MiRNA

MicroRNA ( anglicky  microRNA, miRNA ) jsou malé nekódující molekuly RNA o délce 18–25 nukleotidů (v průměru 22) nalezené v rostlinách , zvířatech a některých virech , které se podílejí na transkripční a post-transkripční regulaci genové exprese interferencí RNA . [1] [2] [3] . Kromě intracelulární byla nalezena i extracelulární (cirkulující) mikroRNA [4] .

MikroRNA jsou kódovány jadernou DNA rostlin a zvířat a virovou DNA některých virů obsahujících DNA. MikroRNA se podílejí na supresi genové aktivity: komplementárně se párují s oblastmi mRNA a inhibují jejich translaci . Kromě toho jsou komplexy mikroRNA-mRNA buňkou často rychle štěpeny . Toto je jeden příklad cílené degradace, protože tvorba těchto komplexů je založena na komplementaritě dvou molekul RNA [5] [6] . Existují také údaje naznačující možnost interakce mikroRNA přímo s DNA v procesu RNA-dependentní metylace DNA , což je jeden z klíčových mechanismů genové represe , alelické exkluze a prevence aktivity transpozonu [7] .

Do roku 2014 je známo více než 1800 lidských miRNA [8] [9] . Toto číslo se však může výrazně zvýšit se zlepšením vyhledávacích metod. Různé buňky a tkáně syntetizují různé sady miRNA, takže jejich studium může vést k objevu nových molekul [10] . Podle různých odhadů tvoří cíle mikroRNA 30 až 60 % lidských genů kódujících proteiny [11] [12] .

MikroRNA jsou mezi eukaryoty vysoce konzervované a předpokládá se, že miRNA představují životně důležitou a evolučně starou složku systému regulace genové exprese [13] [14] [15] [16] [17] . Přestože hlavní složky životního cyklu mikroRNA jsou u rostlin a zvířat stejné, soubor mikroRNA v těchto dvou říších se vyvinul nezávisle, s různými vzory fungování [18] . Rostlinné mikroRNA se vyznačují úplnou nebo téměř úplnou komplementární shodou se svými cílovými mRNA a indukují genovou represi spuštěním degradace cílových transkriptů [19] [20] . Vazba mikroRNA na transkripty může být provedena v kódujících i nekódujících oblastech [20] . Živočišné miRNA jsou naopak schopny rozpoznat požadovanou mRNA minimálně o 6–8 nukleotidů na jejím 5' konci [11] [21] . Mezi mikroRNA a její cílovou mRNA nemusí existovat vzájemná shoda: mikroRNA může mít několik cílových mRNA a mRNA může mít několik odpovídajících mikroRNA [22] [23] .

První miRNA byly popsány na počátku 90. let 20. století [24] , nicméně jako samostatná třída biologických regulačních molekul se specifickými funkcemi se o nich začalo uvažovat až na počátku 20. století. Od té doby byly stanoveny četné funkce miRNA v negativní regulaci (degradace nebo izolace transkripce, potlačení translace) a možné zapojení do mechanismů pozitivní regulace (aktivace transkripce a translace). Jelikož se mikroRNA účastní regulace genové exprese, účastní se většiny biologických procesů [25] [26] [27] [28] [29] [30] [31] . Různé buňky a tkáně mají různé sady miRNA [32] .

Abnormality v expresi miRNA byly prokázány u mnoha chorobných stavů. Zkoumají se také možnosti miRNA terapie [33] [34] [35] [36] .

Odhad celkového počtu jedinečných mRNA, které jsou cílem typické miRNA, se liší v závislosti na metodě použité pro hodnocení [37] . Podle odhadů z roku 2004 může být cílem typické mikroRNA pouze 7 mRNA, pozdější odhady byly vyšší [38] . Bylo zjištěno, že každá miRNA u obratlovců má v průměru přibližně 200 cílových transkriptů [39] . Je také známo, že jedna miRNA může potlačit tvorbu stovek proteinů [40] [41] , nicméně taková represe je relativně mírná (méně než 2-násobný pokles exprese).

Historie

MikroRNA objevili v roce 1993 Victor Embros , Rosalind Lee a Rhoda Feinbraum při studiu genu lin-14 zapojeného do vývoje u háďátka Caenorhabditis elegans [24] . Zjistili, že množství proteinu LIN-14 bylo regulováno krátkým produktem RNA genu lin-4 . 61-nt prekurzor transkribovaný z genu lin-4 dozrál na 22-nt molekulu RNA. Tato krátká molekula RNA obsahovala sekvence částečně komplementární k některým sekvencím v 3'-nepřekládané oblasti (3'-UTR) mRNA transkribované z lin-14 . Komplementarita se ukázala jako nezbytná a dostatečná podmínka pro potlačení translace mRNA lin-14 do proteinu LIN-14. Malá RNA lin-4 byla tedy první miRNA, která byla objevena, i když se v té době věřilo, že přítomnost takových RNA je rysem hlístic. Teprve v roce 2000 byla popsána druhá miRNA, let-7, která potlačovala expresi lin-41 , lin-14 , lin-28 , lin-42 a daf-12 během přechodných fází ve vývoji Caenorhabditis elegans . Následně se ukázalo, že let-7 je konzervovaný u mnoha druhů [42] [43] , což ukazuje na širší rozšíření tohoto jevu.

Po objevu let-7 následoval energický výzkum nové třídy nekódujících malých RNA, miRNA. Dosud byly popsány tisíce mikroRNA od lidí a dalších druhů, byly vyvinuty různé metody jejich studia a vytvořeny online databáze sekvencí miRNA (například miRBase ) [44] .

Nomenklatura

Podle obecně uznávaných pravidel názvosloví jsou experimentálně identifikovaným a potvrzeným mikroRNA před zveřejněním jejich objevu přidělována jména [45] [46] . Předpona "mir" je oddělena pomlčkou, za kterou následuje číslo udávající pořadí pojmenování. Například mir-122 byl objeven a pojmenován před mir-456. Předpona "mir-" se používá k označení pre-miRNA, "MIR-" ke genu kódujícímu mikroRNA a "miR-" ke zralé formě. Další malé písmeno je přiřazeno názvu miRNA se sekvencemi lišícími se jedním nebo dvěma nukleotidy. MiR-123a tedy úzce souvisí s miR-123b. Pre-miRNA, které dávají vzniknout 100% identickým mikroRNA, ale jsou lokalizovány na různých místech genomu, mají v názvu další číslici oddělenou pomlčkou. Například hsa-mir-194-1 a hsa-mir-194-2 pre-miRNA vedou ke vzniku identických miRNA (hsa-miR-194), ale nacházejí se v různých oblastech genomu. Druh, ze kterého byla mikroRNA izolována, je v názvu označen třípísmennou předponou, například lidský hsa-miR-123 ( Homo sapiens ) a veslo-miR-123 ovce ( Ovis aries ). Pro virové mikroRNA se často používá předpona „v-“ a pro mikroRNA Drosophila se často používá „d“. Když se ze dvou různých konců původní pre-miRNA vytvoří dvě zralé mikroRNA, přidá se k nim přípona -3p nebo -5p. V minulosti se používalo i označení „s“ (sense) a „as“ ( antisense ). Když je známa relativní úroveň exprese pro dvě miRNA, které sdílejí společný prekurzor, pak je miRNA, která je exprimována na nižší úrovni než miRNA z opačného konce vlásenky, označena hvězdičkou. MiR-123 a miR-123* tedy mají společnou počáteční vlásenkovou pre-miRNA, ale v buňce se nachází více miR-123, tj. úroveň její exprese je vyšší [47] .

Vzdělávání

Většina popsaných miRNA genů je intergenová nebo orientovaná v antisense směru vzhledem k sousedním genům, a proto se předpokládá, že jsou transkribovány jako nezávislé jednotky [48] [48] [49] [50] [51] . V některých případech je však miRNA transkribována společně se svým cílovým genem, což umožňuje jejich společnou regulaci [52] . Asi 40 % miRNA je kódováno geny umístěnými v intronech a genech nekódujících proteiny a v některých případech dokonce v exonech dlouhých genů nekódujících proteiny [53] . V tomto případě jsou zpravidla, ale ne vždy, miRNA geny umístěny v sense orientaci [54] [55] , a proto jsou regulovány společně s cílovými geny [53] [56] [57] . Ostatní geny pro mikroRNA sdílejí společný promotor , přičemž 42–48 % všech mikroRNA je tvořeno z polycistronických jednotek obsahujících mnoho samostatných smyček, z nichž se zralá mikroRNA dále zpracovává [49] [58] . Výsledné miRNA však nemusí být nutně homologní ve struktuře a funkci.

U promotorů genů miRNA byla prokázána přítomnost motivů podobných motivům v promotorech jiných genů čtených RNA polymerázou II , konkrétně genů kódujících protein [49] [59] . Šablona DNA není jediným faktorem, který určuje primární strukturu výsledné mikroRNA: Editace RNA ( IsomiR ) je zobrazena u 6 % mikroRNA, tedy místně specifická modifikace RNA, která umožňuje získat různé RNA produkty z stejný templát DNA. To umožňuje zvýšit diverzitu a možnosti miRNA získaných z jednoho genu.

Přepis

MikroRNA geny jsou obvykle transkribovány RNA polymerázou II [49] [59] . Polymeráza se často váže na promotor sousedící s kódující sekvencí DNA (fragment RNA přečtený z této sekvence se stane vlásenkou v pre-miRNA). Výsledný transkript je zavíčkován , polyadenylován [49] [54] a spojen . Transkripce zvířecí miRNA začíná vytvořením fragmentu dlouhého ~80 nukleotidů, který je součástí jedné z vlásenkových větví, která je zase součástí prekurzoru mikroRNA dlouhého několik set nukleotidů, nazývaného primární miRNA (pri-miRNA) [ 49] [54] . Pokud se původně vytvořená vlásenka nachází v 3'-UTR, pak výsledný transkript může působit jako pre-miRNA i mRNA [54] . Některé miRNA jsou transkribovány RNA polymerázou III . To platí zejména pro ty mikroRNA, jejichž geny jsou pod repeticemi Alu , geny tRNA a rozptýlenými repeticemi u savců ( široká vložená repetice savců (MWIR) ) [60] . 

Jaderné zpracování

Jedna pri-miRNA může obsahovat jeden až šest miRNA prekurzorů (pre-miRNA). Každá z těchto vlásenkových struktur se skládá ze 70 nukleotidů. Dvouřetězcová RNA ve vlásenkách je rozpoznána jadernými proteiny: Kritická oblast 8 DiGeorgeova syndromu u obratlovců (DGCR8, pojmenovaná pro DiGeorgeův syndrom ) nebo Pasha u bezobratlých . DGCR8 funguje v komplexu s Droshou  , proteinem štěpícím RNA a tvoří takzvaný „mikroprocesor“ [61] . V tomto komplexu DGCR8 orientuje katalytickou doménu RNázy III , která je součástí Droshy, tak, že „odřízne“ vlásenky z pri-mikroRNA, přičemž odřízne RNA ve vzdálenosti 11 nukleotidů od báze vlásenky. Výsledný produkt má 2 nukleotidové přesahy na 3' konci, má 3' hydroxylovou a 5' fosfátovou skupinu. Tento produkt je často označován jako pre-miRNA (prekurzor miRNA).

Pre-mikroRNA, které se spojují z intronů a neprocházejí „mikroprocesorem“, se nazývají myrtrony . Dříve se předpokládalo, že se myrtrony vyskytují pouze u Drosophila a Caenorhabditis elegans , ale nyní byly nalezeny také u savců [62] .

Pravděpodobně 16 % pre-miRNA podstoupí úpravu jaderné RNA [63] [64] [65] . V nejběžnějším případě enzym známý jako adenosindeamináza působící na RNA (ADARs) katalyzuje hydrolytickou deaminaci adenosinu (A) na inosin (I). Editace RNA může zastavit jaderné zpracování (například se to děje v případě pri-miR-142, který je po úpravě zničen Tudor-SN RNázou) a ovlivnit následné události, včetně zpracování cytoplazmatické mikroRNA, stejně jako změnit cílovou mRNA zpracované miRNA (například v případě miR-376, který funguje v centrálním nervovém systému ) [63] .

Jaderný export

Pre-miRNA jsou exportovány z jádra prostřednictvím nukleocytoplazmatického nosiče, proteinu Exportin-5 . Tento protein, který je členem rodiny karyoferinů , rozpoznává dva „převislé“ nukleotidy na 3'-konci pre-miRNA, které se objevily, jak bylo napsáno dříve, při řezání pri-miRNA. Transport do cytoplazmy zprostředkovaný Exportinem-5 nastává s vynaložením energie GTP za účasti proteinu Ran vázajícího se na GTP [66] .

Cytoplazmatické zpracování

V cytoplazmě je pre-miRNA štěpena enzymem Dicer , který obsahuje katalytické centrum RNázy III [67] . Tato endoribonukleáza interaguje s 3' koncem vlásenky a přeřízne smyčku spojující 3' a 5' konce vlásenky. Výsledkem je vytvoření duplexu (miRNA:miRNA*), který se skládá ze dvou řetězců mikroRNA, každý o délce 22 nukleotidů [67] . Procesivitu Diceru ovlivňuje délka vlásenky a smyčky a nedokonalost vazby řetězce v duplexu miRNA:miRNA* přispívá k jejich separaci [67] [68] . Ačkoli každý z duplexních řetězců může potenciálně působit jako funkční miRNA, pouze jeden z nich následně vstoupí do komplexu vypnutí genu indukovaného RNA ( RNA-induced silencing complex (RISC) ), ve kterém interaguje mikroRNA a její cílová mRNA . 

