Exomové sekvenování

Sekvenování exomu je sekvenování všech genů kódujících protein v genomu ( tj . exomu ) .  Sekvenování exomů se týká dvou operací: za prvé, výběr exonu . V závislosti na organismu pokrývají exony 1–2 % genomu [1] . U lidí je jich asi 180 000, což je přibližně 1 % z celkového genomu nebo přibližně 30 milionů párů bází (bp). Za druhé, sekvenování exonů pomocí jakékoli vysoce výkonné platformy pro sekvenování DNA a analýza získaných výsledků [2] .

Exome sekvenování umožňuje detekovat genetické změny, které vedou ke změnám v proteinových sekvencích, což může následně vést k onemocněním, jako je ateroskleróza , Alzheimerova choroba a další. Hlavní výhodou exomového sekvenování je možnost provádět hromadný screening genů a detekovat mutace spojené s nemocemi, přičemž tento postup je jednodušší a levnější než celogenomové sekvenování [1] .

Metodika

Exome sekvenování zahrnuje čtyři fáze: extrakci DNA z poskytnutého materiálu, výběr požadované frakce DNA (obohacení vzorku), sekvenování vybraného materiálu a analýzu získaných výsledků [3] .

DNA izolace

Prvním krokem je příprava vysoce kvalitních preparátů genomové DNA z poskytnutých vzorků separací DNA od proteinů , lipidů atd. Standardní metodou pro izolaci DNA je extrakce směsí fenol-chloroform [4] .

Vzorové strategie obohacování

Strategie obohacování vzorků umožňují selektivní výběr požadovaných genomových oblastí, tj. exonů, ze vzorků DNA před krokem sekvenování. Od popisu první původní metody v roce 2005 bylo vyvinuto několik strategií obohacení vzorků vhodných pro účely sekvenování exomů [5] . Volba konkrétní metody závisí na velikosti zájmových oblastí, potřebě pokrytí sekvencí, dostupném vybavení a dalších důvodech [6] .

Polymerázová řetězová reakce

Polymerázová řetězová reakce (PCR) se široce používá k amplifikaci požadovaných fragmentů DNA již více než 20 let [7] . Obvykle se v PCR používají pouze 2 primery , nicméně byly vyvinuty metody multiplex PCR PCR přístupy jsou velmi účinné, ale neumožňují práci s oblastmi genomu o délce několika milionů bp. z důvodu vysoké ceny a nízké kvality výsledných vzorků [1] .

Metoda molekulární inverze

Metoda molekulární inverze je technika, která umožňuje získat vzorky DNA obohacené o amplifikované invertované oblasti cílových sekvencí . K výběru požadovaných sekvencí dochází v důsledku uzavření oblasti zájmu v prstenu. Primer je zde jednovláknový DNA oligonukleotid , v jehož centrální části obsahuje univerzální sekvenci s restrikčními místy a konce jsou komplementární ke dvěma úsekům genomové DNA, mezi nimiž je požadovaná sekvence. Nezreagované vzorky zůstávají lineární a jsou odstraněny exonukleázami [5] [8] . Metoda může být užitečná pro práci s malým počtem cílů ve velkém počtu vzorků. Hlavní nevýhodou je jednotnost získaných vzorků a také vysoká cena v případě potřeby pro pokrytí velkého souboru ploch [7] .

Hybridizační obohacení

Pro hybridizační obohacení vzorků o oblasti exomu jsou vytvořeny speciální mikročipy obsahující jednovláknové oligonukleotidy ( sondy ) fixované na substrátu se sekvencemi z genomu, které mohou pokrýt oblasti zájmu. Genomová DNA je rozřezána na fragmenty. Konce fragmentů jsou otupeny restrikčními enzymy , jsou přidány adaptéry s univerzálními primery . Po hybridizaci fragmentů se sondami na microarrays jsou nehybridizované fragmenty vymyty ze substrátu a zbylé jsou pak amplifikovány pomocí PCR [5] . Omezení metody souvisí s vysokou cenou vybavení, počtem sond, které lze umístit na matrici, a potřebou dostatečně velkého množství DNA pro analýzu [1] .

