5'-Nepřeložená oblast

5' - Nepřekládaná oblast (5'-UTR , vyslovováno jako pětitahová -nepřekládaná oblast , anglicky  5'-nepřekládaná oblast, 5'-UTR ), nebo vedoucí sekvence [1]  - nekódující oblast mRNA , umístěná bezprostředně za čepičkou , ale před kódovací oblastí. Oblast DNA odpovídající 5'-UTR transkriptu má stejný název [2] . 5′-UTR obsahuje různé prvky, které se podílejí na regulaci účinnosti translace [3] .

Struktura

Délka a složení nukleotidů

Celková délka 5′-UTR je nejčastěji přibližně stejná pro všechny taxonomické skupiny eukaryot a pohybuje se kolem 100–200 nukleotidů , ale může dosáhnout několika tisíc [4] [5] . U kvasinky Schizosaccharomyces pombe je tedy délka 5'-UTR v transkriptu ste11 2273 nukleotidů [6] [7] . Průměrná délka 5'-UTR u lidí je asi 210 nukleotidů (současně je průměrná délka 3'-UTR  800 nukleotidů [8] ). Nejdelší známý lidský 5'-UTR je v Tre onkogenu , jeho délka je 2858 nukleotidů a nejkratší lidský 5'-UTR má délku 18 nukleotidů [1] .

Složení bází se také liší v 3'- a 5'-UTR. Obsah G + C je tedy vyšší v 5'-UTR než v 3'-UTR. Tento rozdíl je patrný zejména u mRNA teplokrevných obratlovců, u kterých je obsah G+C v 5'-UTR 60 % a v 3'-UTR 45 % [9] .

Introny

Uvnitř oblastí DNA odpovídajících 5'-UTR transkriptu jsou introny , stejně jako v oblastech DNA odpovídajících oblasti kódující mRNA. Asi 30 % genů Metazoa má oblasti odpovídající 5′-UTR, které se skládají pouze z exonů [4] . U lidí má asi 35 % genů introny v 5′-UTR. Introny v 5'-UTR se liší od intronů v kódující oblasti a v 3'-UTR z hlediska složení nukleotidů, délky a hustoty [10] . Je známo, že poměr celkové délky intronů k délce exonů v 5'-UTR je menší než v kódující oblasti, avšak hustota intronů v 5'-UTR je vyšší (podle jiných údajů, je naopak nižší [11] ), -UTR je přibližně dvakrát delší než introny v kódující oblasti. Introny jsou mnohem vzácnější v 3'-UTR než v 5'-UTR [12] .

Evoluce a funkce intronů v 5'-UTR zůstávají do značné míry neprozkoumané. Bylo však zjištěno, že aktivně exprimované geny mají častěji krátké introny v 5′-UTR než dlouhé introny nebo zcela chybí. Přestože vztah mezi délkou a počtem intronů a tkání nebyl dosud stanoven, byla nalezena určitá korelace mezi počtem intronů v genech a jejich funkcemi. Zejména mnoho intronů bylo tedy nalezeno v genech, které plní regulační funkce [10] . Obecně platí, že přítomnost alespoň jednoho intronu v 5'-UTR zesiluje genovou expresi posílením transkripce (v tomto případě hovoříme o oblasti DNA odpovídající 5'-UTR transkriptu) nebo stabilizací zralých mRNA. Například exprese genu ubikvitinu C ( UbC ) závisí na přítomnosti intronu v 5'-UTR. Se ztrátou intronu aktivita promotoru prudce klesá a další studie ukázaly, že transkripční faktory Sp1 a Sp3 se vážou v 5'-UTR oblasti DNA [11] .

Sekundární struktura

Strukturní a nukleotidové složení 5'-UTR je důležité pro regulaci genové exprese; navíc byly ukázány rozdíly ve struktuře 5'-UTR mRNA "housekeeping" genů a genů zapojených do regulace ontogeneze . 5′-UTR geny, jejichž exprese je doprovázena tvorbou velkého množství proteinu , mají zpravidla krátkou délku, vyznačují se nízkým obsahem G + C , absencí výrazných prvků sekundární struktura a vnitřní kodony AUG ( start kodony ) umístěné před hlavním startkodonem . Naproti tomu 5′-UTR geny, které dávají vzniknout malému množství proteinu, jsou delší, mají vyšší obsah GC a mají větší počet charakteristických sekundárních strukturních prvků. Vysoce strukturované 5'-UTR jsou často vlastní mRNA genů zapojených do regulace vývoje; tato tvorba těchto mRNA je navíc často charakterizována tkáňovou a věkovou specifitou [13] .

