Transkripční faktory

Transkripční faktory (transkripční faktory) jsou proteiny , které řídí syntézu mRNA , ale i jiných typů RNA [1] na templátu DNA ( transkripce ) vazbou na specifické oblasti DNA [2] [3] . Transkripční faktory vykonávají svou funkci buď samostatně, nebo v kombinaci s jinými proteiny. Poskytují snížení ( represory ) nebo zvýšení ( aktivátory ) vazebné konstanty RNA polymerázy k regulačním sekvencím regulovaného genu [4] [5] [6] .

Definujícím znakem transkripčních faktorů je přítomnost jedné nebo více domén vázajících DNA v jejich složení , které interagují s charakteristickými oblastmi DNA umístěnými v regulačních oblastech genů. Jiné proteiny, které hrají klíčovou roli v regulaci genové exprese , jako jsou koaktivátory , histonacetylázy , kinázy , metylázy , nemají domény vázající DNA, a proto je nelze klasifikovat jako transkripční faktory [7] [8] [9] .

Ochrana v různých organismech

Transkripční faktory jsou nezbytné pro regulaci genové exprese a nacházejí se ve všech živých organismech. Jejich počet, absolutní i specifický, roste s velikostí genomu [10] .

V lidském genomu bylo nalezeno více než 2600 proteinů, které mají doménu vázající DNA, a většina z nich jsou pravděpodobně transkripční faktory [11] . V důsledku toho asi 10 % všech genů v genomu kóduje transkripční faktory. Jsou tedy největší rodinou lidských proteinů [12] . Aktivita mnoha genů je navíc regulována korporátní interakcí velkého množství různých transkripčních faktorů, což umožňuje každému z genů poskytovat jedinečný způsob regulace během vývoje organismu [9] .

Funkce

Transkripční faktory jsou jednou ze skupin proteinů, které zajišťují čtení a interpretaci genetické informace. Vážou DNA a pomáhají zahájit program pro zvýšení nebo snížení transkripce genu. Jsou tedy životně důležité pro normální fungování těla na všech úrovních. Nejdůležitější z procesů, na kterých se podílejí transkripční faktory, jsou uvedeny níže.

Regulace bazální genové exprese

Pozadí transkripční aktivity je zajištěno sadou TF společných pro všechny geny. Důležitou třídou eukaryotických transkripčních faktorů jsou GTF (obecné transkripční faktory) [13] [14] . Řada jeho zástupců přímo neváže DNA, ale je součástí komplexu iniciace transkripce (pre-iniciační komplex), který přímo interaguje s RNA polymerázou. Nejběžnější GTF jsou TFIIA , TFIIB , TFIID (vazba na tzv. TATA box ( promotorový prvek )), TFIIE , TFIIF a TFIIH [15] .

Kromě TF nutných pro expresi všech genů existují také specifické transkripční faktory, které zajišťují, že určité geny jsou zapnuty/vypnuty ve správný čas.

Regulace ontogeneze

Na jejich vývoji se podílí mnoho TF mnohobuněčných organismů [16] . Působí v souladu s genetickým programem a/nebo v reakci na vnější vlivy iniciují nebo potlačují transkripci určitých genů, což s sebou nese změny v morfologii buněk, diferenciaci buněk, morfogenezi , organogenezi atd. Například rodina homeoboxů TF je kritické pro formování správné morfologie těla u organismů od Drosophila po člověka [17] [18] . Mutace v genech těchto proteinů ( homeotické mutace ) u Drosophila vedou k vážným poruchám v diferenciaci tělesných segmentů tohoto hmyzu (např. vývoj nohou místo tykadel).

Dalším příkladem této skupiny TF je genový produkt oblasti určující pohlaví Y (SRY, Sex-determining Region Y), která hraje důležitou roli při určování lidského pohlaví. [19]

Odezva na extracelulární signály

Koordinovaná regulace interakce buněk mnohobuněčného organismu se provádí uvolňováním speciálních molekul ( hormonů , cytokinů atd.), které v cílových buňkách vyvolávají signální kaskádu . Pokud signál způsobí změnu v úrovni exprese určitých genů, TF jsou často posledním článkem kaskády [20] . Estrogenová signální dráha je příkladem krátké kaskády zahrnující transkripční faktor estrogenového receptoru: estrogen je vylučován placentárními a ovariálními tkáněmi, prochází plazmatickou membránou recipientních buněk a váže se na svůj receptor v cytoplazmě. Estrogenový receptor vstupuje do jádra a váže se na specifickou oblast DNA, čímž mění transkripční regulaci odpovídajícího genu [21] .