Obohacení v roztoku

V roztoku je syntetizována sada sond, které jsou fixovány na kuličkách streptavidinu . Kuličky se umístí do roztoku s fragmentovanou genomickou DNA, kde dojde k selektivní hybridizaci sond s požadovanými genomovými oblastmi, načež se kuličky s požadovanými fragmenty vysrážejí a promyjí. Zbývající části jsou pak seřazeny. Tato metoda byla vyvinuta pro vylepšení metody hybridizačního obohacení: umožňuje vytvořit nadbytek sond do cílových míst ve srovnání s požadovaným množstvím vzorku. Optimální velikost cílové oblasti DNA je asi 3,5 milionu bp, takže následné sekvenování má za následek dobré pokrytí [7] .

Platformy používané pro obohacování exomů

Hlavními poskytovateli platforem pro obohacení exomu jsou NimbleGen , Agilent a Illumina [1] .

Porovnání charakteristik každé z nejběžnějších platforem pro obohacování exomů [1]
Knihovna SeqCap EZ Exome od NimbleGen Agilent's Sure Select Human All Exon Kit Sada pro obohacení TruSeq Exome společnosti Illumina Sada Nextera Rapid Capture Exome společnosti Illumina
Délka sondy 55–105 [9] 114 - 126 [9] 95 95
Doporučené množství vzorku DNA 3 μg [10] 3 μg [10] 500 ng [10] 50 ng [10]
Typ sondy nukleové kyseliny DNA RNA DNA DNA
Strategie pokrytí sondou pro fragment zájmu Překrývající se sondy [9] Častěji přísně sekvenční sondy než překrývající se Mezery mezi sekvencemi sond (sondy jsou v určité vzdálenosti od sebe podél sekvence fragmentů) Mezery mezi sekvencemi sond
fragmentační metoda Ultrazvuk Ultrazvuk Ultrazvuk transposáze
Velikost cílového fragmentu (člověk) 64 padesáti 62 62
Čte zbývající po filtrování 66 % 71,7 % 54,8 % [11] 40,1 %
Hlavní přednosti Vysoká citlivost a specificita. Nejjednotnější pokrytí v obtížných regionech [9] [12] [13] . Dobré pokrytí indelů [9] [13] [11] . Vysoká rychlost nivelace . Méně přečtení než na jiných platformách [13] . Dobré pokrytí nepřeložených oblastí a miRNA [9] Dobré pokrytí nepřeložených oblastí a miRNA
Hlavní slabiny Více přečtení než Agilent. Nižší rychlost vyrovnávání. Méně kvalitní čtení než NimbleGen [12] Vysoká úroveň necíleného obohacení [9] Vysoká úroveň necíleného obohacení. Offsetové pokrytí pro oblasti s vysokým obsahem GC , snižující uniformitu.
Použití mimo lidské sekvence Ano Ano Ne Ne

V současné době nabízí NimbleGen kromě sad pouze pro lidi sady pro exomy kukuřice , ječmene , pšenice , sóji , myší a prasat , zatímco Agilent nabízí sady pro exomy myší , skotu a zebřiček . Oba prodejci také nabízejí možnost navrhnout vlastní sady pro jiné druhy. Soupravy pro jiné než lidské druhy používají protokoly a sondy podobné lidským soupravám výrobců. Oba výrobci nabízejí flexibilní proces návrhu, který umožňuje provádět změny za účelem zlepšení pokrytí pro konkrétní regiony a účely [1] .

Sekvenování

Existuje několik sekvenačních technologií, včetně klasické Sangerovy sekvenační metody . Metody sekvenování nové generace využívají platformy Illumina , SOLiD a Ion-Torrent . Všechny tyto metody lze použít i pro sekvenování exomů [14] .