Bylo zjištěno, že 5'-UTR, které mají supresivní účinek na translaci, mají kompaktní struktury kolem startovacího kodonu . Ačkoli konkrétní mechanismy takové represe nejsou známy, má se za to, že nukleotidové a strukturní rysy 5′-UTR určují vazbu různých proteinových faktorů na ni, které aktivují nebo potlačují translaci [13] .

G-kvadruplexy jsou důležité a dobře prostudované prvky sekundární struktury 5'- UTR . Vznikají, když se sekvence obohacené guaninem složí do extrémně stabilní nekanonické čtyřvláknové struktury; takové struktury mají přísně supresivní účinek na translaci. Bioinformatická analýza ukázala, že G-kvadruplexy jsou často vysoce konzervované a přítomné v přibližně 3000 lidských mRNA [14] . Příklady takových lidských mRNA jsou mRNA estrogenového receptoru [15] , extracelulární metaloproteináza [16] , protoonkogen NRAS [14] . Kromě 5'-UTR byly v promotorech , telomerách a 3'-UTR nalezeny G-kvadruplexy. V mRNA proteinů zapojených do regulace translace a ontogeneze je zvláště mnoho G-kvadruplexů. Supresivní účinek G-kvadruplexů na translaci mRNA, na které se nacházejí, může být způsoben jak jejich samotnou sekundární strukturou, tak jejich interakcí s proteiny a dalšími faktory [17] .

Skenovací model iniciace translace předpokládá, že se malá podjednotka ribozomu pohybuje podél mRNA („skenuje“) ve směru od 5' ke 3' konci při hledání vhodného startovacího kodonu AUG a zahajuje translaci z něj. Současně se také věřilo, že přítomnost stabilních prvků sekundární struktury (například vlásenky ) v 5'-UTR má supresivní účinek na translaci, protože ribozom jimi není schopen projít. Nedávné studie však ukázaly, že tomu tak vždy není. Translace mRNA s dlouhým, vysoce strukturovaným 5'-UTR může probíhat stejně jako mRNA s krátkým a nestrukturovaným 5'-UTR. To je vysvětleno skutečností, že inhibiční účinek samotné sekundární struktury často není vyjádřen, protože je určen především proteiny, které s ní interagují. Dříve převládající chybný pohled popsaný výše se objevil v důsledku skutečnosti, že dřívější výzkumníci používali systém králičího retikulocytového lyzátu (RRL ), přičemž tento systém měl řadu nedostatků a neodpovídal podmínkám in vivo [18] .  

Alternativní 5′-UTR

Existuje několik mechanismů pro tvorbu alternativních 5′-UTR se stejnou kódující sekvencí:

Přítomnost různých 5'-UTR v mRNA stejného genu poskytuje další příležitosti pro regulaci jeho exprese, protože i malé rozdíly v sekundární struktuře 5'-UTR mohou radikálně ovlivnit regulaci translace. Analýza savčích transkriptomů ukázala, že exprese alternativních 5'-UTR je běžným jevem a potenciálně může tento regulační mechanismus využívat většina genů. Proteinové produkty genů, které neustále využívají alternativní 5'-UTR, se běžně účastní procesů, jako je transkripce a signální dráhy . Například gen estrogenového receptoru β (ERβ) má 3 mRNA s alternativními 5'-UTR, které dávají vzniknout izoformám stejného proteinu, a selhání jejich aktivity je často pozorováno u rakoviny [19] .

Funkce

Důležité funkční prvky zapojené do iniciace translace a kontroly genové exprese jsou lokalizovány v 5'-UTR. Svědčí o tom za prvé skutečnost, že rychlost translace nezávisí na délce a struktuře 5′-UTR v mRNA s čepičkou i bez čepičky, a také skutečnost, že některé geny jsou schopné exprese za stresových podmínek [20] . Mezi nejdůležitější z těchto funkčních prvků patří vnitřní místa vstupu ribozomů ( IRES ), vnitřní otevřené čtecí rámce uORF , element závislý na železe ( IRE ) atd.

