E-box

E-box (Enhancer Box) je sekvence DNA nalezená v určitých oblastech promotoru u eukaryot , která působí jako vazebné místo pro protein a bylo zjištěno, že reguluje genovou expresi v neuronech , svalech a dalších tkáních. [1] Specifikace pro takovou sekvenci DNA je CANNTG (kde N může být jakýkoli nukleotid ) s palindromickou kanonickou sekvencí . CACGTG [2] je rozpoznán a vázán transkripčními faktory k zahájení genové transkripce . Jakmile se transkripční faktory navážou na promotory přes E-box, mohou se na promotor vázat další enzymy a usnadnit transkripci mRNA z DNA .

Objev

E-box byl objeven ve spolupráci mezi Susumu Tonegawa a  Walter Gilbert Laboratories v roce 1985 jako kontrolní prvek pro zesilovače imunoglobulinů těžkého řetězce .  [3] [4] Zjistili, že oblast 140 párů bází v tkáňově specifickém transkripčním zesilovači je dostatečná ke zvýšení různých úrovní transkripce v různých tkáních a sekvencích. Předpokládali, že proteiny vytvořené určitými tkáněmi se účastní těchto zesilovačů, aby aktivovaly sady genů , když se buňky diferencují.

V roce 1989 objevila laboratoř Davida Baltimora první dva proteiny spojené s E-boxem, E12 a E47. [5] Tyto imunoglobulinové zesilovače mohou být spojeny jako proteinové heterodimery prostřednictvím domén bHLH. V roce 1990 bylo pomocí jiného E proteinu, ITF-2A (později přejmenovaného na E2-2Alt), zjištěno, že je možné vázat imunoglobulin na zesilovače lehkého řetězce . [6] O dva roky později byl při zkoumání cDNA knihovny z buněk HeLa objeven třetí vazebný protein E-box, HEB . [7] Varianta sestřihu E2-2 byla objevena v roce 1997 a byla nalezena inhibice promotoru geny specializovanými na svaly . [osm]

Od té doby vědci zjistili, že E-box ovlivňuje genovou transkripci u některých eukaryot , a našli vazebné faktory E-boxu, které identifikují konsensuální sekvence E-Boxu [9] Několik experimentů zejména ukázalo, že E-box je nedílnou součástí transkripčně-translační zpětnovazební smyčky, která obsahuje cirkadiánní hodiny.

Propojení s E-boxem

Proteiny vázající E-box hrají důležitou roli v regulaci transkripční aktivity. Tyto proteiny obvykle obsahují základní strukturní motiv helix -loop-helix protein , který jim umožňuje vázat se jako dimery .  [10] Tento motiv se skládá ze dvou amfipatických α-helixů oddělených malou sekvencí aminokyselin tvořících jeden nebo více β-závitů. V hydrofobních interakcích mezi těmito α-helixy je dimerizace stabilizována. Kromě toho má každý monomer bHLH oblast jádra, která napomáhá vzájemnému rozpoznávání mezi monomerem bHLH a E-boxem (oblast jádra interaguje s velkou drážkou DNA ). V závislosti na motivu DNA ("CAGCTG" nebo "CACGTG") má protein bHLH různou sadu základních zbytků.

Vazba E-boxu je u myší modulována Zn2 + . Oblasti bohaté na CT (CTRR), umístěné přibližně 23 nukleotidů před E-boxem, jsou nezbytné pro vazbu E-boxu, transaktivaci (zvýšení rychlosti genetické exprese) a transkripci cirkadiánních genů BMAL1 / NPAS2 a BMAL1 / CLOCK komplexy. [jedenáct]

Vazebná specifita různých E-boxů se odráží v jejich funkci. E-boxy s různými funkcemi mají různé množství a typy vazebných faktorů. [12]

Konsenzuální sekvence E-boxu je obvykle CANNTG; Existují však další E-boxy s podobnými sekvencemi, nazývané nekanonické E-boxy. Patří mezi ně, ale nejsou omezeny na:

