Kolimoviry

kolimoviry
vědecká klasifikace
Skupina:Viry [1]Oblast:RiboviriaKrálovství:PararnaviraeTyp:ArtverviricotaTřída:RevtraviricetesObjednat:OrterviralesRodina:kolimoviry
Mezinárodní vědecký název
Caulimoviridae
Baltimorská skupina
VII: dsDNA-RT-viry

Kolimoviry [2] ( lat.  Caulimoviridae ) jsou rodinou rostlinných virů obsahujících DNA s mechanismem reverzní transkripce a dvouřetězcovou DNA , tj. viry obsahující ve svém replikačním cyklu fázi reverzní transkripce.

Struktura virionů

Virion je jednoduchý, bez lipidového obalu. Morfologie nukleokapsidu je reprezentována 2 hlavními formami: tyčinkovitá a ikosaedrická. Tvar nukleokapsidu závisí na velikosti viru. Tyčinkové viriony mají průměr přibližně 35–50 nm a mohou být až 900 nm dlouhé. Ikosahedrická kapsida má průměr 45–50 nm a přibližně stejnou délku.

Struktura a replikace genomu

Genom tohoto viru je nesegmentovaná lineární nebo cyklická dvouvláknová DNA . Velikost genomu je přibližně 6–8 kb. V závislosti na viru může mít genom buď jeden otevřený čtecí rámec (ORF), jako u Petuviru , nebo více než osm, jako u Soymoviru . Genom této virové rodiny kóduje následující proteiny: reverzní transkriptázu , proteázu , strukturní proteiny a další proteiny s neznámými funkcemi, ale tak či onak nezbytné pro replikaci viru .

K replikaci dochází jak v cytoplazmě, tak v jádře hostitelské buňky. Nejprve virový genom vstupuje do cytoplazmy. Tam tvoří supercoiled minichromozom. Přepisuje mRNA viru , která je redundantní (protože je v některých částech genomu exprimována dvakrát). Tato transkribovaná RNA vstupuje do cytoplazmy, kde hraje dvě role. Může být buď použit jako templát pro translaci virových proteinů, nebo může být reverzně transkribován do dsDNA pomocí virové reverzní tázy . Protože tyto viry mají mnoho společného s retroviry , jsou často seskupeny jako pararetroviry. Zde je však důležitý rozdíl mezi retroviry a viry z čeledi Caulimoviridae . Na rozdíl od retrovirů neintegrují svůj genom do chromozomů , protože jejich genom nekóduje enzym integrázu .

Existují však druhy z čeledi Colimovirus, jako je Petunia vein clearing virus , které příležitostně (hlavně ve stresujících podmínkách) mohou integrovat svůj genom do ekonomického genomu [3] . Typicky se takové proviry často označují jako endogenní pararetroviry (EPRV).

Klasifikace

Podle Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) od března 2016 rodina zahrnuje 8 rodů [4] :

Druh viru růžové žluté žíly má neobvyklou organizaci genomu, která z něj činí jedinečný druh [5] .

Poznámky

  1. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) .
  2. ↑ Pinevich A. V. , Sirotkin A. K. , Gavrilova O. V. , Potekhin A. A. Virologie: učebnice. - Petrohrad.  : St. Petersburg University Press, 2012. - S. 275. - ISBN 978-5-288-05328-3 .
  3. ↑ Harper G., Hull R., Lockhart B. a Olszewski N. (2002). Virové sekvence integrované do rostlinných genomů. Annual Review of Phytopathology 40 : 119-136. doi : 10.1146/annurev.phyto.40.120301.105642 . PMID 12147756 .
  4. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) . (Přístup: 26. března 2017) .
  5. ↑ Mollov D., Lockhart B., Zlesak DC, Olszewski N. (2012). Kompletní nukleotidová sekvence viru růžové žluté žíly, člena rodiny Caulimoviridae s novou organizací genomu. Arch Virol .

Odkazy