IRES

Vnitřní místo vstupu ribozomu ( IRES ) je  regulační motiv mRNA, který provádí mechanismus iniciace translace nezávislý na čepičce, ve kterém ke vstupu ribozomu dochází uvnitř 5'-UTR, ale blízko místa začátku translace. Mechanismus IRES využívají mRNA s čepičkou i bez čepičky za podmínek, kdy je iniciace translace závislá na čepičce potlačena v důsledku stresu , v určité fázi buněčného cyklu a během apoptózy , což zajišťuje dlouhodobou expresi nezbytných proteinů. Řada genů využívajících IRES , jako jsou geny c-Myc , APAF1 , Bcl-2 , se za normálních podmínek špatně exprimuje a za stresových podmínek je aktivuje IRES. Předpokládá se, že IRES se může také podílet na udržování nízké hladiny exprese řady proteinů za normálních podmínek, přebírání ribozomů a brání jim v zahájení translace z hlavního místa iniciace. Mechanismus iniciace vnitřní translace je stále nedostatečně objasněn, i když je dobře známo, že účinnost IRES je do značné míry ovlivněna trans'- regulačními proteinovými faktory, což umožňuje buněčně specifické použití IRES při translaci [20] .

Struktura eukaryotických IRES je velmi variabilní a dosud nebyly stanoveny žádné pro ně charakteristické konzervativní motivy . Pro některé geny IRES vyžaduje specifické stabilní prvky sekundární struktury mRNA, u jiných genů mají naopak na translaci supresivní účinek. Bylo navrženo, že IRES nejsou statické struktury a podléhají pohybu, což významně mění jejich aktivitu. Prvky IRES mohou také dát vzniknout různým izoformám proteinů , což poskytuje další příležitosti pro získání různých proteinových produktů ze stejného genu [21] .

uORF

Krátké otevřené čtecí rámce ( ang.  upstream open reading frames, uORF ) se nacházejí v 5′-UTR a jsou charakteristické tím, že jejich intraframe stop kodon je umístěn za interním start kodonem ( eng.  upstream AUG, uAUG ), ale před hlavním start-kodonem , který je již v translatované (kódující) oblasti. uORF se nacházejí v přibližně 50 % lidských 5′-UTR mRNA a jejich přítomnost způsobuje snížení genové exprese, snížení množství funkční mRNA o 30 % a tvorbu proteinů o 30–80 %. Ribozomy , které se vážou na uAUG, zahajují translaci uORF, což může nepříznivě ovlivnit účinnost translace hlavního čtecího rámce (tj. kódující oblasti). Pokud nedochází k účinné vazbě ribozomu na start kodon v kódující oblasti (tedy k zahájení translace), pak je výsledkem snížení tvorby proteinu, a tím i úrovně exprese odpovídajícího genu. Může nastat i opačná situace: translace uORF bude pokračovat do translace kódující oblasti a v důsledku toho se vytvoří příliš dlouhý protein, který může být pro tělo škodlivý. Snížení účinnosti translace v důsledku přítomnosti uORF v 5'-UTR je dobře prozkoumaným účinkem; jedním příkladem, který to ilustruje, je gen pro poly(A)-polymerázu a ( angl.  poly(A)-polymeráza a, PAPOLA ), jehož mRNA obsahuje dva vysoce konzervované uORF v 5'-UTR. Mutace proximálního uAUG způsobuje zvýšení účinnosti translace této mRNA, což naznačuje, že uORF významně snižuje expresi tohoto genu . Dalším příkladem je receptor hormonu štítné žlázy, který má aktivační nebo represivní účinek na transkripci řady cílových genů; silná represe jeho translace se provádí 15 nukleotidovým uORF v 5'-UTR jeho mRNA [22] .

Obecně se má za to, že uORF snižují účinnost translace , protože po ukončení translace uORF ribozom nemůže znovu zahájit translaci a přeložit kódující sekvenci ( CDS ) .  Nedávné studie více než 500 5'-UTR genových lokusů však ukázaly, že neexistuje žádný definitivní vztah mezi účinkem uORF na downstream genovou expresi a vzdáleností mezi uORF a kódující sekvencí. Autoři studie zároveň naznačují, že v genech obsahujících jeden uORF s největší pravděpodobností k translaci CDS dochází po skenování uORF ribozomem bez jeho disociace, a nikoli prostřednictvím reiniciace translace. Tento předpoklad se velmi liší od závěrů Kozáka (1987) a obecně od všech představ o uORF. Navíc experimenty s buňkami postrádajícími Rent1 (faktor podílející se na řízené destrukci defektních mRNA  – nesmyslem zprostředkovaný rozpad, NMD ) ukázaly, že v nepřítomnosti NMD byly transkripty obsahující uORF úspěšně přeloženy. To ukazuje, že NMD také hraje důležitou roli v regulaci fungování těchto přepisů. S největší pravděpodobností existuje několik možností pro vývoj událostí po interakci uORF a ribozomu: pokračování translace, pokračování skenování nebo opětovné zahájení translace kódující oblasti a která z nich nastane, závisí na řada faktorů [22] .  