• CACGTT sekvence je 20 bp upstream od genu PER2 a reguluje jeho expresi [13]
• CAGCTT sekvence používá MyoD jako hlavní zesilovač [14]
• Sekvence CACCTCGTGAC v proximální promotorové oblasti lidského a potkaního APOE , která je proteinovou složkou lipoproteinů . [patnáct]

Role v cirkadiánních hodinách

Souvislost mezi regulací genu E-box a cirkadiánními hodinami byla objevena v roce 1997, kdy Hao, Allen a Hardin (oddělení biologie na Texas A&M University) analyzovali rytmičnost periody oscilace genu u Drosophila melanogaster . [16] Ve fragmentu DNA o velikosti 69 bp našli gen zesilující cirkadiánní transkripci . V závislosti na hladinách proteinu zesilovač zvyšuje hladiny transkripce mRNA v podmínkách LD (světlá-tma) i DD (konstantní tma). Enhancer byl potřebný pro zvýšení úrovně genové exprese, ale ne pro cirkadiánní rytmus. Funguje také samostatně jako cíl komplexu BMAL1 / CLOCK .

E-box hraje důležitou roli v cirkadiánních genech ; Dosud bylo identifikováno devět gated cirkadiánních genů: PER1 , Per2 , BHLHB2 , BHLHB3 , CRY1 , DBP , Nr1d1 , Nr1d2 a RORC . [17] Protože E-box je spojen s několika cirkadiánními geny, je možné, že geny a proteiny s ním spojené jsou „důležitými a zranitelnými body v cirkadiánním systému“. [osmnáct]

E-box je jednou z pěti největších rodin transkripčních faktorů cirkadiánní fáze a nachází se ve většině tkání. [19] Celkem 320 E-boxů řídících geny se nachází v SCN ( suprachiasmatic nucleus ), játrech , aortě , nadledvinách , WAT ( bílá tuková tkáň ), mozku , síni , komoře , prefrontální kůře , kosterním svalstvu , BAT ( hnědé tukové tkáně ) a kosti lebeční klenby.

E-box, stejně jako CLOCK - dependentní prvky (EL-box; GGCACGAGGC), je také důležitý při udržování cirkadiánního rytmu v genech pro řízení hodin . Podobně jako u normálního E-boxu může řízení hodin typu E-box také indukovat transkripci BMAL1 /CLOCK, což pak může vést k expresi v jiných EL-boxech obsahujících geny (Ank, DBP, Nr1d1). [20] Mezi EL-boxem a běžným E-boxem však existují rozdíly. Potlačení Dec1 a DEC2 má silnější účinek na E-box než na EL-box. Navíc Hes1, který se může vázat na jinou konsenzuální sekvenci (CACNAG, známý jako N-box), vykazuje supresivní účinek v EL-boxu, ale ne v E-boxu.

Jak nekanonický E-box, tak E-box-like sekvence jsou kritické pro cirkadiánní oscilaci. Nedávný výzkum v této oblasti předpokládá, že každý kanonický nebo nekanonický E-box sledující podobnou sekvenci E-boxu s intervalem 6 bp mezi nimi je nezbytnou kombinací pro cirkadiánní transkripci. [21] Silikoanalýza také ukazuje, že interval existoval v jiných známých genech řídících hodiny.

Role proteinů ve vazbě E-boxu

Existuje několik proteinů, které se vážou na E-box a ovlivňují genovou transkripci .

Komplex CLOCK-BMAL1

Tento komplex je nedílnou součástí cirkadiánního cyklu savců a je životně důležitý pro udržení cirkadiánního rytmu.