Reakce na změnu životního prostředí

TF nejsou jedinými konečnými články v signálních kaskádách, které se vyskytují v reakci na různé vnější podněty, ale mohou být také efektory v signálních kaskádách vyvolaných prostředím. Například faktor tepelného šoku (HSF) aktivuje geny pro proteiny tepelného šoku , které zajišťují přežití při zvýšených teplotách (například chaperony ) [22] , hypoxií indukovaný faktor (HIF) - s poklesem koncentrace kyslíku [23] ; SREBP protein (sterol regulator element binding protein) pomáhá udržovat požadovaný obsah lipidů v buňkách [24] .

Řízení buněčného cyklu

Mnoho TF, zejména onkogeny a nádorové supresory, se účastní regulace buněčného cyklu . Určují přechod z jedné fáze buněčného cyklu do druhé, frekvenci dělení a intenzitu růstu. Jedním z nejznámějších takových TF je onkogen Myc , který hraje důležitou roli v buněčném růstu a iniciaci apoptózy .

Nařízení

Všechny obecné biologické procesy mají víceúrovňovou regulaci a řízení. To platí i pro TF — TF nejen regulují úroveň akumulace proteinů a RNA v buňce, ale také regulují aktivitu svých vlastních genů (často za pomoci jiných TF). Níže jsou stručně popsány hlavní způsoby regulace aktivity TF.

Společné pro všechny proteiny

Úroveň akumulace TF v buňce je regulována stejným způsobem jako u jiných proteinů řízením transkripce, degradace mRNA, translace , postprocessingu proteinu, jeho intracelulární lokalizace a degradace. Samoregulace je možná podle principu negativní zpětné vazby  – TF potlačuje aktivitu genu, který ji kóduje.

Intranukleární lokalizace

U eukaryotických organismů jsou procesy transkripce a translace prostorově odděleny - probíhají v jádře a cytoplazmě . Po syntéze musí TF vstoupit do jádra proražením dvojité membrány. Mnoho proteinů, které fungují v jádře, má nukleární lokalizační signál  , specifickou oblast polypeptidového řetězce, která směruje protein do jádra. Pro mnoho TF je translokace klíčovým faktorem v regulaci jejich aktivity [25] . Důležité třídy TF, jako jsou některé jaderné receptory, se musí nejprve vázat na endogenní agonistický ligand v cytoplazmě a teprve poté být transportovány do jádra [25] .

Aktivace

TF lze aktivovat/deaktivovat ovlivněním jejich domény citlivé na signál různými způsoby:

• vazba ligandu - látka nezbytná pro fungování, není součástí polypeptidu (například ionty Zn 2+ )
• fosforylace [26] [27]  — mnoho TF musí být fosforylováno, aby bylo možné vázat DNA.
• interakce s jinými TF a/nebo koregulačními proteiny.

Dostupnost vazebného místa DNA

U eukaryot se geny, které nejsou kontinuálně transkribovány, často nacházejí v heterochromatinu (části DNA hustě sbalené vazbou histonů a organizované do kompaktních chromatinových fibril). DNA v heterochromatinu je nepřístupná mnoha transkripčním faktorům. Aby se TF navázaly na DNA, musí být heterochromatin transformován na euchromatin , obvykle prostřednictvím modifikací histonů. Volnost chromatinu z nukleozomů také hraje důležitou roli ve vazbě TF na DNA . Chromatin bez nukleozomů se nazývá otevřený chromatin a váže transkripční faktory mnohem častěji než chromatin vázaný na nukleozomy. Redistribuce nukleozomů je prováděna faktory remodelace chromatinu . Vazebné místo TF na DNA může být nepřístupné, i když je vázáno jiným transkripčním faktorem. Dvojice transkripčních faktorů mohou hrát antagonistickou roli (aktivátor-represor) v regulaci aktivity jednoho genu.

Přítomnost dalších kofaktorů/transkripčních faktorů

Většina TF nefunguje samostatně. Často se velké množství TF musí vázat na jeho regulační prvky, aby se aktivovala transkripce genu. Vazba TF způsobuje nábor intermediárních proteinů, jako jsou kofaktory, což vede k sestavení pre-iniciačního komplexu a navázání na promotor RNA polymerázy.