Bylo zjištěno, že kromě AUG lze jako místo startu translace použít také kodony, které se liší od AUG jedním nukleotidem, a účinnost iniciace bude v každém případě určena prostředím nestandardního start kodonu [23]. .

Ačkoli většina uORF negativně ovlivňuje genovou expresi, existují případy, kdy přítomnost uORF zvyšuje translaci. Příkladem je bicistronní vpu-env mRNA viru HIV -1 , která obsahuje konzervovaný velmi malý uORF. Tento uORF se nachází pouze 5 nukleotidů před AUG vpu a brzy končí stop kodonem překrývajícím se s AUG vpu. Bylo zjištěno, že tento uORF má významný příznivý účinek na translaci env, aniž by interferoval s translací vpu. Byly získány mutanty, u kterých byla vzdálenost mezi uORF a hlavním AUG zvýšena o 5 nukleotidů, a ukázalo se, že uORF se nepodílí na iniciaci vpu. Na základě toho autoři studie navrhli, že tento malý uORF může sloužit jako retardační místo ribozomu, během kterého ribozom interaguje se strukturami RNA, které usnadňují jeho propagaci, to znamená, že fyzicky překonává část 5'-UTR, aby dosáhl hlavní iniciační kodon [24] .

Kromě výše uvedeného jsou známy také následující mechanismy působení uORF:

Význam uORF jako regulačních prvků zapojených do regulace vazby a translace ribozomů je dobře studován, funkce a dokonce osud peptidů kódovaných uORF je však často neznámý, pravděpodobně kvůli potížím s analýzou úrovně exprese a lokalizace peptidy [26] .

IRE

5′-UTR mRNA proteinů spojených s metabolismem železa často obsahuje specifický regulační prvek, prvek závislý na železe . Je přítomen v 5'-UTR mRNA takových proteinů, jako je feritin , transferinový receptor , erytroidní aminolevulinát syntáza , mitochondriální akonitáza , ferroportin , transportér divalentního kovu ( anglicky  divalent metal transporter 1 ( DMT1) ) [27] (nachází se však i v mRNA proteinů nespojených s metabolismem železa, např. v mRNA proteinového produktu genu CDC42BPA, kinázy podílející se na reorganizaci cytoskeletu [28] ) . IRE je vlásenka interagující se specifickými regulačními proteiny  - IRP1 a IRP2 ( železo regulační proteiny ) .  Když je koncentrace železa nízká, IRP1 a IRP2 se vážou na IRE, vytvářejí bariéry pro ribozom a znemožňují translaci cílové mRNA [29] . Při vysokých koncentracích železa nedochází k rigidní vazbě mezi těmito proteiny a vlásenkou a probíhá translace proteinů zapojených do metabolismu železa. Navíc bylo zjištěno, že translace prekurzorového proteinu beta-amyloidu je také řízena IRE a jeho IRE je také schopen vázat se na IRP1 a IRP2, takže je možné, že IRE může hrát roli při rozvoji Alzheimerovy choroby nemoc [30] .

Jiné interakce s proteiny

Na začátku translace u eukaryot je proteinový komplex eIF4F sestaven na 5'-konci transkriptu v oblasti čepice a jeho dvě podjednotky, eIF4E a eIF4G  , jsou připojeny k 5'-UTR oblast, čímž se omezuje rychlost, se kterou může dojít k zahájení translace [31] . Role 5'-UTR při tvorbě preiniciátorového komplexu však není omezena na toto. V některých případech se proteiny vážou na 5'-UTR a brání sestavení komplexu iniciátoru. Jako příklad lze uvést regulaci genu msl-2 ( anglicky  male-specific lethal 2 - male specific lethal 2), který se u Drosophila  podílí na určování pohlaví . Proteinový produkt genu SXL ( sex lethal ) se váže na intron lokalizovaný v 5'-UTR primárního transkriptu msl-2  , v důsledku čehož tento intron není během sestřihu odstraněn [29] . Podporuje současnou vazbu na 5′-UTR a 3′-UTR proteiny , které neumožňují sestavení iniciačního komplexu. SXL však může potlačit translaci mRNA bez poly(A) konce nebo dokonce 3′-UTR [32] . mRNA ornitindekarboxylázy , která se účastní metabolismu polyaminů , a mRNA c-myc v 5'-UTR obsahují vlásenkové struktury stabilizované represorovým proteinem, které brání ribozomu přistát na a sestavení komplexu iniciátorů. Variace v počtu represorových proteinů způsobují různé stupně stabilizace těchto vlásenek a v souladu s tím může být dostupnost těchto 5'-UTR pro iniciační proteiny a ribozom odlišná [33] .  

