotence: komplexní vyvažování.  (eng.)  // Buněčná kmenová buňka. - 2012. - Sv. 10, č. 5 . - S. 497-503. - doi : 10.1016/j.stem.2012.04.011 . — PMID 22560073 .
111. ↑ Reynolds N., Salmon-Divon M., Dvinge H., Hynes-Allen A., Balasooriya G., Leaford D., Behrens A., Bertone P., Hendrich B. NuRD-zprostředkovaná deacetylace H3K27 usnadňuje nábor Polycombu Represivní komplex 2 k přímé genové represi.  (anglicky)  // The EMBO journal. - 2012. - Sv. 31, č. 3 . - S. 593-605. - doi : 10.1038/emboj.2011.431 . — PMID 22139358 .
112. ↑ Arnold P. , Schöler A. , ​​Pachkov M. , Balwierz PJ , Jørgensen H. , Stadler MB , van Nimwegen E. , Schübeler D. Modelování dynamiky epigenomu identifikuje transkripční faktory, které zprostředkovávají Polycomb targeting.  (anglicky)  // Genome research. - 2013. - Sv. 23, č. 1 . - S. 60-73. - doi : 10.1101/gr.142661.112 . — PMID 22964890 .
113. ↑ Lanzuolo C. , Lo Sardo F. , Diamantini A. , Orlando V. PcG komplexy připravily půdu pro epigenetickou dědičnost genového umlčování v časné S fázi před replikací.  (anglicky)  // genetika PLoS. - 2011. - Sv. 7, č. 11 . — P. e1002370. - doi : 10.1371/journal.pgen.1002370 . — PMID 22072989 .
114. ↑ Petruk S. , Sedkov Y. , Johnston DM , Hodgson JW , Black KL , Kovermann SK , Beck S. , Canaani E. , Brock HW , Mazo A. TrxG a PcG proteiny, ale ne methylované histony, zůstávají spojeny s DNA prostřednictvím replikace.  (anglicky)  // Cell. - 2012. - Sv. 150, č. 5 . - S. 922-933. - doi : 10.1016/j.cell.2012.06.046 . — PMID 22921915 .
115. ↑ Abmayr SM , Workman JL Držet se replikace DNA: modifikace histonu nebo modifikátor?  (anglicky)  // Cell. - 2012. - Sv. 150, č. 5 . - S. 875-877. - doi : 10.1016/j.cell.2012.08.006 . — PMID 22939615 .
116. ↑ Hosogane M. , Funayama R. , Shirota M. , Nakayama K. Nedostatek spouštěčů transkripce H3K27me3 Akumulace v těle genu.  (anglicky)  // Přehledy buněk. - 2016. - doi : 10.1016/j.celrep.2016.06.034 . — PMID 27396330 .
117. ↑ Luo M., Ling T., Xie W., Sun H., Zhou Y., Zhu Q., Shen M., Zong L., Lyu G., Zhao Y., Ye T., Gu J., Tao W., Lu Z., Grummt I. NuRD blokuje přeprogramování myších somatických buněk na pluripotentní kmenové buňky.  (anglicky)  // Kmenové buňky (Dayton, Ohio). - 2013. - Sv. 31, č. 7 . - S. 1278-1286. doi : 10.1002 / stopka.1374 . — PMID 23533168 .
118. ↑ Rais Y., Zviran A., Geula S., Gafni O., Chomsky E., Viukov S., Mansour A. A., Caspi I., Krupalnik V., Zerbib M., Maza I., Mor N., Baran D ., Weinberger L., Jaitin D. A., Lara-Astiaso D., Blecher-Gonen R., Shipony Z., Mukamel Z., Hagai T., Gilad S., Amann-Zalcenstein D., Tanay A., Amit I. , Novershtern N., Hanna J. H. Deterministické přímé přeprogramování somatických buněk na pluripotenci.  (anglicky)  // Nature. - 2013. - Sv. 502, č.p. 7469 . - S. 65-70. - doi : 10.1038/příroda12587 . — PMID 24048479 .
119. ↑ Voigt P. , Tee W.W. , Reinberg D. Dvojitý pohled na bivalentní promotory.  (anglicky)  // Genes & development. - 2013. - Sv. 27, č. 12 . - S. 1318-1338. - doi : 10.1101/gad.219626.113 . — PMID 23788621 .