Vzdělávání v rostlinách

Biogeneze mikroRNA u rostlin se liší od biogeneze u zvířat, a to především ve fázích jaderného zpracování a exportu. Pokud je u zvířat řezání prováděno dvěma různými enzymy a na různých místech buňky - uvnitř jádra a mimo něj, pak u rostlin jsou oba řezy prováděny stejným enzymem, homologním s Dicer of Animals - Dicer-like1 (DL1 ). DL1 funguje pouze uvnitř jádra rostlinné buňky , což naznačuje, že obě reakce probíhají v jádře. V rostlinách, než jsou duplexy miRNA:miRNA* transportovány ven z jádra, jsou jejich převislé nukleotidy na 3' konci methylovány RNA methyltransferázou nazývanou Hua-Enhancer1 (HEN1). Duplex je dále transportován z jádra do cytoplazmy proteinem Hasty (HST), homologem Exportinu-5, kde je duplex degradován a zralá mikroRNA je inkorporována do RISC [69] .

Komplex vypínání genů vyvolaný RNA

Zralá mikroRNA je součástí aktivního RNA-indukovaného genového vypnutí komplexu (RISC), který také zahrnuje Dicer a mnoho dalších proteinů [70] . RISC je také známý jako miRNA-ribonukleoproteinový komplex (microRNP, microRNP) [71] a RISC obsahující miRNA je někdy označován jako miRISC.

Pre-miRNA zpracování Dicerem je pravděpodobně spojeno s duplexním rozpadem. V miRISC je zahrnuto pouze jedno vlákno duplexu, vybrané na základě jeho termodynamické nestability a slabšího párování bází ve srovnání s druhým vláknem [72] [73] [74] . Výběr řetězu může být ovlivněn i přítomností vlásenky [75] . Obvod obsažený v miRISC se nazývá „guide“. Druhý řetězec, nazývaný "pasažérský" řetězec, má ve stabilním stavu (označeném *) méně energie a normálně degraduje. V některých případech se obě vlákna duplexu stanou funkčními miRNA a působí na různé typy mRNA [76] . MikroRNA obsažená v RISC hraje roli templátu, který rozpoznává určitou sekvenci na cílové mRNA.

Proteiny z rodiny Argonaute (Ago) hrají ústřední roli ve fungování RISC . Tyto proteiny jsou nutné pro miRNA-indukovaný knockout mRNA a mají dvě konzervovaná místa pro vazbu mikroRNA: doménu PAZ , která interaguje s místem na 3' konci mikroRNA, a doménu PIWI, která se strukturálně podobá ribonukleáze H a váže 5' konec miRNA. Společně vážou zralou miRNA a vhodně ji orientují pro interakci s cílovou mRNA. Některé proteiny z rodiny Argonaute, jako je lidský Ago2, přímo štěpí cílový transkript. Proteiny této rodiny mohou také získávat další proteiny k potlačení translace [77] . Lidský genom kóduje 8 proteinů rodiny Argonaute, klasifikovaných podle sekvencí aminokyselin do 2 skupin: AGO (4 proteiny exprimované ve všech savčích buňkách, u lidí se nazývají E1F2C/hAgo) a PIWI (nachází se v buňkách zárodečné linie a krvetvorné buňky) [71] [77] .

Dalšími složkami RISC jsou následující proteiny: TRBP (protein, který váže transaktivační TAR RNA viru HIV ) [78] , PACT (proteinový aktivátor interferonu indukovaný proteinkinázou ), komplex SMN, FMRP, Tudor-SN, domnělá DNA helicase MOV10, TNRC6B [66] [79] [80] .

Vypnutí genu může být provedeno degradací mRNA nebo zabráněním její translace. MiR16 tedy obsahuje sekvenci komplementární k prvku bohatému na AU přítomnému v 3'UTR mnoha nestabilních mRNA, jako je TNF-a nebo GM-CSF. Pokud je miRNA plně komplementární k cílové mRNA, pak Ago2 může mRNA štěpit a vést k její přímé degradaci. Pokud neexistuje úplná komplementarita, pak se vypnutí dosáhne zabráněním překladu [25] .

Stabilita mikroRNA

Regulace stability mikroRNA je nezbytná pro rychlé změny v expresi genů kódujících mikroRNA. Během zrání mikroRNA v cytoplazmě proteiny Argonaute stabilizují vodící vlákno, zatímco „pasažérský“ řetězec je ve většině případů zničen. Argonaute zároveň déle stabilizuje miRNA s větším počtem cílů, čímž přispívá k degradaci miRNA, které cíle nemají [81] .

Degradace miRNA u Caenorhabditis elegans je zprostředkována 5'→3' exoribonukleázou XRN2 , také známou jako Rat1p [82] . V rostlinách SDN proteiny ( malé  RNA  degradující nukleázy) degradují mikroRNA v opačném (3'→5') směru. Geny homologní k rostlinným SDN genům byly identifikovány také v živočišných genomech, ale jejich funkce dosud nebyly popsány [81] .

Některé modifikace mikroRNA ovlivňují jejich stabilitu. Jak bylo ukázáno u rostliny Arabidopsis thaliana , v rostlinách jsou zralé miRNA stabilizovány přidáním methylových skupin na 3' konec. Methylové skupiny připojené k miRNA 2'-O-vazbou zabraňují přidání uridinfosfátových (U) zbytků uridyltransferázou a tato modifikace je spojena s degradací mikroRNA. Uridinylace však může naopak chránit některé miRNA; důsledky takových úprav ještě nejsou zcela jasné. Uridinylace mikroRNA u zvířat je také známá. Jak rostlinné, tak živočišné mikroRNA mohou být změněny přidáním adenosinových nukleotidových jednotek (A) na 3' konec mikroRNA. Další adenosinfosfát připojený ke konci savčí miR-122 (mikroRNA hojná v játrech hraje důležitou roli ve vývoji hepatitidy C ) stabilizuje molekulu; navíc je známo, že rostlinné miRNA s dalším adenosinovým nukleotidem na konci jsou méně náchylné k degradaci [81] .

Funkce

Jak bylo uvedeno výše, miRNA hrají důležitou roli v regulaci genové exprese. MikroRNA jsou komplementární ke specifickému fragmentu jedné nebo více mRNA, zatímco zvířecí mikroRNA jsou obvykle komplementární k 3'-UTR, zatímco rostlinné mikroRNA jsou obvykle komplementární ke kódující části mRNA [83] . Úplné nebo téměř úplné párování bází mezi miRNA a cílovou mRNA spouští degradaci cíle [84] . To se děje v rostlinách [85] ; u zvířat mikroRNA neinteraguje komplementárně se všemi mRNA jako u rostlin, ale pouze s její částí, místo toho je přesná korespondence nutná pouze na malé ploše od 2. do 7. nukleotidu (tzv. „seed region“ mikroRNA [11] [21] ) [86] . Živočišné miRNA kromě aktivace štěpení cílového transkriptu v mnoha případech blokují translaci [87] (tento jev je znám i u rostlin, u nich je však mnohem méně častý [85] ). MikroRNA, které jsou částečně komplementární ke svým cílům, mohou také aktivovat deadenylaci mRNA , což zkracuje životnost cíle [88] . Nyní bylo zjištěno, že mikroRNA způsobuje degradaci cílové mRNA, ale mechanismus translační represe (ať už je prováděna pouze destrukcí mRNA, pouze supresí translace speciálními faktory, nebo kombinací obou mechanismů) se aktivně diskutuje. Nedávné studie miR-430 u zebrafish , stejně jako bantam-miRNA a miR-9 v buněčné kultuře Drosophila, ukázaly, že translační represe je způsobena destrukcí iniciačního komplexu translace a není spojena s deadenylací [89 ] [90] .

Někdy mikroRNA také způsobují modifikaci histonů a metylaci DNA v oblasti promotoru , což ovlivňuje expresi cílových genů [ 92] [93] .

Pomocí zobecněného matematického modelu bylo popsáno a charakterizováno 9 mechanismů působení miRNA [91] :

  1. inhibice připojení 40S podjednotky ribozomu v oblasti čepice;
  2. inhibice připojení 60S ribozomální podjednotky;
  3. potlačení prodloužení;
  4. disociace ribozomového komplexu (předčasné ukončení);
  5. degradace kotranslačních pomocných proteinů;
  6. větev P-těles ;
  7. rozpad mRNA (destabilizace);
  8. štěpení mRNA;
  9. potlačení transkripce prostřednictvím přeskupení zprostředkovaného miRNA.

Tyto mechanismy je často nemožné oddělit pomocí experimentálních dat o konstantách reakční rychlosti, ačkoli se liší v termodynamických termínech [91] .

Na rozdíl od rostlinných mikroRNA působí živočišné mikroRNA na různé sady genů [21] . Geny zapojené do procesů společných všem buňkám jsou však mikroRNA zacíleny relativně zřídka a zjevně jsou pod vlivem selekce, která brání jejich interakci s mikroRNA [94] .

Je známo, že molekuly dvouřetězcové RNA (dsRNA) mohou aktivovat geny. Cíle dsRNA jsou genové promotory, které mohou potenciálně zvýšit transkripci příbuzných genů. Tento jev byl prokázán v lidských buňkách pomocí umělých dsRNA nazývaných malá aktivační RNA (small activating RNA, saRNA) [95] , stejně jako v případě endogenních miRNA [96] .

Interakce mezi mikroRNA a komplementárními sekvencemi v genech a dokonce i pseudogeny , které mají homologní sekvence, jsou považovány za reverzní spojení mezi genovými paralogy regulujícími genovou expresi . Tyto mikroRNA, nazývané kompetitivní endogenní RNA , se vážou na specifické regulační prvky genů a pseudogenů, což může sloužit jako další vysvětlení přítomnosti velkého množství nekódujících sekvencí v eukaryotickém genomu [97] .

Evoluce

MikroRNA jsou důležitými fylogenetickými markery kvůli jejich překvapivě pomalé rychlosti evoluce [98] . Předpokládá se, že miRNA jako regulační prvky se vyvinuly z interferujících RNA , které byly dříve používány k ochraně proti exogennímu genetickému materiálu , jako jsou viry [99] . Některé mikroRNA, jako jsou lidské mikroRNA z rodiny hsa-mir-548, však mohly pocházet z miniaturních invertovaných transposonů [100] . Jejich vzhled otevřel možnosti pro rozvoj morfologické diverzity, protože regulace genové exprese se mohla stát jemnější a řízenější, což je zvláště důležité v procesu individuálního vývoje jednotlivých orgánů [101] a případně i celých organismů [102 ] . Rychlá rychlost morfologických změn má totiž tendenci korelovat s akumulací miRNA [98] [101] .

Nové druhy miRNA se objevují mnoha způsoby. Mohou vznikat z náhodných vlásenek v nekódující oblasti DNA (tj. introny nebo intergenové elementy), stejně jako duplikací nebo modifikací existujících miRNA [103] . Mohou také vznikat z převrácených duplikací proteinových kódujících sekvencí, protože se z nich mohou tvořit vlásenky [104] . Rychlost evoluce (tj. nahrazení nukleotidů) v nově vzniklých miRNA je srovnatelná s rychlostí v nekódující DNA, což znamená evoluci prostřednictvím neutrálního driftu . Ve starověkých miRNA je však rychlost evoluce mnohem nižší a může být menší než jedna náhrada za sto milionů let [102] . To potvrzuje, že když mikroRNA získá určitou funkci, je podrobena extrémně přísné selekci [103] a do budoucna zůstává téměř nezměněna. Kromě toho jsou různé oblasti v genu miRNA ovlivněny různými evolučními procesy, přičemž oblasti potřebné pro zpracování a fungování jsou mnohem více konzervované [105] . Zřídka miRNA miRNA ze zvířecího genomu [102] , i když miRNA, které se nedávno objevily (a tedy často nefunkční), jsou často ztraceny [103] . U Arabidopsis thaliana je vypočítaná míra ztráty genu pro mikroRNA 1,2–3,3 genu za milion let [106] . Díky tomu jsou mikroRNA geny vhodnými fylogenetickými markery a možná vysvětlují složitost fylogenetických vztahů členovců [107] .

MikroRNA jsou kódovány v genomech většiny eukaryot , od hnědých řas [108] po zvířata. Rozdíly ve funkcích mikroRNA a jejich zpracování však naznačují, že se u zvířat a rostlin objevily nezávisle [109] . Kromě mnohobuněčných rostlin a živočichů jsou mikroRNA známé i u některých jednobuněčných organismů, např. byly nalezeny v řasách Chlamydomonas reinhardtii [110] . V houbách nebyly dosud izolovány žádné miRNA, nicméně různé rysy jejich vývoje naznačují, že miRNA mohou být také kódovány jejich genomy [ 111 ] . K březnu 2010 byly miRNA popsány u 5000 druhů [112] . Ačkoli krátké fragmenty RNA o délce od 50 do několika stovek nukleotidů jsou u bakterií rozšířené, skutečné miRNA v bakteriích chybí [113] .

MikroRNA virů

Od roku 2004 bylo izolováno přes 200 mikroRNA z dvouřetězcových DNA virů , zejména herpesvirů a polyomavirů . Virové miRNA jsou dlouhé 22 ± 3 nukleotidy, vážou se na mRNA v 3'-UTR , což způsobuje destrukci transkriptu nebo blokování translace, zatímco vazba miRNA na cíl, jako u zvířat, je pouze částečná. Dosud byly identifikovány cíle pouze pro relativně malý počet virových mikroRNA a ty mohou potlačit expresi jak virového genu, tak genu hostitelské buňky. Například SV40 a příbuzné polyomaviry kódují miRNA, které potlačují expresi virového velkého T antigenu , a u α-, β- a γ-herpesvirů byla ukázána role miRNA během přechodu z latentního do lytického stadia. . U lidského herpesviru typu 6 je exprese transkripčních faktorů pravděpodobně pod kontrolou virových miRNA. Ačkoli se role virových mikroRNA v životě hostitelské buňky teprve začíná studovat, četná experimentální data s jistotou potvrzují účast virových mikroRNA v takových základních biologických procesech, jako jsou imunitní rozpoznávací reakce, přežití buněk, regenerace tkání , buněčná proliferace a diferenciace . [114] .