Vědci věděli, že vazba aktivuje genovou transkripci v promotorové oblasti, a vědci v roce 2002 zjistili, že DEC1 a DEC2 (transkripční faktory bHLH) potlačují komplex CLOCK-BMAL1 přímou interakcí na BMAL1 a/nebo soutěží o prvky E-boxu. Došli k závěru, že DEC1 a DEC2 byly regulátory molekulárních hodin savců. [22]

V roce 2006 Ripperger a Schibler zjistili, že vazba E-boxu tohoto komplexu urychluje cirkadiánní transkripci DBP a přechody chromatinu (změna z chromatinu na fakultativní heterochromatin ). [23] Dospělo se k závěru, že CLOCK reguluje expresi DBP vazbou na motivy E-boxu enhancerových oblastí lokalizovaných v prvním a druhém intronu .

C-Myc (onkogen)

C-Myc, gen kódující transkripční faktor Myc , hraje důležitou roli v regulaci proliferace a apoptózy savčích buněk.

V roce 1991 vědci testovali, zda se c-Myc může vázat na DNA dimerizací s E12 . Dimery chimérického proteinu E6 jsou schopny vázat se na element E-box (GGCCACGTGACC), který byl rozpoznáván jinými proteiny HLH. [24] Exprese E6 potlačila funkci c-Myc, která určovala vztah mezi těmito dvěma.

V roce 1996 bylo zjištěno, že Myc heterodimerizuje s MAX a že tento heterodimerní komplex se může vázat na CAC(G/A)TG sekvenci E-boxu a aktivovat transkripci. [25]

V roce 1998 se dospělo k závěru, že funkce c- Myc závisí na aktivaci transkripce určitých genů prostřednictvím elementů E-boxu. [26]

MyoD

MyoD pochází z rodiny Mrf bHLH a jeho hlavní role je v myogenezi, tvorbě svalové tkáně. [9] Mezi další členy této rodiny patří myogenin, Myf5 , Myf6 , Mist1 a NEX-1.

Když se MyoD naváže na motiv E-box CANNTG, je zahájena svalová diferenciace a exprese svalově specifických proteinů. [27] Výzkumníci odstranili různé části rekombinantního MyoD a došli k závěru, že MyoD používá obsažené prvky k propojení E-boxu a tetraplexní struktury promotorové sekvence genu pro svalově specifický integrin α7 a sarkomerického sMtCK .

MyoD reguluje HB-EGF ( Heparin-binding EGF-like growth factor ), člen rodiny EGF ( Epidermal Growth Factor ), a stimuluje buněčný růst a proliferaci. [9] Hraje důležitou roli ve vývoji hepatocelulárního karcinomu , rakoviny prostaty , rakoviny prsu , rakoviny jícnu a rakoviny žaludku .

MyoD se také může vázat na nekanonické MyoG E-boxy a regulovat jeho expresi. [28]

MyoG

MyoG patří do rodiny transkripčních faktorů MyoD. MyoG vazebný E-box je nezbytný pro tvorbu neuromuskulárního spojení jako signální dráha HDAC-Dach2-myogeninu v genové expresi kosterního svalu . [29] U pacientů se symptomatickou svalovou atrofií byla zjištěna snížená exprese MyoG. [třicet]

Bylo také prokázáno, že MyoG a MyoD mají myoblastovou diferenciaci . [31] Působí tak, že transaktivují aktivitu promotoru katepsinu B a indukují jeho expresi v mRNA .

E47

E47 je produkován alternativním sestřihem E2A do E47-specificky kódovaných exonů bHLH . Jeho úlohou je regulovat tkáňově specifickou genovou expresi a diferenciaci. Mnoho kináz bylo spojeno s E47 včetně 3PK a MK2. Tyto dva proteiny tvoří komplex s E47 a snižují jeho transkripční aktivitu. [32] Bylo také prokázáno, že CKII a PKA in vitro fosforylují E47. [33] [34] [35]

Stejně jako u jiných E-boxů vázajících se na proteiny se E47 také váže na sekvenci CANNTG v E-boxu. U homozygotních E2A knockout myší je vývoj B buněk zastaven před fází umístění DJ a B buňky nemohou dozrát. [36] Bylo prokázáno, že E47 se váže jako heterodimer (s E12) [37] nebo jako homodimer (ale slabší). [38]