Struktura

TF mají modulární strukturu a obsahují následující domény [2] :

• DNA vazebná doména (DBD)  - interaguje se specifickými sekvencemi DNA charakteristickými pro promotory a enhancery . Specifičnost rozpoznávání určitých sekvencí určuje soubor genů podléhajících regulaci tímto TF;
• transaktivační doména (TAD)  – obsahuje vazebná místa pro jiné proteiny, například transkripční koregulátory [28] ;
• doména rozpoznávání signálu (SSD) (např. doména vázající ligand), která je citlivá na vnější signály a je zodpovědná za signalizaci dalším složkám transkripčního komplexu, což způsobuje zvýšení nebo snížení hladiny exprese.

DNA-binding domain

Strukturální a funkční jednotka (doména) transkripčních faktorů, která váže DNA, se nazývá DNA-binding domain. Níže je uveden seznam nejdůležitějších rodin DNA-vazebných domén/TF:

TF vazebná místa

Oblasti DNA, které interagují s transkripčními faktory, se nazývají vazebná místa TF. Interakce je způsobena elektrostatickými silami , vodíkovými vazbami a van der Waalsovými silami . V důsledku korporátního, stericky určeného působení těchto sil, které je určeno prostorovou strukturou molekuly proteinu, se TF může vázat pouze na určité oblasti DNA. Ne všechny nukleotidové báze v DNA obsažené ve vazebném místě TF mají stejný význam v interakci s proteinem. V důsledku toho nejsou TF obvykle spojeny s místem s přesně definovanou primární strukturou, ale se skupinou struktur s blízkou podobností, z nichž každá má jiný stupeň afinity. Například, ačkoli konsenzuální sekvence pro vazebné místo TATA vazebných proteinů je TATAAAA, mohou také interagovat s TATATAT a TATATAA.

Vzhledem k tomu, že TF interagují s krátkými fragmenty DNA heterogenní struktury, potenciální vazebná místa TF se mohou objevit náhodně v poměrně dlouhé molekule DNA. Je však nepravděpodobné, že by TF interagovaly se všemi relevantními prvky v genomu.

Různá omezení, jako je dostupnost místa a přítomnost kofaktorů, mohou usnadnit zacílení TF do požadovaných oblastí DNA. Na základě sekvence genomu je tedy obtížné spolehlivě předpovědět skutečné místo vazby TF na DNA in vivo . Další specificita TF může být zprostředkována přítomností několika vazebných domén DNA v jediném proteinu, které interagují se dvěma nebo více sousedními sekvencemi současně.

Klinické aspekty

Vzhledem ke klíčové roli TF v procesu realizace dědičné informace mohou být některá lidská onemocnění způsobena mutacemi v genech TF. Níže jsou uvedeny některé z nejvíce studovaných porušení tohoto druhu:

• Rettův syndrom . Mutace v genu TF MECP2 jsou spojeny s Rettovým syndromem, poruchou vývoje nervového systému [36] .
• Diabetes . Vzácná forma diabetu nazývaná MODY (Maturity onset diabetes of the young) může být způsobena mutacemi v genech některých TF [37] .
• Vývojová verbální dyspraxie . (porušení řečových funkcí). S rozvojem tohoto onemocnění jsou spojeny mutace v genu FOXP2 TF , kdy člověk nemůže provádět koordinované pohyby nezbytné pro řečovou funkci [38] [39] .
• Autoimunitní onemocnění . Mutace v genu FOXP3 TF jsou spojeny s autoimunitním onemocněním IPEX (imunitní dysregulace polyendokrinopatie enteropatie X-linked syndrome) [39] .
• Rakovina . Mnoho transkripčních faktorů jsou onkogeny nebo nádorové supresory a jejich mutace nebo chybná regulace může vést ke vzniku rakoviny. Například Li-Fraumeni syndrom je způsoben mutacemi v genu pro supresor nádoru p53 [40] .

Klasifikace

TF mohou být klasifikovány podle (1) mechanismu účinku, (2) regulační funkce, (3) struktury domény vázající DNA, stejně jako přirozené a (5) umělé.