Metody výzkumu

Zatímco výzkumníci intenzivně studovali roli miRNA ve fyziologických a patologických procesech, bylo vyvinuto několik technik k izolaci miRNA. Stabilita izolovaných mikroRNA však byla často zpochybňována [115] . MikroRNA jsou mnohem snadněji degradovány než mRNA, částečně kvůli jejich délce, ale také kvůli konstantní přítomnosti RNáz. V tomto ohledu musí být vzorky chlazeny v ledu a pro práci s miRNA by se mělo používat pouze zařízení bez RNázy [116] .

Exprese mikroRNA může být kvantifikována ve dvoustupňové polymerázové řetězové reakci (PCR): prvním krokem je reverzní transkripční PCR , následovaná PCR v reálném čase . Existují variace této metody pro stanovení absolutního nebo relativního množství miRNA [117] . MikroRNA lze také hybridizovat s mikročipy se vzorky stovek nebo tisíců cílů mikroRNA a stanovit tak relativní obsah mikroRNA v různých vzorcích [118] . Nové miRNA mohou být objeveny a sekvenovány pomocí vysoce výkonných sekvenačních technik ( miRNA sekvenování ) [119] . Aktivitu mikroRNA lze experimentálně potlačit pomocí oligonukleotidů uzavřené nukleové kyseliny ( Eng.  Locked nucleic acid, LNA ), morfolino [120] [121] a také oligoribonukleotidu s 2'-O-methylovou skupinou [122 ] . Kromě toho lze miRNA vypnout pomocí komplementárního oligonukleotidového antagonismu . Zrání mikroRNA lze zastavit v několika bodech pomocí stericky blokujících oligonukleotidů [123] . Mohou také blokovat místo mRNA pro vazbu na miRNA [124] . Pro detekci mikroRNA in situ lze použít testy LNA [125] nebo morfolino [126] . Protože má LNA uzavřenou konformaci, má zvýšenou hybridizační kapacitu, citlivost a specificitu, což z ní činí ideální sondu pro detekci miRNA [127] .

Vysokokapacitní kvantifikace mikroRNA je často velmi obtížná a navíc často vede k chybám, což se vysvětluje velkými odchylkami (ve srovnání s mRNA) spojenými s metodologickými problémy. V tomto ohledu je důležité studovat úroveň exprese miRNA, stejně jako studovat účinky mikroRNA na dané úrovni exprese [128] [129] . Pro porovnání dat o mRNA a miRNA se používají speciální databáze , které předpovídají cílovou mRNA pro danou mikroRNA na základě jejích sekvenčních dat [130] [131] . Byla také vyvinuta řada metod k určení cíle pro danou miRNA [132] . Ačkoli je tato technologie aplikována poté, co byla izolována zájmová miRNA (zejména kvůli vysokým hladinám exprese), byla navržena řada nápadů pro analytické nástroje schopné kombinovat data mRNA a miRNA [133] [134] .

Klinický význam

Vzhledem k tomu, že miRNA se podílejí na normálním fungování eukaryotické buňky, poruchy v jejich práci mohou vést k chorobným stavům [135] . Veřejně dostupná databáze miR2Disease obsahuje informace o vztahu mezi poruchami mikroRNA a různými onemocněními [136] .

Dědičná onemocnění

Mutace v oblasti semene (tj. vazba mRNA) miR-96 způsobuje dědičnou progresivní ztrátu sluchu [137] . Mutace postihující seed oblast miR-184 vede k rozvoji hereditárního keratokonu , kterému předchází polární katarakta [138] . Delece miR-17 způsobuje defekty v růstu a vývoji skeletu [139] .

Rakovina

Chronická lymfocytární leukémie [135] byla prvním lidským onemocněním, u kterého byla prokázána souvislost s narušeným fungováním mikroRNA . Následně bylo mnoho miRNA spojeno s některými typy rakoviny [135] [140] [141] (někdy se takové miRNA nazývají oncomires ). Jednou z prvních miRNA identifikovaných jako oncomire byla miRNA21, která způsobuje několik typů rakoviny, jako je glioblastom a astrocytom [142] .

Studie na myších, které nadměrně produkují c-Myc  , protein, jehož mutované formy se podílejí na rozvoji několika typů rakoviny, ukázala, že mikroRNA mají vliv na rozvoj rakoviny. U mutantních myší, které produkují nadbytek miRNA nalezených v lymfomových buňkách , se onemocnění rozvinulo po 50 dnech a smrt nastala po dalších 2 týdnech. Pro srovnání, myši bez přebytku miRNA žily déle než 100 dní [140] . Bylo prokázáno, že leukémie může být způsobena zavedením virového genomu před geny microRNA, protože to zvyšuje expresi odpovídajících genů pro mikroRNA [143] .

V jiné studii bylo zjištěno, že dva typy mikroRNA potlačují protein E2F1, který reguluje buněčnou proliferaci. MikroRNA se může vázat na mRNA předtím, než je přeložena do proteinů, které zapínají nebo vypínají určité geny [144] .

Měřením aktivity 217 genů kódujících mikroRNA byly identifikovány určité specifické kombinace genové aktivity, které jsou charakteristické pro konkrétní formu rakoviny. Typy rakoviny lze klasifikovat na základě miRNA. To lékařům umožní určit, ze které tkáně se nádor vyvinul, a vybrat vhodný postup léčby na základě informací o typu tkáně [145] . Bylo zjištěno, že miRNA určují, zda se chronická lymfocytární leukémie vyvíjí pomalu nebo se stává agresivní [141] .

Na základě experimentů s transgenními myšmi s nadměrnou nebo nedostatečnou expresí specifických miRNA bylo možné pochopit roli malých RNA ve vývoji různých maligních nádorů [146] . Bylo vykonáno mnoho práce, aby se stanovila úloha miRNA v rakovinných kmenových buňkách , které jsou zvláště odolné vůči chemoterapii a schopné recidivy [147] .

V současné době byl vyvinut test na bázi mikroRNA pro detekci rakoviny tlustého střeva a konečníku v časných stádiích, který prochází klinickými testy. V nedávných studiích bylo zjištěno, že vzorky plazmy od pacientů s časným, resekabilním stádiem rakoviny tlustého střeva a konečníku (stadium II) se liší od vzorků u zdravých lidí různého pohlaví a věku. Dostatečnou specificitu a selektivitu lze získat s malými (méně než 1 ml) objemy krve. Tento test by mohl být účinnou a pohodlnou metodou pro identifikaci rizikových pacientů, kteří potřebují podstoupit kolonoskopii [148] [149] .

Další aplikací mikroRNA v diagnostice a léčbě rakoviny může být jejich použití pro prognózu. U karcinomu plic NSCLC tedy může nízká koncentrace miR-324a sloužit jako indikátor špatného přežití [150] a vysoká koncentrace miR-185 nebo nízká koncentrace miR-133b indikuje přítomnost metastáz a následně špatné přežití v tlustém střevě a konečníku [151] .

Optimální léčba rakoviny vyžaduje přesné rozdělení pacientů podle rizika. Pacienti s rychlou odezvou na počáteční léčbu se zotaví s neúplnou léčebnou možností, takže rozsah onemocnění musí být řádně zhodnocen. Extracelulární miRNA jsou stabilnější v plazmě a jsou nadměrně exprimovány u rakoviny a lze je měřit v laboratoři. U klasického Hodgkinova lymfomu slouží miR-21, miR-494 a miR-1973 obsažené v krevní plazmě jako spolehlivé markery indikující přítomnost onemocnění [152] . Cirkulující miRNA jsou důležité při stanovení diagnózy spolu s pozitronovou emisní tomografií a počítačovou tomografií. Další výhodou metody je možnost neustále hodnotit stupeň rozvoje onemocnění a sledovat výskyt relapsu v časném stadiu.

Nedávné studie ukázaly, že miR-205 inhibuje vývoj metastáz u rakoviny prsu [153] . Pět členů rodiny mikroRNA-200 (miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-141 a miR-429) je downregulováno ve vývoji maligních novotvarů v prsu [154] .

Onemocnění srdce

Globální role miRNA v srdci byla stanovena podmíněnou inhibicí miRNA v srdci potkana. Ukázalo se, že miRNA je nezbytná pro vývoj srdce [155] [156] . Bylo prokázáno, že hladiny exprese určitých mikroRNA se u různých srdečních chorob mění, což ukazuje na jejich zapojení do rozvoje kardiomyopatií [157] [158] [159] . Kromě toho studie mikroRNA na zvířecích modelech ukázaly odlišnou roli mikroRNA ve vývoji srdce a v patologických stavech. MikroRNA slouží jako nejdůležitější faktory v kardiogenezi , hypertrofickém růstu a srdečním vedení [156] [160] [161] [162] [163] [164] .

microRNA-712

Krysí mikroRNA-712 je potenciální biomarker aterosklerózy . Ateroskleróza je kardiovaskulární onemocnění provázené zanášením vnitřních stěn cév lipidovou vrstvou, v důsledku čehož lumen cévy mění tvar, a zánětlivým procesem [165] . Nelaminární ( turbulentní ) proudění tekutiny (d-proud) pozorované v důsledku změny tvaru lumen cévy je rozpoznáno mechanoreceptory endoteliálních buněk . d-proud také spouští expresi řady proaterogenních genů, včetně matrixových metaloproteináz (MMP) , které slouží jako prozánětlivý a proangiogenní signál. Tyto skutečnosti byly stanoveny umělým sevřením myších karotid , aby se reprodukovaly účinky d-proudu. Během 24 hodin se pre-miRNA-712 transformuje do zralé formy v reakci na d-proud. Tato data podporuje také skutečnost, že exprese miR-712 je pozitivně regulována v endoteliálních buňkách lemujících oblouk aorty v oblasti největšího zakřivení, tedy tam, kde je normálně pozorován d-proud [166] .

Prekurzor microRNA-712 je normálně transkribován z vnitřního spaceru 2 ( oblast vnitřního prostoru 2, ITS2 ) krysího RN45s rRNA genu .  Během zpracování RN45s je oblast ITS2 obvykle degradována exonukleázou XRN1 . Za podmínek d-proudu je množství XRN1 sníženo a kromě výše popsaného mechanismu dochází k další akumulaci miR-712 [166] .

miR-712 se zaměřuje na tkáňový inhibitor metaloproteináz 3 (TIMP3 ) 166] .  Proteiny skupiny TIMP normálně regulují aktivitu matrixových metaloproteináz (MMP), které ničí extracelulární matrix ( ECM ) . Arteriální ECM se skládá především z kolagenových a elastinových vláken, která poskytují strukturální podporu a odolnost stěnám tepen [167] . Tato vlákna hrají také zásadní roli v regulaci zánětlivých procesů ve stěnách cév a jejich propustnosti, což jsou faktory důležité pro rozvoj aterosklerózy [168] . TIMP3 , exprimovaný endoteliálními buňkami, je jediným členem skupiny schopným vázat se na ECM [167] . V přítomnosti d-proudu vede snížení exprese TIMP3 k destrukci ECM. Potlačení pre-miR-712 tedy zvyšuje expresi TIMP3 v buňkách, dokonce i v přítomnosti d-proudu [166] .  

TIMP3 také snižuje expresi TNFa (prozánětlivý regulátor) v d-proudu. Obsah TNFα na d-proudu byl měřen aktivitou enzymu , který přeměňuje TNFα-TACE ( anglicky  TNFα converting enzyme ), v krvi. Koncentrace TNFa se snížila, pokud byl miR-712 downregulován nebo TIMP3 byl nadměrně exprimován. To potvrzuje, že miR-712 a TIMP3 regulují aktivitu TACE za podmínek d-proud [166] .

Anti-miR-712 účinně potlačuje d-proud indukovaný miR-712 a zvyšuje expresi TIMP3 . Anti-miR-712 také potlačuje vaskulární hyperpermeabilitu, čímž snižuje jejich poškození při ateroskleróze a průniku imunitních buněk mimo cévu, a tím snižuje zánětlivý proces [166] .

Lidský homolog miR-712 byl nalezen v genu homologním k RN45s , který zajišťuje tvorbu mikroRNA podobných těm u potkanů. Tato lidská mikroRNA (miR-205) má sekvenci podobnou krysí miR-172; tato sekvence je navíc zachována u většiny obratlovců . miR-205 a miR-712 také sdílejí více než 50 % signálních cílů, včetně TIMP3 [166] .

Ukázalo se, že d-proud snižuje expresi genu XRN1 u lidí, podobně jako se vyskytuje u myší, což ukazuje na podobnou roli XRN1 u lidí [166] . Zatímco lidský homolog ještě není plně objasněn, objev a funkce miR-712 mohou poskytnout základ pro další výzkum jeho použití jako biomarkeru v potkaním modelu aterosklerózy.

Nervový systém

MikroRNA také hrají regulační roli v nervovém systému [169] . Neuronální mikroRNA se účastní různých fází tvorby nervových spojení, včetně dendritogeneze (miR-132, miR-134 a miR-124), tvorby a zrání synapse (zdá se, že tyto procesy zahrnují miR-134 a miR-138) [170 ] . Role miRNA při tvorbě paměti byla ukázána [171] [172] . Některé studie poukazují na změny v expresi miRNA u schizofrenie [173] [174] .