Nedávný výzkum

Přestože strukturní základ pro interakci BMAL1/CLOCK s E-boxem není znám, nedávné studie ukázaly, že bHLH motivy proteinových domén BMAL1/CLOCK jsou velmi podobné bHLH jiných krystalizovaných proteinů E-boxu, jako je např. Myc /Max. [39] To naznačuje, že k podpoře této vysoké vazebné afinity jsou zapotřebí specifické báze . Navíc sekvenční omezení v oblasti kolem cirkadiánního E-boxu nejsou plně pochopena: to je považováno za nezbytné, ale ne dostatečné; Aby došlo k cirkadiánní transkripci , musí být E-boxy v genetické sekvenci náhodně rozmístěny . Nedávné studie o E-boxech se zaměřily na nalezení více vazebných proteinů a také na objevení více mechanismů pro inhibici vazby.

Nedávná studie University of Uppsala ve Švédsku spojuje komplex AST2-Rack1 s inhibicí vazby komplexu BMAL1-CLOCK na E-box. [40] Výzkumníci zkoumali roli Astakinu-2 v melatoninem indukované cirkadiánní regulaci u korýšů a zjistili, že AST2 je nutný k inhibici vazby komplexu BMAL1-CLOCK na E-box. Kromě toho zjistili, že sekrece melatoninu je zodpovědná za regulaci exprese AST2 a předpokládali, že inhibice vazby E-box ovlivňuje CLOCK u jakéhokoli zvířete s molekulami AST2.

Výzkumníci z lékařské fakulty univerzity v Nanjingu zjistili, že amplituda FBXL3 (proteinové repetice bohaté na F-box/leucin) je vyjádřena prostřednictvím E-boxu. [41] Studovali myši s deficitem FBXL3 a zjistili, že reguluje zpětnovazební smyčku v cirkadiánních rytmech , což ovlivňuje cirkadiánní období.

Studie publikovaná 4. dubna 2013 výzkumníky z Harvard Medical School zjistila, že nukleotidy na obou stranách E boxu ovlivňují, které transkripční faktory se mohou vázat na samotný E box. [42] Tyto nukleotidy definují 3-D prostorové uspořádání řetězce v DNA a omezují vazebnou velikost transkripčních faktorů. Studie také ukázala rozdíly ve vazbě matrice mezi in vivo a in vitro ( in vivo a in vitro ).