5′-UTR některých může vázat nejen represorový protein, který brání sestavení iniciačního komplexu a vstupu ribozomu, ale také represorové proteiny, které stabilizují různé strukturální bariéry na cestě skenovacího ribozomového komplexu. Například translační represe mRNA lidské thymidylátsyntázy se provádí jejím translačním produktem, thymidylátsyntázou, podle principu negativní zpětné vazby; thymidylátsyntáza interaguje s 30-nukleotidovou vlásenkou v 5'-UTR, stabilizuje ji a zabraňuje progresi ribozomu [34] .

Interakce 5'-UTR a 3'-UTR

Je známo, že mRNA je schopna se uzavřít do kruhu (cirkularizace) díky interakci speciálních proteinů, které se vážou na poly(A) ocas , což usnadňuje vazbu faktoru eIF4F na čepičku . Výsledkem je, že mRNA získává uzavřenou formu, stimuluje se iniciace translace a zvyšuje se účinnost translace. V některých případech se však 5'-UTR a 3'-UTR stejné mRNA mohou vzájemně vázat. mRNA lidského genu p53 má tedy oblasti v 5'-UTR a 3'-UTR, které jsou vzájemně komplementární. Vazbou na sebe a na translační faktor RPL26 tak zvyšují účinnost translace proteinu p53 v reakci na poškození DNA [35] .

Analýza mRNA různých lidských genů ukázala, že 5'-UTR obsahuje motiv , který specificky interaguje s 3'-konci miRNA, zatímco mnoho z těchto miRNA má místo komplementární k 3'-UTR na 5'-konci. . Další studie ukázaly, že vazba 5'-UTR a 3'-UTR na stejnou mikroRNA usnadňuje vazbu 5'-konce mRNA na 3'-konec, jako můstek, a mRNA, aktivitu který je významně determinován miRNA, mají předvídatelná vazebná místa.na obou NTO. Takové mRNA se nazývají miBridge. Dále bylo zjištěno, že ztráta těchto vazebných míst snížila represi translace transkriptu řízenou miRNA. Bylo tedy zjištěno, že vazebná místa NTO mezi sebou jsou nezbytná pro potlačení translace mRNA. To ukazuje, že pro přesnou regulaci genové exprese je nezbytná komplementární interakce 5'-UTR a 3'-UTR [36] .

5′-UTR prokaryot a virů

Bakterie

Bakteriální mRNA také obsahuje 5' a 3' netranslatované oblasti [38] [39] . Délka 5'-UTR bakterií je mnohem kratší než u eukaryot a je obvykle 3-10 nukleotidů. Například délka 5'-UTR transkriptu laktózového operonu Escherichia coli je pouze 7 nukleotidů [40] . V 5'-UTR bakterií je lokalizována Shine-Dalgarnova sekvence ( AGGAGG) [41] , která slouží k navázání ribozomu a je oddělena spacerem od start kodonu AUG. Ačkoli jsou 5′-UTR bakterií a eukaryot odlišné, bylo prokázáno, že přidání CC nukleotidů k ​​mRNA spaceru genu Ner bakteriofága Mu , který je dobře exprimován v buňkách Escherichia coli a Streptomyces , vedlo k úspěšné expresi tento gen v buňkách králičích retikulocytů [42] .

Prvky sekundární struktury lokalizované v 5′-UTR mají zpravidla supresivní účinek na translaci [43] . Zejména v 5'-UTR jsou obvykle umístěny atenuátory  - prvky operonů , které způsobují předčasné ukončení translace [44] (nejznámějším příkladem zeslabení je práce tryptofanového operonu ).

Kromě toho je většina riboswitchů [45]  umístěna v 5'-UTR bakterií, tj. regulačních prvků mRNA schopných vázat se na malé molekuly , což vede ke změně tvorby proteinu kódovaného touto mRNA [46 ] .

Archaea

Netranslatované oblasti také existují v mRNA mnoha archaea . Zejména prvek SECIS zodpovědný za inzerci aminokyseliny selenocysteinu do polypeptidového řetězce je lokalizován v 5'- a 3'-UTR mRNA metanogenního archaea Methanococcus jannaschii (stejně jako u jiných členů z řádů Methanopyrales a Methanococcales ) [47] .

Bylo zjištěno, že mRNA většiny haloarchaea , stejně jako mRNA Pyrobaculum a Sulfolobus , postrádají výrazné 5'-UTR, ale mRNA archaálních methanogenů mají dlouhé 5'-UTR. V tomto ohledu se předpokládá, že mechanismus iniciace translace u metanogenních archaea může být odlišný od mechanismu u jiných zástupců této domény [43] [48] .