Analýza výsledků

Primární sekvenační data je obrovský soubor malých sekvencí (čtení), jejichž délka a kvalita závisí na technických vlastnostech sekvenátoru a způsobu přípravy vzorku. Kvalitu odečtů lze kontrolovat např. pomocí softwarového balíku FastQC [15] . Výsledná čtení jsou filtrována: jsou odříznuty koncové sekce, které mají často velké množství chyb, jsou odstraněny sekvence adaptérů (například pomocí Trimmomatic [16] nebo srpku [17] ); poté se chyby opraví (např. pomocí programů Blucoo [18] a Lighter [19] ). Filtrované údaje jsou mapovány do genomu, kde jsou sestaveny do sekvencí odpovídajících exonům. V současné době existuje mnoho programů, které provádějí každou fázi přípravy a analýzy sekvenačních dat, většina z nich vyžaduje velký výpočetní výkon , protože množství přijímaných dat je velmi velké [20] .

Aplikace sekvenování exomu

Pomocí sekvenování exomů ve studiích s fixní cenou můžeme sekvenovat sekvence s výrazně větší hloubkou pokrytí ve srovnání s pokrytím získaným metodami sekvenování celého genomu. Díky tomu se exomové sekvenování častěji používá při řešení problémů, které vyžadují spolehlivé stanovení jednonukleotidových polymorfismů [21] .

Klinická diagnóza

29. září 2011 se Ambry Genetics stala první certifikovanou společností, která nabídla sekvenování exomů a diagnostiku onemocnění na jeho základě [22] . Společnost tvrdí, že výsledky sekvenování exomu umožní zaměstnancům diagnostikovat onemocnění, u kterých jsou tradiční diagnostické přístupy nepoužitelné [23] .

Identifikace mutací způsobujících onemocnění může významně přispět k diagnostickým a terapeutickým přístupům, pomoci předvídat vývoj onemocnění a umožnit testování příbuzných v riziku [2] [24] [25] [26] [27] [28 ] . Existuje několik důvodů, proč je sekvenování exomů preferováno před monogenní analýzou: schopnost identifikovat mutace v genech, které nejsou testovány kvůli atypickému klinickému obrazu [28] a identifikace klinických případů, ve kterých mutace v různých genech způsobují různé projevy stejný pacient [24] . Metoda navíc umožňuje diagnostikovat onemocnění v časném stadiu a u mladých pacientů dříve, než se objeví celé spektrum charakteristických příznaků; používá se také pro prenatální diagnostiku [1] V některých případech může prenatální sekvenování exomu detekovat genetická onemocnění , zatímco standardní metody ( karyotypizace a mikročipy) jsou neúčinné [29] .

Autoři přelomové recenzované publikace o sekvenování exomů vyzdvihují užitečnost této metody pro klinickou praxi. Autoři, kteří použili sekvenování exomu k identifikaci mutace způsobující Bartterův syndrom a vrozený chloridový průjem , uvádějí: „Představujeme si budoucnost, ve které se takové informace stanou součástí rutinního klinického hodnocení pacientů s podezřením na genetické onemocnění s nejasná diagnóza... Představujeme si, že sekvenování Whole exome bude obrovským přínosem k pochopení toho, které geny a jakými způsoby se podílejí na rozvoji vzácných a častých lidských onemocnění i v klinické praxi“ [25] .

Mapování vzácných polymorfismů u komplexních poruch a Mendelových chorob

Probíhající velké mezinárodní studie jsou zaměřeny na identifikaci častých polymorfismů v genomu, které lze nejsnáze identifikovat moderními metodami. V důsledku negativní selekce se však polymorfismy, které způsobují extrémně závažná onemocnění, zejména Mendelovy choroby, vyskytují s výrazně nižší alelickou frekvencí a mohou zůstat neodhaleny při hledání kandidátních genů pomocí moderních standardních metod genotypizace , a nejčastěji umístěný v exomu. Vzhledem k tomu, že velké množství genů je spojeno s rizikem onemocnění u komplexních poruch, je k jejich detekci zapotřebí velmi velkých vzorků, takže z hlediska nákladů není sekvenování celého genomu optimální. Kromě toho jsou velmi podrobně studovány polymorfismy v kódujících oblastech a jejich funkční význam je snadněji určitelný [30] Úspěšný model identifikace mendelovských genů zahrnuje identifikaci de novo polymorfismů vznikajících sekvenováním genů. dvou rodičů a potomka [31] .