Poznámky

1. ↑ Massari, M.E.; Murre, C. Helix-loop-helix proteins: regulátory transkripce v eukaryotických organismech   // Molekulární a buněčná biologie : deník. - 2000. - Sv. 20 , č. 2 . - str. 429-440 . - doi : 10.1128/mcb.20.2.429-440.2000 . — PMID 10611221 .
2. ↑ Chaudhary, J; Skinner, M. K. Základní proteiny helix-loop-helix mohou působit na E-box v rámci sérového reakčního prvku promotoru c-fos, aby ovlivnily aktivaci promotoru indukovanou hormony v Sertoliho buňkách  //  Mol Endocrinol : deník. - 1999. - Květen ( roč. 13 , č. 5 ). - str. 774-786 . - doi : 10.1210/mend.13.5.0271 . — PMID 10319327 .
3. ↑ Ephrussi, A; Church, G.M.; Tonegawa, S; Gilbert, W. B interakce specifické pro linii imunoglobulinového zesilovače s buněčnými faktory in vivo  //  Science : journal. - 1985. - Sv. 227 , č.p. 4683 . - S. 134-140 . - doi : 10.1126/science.3917574 . — PMID 3917574 .
4. ↑ Církev, GM; Ephrussi, A; Gilbert, W; Tonegawa, S. Cell-type-specific contacts to immunoglobulin enhancers in nuclei  (anglicky)  // Nature : journal. - 1985. - Sv. 313 , č.p. 6005 . - S. 798-801 . - doi : 10.1038/313798a0 . — . — PMID 3919308 .
5. ↑ Murre, C; McCaw, PS; Vaessin, H; Caudy, M; Jan, L. Y.; Cabrera, C. V.; Buskin, JN; Hauschka, SD; Lassar, A. B.; a další; Weintraub, Harold; Baltimore, David a kol. Interakce mezi heterologními proteiny helix-loop-helix vytvářejí komplexy, které se specificky vážou na společnou sekvenci DNA  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1989. - Srpen ( roč. 58 , č. 3 ). - str. 537-544 . - doi : 10.1016/0092-8674(89)90434-0 . — PMID 2503252 .
6. ↑ Henthorn, P; Kiledjian, M; Kadesch, T. Dva odlišné transkripční faktory, které vážou motiv zesilovače imunoglobulinu microE5/kappa 2  //  Science: journal. - 1990. - Sv. 247 , č.p. 4941 . - str. 467-470 . - doi : 10.1126/science.2105528 . - . — PMID 2105528 .
7. ↑ Hu SJ, Olson EN; Kingston, RE. HEB  //  Mol Cell Biol : deník. - 1992. - Sv. 12 , č. 3 . - S. 1031-1042 . — PMID 1312219 .
8. ↑ Chen, B; Lim, R W. Fyzikální a funkční interakce mezi inhibitory transkripce Id3 a ITF-2b. Důkazy k novému mechanismu regulujícímu svalově specifickou genovou expresi  // J Biol Chem  : journal  . - 1997. - Leden ( roč. 272 , č. 4 ). - str. 2459-2463 . doi : 10.1074 / jbc.272.4.2459 . — PMID 8999959 .
9. ↑ 1 2 3 Mädge B.: E-Box. In: Schwab M. (Ed.) Encyclopedia of Cancer: SpringerReference (www.springerreference.com). Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2009. doi : 10.1007/SpringerReference_173452
10. ↑ Ellenberger, T; Fass, D; Arnaud, M; Harrison, SC. ​​Krystalová struktura transkripčního faktoru E47: Rozpoznání E-boxu dimerem základní oblasti helix-loop-helix  // Genes Dev  : journal  . - 1994. - Duben ( roč. 8 , č. 8 ). - S. 970-980 . doi : 10.1101 / gad.8.8.970 . — PMID 7926781 .
11. ↑ Muñoz; Michelle Brewer; Ruben Baler. Modulace aktivity komplexu BMAL/CLOCK/E-Box cis-působícím prvkem bohatým na CT   // Molekulární a buněčná endokrinologie : deník. - 2006. - Sv. 252 , č.p. 1-2 . - S. 74-81 . - doi : 10.1016/j.mce.2006.03.007 . — PMID 16650525 .
