Umělý bakteriální chromozom
Umělý bakteriální chromozom ( bakteriální umělý chromozom, BAC ) je vektorový systém založený na F-plazmidu E. coli , oblastech cos fágu lambda a oblastech loxP fágu P1, který se používá pro klonování dlouhých (150– 350 [1] kb ) ) DNA sekvence [2] [3] [4] . F-plazmid kóduje geny, které regulují replikaci a řídí počet kopií (1-2 molekuly na buňku). Oblast loxP plazmidové DNA může být štěpena proteinem Cre fága P1 a oblast cos může být štěpena odpovídajícím enzymem fágu lambda. Podobný vektorový systém zvaný PAC ( umělý chromozom odvozený od pl1) byl vyroben na základě bakteriálního plazmidu P1 z DNA fága P1.
Umělé bakteriální chromozomy se často používají k sekvenování genomů organismů v různých projektech, jako je Human Genome Project . Krátký kousek DNA ze studovaného organismu je vložen do chromozomu a poté amplifikován a sekvenován. Poté jsou čtené sekvence zarovnány in silico , což vede k úplné sekvenci genomu organismu. Tento přístup byl nyní nahrazen rychlejšími a méně pracnými sekvenačními metodami, jako je brokovnicová metoda nebo sekvenační metody nové generace .
Genetické komponenty
repE
reguluje replikaci a počet kopií plazmidu.
parA a parB
pro distribuci F-plazmidové DNA do dceřiných buněk během dělení a stabilního udržování chromozomu.
selektivní marker
často gen
antibiotické rezistence ; některé také obsahují
lacZ v místě klonování genu, což umožňuje modro-bílou selekci.
T7 a Sp6
fágové promotory pro transkripci vložených genů.
Viz také
- Umělý lidský chromozom
- Umělý kvasinkový chromozom
- Fosmid
- Cosmid
Poznámky
- ↑ Stone NE, Fan JB, Willour V., Pennacchio LA , Warrington JA, Hu A., Chapelle A., Lehesjoki AE, Cox DR, Myers RM Konstrukce 750kb bakteriálního klonu kontigu a restrikční mapy v oblasti člověka chromozom 21 obsahující gen progresivní myoklonální epilepsie // Genome Research : deník. - 1996. - Sv. 6 , č. 3 . - str. 218-225 . - doi : 10.1101/gr.6.3.218 . — PMID 8963899 .
- ↑ O'Connor M., Peifer M., Bender W. Konstrukce velkých segmentů DNA u Escherichia coli // Science : journal. - 1989. - Sv. 244 , č.p. 4910 . - S. 1307-1312 . - doi : 10.1126/science.2660262 . — PMID 2660262 .
- ↑ Shizuya H., Birren B., Kim UJ, Mancino V., Slepak T., Tachiiri Y., Simon M. Klonování a stabilní údržba fragmentů lidské DNA o velikosti 300 kB v Escherichia coli pomocí F-faktoru- based vector (anglicky) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 1992. - Sv. 89 , č. 18 . - S. 8794-8797 . - doi : 10.1073/pnas.89.18.8794 . — PMID 1528894 .
- ↑ Shizuya, H; Kouros Mehr Hosein. Vývoj a aplikace bakteriálního systému umělého klonování chromozomů // Keio J Med. : deník. - 2001. - Sv. 50 , č. 1 . - str. 26-30 . - doi : 10,2302/kjm.50,26 . — PMID 11296661 .