Zemědělské využití

Genomy rostlin mohou být extrémně složité, opakující se a často polyploidní ; v důsledku toho některé z ekonomicky nejdůležitějších plodin nelze zkoumat pomocí sekvenování celého genomu. Byla vyvinuta souprava pro obohacení pšeničného exomu na základě nashromážděných transkriptomových dat [32] , pomocí které byly provedeny studie o nežádoucí intrakulturní genetické heterogenitě exomu, která ovlivňuje fenotyp rostliny , zejména rychlost růstu, schopnost žijí v různých podmínkách a další důležité pro plemenné znaky. Podobné soupravy byly použity při studiu rýže Oryza sativa [33] a sójového Glycine max [34] . Je také možné identifikovat genetické markery , které jsou zodpovědné za specifickou rezistenci rostlinných plodin vůči určitým patogenům [35] .

V některých případech může být sekvenování exomu použito jako alternativa k dražšímu sekvenování celého genomu, například při studiu genetických variací v rámci a mezi populacemi [36] .

Srovnání s microarray genotypizací

Techniky microarray vyžadují hybridizační sondy se známou sekvencí, jsou tedy omezeny požadavky na design sond a nemohou detekovat některé genetické změny. Vysoce výkonné sekvenační technologie používané pro sekvenování exomů umožňují současně rozpoznat sekvence mnohem většího počtu lokusů a identifikovat dosud neznámé zdroje mnoha onemocnění [37] , to znamená, že mohou obejít omezení genotypizačních čipů a klasických sekvenování [38] .

Exome sekvenování je dražší postup, ale s klesajícími finančními náklady a rostoucí produktivitou sekvenačních metod je tato metoda v praxi stále více využívána pro diagnostiku vzácných genetických onemocnění [39] .

Omezení

Některá onemocnění mohou být spojena s mutacemi v nekódujících oblastech nebo strukturálními přestavbami, které sekvenování exomu nezachytí [2] . Ale vzhledem k vysokým nákladům na sekvenování celého genomu v současné fázi vývoje vědy a techniky se sekvenování exomu zdá být nejlepší metodou pro klinickou diagnostiku vzácných dědičných onemocnění, která nejsou detekována mikročipy [25] .

Statistická analýza velkého množství dat během sekvenování exomu je samostatný časově náročný úkol. Existuje několik přístupů ke zlepšení kvality exomových dat [2] :

  • srovnání polymorfismů určených sekvenováním a microarray;
  • srovnání kódujících polymorfismů s celogenomovými sekvenačními daty pacientů se stejným onemocněním;
  • srovnání kódujících SNP se Sangerovými sekvenovanými haplotypy .

U některých biologických druhů je kvalita sestavení genomu a jeho anotace horší než u lidí (nebo sekvenovaný genom neexistuje vůbec). To výrazně omezuje použití sekvenování exomu na jiné organismy, protože to komplikuje obohacování vzorků DNA a mapování výsledků sekvenování na genom [1] .