Mechanismus účinku

Na tomto základě se rozlišují tři třídy TF:

• Hlavní transkripční faktory (GTF) podílející se na tvorbě iniciačního komplexu. Nejdůležitější z nich jsou TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF a TFIIH. Jsou přítomny ve všech buňkách a interagují s promotorovým jádrem genů transkribovaných RNA polymerázou 2. třídy.
• TF interagující s upstream oblastmi DNA (oblasti umístěné upstream od promotoru, ležící relativně k němu na druhé straně kódující oblasti genu ).
• Indukovatelné TF jsou podobné předchozí třídě, ale vyžadují aktivaci nebo inhibici.

Funkce

1. Konstitutivní  - vždy přítomné ve všech buňkách - hlavní transkripční faktory Sp1 , NF1 , CCAAT .
2. Aktivováno (aktivní za určitých podmínek)
   1. Účast na vývoji organismu (specifická pro buňky) - exprese je přísně kontrolována, ale poté, co se začala exprimovat, nevyžadují další aktivaci - GATA, HNF, PIT-1, MyoD, Myf5, Hox, Winged Helix.
   2. Závisí  na signálu – k aktivaci je vyžadován externí signál
      1. extracelulární signál závislé  - jaderné receptory
      2. intracelulární signál závislý  - aktivovaný nízkomolekulárními intracelulárními sloučeninami - SREBP , p53 , jednotlivé jaderné receptory
      3. membránově vázaný receptor závislý  - fosforylovaný kinázami signální kaskády
         1. rezidentní jaderné faktory  - jsou v jádře bez ohledu na aktivaci - CREB, AP-1, Mef2
         2. latentní cytoplazmatické faktory  - v neaktivním stavu jsou lokalizovány v cytoplazmě, po aktivaci jsou transportovány do jádra - STAT, R-SMAD, NF-kB , Notch , TUBBY, NFAT.

Strukturální klasifikace

Transkripční faktory jsou klasifikovány na základě podobnosti primární struktury (což implikuje podobnost terciární struktury) domén vázající DNA [41] [42] [43] .