120. ↑ De Gobbi M. , Garrick D. , Lynch M. , Vernimmen D. , Hughes JR , Goardon N. , Luc S. , Lower KM , Sloane-Stanley JA , Pina C. , Soneji S. , Renella R. , Enver T. , Taylor S. , Jacobsen SE , Vyas P. , Gibbons RJ , Higgs DR Generování bivalentních chromatinových domén během rozhodování o osudu buněk.  (anglicky)  // Epigenetics & chromatin. - 2011. - Sv. 4, č. 1 . - S. 9. - doi : 10.1186/1756-8935-4-9 . — PMID 21645363 .
121. ↑ Lu C. , Ward A. , Bettridge J. , Liu Y. , Desiderio S. Autoregulační mechanismus ukládá alosterickou kontrolu na V(D)J rekombinázu methylací histonu H3.  (anglicky)  // Přehledy buněk. - 2015. - Sv. 10, č. 1 . - S. 29-38. - doi : 10.1016/j.celrep.2014.12.001 . — PMID 25543141 .
122. ↑ Hu D. , Garruss AS , Gao X. , Morgan MA , Cook M. , Smith ER , Shilatifard A. Mll2 větev rodiny COMPASS reguluje bivalentní promotory v myších embryonálních kmenových buňkách.  (anglicky)  // Strukturální a molekulární biologie přírody. - 2013. - Sv. 20, č. 9 . - S. 1093-1097. doi : 10.1038 / nsmb.2653 . — PMID 23934151 .
123. ↑ Alder O. , Lavial F. , Helness A. , Brookes E. , Pinho S. , Chandrashekran A. , Arnaud P. , Pombo A. , O'Neill L. , Azuara V. Ring1B a Suv39h1 vymezují odlišné stavy chromatinu na bivalentní geny během časného závazku myší linie.  (anglicky)  // Vývoj (Cambridge, Anglie). - 2010. - Sv. 137, č.p. 15 . - S. 2483-2492. - doi : 10.1242/dev.048363 . — PMID 20573702 .
124. ↑ Mozzetta C. , Pontis J. , Fritsch L. , Robin P. , Portoso M. , Proux C. , Margueron R. , Ait-Si-Ali S. Histon H3 lysin 9 methyltransferázy G9a a GLP regulují polykombový represivní komplex 2 - zprostředkované umlčení genů.  (anglicky)  // Molecular cell. - 2014. - Sv. 53, č.p. 2 . - S. 277-289. - doi : 10.1016/j.molcel.2013.12.005 . — PMID 24389103 .
125. ↑ Soufi A. , Donahue G. , Zaret KS Facilitátoři a překážky počátečního zapojení faktorů přeprogramování pluripotence do genomu.  (anglicky)  // Cell. - 2012. - Sv. 151, č.p. 5 . - S. 994-1004. - doi : 10.1016/j.cell.2012.09.045 . — PMID 23159369 .
126. ↑ Lienert F. , Mohn F. , Tiwari VK , Baubec T. , Roloff TC , Gaidatzis D. , Stadler MB , Schübeler D. Genomická prevalence heterochromatické H3K9me2 a transkripce nerozlišují pluripotentní od terminálně diferencovaných buněk.  (anglicky)  // genetika PLoS. - 2011. - Sv. 7, č. 6 . - P. e1002090. - doi : 10.1371/journal.pgen.1002090 . — PMID 21655081 .
127. ↑ Aldiri I. , Vetter ML PRC2 během organogeneze obratlovců: komplex v přechodu.  (anglicky)  // Vývojová biologie. - 2012. - Sv. 367, č.p. 2 . - S. 91-99. - doi : 10.1016/j.ydbio.2012.04.030 . — PMID 22565092 .
128. ↑ Mallen-St Clair J. , Soydaner-Azeloglu R. , Lee KE , Taylor L. , Livanos A. , Pylayeva-Gupta Y. , Miller G. , Margueron R. , Reinberg D. , Bar-Sagi D. EZH2 páry regenerace pankreatu až k neoplastické progresi.  (anglicky)  // Genes & development. - 2012. - Sv. 26, č. 5 . - S. 439-444. - doi : 10.1101/gad.181800.111 . — PMID 22391448 .