Poznámky

  1. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Warr Amanda , Robert Christelle , Hume David , Archibald Alan , Deeb Nader , Watson Mick. Exome Sequencing: Současné a budoucí perspektivy  //  G3: Geny. - 2015. - 2. července ( díl 5 , č. 8 ). - S. 1543-1550 . — ISSN 2160-1836 . - doi : 10.1534/g3.115.018564 .
  2. ↑ 1 2 3 4 Ng Sarah B. , Turner Emily H. , Robertson Peggy D. , Flygare Steven D. , Bigham Abigail W. , Lee Choli , Shaffer Tristan , Wong Michelle , Bhattacharjee Arindam , Eichler Evan Michael E. , Bamshad Nickerson Deborah A. , Shendure Jay. Cílené zachycení a masivně paralelní sekvenování 12 lidských exomů  //  Nature. - 2009. - 16. srpna ( roč. 461 , č. 7261 ). - str. 272-276 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature08250 .
  3. ↑ Celé sekvenování Exome | Detekujte exonické varianty . www.illumina.com. Staženo 5. 5. 2019. Archivováno z originálu 3. 5. 2019.
  4. ↑ Psifidi Androniki , Dovas Chrysostomos I. , Bramis Georgios , Lazou Thomai , Russel Claire L. , Arsenos Georgios , Banos Georgios. Srovnání jedenácti metod pro extrakci genomové DNA vhodné pro velkoplošnou genotypizaci celého genomu a dlouhodobé bankovnictví DNA pomocí krevních vzorků  //  PLOS ONE. - 2015. - 30. ledna ( roč. 10 , č. 1 ). — P.e0115960 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0115960 .
  5. ↑ 1 2 3 Turner Emily H. , Ng Sarah B. , Nickerson Deborah A. , Shendure Jay. Methods for Genomic Partitioning  (anglicky)  // Annual Review of Genomics and Human Genetics. - 2009. - Září ( roč. 10 , č. 1 ). - str. 263-284 . — ISSN 1527-8204 . - doi : 10.1146/annurev-genom-082908-150112 .
  6. ↑ Mamanova Lira , Coffey Alison J , Scott Carol E , Kozarewa Iwanka , Turner Emily H , Kumar Akash , Howard Eleanor , Shendure Jay , Turner Daniel J. Strategie Target-enrichment pro sekvenování nové generace  //  Nature Methods. - 2010. - únor ( vol. 7 , č. 2 ). - str. 111-118 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.1419 .
  7. ↑ 1 2 3 Kahvejian Avak , Quackenbush John , Thompson John F. Co byste udělali, kdybyste mohli vše sekvenovat?  (anglicky)  // Nature Biotechnology. - 2008. - říjen ( roč. 26 , č. 10 ). - S. 1125-1133 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt1494 .
  8. ↑ Mertes F. , ElSharawy A. , Sauer S. , van Helvoort JMLM , van der Zaag PJ , Franke A. , Nilsson M. , Lehrach H. , Brookes AJ Cílené obohacení oblastí genomové DNA pro  sekvenování nové generace )  // Briefing ve funkční genomice. - 2011. - 1. listopadu ( roč. 10 , č. 6 ). - str. 374-386 . — ISSN 2041-2649 . - doi : 10.1093/bfgp/elr033 .
  9. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 Clark Michael J , Chen Rui , Lam Hugo YK , Karczewski Konrad J , Chen Rong , Euskirchen Ghia , Butte Atul J , Snyder Michael. Porovnání výkonu technologií sekvenování exomové DNA  (anglicky)  // Nature Biotechnology. - 2011. - 25. září ( roč. 29 , č. 10 ). - S. 908-914 . — ISSN 1087-0156 . - doi : 10.1038/nbt.1975 .
  10. ↑ 1 2 3 4 Seaby Eleanor G. , Pengelly Reuben J. , Ennis Sarah. Vysvětlení sekvenování Exome: praktický průvodce jeho klinickou aplikací  //  Briefings in Functional Genomics. - 2015. - 9. prosince ( roč. 15 , č. 5 ). - str. 374-384 . — ISSN 2041-2649 . - doi : 10.1093/bfgp/elv054 .