Jiné nemoci

MikroRNA hrají klíčovou roli v diferenciaci kmenových buněk na adipocyty ( buňky tukové tkáně ) [175] . Studium role pluripotentních kmenových buněk v adipogenezi bylo provedeno na kultuře nesmrtelných buněk odvozených z buněk kostní dřeně z linie hMSC-Tert20 [176] . Snížená exprese miR-155, miR-221 a miR-222 byla nalezena v nesmrtelných buňkách procházejících stadiem diferenciace na adipocyty, což ukazuje, že tyto mikroRNA působí jako negativní regulátory diferenciace. Současně posunutá exprese těchto miRNA významně potlačila adipogenezi a potlačila zahrnutí hlavního regulátoru PPARγ a CCAAT/ enhancer -binding protein alpha ( CEBPA ) [177] . To poskytuje příležitosti pro léčbu obezity na genetické úrovni.

Další skupinou mikroRNA, které regulují inzulínovou rezistenci a podílejí se na vzniku obezity a cukrovky, je rodina let-7. Let-7 se hromadí ve tkáních, jak stárneme. Když byl let-7 ektopicky exprimován, aby uměle urychlil stárnutí, myši se staly rezistentní na inzulín a konzumace vysoce výživné stravy vedlo k rozvoji obezity a diabetu [178] . Pokud byl let-7 potlačen specifickým antagonistou, myši se naopak staly citlivějšími na inzulín a vysoce výživná potrava u nich nezpůsobovala obezitu a cukrovku. Potlačení let-7 může nejen zabránit rozvoji diabetu a obezity, ale může být také použito k léčbě těchto onemocnění [179] . Proto by downregulace let-7 mohla být novou léčbou obezity a diabetu 2. typu.

MikroRNA miR-140 se účastní patogeneze osteoartrózy regulací exprese genu ADAMTS5 [180] . Myši, které neexprimují miR-140, mají narušenou proliferaci chondrocytů a mají trpasličí fenotyp .

