Phasmidy

Phasmids (z řečtiny φάγος - požírající a anglicky  plasmid , z řečtiny πλάσμα - něco vytvořeného, ​​vytvořeného) - molekulární vektory , které jsou umělými hybridy mezi fágem a plazmidem . Phasmidy po vložení cizí DNA se mohou za určitých podmínek vyvinout jako fágy a za jiných jako plazmidy .

Fagemid je plazmid , který obsahuje počátek replikace f1 fága f1 [1] . Může být použit ke klonování vektoru v kombinaci s vláknitým bakteriofágem M13 . Phasmid se může replikovat jako plazmid a může být také zabalen jako jednořetězcová DNA do virových částic. Phasmidy obsahují počátek replikace (Ori) pro dvouvláknovou replikaci, stejně jako f1 Ori pro umožnění jednovláknové replikace a balení do fágových částic [1] . Mnoho běžně používaných plasmidů obsahuje f1 Ori a jsou tedy phasmidy. Stejně jako plazmidy se používají ke klonování fragmentů DNA pomocí metod, jako je transformace a elektroporace . Nicméně infekce bakteriálního hostitele obsahujícího phasmid pomocným fágem, jako je VCSM13 nebo M13K07, který poskytuje nezbytné virové složky pro jednořetězcovou DNA (ssDNA), která má být replikována a zabalena do fágových částic. Pomocný fág infikuje bakterii tak, že se nejprve naváže na její pili a poté, po připojení, transportuje její genom do cytoplazmy hostitelské buňky. Uvnitř buňky iniciuje fágový genom produkci phasmidové jednovláknové DNA v cytoplazmě. Tato phasmidová DNA je pak zabalena do fágových částic. Fágové částice obsahující ssDNA se uvolňují z bakteriální buňky do extracelulárního prostředí. Vláknité fágy inhibují bakteriální růst, ale na rozdíl od fágů λ a T7 obvykle nezpůsobují lýzu . Pomocné fágy jsou obvykle navrženy tak, že balení DNA v nich je méně účinné (kvůli defektnímu počátku replikace) [2] než balení phasmidů, takže výsledné částice fága obsahují převážně phasmid DNA. Infekce vláknitým fágem F1 vyžaduje pili, takže k produkci fágových částic lze použít pouze bakteriální hostitele obsahující F-plazmid nebo jeho deriváty. Před vývojem cyklického sekvenování byly k vytvoření jednořetězcových DNA templátů použity fazmidy. Dnes se phasmidy stále používají ke generování šablon pro místně specifickou mutagenezi . Detailní charakterizace životního cyklu filamentózního fága a strukturních rysů vedla k vývoji technologie fágového displeje , ve které může být řada peptidů a proteinů exprimována jako fúzní proteiny fágového obalu na povrchu virové částice. Exprimované peptidy a polypeptidy jsou vloženy do odpovídající DNA kódující oblasti ve fágu, a proto je tato metoda vhodná pro studium interakcí protein-protein a dalších kombinací ligand /receptor .

Poznámky

1. ↑ 1 2 Analysis of Genes and Genomes, John Wiley & Sons, 2004, S. 140, Google Books Archived 19. srpna 2020 na Wayback Machine
2. ↑ Lund Paul E., Hunt Ryan C., Gottesman Michael M., Kimchi-Sarfaty Chava. Pseudoviriony jako vehikula pro doručování siRNA  (anglicky)  // Pharmaceutical Research: journal. - 2010. - Sv. 27 , č. 3 . - str. 400-420 . - doi : 10.1007/s11095-009-0012-2 . — PMID 19998056 .