  11. ↑ 1 2 Chilamakuri Chandra Sekhar , Lorenz Susanne , Madoui Mohammed-Amin , Vodák Daniel , Sun Jinchang , Hovig Eivind , Myklebost Ola , Meza-Zepeda Leonardo A. Porovnání výkonu čtyř systémů zachycení exomů pro hluboké sekvenování   / BMC Genomics (anglicky) . - 2014. - Sv. 15 , č. 1 . — S. 449 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-449 .
  12. ↑ 1 2 Sulonen Anna-Maija , Ellonen Pekka , Almusa Henrikki , Lepistö Maija , Eldfors Samuli , Hannula Sari , Miettinen Timo , Tyynismaa Henna , Salo Perttu , Heckman Caroline , Joensuiv Anio Suikala Janina , Ra Porovnání metod zachycení exomu založených na řešení pro sekvenování nové generace  //  Genome Biology. - 2011. - Sv. 12 , č. 9 . — P.R94 . — ISSN 1465-6906 . - doi : 10.1186/cz-2011-12-9-r94 .
  13. ↑ 1 2 3 Bodi K. , Perera AG , Adams PS , Bintzler D. , Dewar K. , Grove DS , Kieleczawa J. , Lyons RH , Neubert TA , Noll AC , Singh S. , Steen R. , Zianni M. Porovnání komerčně dostupných metod obohacování cíle pro sekvenování nové generace  //  Journal of Biomolecular Techniques: JBT. - 2013. - Červenec ( roč. 24 , č. 2 ). - str. 73-86 . — ISSN 1524-0215 ​​. - doi : 10.7171/jbt.13-2402-002 .
  14. ↑ Křepelka Michael , Smith Miriam E , Coupland Paul , Otto Thomas D , Harris Simon R , Connor Thomas R , Bertoni Anna , Swerdlow Harold P , Gu Yong. Příběh tří sekvenačních platforem nové generace: srovnání iontového torrentu, pacific biosciences a illumina MiSeq sekvenátorů  //  BMC Genomics. - 2012. - Sv. 13 , č. 1 . — S. 341 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-13-341 .
  15. ↑ Balíček FastQC  . Babraham bioinformatika . Získáno 30. dubna 2015. Archivováno z originálu dne 2. března 2019.
  16. ↑ Balíček Trimmomatic  . USADELLAB.org . Získáno 30. dubna 2015. Archivováno z originálu 22. dubna 2015.
  17. ↑ Nemocný balíček  . GitHub . Získáno 30. dubna 2015. Archivováno z originálu 27. dubna 2015.
  18. ↑ Program Blucoo  . Inria . Získáno 30. dubna 2015. Archivováno z originálu 4. března 2016.
  19. ↑ Program Zapalovač  . GitHub . Získáno 30. dubna 2015. Archivováno z originálu 11. července 2017.
  20. ↑ Mardis Elaine R. Výzvy velkých dat  //  Disease Models & Mechanisms. - 2016. - 1. května ( roč. 9 , č. 5 ). - str. 483-485 . — ISSN 1754-8403 . - doi : 10.1242/dmm.025585 .
  21. ↑ Pengelly Reuben J , Gibson Jane , Andreoletti Gaia , Collins Andrew , Mattocks Christopher J , Ennis Sarah. Panel profilování SNP pro sledování vzorků ve studiích sekvenování celého exomu  //  Genome Medicine. - 2013. - Sv. 5 , č. 9 . — S. 89 . - ISSN 1756-994X . - doi : 10,1186/gm492 .
  22. ↑ Ambry Genetics. Ambry Genetics jako první nabízí službu sekvenování Exome pro klinickou diagnostiku.  (anglicky) . www.prnewswire.com. Staženo 5. 5. 2019. Archivováno z originálu 16. 4. 2017.
  23. ↑ Volk Amber , Conboy Erin , Wical Beverly , Patterson Marc , Kirmani Salman. Sekvenování celého Exomu na klinice: Poučení ze šesti po sobě jdoucích případů z pohledu lékaře   // ​​Molekulární syndrom . - 2015. - 3. února ( roč. 6 , č. 1 ). - str. 23-31 . — ISSN 1661-8769 . - doi : 10.1159/000371598 .
  24. ↑ 1 2 Ng Sarah B , Buckingham Kati J , Lee Choli , Bigham Abigail W , Tabor Holly K , Dent Karin M , Huff Chad D , Shannon Paul T , Jabs Ethylin Wang , Nickerson Deborah A , Shendure  Jay , Bamshad J. sekvenování identifikuje příčinu mendelovské poruchy //  Nature Genetics. - 2009. - 13. listopadu ( roč. 42 , č. 1 ). - str. 30-35 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.499 .