129. ↑ Richly H , Aloia L , Di Croce L. Role proteinů skupiny Polycomb v kmenových buňkách a rakovině  // Cell Death & Disease. - 2011. - Září ( vol. 2 , No. 9 ). - S. e204-e204 . — ISSN 2041-4889 . - doi : 10.1038/cddis.2011.84 .
130. ↑ Zheng Y. , He L. , Wan Y. , Song J. Hypermethylace DNA genu p16INK4a zesílená H3K9me: epigenetický podpis pro spontánní transformaci krysích mezenchymálních kmenových buněk.  (anglicky)  // Kmenové buňky a vývoj. - 2013. - Sv. 22, č. 2 . - S. 256-267. - doi : 10.1089/scd.2012.0172 . — PMID 22873822 .
131. ↑ Ding X. , Wang X. , Sontag S. , Qin J. , Wanek P. , Lin Q. , Zenke M. Polycomb protein Ezh2 ovlivňuje indukovanou tvorbu pluripotentních kmenových buněk.  (anglicky)  // Kmenové buňky a vývoj. - 2014. - Sv. 23, č. 9 . - S. 931-940. - doi : 10.1089/scd.2013.0267 . — PMID 24325319 .
132. ↑ Culerrier R. , Carraz M. , Mann C. , Djabali M. MSK1 spouští expresi lokusu INK4AB/ARF v onkogenem indukované senescenci.  (anglicky)  // Molekulární biologie buňky. - 2016. - Sv. 27, č. 17 . - S. 2726-2734. - doi : 10.1091/mbc.E15-11-0772 . — PMID 27385346 .
133. ↑ Chen, Z., Yin, Q., Inoue, A., Zhang, C., & Zhang, Y. (2019). Alelický methylační přepínač H3K27me3 na alelickou DNA zachovává nekanonický otisk v extraembryonálních buňkách. Science Advances, 5(12), eaay7246. doi : 10.1126/sciadv.aay7246 PMC 6989337
134. ↑ 1 2 Chen, Z., & Zhang, Y. (2020). Autozomální a X chromozomový otisk matky závislý na H3K27me3. Nature Reviews Genetics, 1-17. doi : 10.1038/s41576-020-0245-9 PMID 32514155
135. ↑ Matoba, S., Wang, H., Jiang, L., Lu, F., Iwabuchi, KA, Wu, X., ... & Ogura, A. (2018). Ztráta imprintingu H3K27me3 v embryích s přenosem jádra somatických buněk narušuje postimplantační vývoj. Cell stem cell, 23(3), 343-354. doi : 10.1016/j.stem.2018.06.008 PMC 6326833
136. ↑ Překonání bariéry genomického otisku zlepšuje klonování savců . Získáno 20. června 2020. Archivováno z originálu dne 20. června 2020. (neurčitý)
137. ↑ Das, P., & Taube, JH (2020). Regulace methylace na H3K27: Trick or Treat pro plasticitu rakovinných buněk. Cancers, 12(10), 2792. PMID 33003334 PMC 7600873 doi : 10.3390/cancers12102792
138. ↑ Ake T. Lu, Zhe Fei, Amin Haghani, Todd R. Robeck et al., & Steve Horvath (2021). Univerzální věk metylace DNA v savčích tkáních Archivováno 21. ledna 2021 na Wayback Machine . biorxiv.org doi : 10.1101/2021.01.18.426733

Literatura

• Guido van Mierlo, Gert Jan C. Veenstra, Michiel Vermeulen, Hendrik Marks (2019). Složitost subkomplexů PRC2. Trendy v buněčné biologii, DOI: https://doi.org/10.1016/j.tcb.2019.05.004
• Laugesen A., Højfeldt JW, Helin K. (2019). Molekulární mechanismy řídící nábor PRC2 a methylace H3K27 . Molecular Cell, 74(1), 8-18, DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.03.011
• Vidal, M. (2014). Polycomb Complexes: Chromatinové regulátory potřebné pro buněčnou diverzitu a tkáňovou homeostázu. In Transkripční a epigenetické mechanismy regulující normální a aberantní vývoj krevních buněk (str. 95–139). Springer Berlin Heidelberg. doi : 10.1007/978-3-642-45198-0_5 Online ISBN 978-3-642-45198-0