5'-UTR archaea obsahuje TPP-riboswitch , který se váže na thiaminpyrofosfát (TPP) (takové riboswitche se také nacházejí v bakteriích a eukaryotech) [49] .

Viry

U mnoha virů dochází k iniciaci translace mechanismem nezávislým na čepičce a je prováděna prostřednictvím již zmíněných prvků IRES lokalizovaných v 5'-UTR [50] . K tomu dochází například u virů HIV , hepatitidy A a C [51] . Tento mechanismus iniciace translace je vhodný, protože v jeho případě není potřeba skenovat dlouhý 5′-UTR fragment [40] .

Klinický význam

Mutace ovlivňující 5′-UTR často vedou ke vzniku různých onemocnění, protože narušují práci jemného regulačního systému určitých genů. Níže uvedené schéma shrnuje informace o mutacích ovlivňujících různé regulační prvky 5'-UTR ao onemocněních, která se v tomto případě vyvinou [1] (je třeba objasnit, že syndrom dědičné hyperferritinémie/katarakty se vyvíjí s mutací v IRE [1] ] [52] ).

Poznámky

  1. ↑ 1 2 3 4 Sangeeta Chatterjee, Jayanta K. Pal. Role 5- a 3-netranslatovaných oblastí mRNA u lidských onemocnění  // Biol. buňka. - 2009. - S. 251-262 . - doi : 10.1042/BC20080104 .  (nedostupný odkaz)
  2. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 9.
  3. ↑ Glosář molekulární biologie: ​​5′ Untranslated Region (5′ UTR) . Získáno 1. června 2014. Archivováno z originálu 5. června 2014.
  4. ↑ 1 2 Flavio Mignone, Carmela Gissi, Sabino Liuni, Graziano Pesole. Nepřeložené oblasti mRNA  // Genome Biol .. - 2002. - V. 3 , No. 3 . Archivováno z originálu 19. června 2020.
  5. ↑ Lodish, Havery. Molekulární buněčná biologie  . — New York, New York: W. H. Freeman and Company, 2004. - S. 113. - ISBN 0-7167-4366-3 .
  6. ↑ Rhind, Nicholas; Chen, Zehua; Jásúr, Moran; Thompson, Dawn A.; Haas, Brian J.; Habib, Naomi; Wapinski, Ilan; Roy, Sushmita; Lin, Michael F.; Heiman, David I.; Young, Sarah K.; Furuya, Kanji; Guo, Yabin; Pidoux, Alison; Chen, Huei Mei; Robertse, Barbara; Goldberg, Jonathan M.; Aoki, Keita; Bayne, Elizabeth H.; Berlín, Aaron M.; Desjardins, Christopher A.; Dobbs, Edward; Dukaj, Livio; Fan, Lin; Fitzgerald, Michael G.; francouzsky, Courtney; Gujja, Sharvari; Hansen, Klavs; Keifenheim, Dan; Levin, Joshua Z. Comparative Functional Genomics of the Fission Yeasts  (anglicky)  // Science : journal. - 2011. - Sv. 332 , č.p. 6032 . - S. 930-936 . - doi : 10.1126/science.1203357 . — PMID 21511999 .
  7. ↑ Níže v sekcích "Struktura" a "Funkce" jsou uvedeny informace o eukaryotických buněčných 5'-UTR. Údaje o 5'-UTR bakterií, archaea a virů jsou diskutovány v odpovídající části.
  8. ↑ Mignone, Flavio; Graziano Pesole. mRNA nepřeložené oblasti (UTR  ) . - 2011. - 15. srpna. - doi : 10.1002/9780470015902.a0005009.pub2 .
  9. ↑ Pesole G, Liuni S, Grillo G, Saccone C. Strukturní a kompoziční rysy netranslatovaných oblastí eukaryotických   mRNA // Gen. - Elsevier , 1997. - Sv. 205 , č.p. 1-2 . - S. 95-102 .
  10. ↑ 1 2 Cenik C., Derti A., Mellor JC, Berriz GF, Roth FP Funkční analýza celého genomu intronů lidské 5' nepřeložené oblasti . - 2010. - T. 11 , č. 3 . - doi : 10.1186/cz-2010-11-3-r29 . Archivováno z originálu 30. října 2013.
  11. ↑ 1 2 Barrett et. al., 2013 , str. 21.
  12. ↑ Xin Hong, Douglas G. Scofield, Michael Lynch. Velikost, hojnost a distribuce intronů v nepřeložených oblastech genů  // Molekulární biologie a evoluce. - Oxford University Press , 2006. - V. 23 , č. 12 . - S. 2392-2404 . - doi : 10.1093/molbev/msl11 . Archivováno z originálu 7. června 2014.