  25. ↑ 1 2 3 Choi Murim , Scholl Ute I. , Ji Weizhen , Liu Tiewen , Tikhonova Irina R. , Zumbo Paul , Nayir Ahmet , Bakkaloğlu Ayșin , Özen Seza , Sanjad Sami , Nelson -Williams , Manhitaf S. Carol Richard P. Genetická diagnostika zachycením celého exomu a masivně paralelním sekvenováním DNA  //  Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2009. - 27. října ( roč. 106 , č. 45 ). - S. 19096-19101 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.0910672106 .
  26. ↑ Bilgüvar Kaya , Öztürk Ali Kemal , Louvi Angeliki , Kwan Kenneth Y. , Choi Murim , Tatlı Burak , Yalnızoğlu Dilek , Tüysüz Beyhan , Çağlayan Ahmet Okay , Bar , Yammet , Tanyak Saray Sanders Stephan , Zhu Ying , Yılmaz Sanem , Dinçer Alp , Johnson Michele H. , Bronen Richard A. , Koçer Naci , Per Hüseyin , Mane Shrikant , Pamir Mehmet Necmettin , Yalçınkaya Cengiz , Kumandaş Merstan Nezmenal , Topçu merstan Nezmenal Lifton Richard P. , State Matthew W. , Günel Murat. Sekvenování celého exomu identifikuje recesivní mutace WDR62 u závažných malformací mozku   // Nature . - 2010. - 22. srpna ( roč. 467 , č. 7312 ). - S. 207-210 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature09327 .
  27. ↑ Worthey Elizabeth A , Mayer Alan N , Syverson Grant D , Helbling Daniel , Bonacci Benedetta B , Decker Brennan , Serpe Jaime M , Dasu Trivikram , Tschannen Michael R , Veith Regan L , Basehore Monica J , Broeckel Ulrich , TomitaoyM Arca Marjorie J , Casper James T , Margolis David A , Bick David P , Hessner Martin J , Routes John M , Verbsky James W , Jacob Howard J , Dimmock David P. Stanovení definitivní diagnózy: Úspěšná klinická aplikace sekvenování celého exomu v dítě s neřešitelným zánětlivým onemocněním střev  //  Genetika v medicíně. - 2010. - 17. prosince ( roč. 13 , č. 3 ). - str. 255-262 . — ISSN 1098-3600 . - doi : 10.1097/GIM.0b013e3182088158 .
  28. ↑ 1 2 Raffan Eleanor , Hurst Liam A. , Turki Saeed Al , Carpenter Gillian , Scott Carol , Daly Allan , Coffey Alison , Bhaskar Sanjeev , Howard Eleanor , Khan Naz , Kingston Helen , Palotie Aarno , Savage ' Mark , Smith Claire , O'Rahilly Stephen , Barroso Inês , Semple Robert K. Včasná diagnostika Wernerova syndromu pomocí exome-Wide sekvenování u jednoho atypického pacienta  //  Hranice endokrinologie. - 2011. - Sv. 2 . — ISSN 1664-2392 . - doi : 10.3389/fendo.2011.00008 .
  29. ↑ Nejlepší Sunayna , Wou Karen , Vora Neeta , Van der Veyver Ignatia B. , Wapner Ronald , Chitty Lyn S. Sliby, úskalí a praktičnost prenatálního sekvenování celého exomu  //  Prenatální diagnostika. - 2017. - 25. července ( roč. 38 , č. 1 ). - str. 10-19 . — ISSN 0197-3851 . - doi : 10.1002/pd.5102 .
  30. ↑ Nickerson Sarah , Marquis-Nicholson Renate , Claxton Karen , Ashton Fern , Leong Ivone , Prosser Debra , Love Jennifer , George Alice , Taylor Graham , Wilson Callum , Gardner R. , Love Donald. Analýza SNP a sekvenování celého exomu: Jejich aplikace v analýze pokrevního rodokmenu segregující ataxii   // Microarrays . - 2015. - 23. října ( díl 4 , č. 4 ). - S. 490-502 . — ISSN 2076-3905 . - doi : 10,3390/microarrays4040490 .