• Marianne Entrevan, Bernd Schuettengruber, Giacomo Cavalli (2016). Regulace architektury a funkce genomu pomocí proteinů Polycomb . Trends in Cell Biology, 26(7), 511–525 doi : 10.1016/j.tcb.2016.04.009
• Kometa, I., & Helin, K. (2014). Revoluce v hierarchii Polycomb . Příroda strukturní a molekulární biologie, 21(7), 573-575. doi : 10.1038/nsmb.2848
• Schwartz, YB, & Pirrotta, V. (2014). Vládne Ubiquitylation: A New Order for Polycomb Recruitment . Cell Reports, 8(2), 321-325. doi : 10.1016/j.celrep.2014.07.001
• Nathan R. Rose, Robert J. Klose, (2014). Pochopení vztahu mezi methylací DNA a methylací histon lysinu . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Genové regulační mechanismy doi : 10.1016/j.bbagrm.2014.02.007
• Gozani, O., & Shi, Y. (2014). Methylace histonů v chromatinové signalizaci. In: Základy chromatinu (s. 213–256). Springer v New Yorku. doi : 10.1007/978-1-4614-8624-4_5
• Jeffrey A. Simon, Robert E. Kingston (2013) Obsazení Chromatinu: Polycomb Mechanisms for Getting to Genomic Targets, Stop Transscriptional Traffic, and Staying Put. Molecular Cell, 49(5), 808-824 https://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2013.02.013
• Bernd Schuettengruber, Henri-Marc Bourbon, Luciano Di Croce, Giacomo Cavalli (2017). Regulace genomu Polycombem a Trithoraxem: 70 let a počítání . Cell, 171(1), 34–57, DOI: https://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2017.08.002
• Di Croce, L., & Helin, K. (2013) Transkripční regulace proteiny Polycomb group . Příroda strukturní a molekulární biologie, 20(10), 1147-1155. doi:10.1038/nsmb.2669
• Olsen, JB, Greenblatt, J., & Emili, A. (2014). Histon-methyltransferázové komplexy v transkripci, vývoji a rakovině. In Systémová analýza proteinových komplexů souvisejících s chromatinem u rakoviny (str. 33–47). Springer v New Yorku. doi : 10.1007/978-1-4614-7931-4_2
• Shahram Golbabapour, Nazia Abdul Majid, Pouya Hassandarvish, Maryam Hajrezaie, Mahmood Ameen Abdulla a A. Hamid A. Hadi. (Červen 2013). Gene Silencing a Polycomb Group Proteins: Přehled jejich struktury, mechanismů a fylogenetiky . OMICS: A Journal of Integrative Biology, 17 (6): 283-296. doi : 10.1089/omi.2012.0105
• Anne Laugesen, Kristian Helin (červen 2014). Chromatinové represivní komplexy v kmenových buňkách, vývoji a rakovině. Cell Stem Cell, 14(6), 735-751 doi : 10.1016/j.stem.2014.05.006
• Jesús Gi, Ana O'Loghlenemai (2014). Komplexní rozmanitost PRC1: kam nás to zavádí? doi : 10.1016/j.tcb.2014.06.005
• John W Whitaker, Zhao Chen & Wei Wang (2014). Předpovídání lidského epigenomu z motivů DNA . Nature Methods doi : 10.1038/nmeth.3065
• Beatrice Bodega, Chiara Lanzuolo (2016). Polycomb Group Proteins: Metody a protokoly Podrobné, snadno reprodukovatelné laboratorní protokoly a tipy, jak se vyhnout známým chybám.