  13. ↑ 1 2 Barrett et. al., 2013 , str. deset.
  14. ↑ 1 2 Kumari S. , Bugaut A. , Huppert JL , Balasubramanian S. RNA G-kvadruplex v 5' UTR protoonkogenu NRAS moduluje translaci.  (anglicky)  // Chemická biologie přírody. - 2007. - Sv. 3, č. 4 . - S. 218-221. - doi : 10.1038/nchembio864 . — PMID 17322877 .
  15. ↑ Balkwill GD , Derecka K. , Garner TP , Hodgman C. , Flint AP , Searle MS Represe translace lidského estrogenového receptoru alfa tvorbou G-kvadruplexu.  (anglicky)  // Biochemie. - 2009. - Sv. 48, č.p. 48 . - S. 11487-11495. doi : 10.1021 / bi901420k . — PMID 19860473 .
  16. ↑ Morris MJ , Basu S. Neobvykle stabilní G-kvadruplex v 5'-UTR mRNA matricové metaloproteinázy MT3 potlačuje translaci v eukaryotických buňkách.  (anglicky)  // Biochemie. - 2009. - Sv. 48, č.p. 23 . - S. 5313-5319. doi : 10.1021 / bi900498z . — PMID 19397366 .
  17. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. jedenáct.
  18. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 12.
  19. ↑ 1 2 Barrett et. al., 2013 , str. 13.
  20. ↑ 1 2 Barrett et. al., 2013 , str. čtrnáct.
  21. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. patnáct.
  22. ↑ 1 2 Barrett et. al., 2013 , str. 16.
  23. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 17.
  24. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 17-18.
  25. ↑ Somers, Joanna; Poyry, Tuija; Willis, Anne E. Pohled na savčí upstream funkci otevřeného čtecího rámce  //  The International Journal of Biochemistry & Cell Biology : deník. - 2013. - Sv. 45 , č. 8 . - S. 1690-1700 . - doi : 10.1016/j.biocel.2013.04.020 . — PMID 23624144 .
  26. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. osmnáct.
  27. ↑ Paul Piccinelli, Tore Samuelsson. Evoluce prvku citlivého na železo  // RNA. - 2007. - T. 13 , č. 7 . - S. 952-966 . - doi : 10.1261/rna.464807 .
  28. ↑ T. Leung, XQ Chen, I. Tan, E. Manser & L. Lim. Cdc42-vazebná kináza související s myotonickou dystrofií působí jako Cdc42 efektor při podpoře reorganizace cytoskeletu  //  Molekulární a buněčná biologie : deník. - 1998. - Leden ( roč. 18 , č. 1 ). - S. 130-140 . — PMID 9418861 .
  29. ↑ 1 2 Araujo, Patricia R.; Yoon, Kihoon; Ko, Daijin; Smith, Andrew D.; Qiao, Mei; Suresh, Uthra; Burns, Suzanne C.; Penalva, Luiz OF Než to začne: Regulating Translation at the 5′ UTR  //  Comparative and Functional Genomics: journal. - 2012. - Sv. 2012 . — P. 1 . - doi : 10.1155/2012/475731 .
  30. ↑ Rogers, Jack T.; Bush, Ashley I.; Cho, Hyan-Hee; Smith, Deborah H.; Thomson, Andrew M.; Friedlich, Avi L.; Lahiri, Debomoy K.; Leedman, Peter J.; Huang, Xudong; Cahill, Catherine M. Iron a translace amyloidního prekurzorového proteinu (APP) a mRNA feritinu: Riboregulace proti neurálnímu oxidativnímu poškození u Alzheimerovy choroby  //  Transactions Biochemical Society : deník. - 2008. - Sv. 36 , č. 6 . - S. 1282-1287 . - doi : 10.1042/BST0361282 . — PMID 19021541 .
  31. ↑ Kang, Min-Kook; Han, Seung Jin. Posttranskripční a posttranslační regulace během zrání myších oocytů  (anglicky)  // BMB Reports: journal. - 2011. - Sv. 44 , č. 3 . - S. 147-157 . - doi : 10.5483/BMBRep.2011.44.3.147 . — PMID 21429291 .
  32. ↑ Penalva, LOF; Sanchez, L. Sexuální smrtící protein vázající RNA (Sxl) a kontrola určování pohlaví drozofil a kompenzace dávkování  // Recenze  mikrobiologie a molekulární biologie : deník. — Americká společnost pro mikrobiologii, 2003. - Sv. 67 , č. 3 . - str. 343-359 . - doi : 10.1128/MMBR.67.3.343-359.2003 . — PMID 12966139 .