  31. ↑ Lee Hane , Deignan Joshua L. , Dorrani Naghmeh , Strom Samuel P. , Kantarci Sibel , Quintero-Rivera Fabiola , Das Kingshuk , Toy Traci , Harry Bret , Yourshaw Michael , Fox Michelle , Fogel Brent L. , Julianez -Ago . , Wong Derek A. , Chang Vivian Y. , Shieh Perry B. , Palmer Christina GS , Dipple Katrina M. , Grody Wayne W. , Vilain Eric , Nelson Stanley F. Klinické sekvenování exomů pro genetickou identifikaci vzácných mendelovských  poruch.)  // JAMA. - 2014. - 12. listopadu ( roč. 312 , č. 18 ). — S. 1880 . — ISSN 0098-7484 . - doi : 10.1001/jama.2014.14604 .
  32. ↑ Winfield Mark O. , Wilkinson Paul A. , Allen Alexandra M. , Barker Gary LA , Coghill Jane A. , Burridge Amanda , Hall Anthony , Brenchley Rachael C. , D'Amore Rosalinda , Hall Neil , Bevan Michael W. , Richmond Todd , Gerhardt Daniel J. , Jeddeloh Jeffrey A. , Edwards Keith J. Cílené re-sekvenování exomu allohexaploidní pšenice  //  Plant Biotechnology Journal. - 2012. - 18. června ( roč. 10 , č. 6 ). - str. 733-742 . — ISSN 1467-7644 . - doi : 10.1111/j.1467-7652.2012.00713.x .
  33. ↑ Henry IM , Nagalakshmi U. , Lieberman MC , Ngo KJ , Krasileva KV , Vasquez-Gross H. , Akhunova A. , Akhunov E. , Dubcovsky J. , Tai TH , Comai L. Efektivní detekce a katalogizace celého genomu EMS -Indukované mutace pomocí Exome Capture a sekvenování nové generace  //  Rostlinná buňka. - 2014. - 1. dubna ( roč. 26 , č. 4 ). - S. 1382-1397 . — ISSN 1040-4651 . - doi : 10.1105/tpc.113.121590 .
  34. ↑ Bolon Y.-T. , Haun WJ , Xu WW , Grant D. , Stacey MG , Nelson RT , Gerhardt DJ , Jeddeloh JA , Stacey G. , Muehlbauer GJ , Orf JH , Naeve SL , Stupar RM , Vance CP Fenotyp a genomická analýza rychlého neutronu Populační zdroj v sójových bobech  (anglicky)  // FYZIOLOGIE ROSTLIN. - 2011. - 14. února ( roč. 156 , č. 1 ). - str. 240-253 . — ISSN 0032-0889 . - doi : 10.1104/pp.110.170811 .
  35. ↑ Wendler Neele , Mascher Martin , Nöh Christiane , Himmelbach Axel , Scholz Uwe , Ruge-Wehling Brigitte , Stein Nils. Odemknutí sekundárního genofondu ječmene pomocí sekvenování nové generace  //  Plant Biotechnology Journal. - 2014. - 6. července ( roč. 12 , č. 8 ). - S. 1122-1131 . — ISSN 1467-7644 . - doi : 10.1111/pbi.12219 .
  36. ↑ Song Shen , Yao Na , Yang Min , Liu Xuexue , Dong Kunzhe , Zhao Qianjun , Pu Yabin , He Xiaohong , Guan Weijun , Yang Ning , Ma Yuehui , Jiang Lin. Sekvenování Exome odhaluje genetickou diferenciaci díky adaptaci ve vysoké nadmořské výšce u tibetské kašmírové kozy (Capra hircus  )  // BMC Genomics. - 2016. - 18. února ( roč. 17 , č. 1 ). — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/s12864-016-2449-0 .
  37. ↑ Biesecker Leslie G. Díky sekvenování exomu se lékařská genomika stává realitou  //  Genetika přírody. - 2010. - Leden ( roč. 42 , č. 1 ). - S. 13-14 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng0110-13 .
  38. ↑ Berberich Amanda J. , Ho Rosettia , Hegele Robert A. Sekvenování celého genomu na klinice: posílení nebo příliš mnoho informací?  (anglicky)  // Canadian Medical Association Journal. - 2018. - 2. února ( roč. 190 , č. 5 ). -P.E124- E125 . — ISSN 0820-3946 . - doi : 10.1503/cmaj.180076 .
  39. ↑ Náklady na sekvenování DNA: Data | NHGRI . www.genome.gov. Získáno 6. května 2019. Archivováno z originálu dne 6. května 2019.