Poznámky

  1. ↑ Chen K., Rajewsky N. Evoluce genové regulace transkripčními faktory a mikroRNA  //  Nature Reviews Genetics. - 2007. - Sv. 8 , č. 2 . - S. 93-103 .
  2. ↑ Finch ML, Marquardt JU, Yeoh GC, Callus BA Regulace mikroRNA a jejich role ve vývoji, regeneraci a onemocnění jater // Int J Biochem Cell Biol. - 2014. - doi : 10.1016/j.biocel.2014.04.002 . — PMID 24731940 .
  3. ↑ Nukleové kyseliny: od A do Z / B. Appel [et al.]. - M. : Binom: Knowledge Laboratory, 2013. - 413 s. - 700 výtisků.  - ISBN 978-5-9963-0376-2 .
  4. ↑ ScienceDirect . Získáno 30. listopadu 2016. Archivováno z originálu dne 23. srpna 2020.
  5. ↑ Bartel DP MicroRNAs: rozpoznávání cíle a regulační funkce  // Buňka  :  časopis. - Cell Press , 2009. - Leden ( roč. 136 , č. 2 ). - str. 215-233 . - doi : 10.1016/j.cell.2009.01.002 . — PMID 19167326 .
  6. ↑ Kusenda B., Mráz M., Mayer J., Pospíšilová S. Biogeneze mikroRNA, funkčnost a relevance rakoviny  //  Biomed Pap Med Fac Univ Palacký Olomouc Česká republika : časopis. - 2006. - Listopad ( roč. 150 , č. 2 ). - S. 205-215 . - doi : 10.5507/bp.2006.029 . — PMID 17426780 .
  7. ↑ Galitsky V. A. Hypotéza o mechanismu iniciace de novo metylace DNA a alelické exkluze malými RNA  // Tsitology : journal. - 2008. - T. 50 , č. 4 . - S. 277-286 .
  8. ↑ MiRNA Homo sapiens v miRBase Archivováno 27. března 2014 na Wayback Machine na Manchesterské univerzitě
  9. ↑ Peterson SM, Thompson JA, Ufkin ML, Sathyanarayana P., Liaw L., Congdon CB Společné rysy nástrojů pro predikci cíle mikroRNA  // Front Genet. - 2014. - T. 5 . - S. 23 . - doi : 10.3389/fgene.2014.00023 . — PMID 24600468 .
  10. ↑ Friedländer MR., Lizano E., Houben AJ, Bezdan D., Báñez-Coronel M., Kudla G., Mateu-Huertas E., Kagerbauer B., González J., Chen KC, Leproust EM, Martí E., Estivil X. Důkazy pro biogenezi více než 1 000 nových lidských mikroRNA // Genome Biol. - 2014. - T. 15 , no. 4 . - S. R57 . — PMID 24708865 .
  11. ↑ 1 2 3 Lewis BP, Burge CB, Bartel DP Konzervované párování semen, často lemované adenosiny, ukazuje, že tisíce lidských genů jsou cíle mikroRNA  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 120 , č. 1 . - str. 15-20 . - doi : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . — PMID 15652477 .
  12. ↑ Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP Většina savčích mRNA jsou konzervované cíle mikroRNA  // Genome Res  . : deník. - 2009. - Leden ( roč. 19 , č. 1 ). - S. 92-105 . - doi : 10.1101/gr.082701.108 . — PMID 18955434 .
  13. ↑ Tanzer A., ​​​​Stadler PF Molekulární evoluce shluku mikroRNA  //  J. Mol. Biol. : deník. - 2004. - Květen ( roč. 339 , č. 2 ). - str. 327-335 . - doi : 10.1016/j.jmb.2004.03.065 . — PMID 15136036 .
  14. ↑ Molnár A., ​​​​Schwach F., Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC miRNA řídí genovou expresi v jednobuněčné řase Chlamydomonas reinhardtii  //  Nature: journal. - 2007. - Červen ( roč. 447 , č. 7148 ). - S. 1126-1129 . - doi : 10.1038/nature05903 . - . — PMID 17538623 .
  15. ↑ Kren BT, Wong PY, Sarver A., ​​​​Zhang X., Zeng Y., Steer CJ MicroRNAs identifikované ve vysoce purifikovaných mitochondriích odvozených z jater mohou hrát roli v apoptóze  // RNA  Biol : deník. - 2009. - Sv. 6 , č. 1 . - str. 65-72 . doi : 10.4161 / rna.6.1.7534 . — PMID 19106625 .
  16. ↑ Lee CT, Risom T., Strauss WM Evoluční konzervace regulačních obvodů mikroRNA: zkoumání komplexnosti genů pro mikroRNA a konzervovaných interakcí mikroRNA-cíl prostřednictvím metazoární fylogeneze  // DNA Cell Biol  . : deník. - 2007. - Duben ( roč. 26 , č. 4 ). - str. 209-218 . - doi : 10.1089/dna.2006.0545 . — PMID 17465887 .
  17. ↑ Lim LP, Lau NC, Weinstein EG, Abdelhakim A., Yekta S., Rhoades MW, Burge CB, Bartel DP MikroRNA Caenorhabditis elegans  // Genes Dev  .  : deník. - 2003. - Duben ( roč. 17 , č. 8 ). - S. 991-1008 . - doi : 10.1101/gad.1074403 . — PMID 12672692 .
  18. ↑ Shabalina SA, Koonin EV Původ a evoluce interference eukaryotické RNA  //  Trendy v ekologii a evoluci. : deník. - 2008. - Říjen ( roč. 10 , č. 10 ). - str. 578-587 . - doi : 10.1016/j.tree.2008.06.005 . — PMID 18715673 .
  19. ↑ Brodersen P., Sakvarelidze-Achard L., Bruun-Rasmussen M., Dunoyer P., Yamamoto YY, Sieburth L., Voinnet O. Široká translační inhibice rostlinnými miRNA a siRNA  //  Science : journal. - 2008. - Květen ( roč. 320 , č. 5880 ). - S. 1185-1190 . - doi : 10.1126/science.1159151 . - . — PMID 18483398 .
  20. ↑ 1 2 He L., Hannon GJ MicroRNAs: malé RNA s velkou rolí v genové regulaci  //  Nature : journal. - 2004. - Červenec ( ročník 5 , č. 7 ). - S. 522-531 . doi : 10.1038 / nrg1379 . — PMID 15211354 .
  21. ↑ 1 2 3 Lewis BP, Shih IH, Jones-Rhoades M., Bartel DP, Burge CB Prediction of Savmalian MicroRNA Targets   // Cell . - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , č. 7 . - str. 787-798 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)01018-3 . — PMID 14697198 .
  22. ↑ Rajewsky, Nikolaus. předpovědi cíle mikroRNA u zvířat  // Nature Genetics  : journal  . — Sv. 38 , č. 6s _ -P.S8- S13 . - doi : 10.1038/ng1798 .
  23. ↑ Krek, Azra; Grün, Dominik; Poy, Matthew N; Wolf, Rachel; Rosenberg, Lauren; Epstein, Eric J; MacMenamin, Philip; da Piedade, Isabelle; Gunsalus, Kristin C; Stoffel, Markus; Rajewsky, Nikolaus. Kombinační předpovědi cíle mikroRNA  // Nature Genetics  : journal  . — Sv. 37 , č. 5 . - S. 495-500 . - doi : 10.1038/ng1536 . — PMID 15806104 .
  24. ↑ 1 2 Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V. Heterochronní gen lin-4 C. elegans kóduje malé RNA s antisense komplementaritou k lin-14  // Buňka  :  časopis. - Cell Press , 1993. - Prosinec ( roč. 75 , č. 5 ). - S. 843-854 . - doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . — PMID 8252621 .
  25. ↑ 1 2 Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P., Grimson A., Schelter JM, Castle J., Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM Microarray analýza ukazuje, že některé mikroRNA snižují regulaci velkého počtu cílových  mRNA  // Příroda: časopis. - 2005. - únor ( roč. 433 , č. 7027 ). - str. 769-773 . - doi : 10.1038/nature03315 . — . — PMID 15685193 .
  26. ↑ Brennecke J., Hipfner DR, Stark A., Russell RB, Cohen SM bantam kóduje vývojově regulovanou mikroRNA, která řídí buněčnou proliferaci a reguluje proapoptotický gen skrytý v Drosophila  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2003. - Duben ( roč. 113 , č. 1 ). - str. 25-36 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00231-9 . — PMID 12679032 .
  27. ↑ Cuellar TL, McManus MT MicroRNAs and endokrinní biologie  //  J. Endocrinol. : deník. - 2005. - prosinec ( roč. 187 , č. 3 ). - str. 327-332 . - doi : 10.1677/joe.1.06426 . — PMID 16423811 .
  28. ↑ Poy MN, Eliasson L., Krutzfeldt J., Kuwajima S., Ma X., Macdonald PE, Pfeffer S., Tuschl T., Rajewsky N., Rorsman P., Stoffel M. MikroRNA specifická pro pankreatické ostrůvky reguluje inzulíny secretion  (anglicky)  // Povaha: journal. - 2004. - Listopad ( roč. 432 , č. 7014 ). - S. 226-230 . - doi : 10.1038/nature03076 . - . — PMID 15538371 .
  29. ↑ Chen CZ, Li L., Lodish HF, Bartel DP MikroRNA modulují diferenciaci hematopoetické linie  //  Science : journal. - 2004. - Leden ( roč. 303 , č. 5654 ). - S. 83-6 . - doi : 10.1126/science.1091903 . - . — PMID 14657504 .
  30. ↑ Wilfred BR, Wang WX, Nelson PT Energizující výzkum miRNA: přehled role miRNA v metabolismu lipidů s předpovědí, že miR-103/107 reguluje lidské metabolické dráhy   // Mol . Genet. Metab. : deník. - 2007. - Červenec ( roč. 91 , č. 3 ). - str. 209-217 . - doi : 10.1016/j.ymgme.2007.03.011 . — PMID 17521938 .
  31. ↑ Harfe BD, McManus MT, Mansfield JH, Hornstein E., Tabin CJ Enzym RNaseIII Dicer je nutný pro morfogenezi, ale ne pro vzorování končetiny obratlovců   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2005. - srpen ( roč. 102 , č. 31 ). - S. 10898-10903 . - doi : 10.1073/pnas.0504834102 . — . — PMID 16040801 .
  32. ↑ Lagos-Quintana M., Rauhut R., Yalcin A., Meyer J., Lendeckel W., Tuschl T. Identifikace tkáňově specifických mikroRNA z myši   // Curr . Biol.  : deník. - 2002. - Duben ( roč. 12 , č. 9 ). - str. 735-739 . - doi : 10.1016/S0960-9822(02)00809-6 . — PMID 12007417 .
  33. ↑ Trang P., Weidhaas JB, Slack FJ MicroRNAs jako potenciální  léčiva proti rakovině //  Onkogen. - 2008. - Prosinec ( vol. 27 Suppl 2 ). - P.S52-7 . - doi : 10.1038/onc.2009.353 . — PMID 19956180 .
  34. ↑ Li C., Feng Y., Coukos G., Zhang L. Terapeutické strategie mikroRNA u lidské rakoviny  //  AAPS J : deník. - 2009. - prosinec ( roč. 11 , č. 4 ). - str. 747-757 . - doi : 10.1208/s12248-009-9145-9 . — PMID 19876744 .
  35. ↑ Fasanaro P., Greco S., Ivan M., Capogrossi MC, Martelli F. microRNA: vznikající terapeutické cíle u akutních ischemických onemocnění   // Pharmacol . Ther.  : deník. - 2010. - Leden ( roč. 125 , č. 1 ). - S. 92-104 . - doi : 10.1016/j.pharmthera.2009.10.003 . — PMID 19896977 .
  36. ↑ Hybring, Per; Badalian-Velmi, Gayane. Klinické aplikace mikroRNA  (nedefinováno)  // F1000Research. - 2013. - Srpen ( vol. 2 ). - doi : 10.12688/f1000research.2-136.v2 .
  37. ↑ Thomson DW, Bracken CP, Goodall GJ Experimentální strategie pro identifikaci cíle mikroRNA  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2011. - září ( roč. 39 , č. 16 ). - str. 6845-6853 . - doi : 10.1093/nar/gkr330 . — PMID 21652644 .
  38. ↑ John B., Enright AJ, Aravin A., Tuschl T., Sander C., Marks DS Human MicroRNA targets  // PLoS Biol  .  : deník. - 2004. - Listopad ( vol. 2 , č. 11 ). —P.e363 . _ - doi : 10.1371/journal.pbio.0020363 . — PMID 15502875 .
  39. ↑ Krek A., Grün D., Poy MN, Wolf R., Rosenberg L., Epstein EJ, MacMenamin P., da Piedade I., Gunsalus KC, Stoffel M., Rajewsky N. Kombinační předpovědi cíle mikroRNA   // Nat. Genet.  : deník. - 2005. - Květen ( roč. 37 , č. 5 ). - S. 495-500 . - doi : 10.1038/ng1536 . — PMID 15806104 .
  40. ↑ Selbach M., Schwanhäusser B., Thierfelder N., Fang Z., Khanin R., Rajewsky N. Široké změny v syntéze proteinů indukované mikroRNA  //  Nature : journal. - 2008. - září ( roč. 455 , č. 7209 ). - str. 58-63 . - doi : 10.1038/nature07228 . — PMID 18668040 .
  41. ↑ Baek D., Villén J., Shin C., Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP Vliv mikroRNA na produkci proteinů   // Příroda . - 2008. - září ( roč. 455 , č. 7209 ). - str. 64-71 . - doi : 10.1038/nature07242 . — PMID 18668037 .
  42. ↑ Reinhart BJ, Slack FJ, Basson M., Pasquinelli AE, Bettinger JC, Rougvie AE, Horvitz HR, Ruvkun G. 21-nukleotidová let-7 RNA reguluje vývojové načasování u Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2000. - únor ( roč. 403 , č. 6772 ). - S. 901-906 . - doi : 10.1038/35002607 . - . — PMID 10706289 .
  43. ↑ Pasquinelli AE, Reinhart BJ, Slack F., Martindale MQ, Kuroda MI, Maller B., Hayward DC, Ball EE, Degnan B., Müller P., Spring J., Srinivasan A., Fishman M., Finnerty J. , Corbo J., Levine M., Leahy P., Davidson E., Ruvkun G. Zachování sekvence a časové exprese let-7 heterochronní regulační RNA  //  Nature : journal. - 2000. - Listopad ( roč. 408 , č. 6808 ). - S. 86-9 . - doi : 10.1038/35040556 . — PMID 11081512 .
  44. ↑ Almeida MI, Reis RM, Calin GA Historie MicroRNA: objev, nedávné aplikace a další hranice // Mutat Res .. - 2011. - T. 717 . - S. 1-8 . - doi : 10.1016/j.mrfmmm.2011.03.009 .
  45. ↑ Ambros V., Bartel B., Bartel DP, Burge CB, Carrington JC, Chen X., Dreyfuss G., Eddy SR, Griffiths-Jones S., Marshall M., Matzke M., Ruvkun G., Tuschl T. Jednotný systém pro anotaci mikroRNA   // RNA . - 2003. - březen ( roč. 9 , č. 3 ). - S. 277-279 . - doi : 10.1261/rna.2183803 . — PMID 12592000 .
  46. ↑ Griffiths-Jones S., Grocock RJ, van Dongen S., Bateman A., Enright AJ miRBase: sekvence mikroRNA, cíle a nomenklatura genů  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2006. - Leden ( roč. 34 , č. Vydání databáze ). - P.D140-4 . - doi : 10.1093/nar/gkj112 . — PMID 16381832 .
  47. ↑ miRBase: Co znamenají názvy/identifikátory miRNA? . Získáno 7. 5. 2014. Archivováno z originálu 7. 10. 2014.
  48. ↑ 1 2 Lau NC, Lim LP, Weinstein EG, Bartel DP Hojná třída malých RNA s pravděpodobnou regulační rolí v Caenorhabditis elegans  //  Science : journal. - 2001. - říjen ( roč. 294 , č. 5543 ). - S. 858-862 . - doi : 10.1126/science.1065062 . - . — PMID 11679671 .
  49. ↑ 1 2 3 4 5 6 Lee Y., Kim M., Han J., Yeom KH, Lee S., Baek SH, Kim VN Geny mikroRNA jsou transkribovány RNA polymerázou II  // EMBO  J. : deník. - 2004. - říjen ( roč. 23 , č. 20 ). - S. 4051-4060 . - doi : 10.1038/sj.emboj.7600385 . — PMID 15372072 .