• Filippo Ciabrelli, Federico Comoglio, Simon Fellous, Boyan Bonev, Maria Ninova, Quentin Szabo, Anne Xuéreb, Christophe Klopp, Alexei Aravin, Renato Paro, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli (2017). Stabilní Polycomb-dependentní transgenerační dědičnost chromatinových stavů u Drosophila . přírodní genetika; doi : 10.1038/ng.3848
• Takahiro Ito, Yee Voan Teo, Shane A. Evans, Nicola Neretti, John M. Sedivy (2018). Regulace buněčného stárnutí pomocí polycombových chromatinových modifikátorů prostřednictvím odlišných cest po poškození DNA a metylaci histonů v buněčných zprávách, 22(13), 3480–3492 doi : 10.1016/j.celrep.2018.03.002
• Skourti-Stathaki, K., Triglia, E.T., Warburton, M., Voigt, P., Bird, A., & Pombo, A. (2019). R-Loops vylepšují polycombovou represi u podskupiny vývojových regulačních genů . molekulární buňka. 73(5), 930-945.E4
• Ren, X., Hu, B., Song, M., Ding, Z., Dang, Y., Liu, Z., ... & Chan, P. (2019). Udržování nukleolární homeostázy pomocí CBX4 zmírňuje stárnutí a osteoartritidu. Cell Reports, 26(13), 3643-3656. doi : 10.1016/j.celrep.2019.02.088
• Zhou, C., Wang, Y., Zhang, J., Su, J., An, Q., Liu, X., ... & Zhang, Y. (2019). H3K27me3 je epigenetická bariéra, zatímco nadměrná exprese KDM6A zlepšuje účinnost jaderného přeprogramování. The FASEB Journal, 33(3), 4638-4652. PMID 30673507 doi : 10.1096/fj.201801887R
• Lee, S., Lee, C., Hwang, CY, Kim, D., Han, Y., Hong, SN, ... & Cho, KH (2020). Síťová inferenční analýza identifikuje SETDB1 jako klíčový regulátor pro přeměnu buněk kolorektálního karcinomu na diferencované normální buňky. Molecular Cancer Research, 18(1), 118-129. PMID 31896605 doi : 10.1158/1541-7786.MCR-19-0450
• Fukuda, K. a Shinkai, Y. (2020). SETDB1-Zprostředkované umlčování retroprvků. Viry, 12(6), 596. PMID 32486217 PMC 7354471 doi : 10.3390/v12060596
• Strepkos, D., Markouli, M., Klonou, A., Papavassiliou, A.G., & Piperi, C. (2021). Histon methyltransferáza SETDB1: Společný jmenovatel tumorigeneze s terapeutickým potenciálem. Cancer Research, 81(3), 525-534. PMID 33115801 doi : 10.1158/0008-5472.CAN-20-2906
• Kalašnikovová, DA, Maksimov, DA, Romanov, SE, Laktionov, PP, & Koryakov, DE (2021). SetDB1 a Su (var) 3-9 hrají nepřekrývající se role v chromozomech somatických buněk Drosophila melanogaster. Journal of cell science, 134(2), jcs253096. PMID 33288549 doi : 10.1242/jcs.253096

Euchromatinový protein histon H3 lysin 9-specifická methyltransferáza SetDB1 se váže na chromatin mimo domény s modifikací H3K27me3, chybí v repetitivních kompartmentech DNA a přispívá ke stabilitě genomu inhibicí aktivity retroelementů . SetDB1 je přítomen v místech startu transkripce a 5' netranslatovaných oblastech mnoha exprimovaných genů. Deplece SETDB1 účinně převádí kmenové buňky kolorektálního karcinomu na postmitotické buňky a obnovuje normální morfologii organoidů kolorektálního karcinomu pocházejících od pacienta.

• Collier, AJ, Bendall, A., Fabian, C., a kol., & Rugg-Gunn, PJ (2022). Celogenomový screening identifikuje represivní komplex Polycomb 1.3 jako základní regulátor přeprogramování lidských naivních pluripotentních buněk. Science Advances, 8(12), eabk0013. PMID 35333572 doi : 10.1126/sciadv.abk0013
• Zhu, Y., Dong, L., Wang, C., Hao, K., Wang, J., Zhao, L., ... & Qin, J. (2022). Funkční redundance mezi komplexy Polycomb při udržování pluripotentního stavu embryonálních kmenových buněk. Zprávy o kmenových buňkách. https://doi.org/10.1016/j.stemcr.2022.02.020

Viz také

• epigenetika
• Histony