12. ↑ Bose; Boockfor FR Epizody exprese genu prolaktinu v buňkách GH3 jsou závislé na selektivní promotorové vazbě více cirkadiánních elementů  //  Endocrinology : journal. - 2010. - Sv. 151 , č.p. 5 . - str. 2287-2296 . - doi : 10.1210/cs.2009-1252 . — PMID 20215567 .
13. ↑ Yoo, S.H.; Ko, CH; Lowrey, P. L.; Buhr, E. D.; Píseň, EJ; Chang, S.; Yoo, OJ; Yamazaki, S.; Lee, C.; a další a kol. Nekanonický zesilovač E-box řídí cirkadiánní oscilace myši Period2 in vivo  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2005. - Sv. 102 , č. 7 . - S. 2608-2613 . - doi : 10.1073/pnas.0409763102 . — PMID 15699353 .
14. ↑ Zhang, X.; Patel, S. P.; McCarthy, JJ; Rabčevskij, A.G.; Goldhamer, DJ; Esser, KA Nekanonický E-box uvnitř zesilovače jádra MyoD je nezbytný pro cirkadiánní expresi v kosterním svalu  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2012. - Sv. 40 , č. 8 . - S. 3419-3430 . doi : 10.1093 / nar/gkr1297 . — PMID 22210883 .
15. ↑ Enrique, Salero; Cecilio, Gimenez; Francisco, Zafra. {{{title}}}  (anglicky)  // Biochem J. : deník. - 2003. - březen ( roč. 370 , č. 3 ). - str. 979-986 .
16. ↑ Hao, H; Allen, D.L.; Hardin, PE . Cirkadiánní zesilovač zprostředkovává cyklování mRNA závislé na PER u Drosophila melanogaster  //  Mol Cell Biol : deník. - 1997. - Červenec ( roč. 17 , č. 7 ). - str. 3687-3693 . — PMID 9199302 .
17. ↑ Panda, S; AntochMP; Miller BH; SuAI; Schook AB; Straume M; Schultz P.G.; Kay SA; TakahashiJS; Hogenesch JB Koordinovaný přepis klíčových drah u myši cirkadiánními hodinami  (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 2002. - Květen ( roč. 109 , č. 3 ). - str. 307-320 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)00722-5 . — PMID 12015981 .
18. ↑ Herzog, Erik. Neurony a sítě v denních rytmech  (anglicky)  // Nature Reviews Neuroscience  : journal. - 2007. - říjen ( roč. 8 , č. 10 ). - S. 790-802 . - doi : 10.1038/nrn2215 . — PMID 17882255 .
19. ↑ Yan, červen; Haifang Wang; Yuting Liu; Chunxuan Shao. Analýza genových regulačních sítí v savčím cirkadiánním rytmu  // PLOS Computational Biology  : journal  . - 2008. - říjen ( ročník 4 , č. 10 ). — P.e1000193 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.1000193 . - . — PMID 18846204 .
20. ↑ Uešima, T; Kawamoto T; Honda KK; Noshiro M; Fujimoto K; Nakao S; ichinóza N; Hashimoto S; Gotoh O; Kato Y. Identifikace nového prvku EL-boxu souvisejícího s hodinami zapojeného do cirkadiánní regulace pomocí BMAL1  / CLOCK a HES1  // Gen : deník. - Elsevier , 2012. - Prosinec ( roč. 510 , č. 2 ). - S. 118-125 . - doi : 10.1016/j.gene.2012.08.022 . — PMID 22960268 .
21. ↑ Nakahata, Y; Yoshida M; Takano A; Soma H; Yamamoto T; Yasuda A; Nakatsu T; Takumi T. Pro buněčně autonomní cirkadiánní rytmus hodinových genů je vyžadováno přímé opakování prvků podobných E-boxu  (anglicky)  // BMC Mol Biol: journal. - 2008. - Leden ( roč. 9 , č. 1 ). — P. 1 . - doi : 10.1186/1471-2199-9-1 . — PMID 18177499 .
22. ↑ Honma, S; Kawamoto, T; Takagi, Y; Fujimoto, K; Sato, F; Noshiro, M; Kato, Y; Honma, K. Dec1 a Dec2 jsou regulátory molekulárních hodin savců  //  Nature : journal. - 2002. - Sv. 419 , č.p. 6909 . - S. 841-844 . - doi : 10.1038/nature01123 . — . — PMID 12397359 .