  50. ↑ Lagos-Quintana M., Rauhut R., Lendeckel W., Tuschl T. Identifikace nových genů kódujících malé exprimované RNA  //  Science : journal. - 2001. - říjen ( roč. 294 , č. 5543 ). - S. 853-858 . - doi : 10.1126/science.1064921 . - . — PMID 11679670 .
  51. ↑ Lee RC, Ambros V. Rozsáhlá třída malých RNA v Caenorhabditis elegans  //  Science : journal. - 2001. - říjen ( roč. 294 , č. 5543 ). - S. 862-864 . - doi : 10.1126/science.1065329 . - . — PMID 11679672 .
  52. ↑ Mráz M., Doležalová D., Plevová K., Stano Kozubík K., Mayerová V., Černá K., Musilová K., Tichý B., Pavlová S., Borský M., Verner J., Doubek M., Brychtová Y., Trbušek M., Hampl A., Mayer J., Pospíšilová S. Exprese MicroRNA-650 je ovlivněna přestavbou genu pro imunoglobulin a ovlivňuje biologii chronické lymfocytární   leukémie // Krev : deník. — Americká hematologická společnost, 2012. — Březen ( roč. 119 , č. 9 ). - S. 2110-2113 . - doi : 10.1182/krev-2011-11-394874 . — PMID 22234685 .
  53. ↑ 1 2 Rodriguez A., Griffiths-Jones S., Ashurst JL, Bradley A. Identifikace savčích mikroRNA hostitelských genů a transkripčních jednotek  // Genome Res  . : deník. - 2004. - říjen ( roč. 14 , č. 10A ). - S. 1902-1910 . - doi : 10.1101/gr.2722704 . — PMID 15364901 .
  54. ↑ 1 2 3 4 Cai X., Hagedorn CH, Cullen BR Lidské mikroRNA jsou zpracovány z uzavřených, polyadenylovaných transkriptů, které mohou také fungovat jako mRNA  //  RNA : journal. - 2004. - prosinec ( roč. 10 , č. 12 ). - S. 1957-1966 . - doi : 10.1261/rna.7135204 . — PMID 15525708 .
  55. ↑ Weber MJ Nové lidské a myší mikroRNA geny nalezené hledáním homologie  // FEBS  J. : deník. - 2005. - Leden ( roč. 272 ​​, č. 1 ). - str. 59-73 . - doi : 10.1111/j.1432-1033.2004.04389.x . — PMID 15634332 .
  56. ↑ Kim YK, Kim VN Zpracování intronových mikroRNA  // EMBO  J. : deník. - 2007. - únor ( roč. 26 , č. 3 ). - str. 775-783 . - doi : 10.1038/sj.emboj.7601512 . — PMID 17255951 .
  57. ↑ Baskerville S., Bartel DP Microarray profilování mikroRNA odhaluje častou koexpresi se sousedními miRNA a hostitelskými geny  //  RNA : journal. - 2005. - březen ( roč. 11 , č. 3 ). - str. 241-247 . - doi : 10.1261/rna.7240905 . — PMID 15701730 .
  58. ↑  Altuvia Y., Landgraf P., Lithwick G., Elefant N., Pfeffer S., Aravin A., Brownstein MJ, Tuschl T., Margalit H. Clustering and konzervation patterns of human microRNAs  // Nucleic Acids Res. : deník. - 2005. - Sv. 33 , č. 8 . - S. 2697-2706 . doi : 10.1093 / nar/gki567 . — PMID 15891114 .
  59. ↑ 1 2 Zhou X., Ruan J., Wang G., Zhang W. Charakterizace a identifikace promotorů jádra mikroRNA u čtyř modelových druhů  // PLoS Compput  . Biol.  : deník. - 2007. - březen ( ročník 3 , č. 3 ). — P.e37 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.0030037 . - . — PMID 17352530 .
  60. ↑ Faller M., Guo F. Biogeneze mikroRNA: existuje více než jeden způsob, jak stáhnout kočku z kůže   // Biochim . Biophys. Acta : deník. - 2008. - Listopad ( roč. 1779 , č. 11 ). - str. 663-667 . - doi : 10.1016/j.bbagrm.2008.08.005 . — PMID 18778799 .
  61. ↑ Gregory RI, Chendrimada TP, Shiekhattar R. Biogeneze mikroRNA: izolace a charakterizace mikroprocesorového komplexu  // Methods Mol  . Biol. : deník. - 2006. - Sv. 342 . - str. 33-47 . — ISBN 1-59745-123-1 . - doi : 10.1385/1-59745-123-1:33 . — PMID 16957365 .
  62. ↑ Berezikov E., Chung WJ, Willis J., Cuppen E., Lai EC Savčí mirtronové geny   // Mol . buňka : deník. - 2007. - Říjen ( roč. 28 , č. 2 ). - str. 328-336 . - doi : 10.1016/j.molcel.2007.09.028 . — PMID 17964270 .
  63. ↑ 1 2 Kawahara Y., Megraw M., Kreider E., Iizasa H., Valente L., Hatzigeorgiou AG, Nishikura K. Frekvence a osud editace mikroRNA v lidském mozku  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2008. - září ( roč. 36 , č. 16 ). - S. 5270-5280 . doi : 10.1093 / nar/gkn479 . — PMID 18684997 .
  64. ↑ Winter J., Jung S., Keller S., Gregory RI, Diederichs S. Mnoho cest ke zralosti: dráhy biogeneze mikroRNA a jejich regulace   // Nat . Buněčný biol.  : deník. - 2009. - březen ( roč. 11 , č. 3 ). - str. 228-234 . - doi : 10.1038/ncb0309-228 . — PMID 19255566 .
  65. ↑ Ohman M. Úprava A-to-I vyzyvatel nebo spojenec procesu  microRNA //  Biochimie : deník. - 2007. - říjen ( roč. 89 , č. 10 ). - S. 1171-1176 . - doi : 10.1016/j.biochi.2007.06.002 . — PMID 17628290 .
  66. ↑ 1 2 Murchison EP, Hannon GJ miRNA v pohybu: miRNA biogeneze a RNAi mašinérie   // Curr . Opin. Buněčný biol. : deník. - Elsevier , 2004. - Červen ( roč. 16 , č. 3 ). - str. 223-229 . - doi : 10.1016/j.ceb.2004.04.003 . — PMID 15145345 .
  67. ↑ 1 2 3 Lund E., Dahlberg JE Substrátová selektivita exportinu 5 a Dicer v biogenezi mikroRNA  //  Cold Spring Harb. Symp. kvant. Biol. : deník. - 2006. - Sv. 71 . - str. 59-66 . - doi : 10.1101/sqb.2006.71.050 . — PMID 17381281 .
  68. ↑ Ji X. Mechanismus působení RNázy III: jak kostky kostky  (neurčité)  // Curr. horní. microbiol. Immunol.. - 2008. - T. Aktuální témata mikrobiologie a imunologie . - S. 99-116 . - ISBN 978-3-540-75156-4 . - doi : 10.1007/978-3-540-75157-1_5 . — PMID 18268841 .
  69. ↑ Lelandais-Brière C., Sorin C., Declerck M., Benslimane A., Crespi M., Hartmann C. Malá diverzita RNA v rostlinách a její dopad na vývoj  // Současná  genomika : deník. - 2010. - březen ( roč. 11 , č. 1 ). - str. 14-23 . - doi : 10.2174/138920210790217918 . — PMID 20808519 .
  70. ↑ Rana TM Osvětlení ticha: pochopení struktury a funkce malých RNA   // Nat . Rev. Mol. Buněčný biol.  : deník. - 2007. - Leden ( roč. 8 , č. 1 ). - str. 23-36 . - doi : 10.1038/nrm2085 . — PMID 17183358 .
  71. ↑ 1 2 Schwarz DS, Zamore PD Proč miRNA žijí v miRNP? (anglicky)  // Genes Dev.  : deník. - 2002. - Květen ( roč. 16 , č. 9 ). - S. 1025-1031 . - doi : 10.1101/gad.992502 . — PMID 12000786 .
  72. ↑ Krol J., Sobczak K., Wilczynska U., Drath M., Jasinska A., Kaczynska D., Krzyzosiak WJ Strukturní rysy prekurzorů mikroRNA (miRNA) a jejich význam pro biogenezi miRNA a design malých interferujících RNA/krátká vlásenková RNA  (anglicky)  // J Biol Chem  : journal. - 2004. - Sv. 279 , č.p. 40 . - S. 42230-42239 . - doi : 10.1074/jbc.M404931200 . — PMID 15292246 .
  73. ↑ Khvorova A. , Reynolds A., Jayasena SD Funkční siRNA a miRNA vykazují zkreslení vlákna   // Cell . - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , č. 2 . - S. 209-216 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00801-8 . — PMID 14567918 .
  74. ↑ Schwarz DS, Hutvágner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore PD Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , č. 2 . - S. 199-208 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 . — PMID 14567917 .
  75. ↑ Lin SL, Chang D., Ying SY Asymetrie intronových pre-miRNA struktur ve funkčním  sestavení RISC //  Gen : deník. — Elsevier , 2005. — Sv. 356 . - S. 32-8 . - doi : 10.1016/j.gene.2005.04.036 . — PMID 16005165 .
  76. ↑ Okamura K., Chung WJ, Lai EC Geny s dlouhými a krátkými invertovanými repeticemi u zvířat  : mikroRNA, mirtrony a vlásenkové RNA  // Buněčný cyklus : deník. - 2008. - Sv. 7 , č. 18 . - str. 2840-2845 . - doi : 10.4161/cc.7.18.6734 . — PMID 18769156 .
  77. ↑ 1 2 Pratt AJ, MacRae IJ RNA-indukovaný umlčovací komplex: univerzální stroj na umlčování genů  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2009. - Červenec ( roč. 284 , č. 27 ). - S. 17897-17901 . - doi : 10.1074/jbc.R900012200 . — PMID 19342379 .
  78. ↑ MacRae IJ, Ma E., Zhou M., Robinson CV, Doudna JA In vitro rekonstituce lidského RISC-loading complex  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2008. - Leden ( roč. 105 , č. 2 ). - str. 512-517 . - doi : 10.1073/pnas.0710869105 . - . — PMID 18178619 .
  79. ↑ Mourelatos Z., Dostie J., Paushkin S., Sharma A., Charroux B., Abel L., Rappsilber J., Mann M., Dreyfuss G. miRNPs: nová třída ribonukleoproteinů obsahující četné  mikroRNA  // Genes Dev .  : deník. - 2002. - březen ( roč. 16 , č. 6 ). - str. 720-728 . - doi : 10.1101/gad.974702 . — PMID 11914277 .
  80. ↑ Meister G., Landthaler M., Peters L., Chen P., Urlaub H., Lurhmann R., Tuschl T. Identification of Novel Argonaute-Associated Proteins  // Current Biology  : journal  . - Cell Press , 2005. - Prosinec ( roč. 15 , č. 23 ). - S. 2149-2155 . - doi : 10.1016/j.cub.2005.10.048 . — PMID 16289642 .
  81. ↑ 1 2 3 Kai ZS, Pasquinelli AE MikroRNA zabijáci: faktory, které regulují mizení miRNA   // Nat . Struktura. Mol. Biol.  : deník. - 2010. - Leden ( roč. 17 , č. 1 ). - str. 5-10 . - doi : 10.1038/nsmb.1762 . — PMID 20051982 .
  82. ↑ Chatterjee S., Großhans H. Aktivní obrat moduluje aktivitu zralé mikroRNA u Caenorhabditis elegans  //  Příroda: časopis. - 2009. - září ( roč. 461 , č. 7263 ). - S. 546-459 . - doi : 10.1038/nature08349 . — . — PMID 19734881 .
  83. ↑ Wang XJ, Reyes JL, Chua NH, Gaasterland T. Predikce a identifikace mikroRNA Arabidopsis thaliana a jejich mRNA cílů  // Genome Biol  . : deník. - 2004. - Sv. 5 , č. 9 . — P.R65 . - doi : 10.1186/cz-2004-5-9-r65 . — PMID 15345049 .
  84. ↑ Kawasaki H., Taira K. MicroRNA-196 inhibuje expresi HOXB8 v myeloidní diferenciaci buněk HL60  //  Nucleic Acids Symp Ser: journal. - 2004. - Sv. 48 , č. 48 . - S. 211-212 . - doi : 10.1093/nass/48.1.211 . — PMID 17150553 .
  85. ↑ 1 2 Moxon S., Jing R., Szittya G., Schwach F., Rusholme Pilcher RL, Moulton V., Dalmay T.  Hluboké sekvenování krátkých RNA rajčat identifikuje mikroRNA zacílené na geny podílející se na dozrávání ovoce  // Genome Res. : deník. - 2008. - říjen ( roč. 18 , č. 10 ). - S. 1602-1609 . - doi : 10.1101/gr.080127.108 . — PMID 18653800 .
  86. ↑ Mazière P., Enright AJ Predikce cílů mikroRNA  // Drug Discov  . Dnes : deník. - 2007. - Červen ( roč. 12 , č. 11-12 ). - str. 452-458 . - doi : 10.1016/j.drudis.2007.04.002 . — PMID 17532529 .
  87. ↑ Williams AE Funkční aspekty živočišných mikroRNA   // Buňka . Mol. život sci.  : deník. - 2008. - únor ( roč. 65 , č. 4 ). - S. 545-562 . - doi : 10.1007/s00018-007-7355-9 . — PMID 17965831 .
  88. ↑ Eulalio A., Huntzinger E., Nishihara T., Rehwinkel J., Fauser M., Izaurralde E. Deadenylace je rozšířený účinek regulace miRNA  //  RNA : časopis. - 2009. - Leden ( roč. 15 , č. 1 ). - str. 21-32 . - doi : 10.1261/rna.1399509 . — PMID 19029310 .
  89. ↑ Bazzini AA, Lee MT, Giraldez AJ Profilování ribozomů ukazuje, že miR-430 snižuje translaci dříve, než způsobí rozpad mRNA u zebrafish  //  Science : journal. - 2012. - Duben ( roč. 336 , č. 6078 ). - str. 233-237 . - doi : 10.1126/science.1215704 . - . — PMID 22422859 .
  90. ↑ Djuranovic S., Nahvi A., Green R. miRNA-mediated gen umlčování translační represí následovanou mRNA deadenylation and decay  //  Science : journal. - 2012. - Duben ( roč. 336 , č. 6078 ). - str. 237-240 . - doi : 10.1126/science.1215691 . - . — PMID 22499947 .
  91. ↑ 1 2 3 Morozova N., Zinovyev A., Nonne N., Pritchard LL, Gorban AN, Harel-Bellan A. Kinetické podpisy způsobů působení mikroRNA  (neopr.)  // RNA. - 2012. - září ( roč. 18 , č. 9 ). - S. 1635-1655 . - doi : 10.1261/rna.032284.112 . — PMID 22850425 .
  92. ↑ Tan Y., Zhang B., Wu T., Skogerbø G., Zhu X., Guo X., He S., Chen R. Transkripční inhibice exprese Hoxd4 miRNA-10a v lidských buňkách rakoviny prsu  //  BMC Mol . Biol. : deník. - 2009. - Sv. 10 . — Str. 12 . - doi : 10.1186/1471-2199-10-12 . — PMID 19232136 .
  93. ↑ Hawkins PG, Morris KV RNA a transkripční modulace genové exprese  //  Buněčný cyklus : deník. - 2008. - březen ( vol. 7 , č. 5 ). - S. 602-607 . - doi : 10.4161/cc.7.5.5522 . — PMID 18256543 .
  94. ↑ Stark A., Brennecke J., Bushati N., Russell RB, Cohen SM Animal MicroRNAs udělují robustnost genové expresi a mají významný dopad na evoluci 3'UTR  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , č. 6 . - S. 1133-1146 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.11.023 . — PMID 16337999 .
  95. ↑ Li LC Malá aktivace genu zprostředkovaná RNA // RNA a regulace genové exprese: Skrytá vrstva  složitosti . – Caister Academic Press, 2008. - ISBN 978-1-904455-25-7 ]
  96. ↑ Place RF, Li LC, Pookot D., Noonan EJ, Dahiya R. MicroRNA-373 indukuje expresi genů s komplementárními promotorovými sekvencemi  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2008. - Sv. 105 , č. 5 . - S. 1608-1613 . - doi : 10.1073/pnas.0707594105 . - . — PMID 18227514 .
  97. ↑ Salmena L., Poliseno L., Tay Y., Kats L., Pandolfi PP Hypotéza ceRNA: Rosettská deska skrytého jazyka RNA? (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 2011. - Srpen ( roč. 146 , č. 3 ). - str. 353-358 . - doi : 10.1016/j.cell.2011.07.014 . — PMID 21802130 .