  33. ↑ Spirin, 2011 , str. 414-415.
  34. ↑ Spirin, 2011 , str. 416.
  35. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 32.
  36. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 32-33.
  37. ↑ Edwards TE, Ferré-D'Amaré AR Krystalové struktury riboswitche thi-box vázané na analogy thiaminpyrofosfátu odhalují adaptivní rozpoznávání malých molekul RNA  //  Struktura: časopis. - 2006. - Sv. 14 , č. 9 . - S. 1459-1468 . - doi : 10.1016/j.str.2006.07.008 . — PMID 16962976 .
  38. ↑ Lewin B. Geny . - BINOM, 2012. - S.  144 . — 896 s. — ISBN 978-5-94774-793-5 .
  39. ↑ N. V. Ravin, S. V. Shestakov. Genom prokaryot  // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. - 2013. - T. 17 , č. 4/2 . - S. 972-984 . Archivováno z originálu 31. května 2014.
  40. ↑ 1 2 Brown, TA Genomes 3  . — New York, New York: Garland Science Publishing, 2007. — S.  397 . — ISBN 0 8153 4138 5 .
  41. ↑ John W. Pelley. Elsevier's Integrated Review Biochemistry . - 2. vydání. - 2012. - ISBN 978-0-32307-446-9 .
  42. ↑ 5′ nepřeložená oblast, která řídí přesnou a robustní translaci prokaryotickými a savčími ribozomy .
  43. ↑ 1 2 Jian Zhang. Genová exprese v Archaea: Studie transkripčních promotorů, zpracování messenger RNA a pěti primárních netranslatovaných oblastí v Methanocaldococcus jannashchii . - 2009. Archivováno 31. května 2014.
  44. ↑ Magali Naville, Daniel Gautheret. Transkripční útlum u bakterií: téma a variace  // Brief Funct Genomic Proteomic. - 2009. - T. 8 . - S. 482-492 . Archivováno z originálu 4. června 2014.
  45. ↑ Riboswitche: Společný regulační prvek RNA . Datum přístupu: 5. června 2014. Archivováno z originálu 31. května 2014.
  46. ↑ Nudler E., Mironov AS The riboswitch control of bakteriálního metabolismu  (anglicky)  // Trends Biochem Sci : deník. - 2004. - Sv. 29 , č. 1 . - str. 11-7 . - doi : 10.1016/j.tibs.2003.11.004 . — PMID 14729327 .
  47. ↑ R. Wilting, S. Schorling, B. C. Persson, A. Bock. Selenoproteinová syntéza v Archaea: Identifikace mRNA elementu Methanococcus jannaschii Pravděpodobně řídí vložení selenocysteinu  // J. Mol. Biol.. - 1997. - T. 266 . - S. 637-641 . Archivováno z originálu 23. září 2015.
  48. ↑ Brenneis M., Hering O., Lange C., Soppa J. Experimentální charakterizace Cis-působících prvků důležitých pro translaci a transkripci u halofilních archeí // PLoS Genet .. - 2007. - V. 3 , č. 12 . - doi : 10.1371/journal.pgen.0030229 .
  49. ↑ Kosuke Fujishima, Akio Kanai. Diverzita, funkce a zpracování archaálních nekódujících RNA  // Sakura Y. Kato Archaea: Struktura, biotopy a ekologický význam. - Nova Science Publishers, Inc., 2011. - S. 69-94 . — ISBN 978-1-61761-932-8 . Archivováno z originálu 31. května 2014.
  50. ↑ Thompson, Sunnie R. Tricks, které IRES používá k zotročení ribozomů  //  Trendy v mikrobiologii : deník. - Cell Press , 2012. - Vol. 20 , č. 11 . - S. 558-566 . - doi : 10.1016/j.tim.2012.08.002 . — PMID 22944245 .
  51. ↑ Jeffrey S. Kieft. Virové IRES RNA struktury a ribozomové interakce  //  Trendy v biochemických vědách. - Cell Press , 2008. - Vol. 33 , č. 6 . - str. 274-283 . - doi : 10.1016/j.tibs.2008.04.007 . Archivováno z originálu 24. října 2022.
  52. ↑ Barrett et. al., 2013 , str. 19.

Literatura

  Přejděte na položku Wikidata  Slovníky a encyklopedie