23. ↑ Ripperger, J A.; Schibler, U. Rhythmic CLOCK-BMAL1 vazba na více motivů E-box řídí cirkadiánní Dbp transkripci a chromatinové přechody  (anglicky)  // Nat. Genet  : deník. - 2006. - březen ( roč. 38 , č. 3 ). - str. 369-374 . - doi : 10.1038/ng1738 . — PMID 16474407 .
24. ↑ Prendergast, GC; Ziff, E B. Methylation-sensitive sekvence-specific DNA binding by the c-MyC basic region  //  Science : journal. - 1991. - Leden ( roč. 251 , č. 4990 ). - S. 186-189 . - doi : 10.1126/science.1987636 . - . — PMID 1987636 .
25. ↑ Desbarats, L; Gaubatz, S; Eilers, M. Diskriminace mezi různými proteiny vázajícími E-box na endogenním cílovém genu c-myc  // Genes Dev  : journal  . - 1996. - únor ( roč. 10 , č. 4 ). - S. 447-460 . doi : 10.1101 / gad.10.4.447 . — PMID 8600028 .
26. ↑ Xiao, Q; Claassen, G; Shi, J; Adachi, S; Seivy, J; Hann, S R. Transaktivační defektní c-MycS si zachovává schopnost regulovat proliferaci a apoptózu  // Genes Dev  : journal  . - 1998. - prosinec ( roč. 12 , č. 24 ). - S. 3803-3808 . doi : 10.1101 / gad.12.24.3803 . — PMID 9869633 .
27. ↑ Shklover, J; Etzioni, S; Weisman-Shomer, P; Yafe, A; Bengálsko, E; Fry, M. MyoD používá překrývající se, ale odlišné prvky k navázání E-boxu a tetraplexních struktur regulačních sekvencí svalově specifických genů  //  Nucleic Acids Res : deník. - 2007. - Sv. 35 , č. 21 . - str. 7087-7095 . - doi : 10.1093/nar/gkm746 . — PMID 17942416 .
28. ↑ Bergström, D.A.; Penn, BH; Strand, A.; Perry, R. L.; Rudnicki, M. A.; Tapscott, SJ Promotorově specifická regulace vazby MyoD a signální transdukce spolupracují na vzorové genové expresi   // Mol . buňka : deník. - 2002. - Sv. 9 , č. 3 . - S. 587-600 . - doi : 10.1016/s1097-2765(02)00481-1 . — PMID 11931766 .
29. ↑ Tang, H; Goldman, D. Genová regulace závislá na aktivitě v kosterním svalu je zprostředkována kaskádou přenosu signálu histon deacetylázy (HDAC)-Dach2-myogeninu  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Sv. 103 , č. 45 . - S. 16977-16982 . - doi : 10.1073/pnas.0601565103 . - . — PMID 17075071 .
30. ↑ Ramamoorthy, S; Donohue, M; Buck, M. Snížená exprese Jun-D a myogeninu při úbytku svalů u lidské kachexie   // American Physiological Society : deník. - 2009. - Sv. 297 , č.p. 2 . - P.E392-401 . - doi : 10.1152/ajpendo.90529.2008 . — PMID 19470832 .
31. ↑ Jane, D.T.; Morvay, L.C.; Koblinski, J.; Yan, S.; Saad, F.A.; Sloane, BF; a další a kol. Důkaz, že promotorové elementy E-boxu a transkripční faktory MyoD hrají roli při indukci exprese genu katepsinu B během diferenciace lidských myoblastů   // Biol . Chem. : deník. - 2002. - Sv. 383 , č.p. 12 . - S. 1833-1844 . - doi : 10.1515/BC.2002.207 . — PMID 12553720 .
32. ↑ Neufeld; b.; ; Hoffmeyer, A.; Jordan, BWM; Chen, P.; Diněv, D.; Ludwig, S.; Rapp, UR a kol. Serin/threoninové kinázy 3pK a MAPK-aktivovaná proteinkináza 2 interagují se základním transkripčním faktorem Helix-Loop-Helix E47 a potlačují jeho transkripční aktivitu  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2000. - Sv. 275 , č.p. 27 . - str. 20239-20242 . - doi : 10.1074/jbc.C901040199 . — PMID 10781029 .