  98. ↑ 1 2 Wheeler BM, Heimberg AM, Moy VN, Sperling EA, Holstein TW, Heber S., Peterson KJ The deep evolution of metazoan microRNAs   // Evol . dev. : deník. - 2009. - Sv. 11 , č. 1 . - str. 50-68 . - doi : 10.1111/j.1525-142X.2008.00302.x . — PMID 19196333 .
  99. ↑ Paškovskij, PP; Ryazansky, SS Biogeneze, evoluce a funkce rostlinných mikroRNA  (anglicky)  // Biochemistry-Moscow: journal. - 2013. - Sv. 78 . - S. 627-637 . - doi : 10.1134/S0006297913060084 . — PMID 23980889 .
  100. ↑ Piriyapongsa J, Jordan IK. Rodina lidských mikroRNA genů z miniaturních invertovaně opakovatelných transponovatelných prvků  (anglicky)  // PLOS One . - Public Library of Science , 2007. - Sv. 2 , ne. 2 .
  101. ↑ 1 2 Heimberg AM, Sempere LF, Moy VN, Donoghue PC, Peterson KJ MicroRNAs a nástup morfologické složitosti obratlovců  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2008. - únor ( roč. 105 , č. 8 ). - S. 2946-2950 . - doi : 10.1073/pnas.0712259105 . - . — PMID 18287013 .
  102. ↑ 1 2 3 Peterson KJ, Dietrich MR, McPeek MA MikroRNA a metazoární makroevoluce: pohledy na kanalizaci, složitost a kambrickou  explozi  // BioEssays : deník. - 2009. - Červenec ( roč. 31 , č. 7 ). - str. 736-747 . - doi : 10.1002/bies.200900033 . — PMID 19472371 .
  103. ↑ 1 2 3 Nozawa M., Miura S., Nei M. Původ a evoluce genů microRNA u druhů Drosophila  // Genome  Biol Evol : deník. - 2010. - Sv. 2 . - S. 180-189 . - doi : 10.1093/gbe/evq009 . — PMID 20624724 .
  104. ↑ Allen, E.; ZX Xie, AM Gustafson, GH Sung, JW Spatafora a JC Carrington. Evoluce genů microRNA invertovanou duplikací cílových genových sekvencí v Arabidopsis thaliana  (anglicky)  // Nature Genetics  : journal. - 2004. - Sv. 36 , č. 12 . - S. 1282-1290 . doi : 10.1038 / ng1478 . — PMID 15565108 .
  105. ↑ Warthmann, N.; S. Das, C. Lanz a D. Weigel. Srovnávací analýza lokusu MIR319a MicroRNA u Arabidopsis a příbuzných Brassicaceae  //  Molekulární biologie a evoluce : deník. - Oxford University Press , 2008. - Vol. 25 , č. 5 . - S. 892-902 . - doi : 10.1093/molbev/msn029 . — PMID 18296705 .
  106. ↑ Fahlgren, N.; S. Jogdeo, K. D. Kasschau, C. M. Sullivan, E. J. Chapman, S. Laubinger, L. M. Smith, M. Dasenko, S. A. Givan, D. Weigel a J. C. Carrington. Evoluce genu MicroRNA v Arabidopsis lyrata a Arabidopsis thaliana  (anglicky)  // Plant Cell  : journal. - 2010. - Sv. 22 , č. 4 . - S. 1074-1089 . - doi : 10.1105/tpc.110.073999 .
  107. ↑ Caravas J., Friedrich M. Roztočů a mnohonožek: nedávný pokrok v řešení základny stromu  členovců  // BioEssays : deník. - 2010. - Červen ( roč. 32 , č. 6 ). - str. 488-495 . - doi : 10.1002/bies.201000005 . — PMID 20486135 .
  108. ↑ Cock JM, Sterck L., Rouzé P., Scornet D., Allen AE, Amoutzias G., Anthouard V., Artiguenave F., Aury JM, Badger JH, et al . Genom Ectocarpus a nezávislý vývoj mnohobuněčnosti u hnědých řas  (anglicky)  // Nature : journal. - 2010. - Červen ( roč. 465 , č. 7298 ). - S. 617-621 . - doi : 10.1038/nature09016 . — . — PMID 20520714 .
  109. ↑ Cuperus, JT; N. Fahlgren a JC Carrington. Evoluce a funkční diverzifikace genů MIRNA  (anglicky)  // Plant Cell  : journal. - 2011. - Sv. 23 , č. 2 . - str. 431-442 . - doi : 10.1105/tpc.110.082784 . — PMID 21317375 .
  110. ↑ Attila Molnar, Andrew Basset, Frank Schwach a kol. Vysoce specifické umlčování genů umělými mikroRNA v jednobuněčné řase Chlamydomonas reinhardtii  // The Plant Journal. - 2009. - doi : 10.1111/j.1365-313X.2008.03767.x .  (nedostupný odkaz)
  111. ↑ Kanika Jain, B.B. Chattoo. Srovnávací miRNA analýza u patogenních hub . Archivováno z originálu 26. dubna 2014.
  112. ↑ Diamond P.F. miRNAs' Therapeutic Potential  (15. března 2010), s. 1. Archivováno z originálu 10. července 2010. Staženo 10. července 2010.
  113. ↑ Tjaden B., Goodwin SS, Opdyke JA, Guillier M., Fu DX, Gottesman S., Storz G. Predikce cíle pro malé, nekódující RNA v bakteriích  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2006. - Sv. 34 , č. 9 . - S. 2791-2802 . - doi : 10.1093/nar/gkl356 . — PMID 16717284 .
  114. ↑ Plaisance-Bonstaff K., Renne R. Virové miRNA // Methods Mol Biol .. - 2011. - T. 721 . - S. 43-66 . - doi : 10.1007/978-1-61779-037-9_3 .
  115. ↑ Mráz M., Malinová K., Mayer J., Pospíšilová S. Izolace a stabilita mikroRNA ve vzorcích skladované RNA   // Biochem . Biophys. Res. komunální. : deník. - 2009. - prosinec ( roč. 390 , č. 1 ). - str. 1-4 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2009.09.061 . — PMID 19769940 .
  116. ↑ Liu CG, Calin GA, Volinia S., Croce CM Profilování exprese mikroRNA pomocí microarrays  // Nat  Protoc : deník. - 2008. - Sv. 3 , ne. 4 . - str. 563-578 . - doi : 10.1038/nprot.2008.14 . — PMID 18388938 .
  117. ↑ Chen C., Ridzon DA, Broomer AJ, Zhou Z., Lee DH, Nguyen JT, Barbisin M., Xu NL, Mahuvakar VR, Andersen MR, Lao KQ, Livak KJ, Guegler KJ Kvantifikace mikroRNA v reálném čase pomocí kmene -loop RT-PCR  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2005. - Sv. 33 , č. 20 . — P. e179 . - doi : 10.1093/nar/gni178 . — PMID 16314309 .
  118. ↑ Shingara J., Keiger K., Shelton J., Laosinchai-Wolf W., Powers P., Conrad R., Brown D., Laborier E. Optimalizovaná platforma pro izolaci a značení pro přesné profilování exprese mikroRNA  / - 2005. - září ( roč. 11 , č. 9 ). - S. 1461-1470 . - doi : 10.1261/rna.2610405 . — PMID 16043497 .
  119. ↑ Buermans HP, Ariyurek Y., van Ommen G., den Dunnen JT, 't Hoen PA. Nové metody pro profilování exprese mikroRNA založené na sekvenování  //  BMC Genomics : deník. - 2010. - Prosinec ( vol. 11 ). - str. 716 . - doi : 10.1186/1471-2164-11-716 . — PMID 21171994 .
  120. ↑ Kloosterman WP, Wienholds E., Ketting RF, Plasterk RH Požadavky na substrát pro funkci let-7 ve vyvíjejícím se embryu zebrafish  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2004. - Sv. 32 , č. 21 . - S. 6284-6291 . doi : 10.1093 / nar/gkh968 . — PMID 15585662 .
  121. ↑ Flynt AS, Li N., Thatcher EJ, Solnica-Krezel L., Patton JG Zebrafish miR-214 moduluje signalizaci Hedgehog pro specifikaci osudu svalových buněk   // Nat . Genet.  : deník. - 2007. - únor ( roč. 39 , č. 2 ). - str. 259-263 . - doi : 10.1038/ng1953 . — PMID 17220889 .
  122. ↑ Meister G., Landthaler M., Dorsett Y., Tuschl T. Sekvenčně specifická inhibice umlčování RNA vyvolané mikroRNA a siRNA  //  RNA : časopis. - 2004. - březen ( roč. 10 , č. 3 ). - S. 544-550 . - doi : 10.1261/rna.5235104 . — PMID 14970398 .
  123. ↑ Kloosterman WP, Lagendijk AK, Ketting RF, Moulton JD, Plasterk RH Cílená inhibice zrání miRNA pomocí morfolina odhaluje roli miR-375 ve vývoji pankreatických ostrůvků  // PLoS Biol  .  : deník. - 2007. - Srpen ( ročník 5 , č. 8 ). —P.e203 . _ - doi : 10.1371/journal.pbio.0050203 . — PMID 17676975 .
  124. ↑ Choi WY, Giraldez AJ, Schier AF Cílové chrániče odhalují tlumení a vyvažování Nodal agonisty a antagonisty pomocí miR-430  //  Science : journal. - 2007. - říjen ( roč. 318 , č. 5848 ). - str. 271-274 . - doi : 10.1126/science.1147535 . - . — PMID 17761850 .
  125. ↑ You Y., Moreira BG, Behlke MA, Owczarzy R.  Návrh sond LNA, které zlepšují diskriminaci chyb v párování  // Nucleic Acids Res : deník. - 2006. - Sv. 34 , č. 8 . —P.e60 . _ doi : 10.1093 / nar/gkl175 . — PMID 16670427 .
  126. ↑ Lagendijk AK, Moulton JD, Bakkers J. Odhalení podrobností: Protokol hybridizace in situ celé mikroRNA pro embrya zebřičky a dospělé tkáně  //  Bio Open : journal. - 2012. - Sv. 1 , ne. 6 . - str. 566 . - doi : 10.1242/bio.2012810 .
  127. ↑ Kaur H., Arora A., Wengel J., Maiti S., Arora A., Wengel J., Maiti S. Termodynamické, protiiontové a hydratační účinky pro inkorporaci nukleotidů uzamčených nukleových kyselin do duplexů DNA   // Biochemie: časopis. - 2006. - Sv. 45 , č. 23 . - S. 7347-7355 . - doi : 10.1021/bi060307w . — PMID 16752924 .
  128. ↑ Nielsen JA, Lau P., Maric D., Barker JL, Hudson LD Integrace profilů exprese mikroRNA a mRNA neuronálních progenitorů k identifikaci regulačních sítí, které jsou základem nástupu kortikální neurogeneze  //  BMC Neurosci: journal. - 2009. - Sv. 10 . — S. 98 . - doi : 10.1186/1471-2202-10-98 . — PMID 19689821 .
  129. ↑ Gupta A., Nagilla P., Le HS, Bunney C., Zych C., Thalamuthu A., Bar-Joseph Z., Mathavan S., Ayyavoo V. Srovnávací expresní profil miRNA a mRNA v mononukleárních buňkách primární periferní krve infikovaných virem lidské imunodeficience (HIV-1)  (anglicky)  // PLoS ONE  : journal / Mammano, Fabrizio. - 2011. - Sv. 6 , č. 7 . —P.e22730 . _ - doi : 10.1371/journal.pone.0022730 . — PMID 21829495 .
  130. ↑ Grimson A., Farh KK, Johnston WK, Garrett-Engele P., Lim LP, Bartel DP Specificita cílení mikroRNA u savců: determinanty mimo párování semen   // Mol . buňka : deník. - 2007. - Červenec ( roč. 27 , č. 1 ). - S. 91-105 . - doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . — PMID 17612493 .
  131. ↑ Griffiths-Jones S., Saini HK, van Dongen S., Enright AJ miRBase: nástroje pro genomiku mikroRNA  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2008. - Leden ( roč. 36 , č. Vydání databáze ). - P.D154-8 . - doi : 10.1093/nar/gkm952 . — PMID 17991681 .
  132. ↑ Zheng H., Fu R., Wang JT, Liu Q., Chen H., Jiang SW Pokroky v technikách predikce cílů mikroRNA  //  Int J Mol Sci. : deník. - 2013. - Duben ( roč. 14 , č. 4 ). - S. 8179-8187 . - doi : 10.3390/ijms14048179 . — PMID 23591837 .
  133. ↑ Nam S., Li M., Choi K., Balch C., Kim S., Nephew KP Integrovaná analýza mikroRNA a mRNA (MMIA): webový nástroj pro zkoumání biologických funkcí exprese mikroRNA  //  Nucleic Acids Res. : deník. - 2009. - Červenec ( roč. 37 , č. vydání webového serveru ). —P.W356-62 . _ doi : 10.1093 / nar/gkp294 . — PMID 19420067 .
  134. ↑ Artmann S., Jung K., Bleckmann A., Beissbarth T. Detekce simultánních skupinových efektů v expresi mikroRNA a souvisejících cílových genových sadách  (anglicky)  // PLoS ONE  : journal / Provero, Paolo. - 2012. - Sv. 7 , č. 6 . — P.e38365 . - doi : 10.1371/journal.pone.0038365 . - . — PMID 22723856 .
  135. ↑ 1 2 3 Mraz M. , Pospíšilová S. MikroRNA u chronické lymfocytární leukémie: od kauzality k asociacím a zpět.  (anglicky)  // Odborný posudek z hematologie. - 2012. - Sv. 5, č. 6 . - S. 579-581. - doi : 10.1586/ehm.12.54 . — PMID 23216588 .
  136. ↑ Jiang Q., Wang Y., Hao Y., Juan L., Teng M., Zhang X., Li M., Wang G., Liu Y. miR2Disease: ručně upravená databáze pro deregulaci mikroRNA u lidských onemocnění  .)  // Výzkum nukleových kyselin : deník. - 2009. - Leden ( roč. (vydání databáze) , č. Vydání databáze ). - P.D98-104 . doi : 10.1093 / nar/gkn714 . — PMID 18927107 .
  137. ↑ Mencía A., Modamio-Høybjør S., Redshaw N., Morín M., Mayo-Merino F., Olavarrieta L., Aguirre LA, del Castillo I., Steel KP, Dalmay T., Moreno F., Moreno- Pelayo MA mutace v semenné oblasti lidského miR-96 jsou zodpovědné za nesyndromovou progresivní ztrátu sluchu   // Nat . Genet.  : deník. - 2009. - Květen ( roč. 41 , č. 5 ). - S. 609-613 . - doi : 10.1038/ng.355 . — PMID 19363479 .
  138. ↑ Hughes AE, Bradley DT, Campbell M., Lechner J., Dash DP, Simpson DA, Willoughby CE mutace Změna oblasti semen miR-184 způsobuje familiární keratokonus s kataraktou  // The American  Journal of Human Genetics : deník. - 2011. - Sv. 89 , č. 5 . - str. 628-633 . - doi : 10.1016/j.ajhg.2011.09.014 . — PMID 21996275 .
  139. ↑ de Pontual L., Yao E., Callier P., Faivre L., Drouin V., Cariou S., Van Haeringen A., Geneviève D., Goldenberg A., Oufadem M., Manouvrier S., Munnich A. , Vidigal JA, Vekemans M., Lyonnet S., Henrion-Caude A., Ventura A., Amiel J. Delece zárodečné linie klastru miR-17-92 způsobuje kosterní a růstové defekty u lidí  (anglicky)  // Nat. Genet.  : deník. - 2011. - Říjen ( roč. 43 , č. 10 ). - S. 1026-1030 . - doi : 10.1038/ng.915 . — PMID 21892160 .
  140. ↑ 1 2 He L., Thomson JM, Hemann MT, Hernando-Monge E., Mu D., Goodson S., Powers S., Cordon-Cardo C., Lowe SW, Hannon GJ, Hammond SM Polycistron mikroRNA jako potenciální lidský onkogen  (anglicky)  // Nature : journal. - 2005. - Červen ( roč. 435 , č. 7043 ). - S. 828-833 . - doi : 10.1038/nature03552 . — . — PMID 15944707 .
  141. ↑ 1 2 Mráz M., Pospíšilová S., Malinová K., Šlapák I., Mayer J. MikroRNA v patogenezi chronické lymfocytární leukémie a podtypech onemocnění   // Leuk . Lymfom : deník. - 2009. - březen ( roč. 50 , č. 3 ). - S. 506-509 . - doi : 10.1080/10428190902763517 . — PMID 19347736 .
  142. ↑ Heidi G. Møller, Andreas P. Rasmussen, Hjalte H. Andersen, Kasper B. Johnsen, Michael Henriksen, Meg Duroux. Systematic Review of MicroRNA in Glioblastoma Multiforme: Micro-modulators in the mesenchymal Mode of Migration and Invasion  // Mol Neurobiol. - 2013. - T. 47 , č. 1 . - S. 131-144 . - doi : 10.1007/s12035-012-8349-7 .
  143. ↑ Cui JW, Li YJ, Sarkar A., ​​​​Brown J., Tan YH, Přemyslová M., Michaud C., Iscove N., Wang GJ, Ben-David Y. Retrovirová inzerční aktivace lokusu Fli-3 v erytroleukémie kódující shluk mikroRNA, které přeměňují Epo-indukovanou diferenciaci na  proliferaci //  Krev : deník. — Americká hematologická společnost, 2007. - Červen ( roč. 110 , č. 7 ). - S. 2631-2640 . - doi : 10.1182/krev-2006-10-053850 . — PMID 17586726 .
  144. ↑ O'Donnell KA, Wentzel EA, Zeller KI, Dang CV, Mendell JT . c-Myc-regulované mikroRNA modulují expresi E2F1   // Nature . - 2005. - Červen ( roč. 435 , č. 7043 ). - S. 839-843 . - doi : 10.1038/nature03677 . — . — PMID 15944709 .
  145. ↑ Lu J., Getz G., Miska EA, Alvarez-Saavedra E., Lamb J., Peck D., Sweet-Cordero A., Ebert BL, Mak RH, Ferrando AA, Downing JR, Jacks T., Horvitz HR , Golub TR Profily exprese MicroRNA klasifikují lidské rakoviny  (anglicky)  // Nature : journal. - 2005. - Červen ( roč. 435 , č. 7043 ). - S. 834-838 . - doi : 10.1038/nature03702 . — . — PMID 15944708 .
  146. ↑ Zanesi N., Pekarsky Y., Trapasso F., Calin G., Croce CM MicroRNAs in mouse models of  lymphoid malignancys (neopr.)  // J Nucleic Acids Investig. - 2010. - T. 1 , č. 1 . - S. 36-40 . doi : 10.4081 /jnai.2010.e8 . — PMID 21666870 .
  147. ↑ Jun Qian, Vinayakumar Siragam, Jiang Lin, Jichun Ma, Zhaoqun Deng. Role mikroRNA při tvorbě rakovinných kmenových buněk: Budoucí směry pro miRNA  (anglicky)  // Hypothesis : journal. - 2011. - Sv. 9 , č. 1 . —P.e10 . _
  148. ↑ Americká asociace pro výzkum rakoviny (29. září 2010). Screeningový nástroj dokáže detekovat kolorektální rakovinu z malého vzorku krve . Tisková zpráva . Archivováno z originálu dne 14. května 2011. Získáno 29. listopadu 2010 .
  149. ↑ Nielsen BS, Jørgensen S., Fog JU, Søkilde R., Christensen IJ, Hansen U., Brünner N., Baker A., ​​​​Møller S., Nielsen HJ Vysoké hladiny mikroRNA-21 ve stromatu kolorektálních karcinomů predikovat krátké přežití bez onemocnění u pacientů s rakovinou tlustého střeva stadia II  (anglicky)  // Clin Exp Metastasis: journal. - 2010. - říjen ( roč. 28 , č. 1 ). - str. 27-38 . - doi : 10.1007/s10585-010-9355-7 . — PMID 21069438 .
  150. ↑ Võsa U., Vooder T., Kolde R., Fischer K., Välk K., Tõnisson N., Roosipuu R., Vilo J., Metspalu A., Annilo T. Identifikace miR-374a jako prognostického markeru pro přežití u pacientů s nemalobuněčným karcinomem plic v časném stadiu  //  Genes Chromozoms Cancer : deník. - 2011. - říjen ( roč. 50 , č. 10 ). - S. 812-822 . - doi : 10.1002/gcc.20902 . — PMID 21748820 .
  151. ↑ Akçakaya P., Ekelund S., Kolosenko I., Caramuta S., Ozata DM, Xie H., Lindforss U., Olivecrona H., Lui WO deregulace miR-185 a miR-133b je spojena s celkovým přežitím a metastázami v kolorektální rakovina  (anglicky)  // Int. J. Oncol. : deník. - 2011. - Srpen ( roč. 39 , č. 2 ). - str. 311-318 . - doi : 10.3892/ijo.2011.1043 . — PMID 21573504 .
  152. ↑ Jones, K; Nourse JP, Keane C., Bhatnagar A., ​​Gándhí MK. Plazmové mikroRNA jsou biomarkery odezvy na onemocnění u klasického Hodgkinova lymfomu  //  Clin Can Res: journal. - 2014. - Leden ( roč. 20 , č. 1 ). - str. 253-264 . - doi : 10.1158/1078-0432.CCR-13-1024 . — PMID 24222179 .
  153. ↑ Wu H., Mo YY Targeting miR-205 in Rakovina prsu  // Expert Opin  . Ther. Cíle : deník. - 2009. - prosinec ( roč. 13 , č. 12 ). - S. 1439-1448 . - doi : 10.1517/14728220903338777 . — PMID 19839716 .
  154. ↑ Gregory PA, Bert AG, Paterson EL, Barry SC, Tsykin A., Farshid G., Vadas MA, Khew-Goodall Y., Goodall GJ Rodina miR-200 a miR-205 regulují přechod z epitelu na mezenchym cílením na ZEB1 a SIP1  (anglicky)  // Nat. Buněčný biol.  : deník. - 2008. - Květen ( roč. 10 , č. 5 ). - S. 593-601 . - doi : 10.1038/ncb1722 . — PMID 18376396 .
  155. ↑ Chen JF, Murchison EP, Tang R., Callis TE, Tatsuguchi M., Deng Z., Rojas M., Hammond SM, Schneider MD, Selzman CH, Meissner G., Patterson C., Hannon GJ, Wang DZ Cílené odstranění of Dicer v srdci vede k dilatační kardiomyopatii a srdečnímu selhání  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2008. - únor ( roč. 105 , č. 6 ). - S. 2111-2116 . - doi : 10.1073/pnas.0710228105 . - . — PMID 18256189 .
  156. ↑ 1 2 Zhao Y., Ransom JF, Li A., Vedantham V., von Drehle M., Muth AN, Tsuchihashi T., McManus MT, Schwartz RJ, Srivastava D. Dysregulace kardiogeneze, srdečního vedení a buněčného cyklu v myši postrádající miRNA-1-2  (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 2007. - Duben ( roč. 129 , č. 2 ). - str. 303-317 . - doi : 10.1016/j.cell.2007.03.030 . — PMID 17397913 .
  157. ↑ Thum T., Galuppo P., Wolf C., Fiedler J., Kneitz S., van Laake LW, Doevendans PA, Mummery CL, Borlak J., Haverich A., Gross C., Engelhardt S., Ertl G. , Bauersachs J. MikroRNA v lidském srdci: klíč k přeprogramování fetálního genu při srdečním  selhání //  Circulation : deník. Lippincott Williams & Wilkins, 2007. — Červenec ( roč. 116 , č. 3 ). - str. 258-267 . - doi : 10.1161/CIRCULATIONAHA.107.687947 . — PMID 17606841 .
  158. ↑ van Rooij E., Sutherland LB, Liu N., Williams AH, McAnally J., Gerard RD, Richardson JA, Olson CS Charakteristický vzor mikroRNA reagujících na stres, které mohou vyvolat srdeční hypertrofii a srdeční   selhání // Proceedings of the National Akademie věd Spojených států amerických  : časopis. - 2006. - Listopad ( roč. 103 , č. 48 ). - S. 18255-18260 . - doi : 10.1073/pnas.0608791103 . - . — PMID 17108080 .
  159. ↑ Tatsuguchi M., Seok HY, Callis TE, Thomson JM, Chen JF, Newman M., Rojas M., Hammond SM, Wang DZ Exprese mikroRNA je dynamicky regulována během hypertrofie kardiomyocytů  //  J. Mol. buňka. kardiol. : deník. - 2007. - Červen ( roč. 42 , č. 6 ). - S. 1137-1141 . - doi : 10.1016/j.yjmcc.2007.04.004 . — PMID 17498736 .
  160. ↑ Zhao Y., Samal E., Srivastava D. Faktor odezvy séra reguluje svalově specifickou mikroRNA, která se během kardiogeneze zaměřuje na Hand2  //  Nature: journal. - 2005. - Červenec ( roč. 436 , č. 7048 ). - S. 214-220 . - doi : 10.1038/nature03817 . — . — PMID 15951802 .
  161. ↑ Xiao J., Luo X., Lin H., Zhang Y., Lu Y., Wang N., Zhang Y., Yang B., Wang Z. MicroRNA miR-133 potlačuje expresi HERG K+ kanálu, což přispívá k prodloužení QT v diabetická srdce  (anglicky)  // J. Biol. Chem.  : deník. - 2007. - Duben ( roč. 282 , č. 17 ). - S. 12363-12367 . - doi : 10.1074/jbc.C700015200 . — PMID 17344217 .
  162. ↑ Yang B., Lin H., Xiao J., Lu Y., Luo X., Li B., Zhang Y., Xu C., Bai Y., Wang H., Chen G., Wang Z. Sval -specifická mikroRNA miR-1 reguluje srdeční arytmogenní potenciál cílením na GJA1 a KCNJ2  // Nat  . Med.  : deník. - 2007. - Duben ( roč. 13 , č. 4 ). - str. 486-491 . - doi : 10,1038/nm1569 . — PMID 17401374 .
  163. ↑ Carè A., Catalucci D., Felicetti F., Bonci D., Addario A., Gallo P., Bang ML, Segnalini P., Gu Y., Dalton ND, Elia L., Latronico MV, Høydal M., Autore C., Russo MA, Dorn GW, Ellingsen O., Ruiz-Lozano P., Peterson KL, Croce CM, Peschle C., Condorelli G. MicroRNA-133 kontroluje srdeční hypertrofii   // Nat . Med.  : deník. - 2007. - Květen ( roč. 13 , č. 5 ). - S. 613-618 . - doi : 10,1038/nm1582 . — PMID 17468766 .
  164. ↑ van Rooij E., Sutherland LB, Qi X., Richardson JA, Hill J., Olson EN Řízení stresově závislého srdečního růstu a genové exprese pomocí mikroRNA  //  Science : journal. - 2007. - Duben ( roč. 316 , č. 5824 ). - str. 575-579 . - doi : 10.1126/science.1139089 . - . — PMID 17379774 .
  165. ↑ Insull W. Patologie aterosklerózy: Vývoj plaku a reakce plaku na lékařskou léčbu // The American Journal of Medicine. - 2009. - T. 122 . - S. S3-S14 .
  166. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 Son Dj, Kumar S., Takabe W., Kim CW, Ni CW, Alberts-Grill N., Jang IH, Kim S., Kim W., Kang SW, Baker AH, Seo JW, Ferrara KW a Jo H. Atypická mechanicky citlivá mikroRNA-712 odvozená z preribozomální RNA indukuje endoteliální zánět a aterosklerózu  // Nature Communications  . - Nature Publishing Group , 2013. - Sv. 4 . - 3000 P.
  167. ↑ 1 2 Basu R., Fan D., Kandalam V., Lee J., Das SS, Wang X., Baldwin TA, Oudit GY a Kassiri Z. Gen Timp3 vede k formaci aneuryzmatu abdominální aorty v reakci na angiotenzin II / / The Journal of Biological Chemistry. - 2012. - T. 287 . - S. 44083-44096 .
  168. ↑ Libby P. Zánět při ateroskleróze   // Příroda . - 2002. - Sv. 402 . - S. 868-874 .
  169. ↑ Maes OC, Chertkow HM, Wang E., Schipper HM MicroRNA: Důsledky pro Alzheimerovu chorobu a další lidské poruchy CNS  // Současná  genomika : deník. - 2009. - Květen ( roč. 10 , č. 3 ). - S. 154-168 . - doi : 10.2174/138920209788185252 . — PMID 19881909 .
  170. ↑ Schratt G. microRNAs at the synapse   // Nat . Rev. neurosci.  : deník. - 2009. - prosinec ( roč. 10 , č. 12 ). - S. 842-849 . - doi : 10.1038/nrn2763 . — PMID 19888283 .
  171. ↑ Eloïse A. Kremer, Niharika Gaur, Melissa A. Lee, Olivia Engmann, Johannes Bohacek & Isabelle M. Mansuy. Souhra mezi TET a mikroRNA v dospělém mozku pro tvorbu paměti .
  172. ↑ Yu-Wen A. Huang, Claudia R. Ruiz, Elizabeth CH Eyler, Kathie Lin, Mollie K. Meffertemail. Duální regulace miRNA biogeneze generuje cílovou specificitu při syntéze proteinů indukované neurotrofiny. - 2012. - T. 148 , č. 5 . - S. 933-946 . - doi : 10.1016/j.cell.2012.01.036 .
  173. ↑ Feng J., Sun G., Yan J., Noltner K., Li W., Buzin CH, Longmate J., Heston LL, Rossi J., Sommer SS Důkaz pro X-chromozomální schizofrenii spojenou se změnami mikroRNA  .)  / / PLoS ONE  : deník / Reif, Andreas. - 2009. - Sv. 4 , ne. 7 . — P.e6121 . - doi : 10.1371/journal.pone.0006121 . - . — PMID 19568434 .
  174. ↑ Beveridge NJ, Gardiner E., Carroll AP, Tooney PA, Cairns MJ Schizofrenie je spojena se zvýšením biogeneze kortikální mikroRNA   // Mol . Psychiatrie : deník. - 2009. - Září ( roč. 15 , č. 12 ). - S. 1176-1189 . - doi : 10.1038/mp.2009.84 . — PMID 19721432 .
  175. ↑ Romao JM, Jin W., Dodson MV, Hausman GJ, Moore SS, Guan LL Regulace mikroRNA v adipogenezi savců   // Exp . Biol. Med. (Maywood) : deník. - 2011. - září ( roč. 236 , č. 9 ). - S. 997-1004 . - doi : 10.1258/ebm.2011.011101 . — PMID 21844119 .
  176. ↑ Skårn M., Namløs HM, Noordhuis P., Wang MY, Meza-Zepeda LA, Myklebost O. Diferenciace adipocytů stromálních buněk derivovaných z lidské kostní dřeně je modulována mikroRNA-155, mikroRNA-221 a mikroRNA-  222.)  // Kmenové buňky Dev. : deník. - 2012. - Duben ( roč. 21 , č. 6 ). - S. 873-883 . - doi : 10.1089/scd.2010.0503 . — PMID 21756067 .
  177. ↑ Zuo Y., Qiang L., Farmer SR Aktivace exprese CCAAT/enhancer-binding protein (C/EBP) alfa pomocí C/EBP beta během adipogeneze vyžaduje represi HDAC1 spojenou s peroxisomovým proliferátorem-gama asociovanou represi HDAC1 na C /ebp promotor genu alfa  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2006. - březen ( roč. 281 , č. 12 ). - str. 7960-7967 . - doi : 10.1074/jbc.M510682200 . — PMID 16431920 .
  178. ↑ Zhu H., Shyh-Chang N., Segrè AV, Shinoda G., Shah SP, Einhorn WS, Takeuchi A., Engreitz JM, Hagan JP, Kharas MG, Urbach A., Thornton JE, Triboulet R., Gregory RI ; DIAGRAM Consortium; MAGIC Investigators, Altshuler D., Daley GQ Osa Lin28/let-7 reguluje metabolismus glukózy  (anglicky)  // Cell . - Cell Press , 2011. - Září ( roč. 147 , č. 1 ). - str. 81-94 . - doi : 10.1016/j.cell.2011.08.033 . — PMID 21962509 .
  179. ↑ Frost RJ, Olson EN. Kontrola homeostázy glukózy a citlivosti na inzulín rodinou mikroRNA Let-7  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2011. - prosinec ( roč. 108 , č. 52 ). - S. 21075-21080 . - doi : 10.1073/pnas.1118922109 . — . — PMID 22160727 .
  180. ↑ Shigeru Miyaki, Tomoyuki Nakasa, Shuhei Otsuki, Shawn P. Grogan, Reiji Higashiyama, Atsushi Inoue, Yoshio Kato, Tempei Sato, Martin K. Lotz, Hiroshi Asahara. MicroRNA-140 je exprimována v diferencovaných lidských kloubních chondrocytech a moduluje odpovědi IL-1  // Arthritis Rheum.. - 2009. - V. 60 , č. 9 . - S. 2723-2730 . - doi : 10.1002/art.24745 .

Literatura

Odkazy

  Přejděte na položku Wikidata  Slovníky a encyklopedie
V bibliografických katalozích
 Typy RNA
Biosyntéza bílkovin
Zpracování RNA
Regulace genové exprese
cis-regulační prvky
Parazitické prvky
jiný
 Typy nukleových kyselin
Dusíkaté báze
Nukleosidy
Nukleotidy
RNA
DNA
Analogy
Vektorové typy