33. ↑ Johnson; Wang X.; Hardy S.; Taparowsky, EJ; Konieczny, SF Kaseinkináza II zvyšuje transkripční aktivity MRF4 a MyoD nezávisle na jejich přímé fosforylaci   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1996. - Sv. 16 , č. 4 . - S. 1604-1613 . — PMID 8657135 .
34. ↑ Slone; Shen CP; McCarrick-Walmsley R.; Kadesch T. Fosforylace E47 jako potenciální determinant B-buněčné specifické aktivity   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1996. - Sv. 16 , č. 12 . - S. 6900-6908 . — PMID 8943345 .
35. ↑ Shen; Kadesch T. B-buněčná specifická vazba DNA pomocí homodimeru E47  (anglicky)  // Mol. buňka. Biol. : deník. - 1995. - Sv. 15 , č. 8 . - str. 4518-4524 . — PMID 7623842 .
36. ↑ Bain; ; Izon, DJ; Amsen, D; Kruisbeek, A.M.; Weintraub, B.C.; Krop, I; Schlissel, MS; Feeney, AJ; Van Roon, M. a kol. E2A proteiny jsou nutné pro správný vývoj B buněk a zahájení přestaveb imunoglobulinových genů  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1994. - Sv. 79 , č. 5 . - S. 885-892 . - doi : 10.1016/0092-8674(94)90077-9 . — PMID 8001125 .
37. ↑ Lasar; Davis R. L.; Wright W.E.; Kadesch T.; Murre C.; Voronová A.; Baltimore D.; Weintraub H. Funkční aktivita myogenních proteinů HLH vyžaduje heterooligomerizaci s proteiny podobnými E12/E47 in vivo  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1991. - Sv. 66 , č. 2 . - S. 305-315. . - doi : 10.1016/0092-8674(91)90620-e . — PMID 1649701 .
38. ↑ Murre; McCaw PS, Vaessin H., Caudy M., Jan LY, Jan YN, Cabrera CV, Buskin JN, Hauschka SD, Lassar AB, ; Vaessin, H; Caudy, M; Jan, L. Y.; Jan, YN; Cabrera, C. V.; Buskin, JN; Hauschka, SD; Lassar, AB a kol. Interakce mezi heterologními proteiny helix-loop-helix vytvářejí komplexy, které se specificky vážou na společnou sekvenci DNA  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1989. - Sv. 58 , č. 3 . - str. 537-544 . - doi : 10.1016/0092-8674(89)90434-0 . — PMID 2503252 .
39. ↑ Muñoz, E; Brewer, M; Baler, R. Circadian Transscription: THINKING OUTSIDE THE E-BOX  // J Biol Chem  : journal  . - 2002. - září ( roč. 277 , č. 39 ). - S. 36009-36017 . - doi : 10.1074/jbc.m203909200 . — PMID 12130638 .
40. ↑ Wattanasurorot, A; Saelee, N; Phongdara, A; Roytrakul, S; Jiranavichpaisal, P; Söderhäll, K; Söderhäll, I. Astakine 2 — Temný rytíř spojující melatonin s cirkadiánní regulací u korýšů  //  PLOS Genetics : deník. - 2013. - březen ( ročník 3 , č. 3 ). — P.e1003361 . - doi : 10.1371/journal.pgen.1003361 .
41. ↑ Shi, G; Xing, L; Liu, Z; Qu, Z; Wu, X; Dong, Z; Wang, X; Gao, X; Huang, M; a další; Yang, L.; Liu, Y.; Ptáček, LJ; Xu, Y. a kol. Dvojí role FBXL3 v savčích cirkadiánních zpětnovazebních smyčkách jsou důležité pro určení periody a robustnost hodin  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2013. - Sv. 110 , č. 12 . - S. 4750-4755 . - doi : 10.1073/pnas.1302560110 . - . — PMID 23471982 .
42. ↑ Gordân, R; Shen, N; Dror, I; Zhou, T; Horton, J; Rohs, R; Bulyk, M.L. Genomické oblasti lemující E-Box vazebná místa ovlivňují DNA vazebnou specifitu transkripčních faktorů bHLH prostřednictvím tvaru DNA   // Cell Rep : deník. - 2013. - Duben ( díl 3 , č. 4 ). - S. 1093-1104 . - doi : 10.1016/j.celrep.2013.03.014 . — PMID 23562153 .