• 1 Superclass: Basic Domains ( Basic-helix-loop-helix )
  • Třída 1.1: Leucinový zip ( bZIP )
    • 1.1.1 Rodina: AP-1 (podobné) součásti; zahrnuje ( c-Fos / c-Jun )
    • 1.1.2 Rodina: CREB
    • 1.1.3 Rodina: Faktory podobné C/EBP
    • 1.1.4 Rodina: bZIP/ PAR
    • 1.1.5 Rodina: Rostlinné vazebné faktory G-boxu
    • 1.1.6 Rodina: Pouze ZIP
  • 1.2 Třída: Helix-loop-helix ( bHLH )
    • 1.2.1 Rodina: Všudypřítomné faktory (třída A).
    • 1.2.2 Rodina: Myogenní transkripční faktory ( MyoD )
    • 1.2.3 Čeleď: Achaete-Scute
    • 1.2.4 Rodina: Tal/Twist/Atonal/Slepice
  • 1.3 Stupeň: Helix-loop-helix / faktory leucinového zipu ( bHLH-ZIP )
    • 1.3.1 Rodina: Všudypřítomné faktory bHLH-ZIP; zahrnuje USF ( USF1 , USF2 ); SREBP ( SREBP )
    • 1.3.2 Rodina: Faktory ovlivňující buněčný cyklus; zahrnuje c-Myc
  • 1.4 Stupeň: NF-1
    • 1.4.1 Rodina: NF-1 ( NFIC )
  • 1.5 Třída: RF-X
    • 1.5.1 Rodina: RF-X ( NFX2 , NFX3 , NFX5 )
  • 1.6 Třída: bHSH
• 2 Superclass: Zinek koordinující domény vázající DNA
  • 2.1 Třída: Cys4 zinkový prst typu jaderného receptoru
    • 2.1.1 Rodina: Receptory steroidních hormonů
    • 2.1.2 Rodina: Faktory podobné receptoru hormonu štítné žlázy
  • 2.2 Třída: různé Cys4 zinkové prsty
    • 2.2.1 Rodina: Faktory GATA
  • 2.3 Třída: Cys2His2 doména zinkového prstu
    • 2.3.1 Rodina: Všudypřítomné faktory, zahrnuje TFIIIA , Sp1
    • 2.3.2 Rodina: Vývojové regulátory / regulátory buněčného cyklu; zahrnuje Kruppel
    • 2.3.4 Skupina: Velké faktory s vazebnými vlastnostmi podobnými NF-6B
  • 2.4 Třída: Cystein-zinkový klastr Cys6
  • 2.5 Třída: Zinkové prsty střídavého složení
• 3 Superclass: Spirála-otočka-spirála
  • 3.1 Třída: Homeodoména
    • 3.1.1 Rodina: Pouze doména Homeo; zahrnuje Ubx
    • 3.1.2 Rodina: faktory domény POU ; říjen _
    • 3.1.3 Rodina: Homeo doména s oblastí LIM
    • 3.1.4 Rodina: homeo doména plus motivy zinkových prstů
  • 3.2 Třída: Párová krabice
    • 3.2.1 Rodina: Spárovaná plus homeo doména
    • 3.2.2 Rodina: Pouze spárovaná doména
  • 3.3 Třída: Vidlicová hlava / okřídlená šroubovice
    • 3.3.1 Rodina: Vývojové regulátory; vidlice _
    • 3.3.2 Skupina: Tkáňově specifické regulátory
    • 3.3.3 Rodina: Faktory ovlivňující buněčný cyklus
    • 3.3.0 Rodina: Ostatní regulátory
  • 3.4 Třída: Faktory tepelného šoku
    • 3.4.1 Rodina: HSF
  • 3.5 Třída: Tryptofanové klastry
    • 3.5.1 Rodina: Myb
    • 3.5.2 Rodina: Typ Ets
    • 3.5.3 Rodina: Interferonové regulační faktory
  • 3.6 Třída: doména TEA (transscriptional enhancer factor).
    • 3.6.1 Rodina: ČAJ ( TEAD1 , TEAD2 , TEAD3 , TEAD4 )
• 4 Superclass: Beta-Scaffold Factors with Minor Groove Contacts
  • 4.1 Třída: RHR (Rel homology region)
    • 4.1.1 Rodina: Rel/ ankyrin ; NF-kappaB
    • 4.1.2 Rodina: pouze ankyrin
    • 4.1.3 Rodina: NF-AT ( nukleární faktor aktivovaných T - buněk ) ( NFATC1 , NFATC2 , NFATC3 )
  • 4.2 Třída: STAT
    • 4.2.1 Rodina: STAT
  • 4.3 Třída: p53
    • 4.3.1 Rodina: p53
  • 4.4 Třída: box MADS
    • 4.4.1 Rodina: Regulátory diferenciace; zahrnuje ( Mef2 )
      • 4.4.2 Rodina: Reagující na vnější signály, SRF ( faktor odezvy séra ) ( SRF )
  • 4.5 Třída: transkripční faktory beta-Barrel alfa-helix
  • 4.6 Třída: TATA vazebné proteiny
    • 4.6.1 Rodina: TBP
    • 4.7.1 Rodina: SOX geny , SRY
    • 4.7.2 Rodina: TCF-1 ( TCF1 )
    • 4.7.3 Rodina: související s HMG2, SSRP1
    • 4.7.5 Rodina: MATA
  • 4.8 Třída: Heteromerní faktory CCAAT
    • 4.8.1 Rodina: Heteromerní CCAAT faktory
  • 4.9 Třída: Grainyhead
    • 4.9.1 Rodina: Grainyhead
  • 4.10 Třída: Faktory oblasti studeného šoku
    • 4.10.1 Rodina: csd
  • 4.11 Třída: Runt
    • 4.11.1 Rodina: Runt
• 0 Superclass: Jiné transkripční faktory
  • 0.1 Třída: Proteiny měděné pěsti
  • 0.2 Třída: HMGI(Y) ( HMGA1 )
    • 0.2.1 Rodina: HMGI(Y)
  • 0.3 Třída: Kapesní doména
  • 0,4 Třída: Faktory podobné E1A
  • 0,5 Třída: Faktory související s AP2/EREBP
    • 0.5.1 Rodina: AP2
    • 0.5.2 Rodina: EREBP
    • 0.5.3 Nadrodina: AP2/B3
      • 0.5.3.1 Rodina: ARF
      • 0.5.3.2 Rodina: ABI
      • 0.5.3.3 Rodina: RAV

Umělé transkripční faktory

Systém CRISPR lze upravit tak, aby fungoval jako transkripční faktor (crisprTF). K tomu je protein asociovaný s CRISPR známý jako Cas9 upraven tak, že jakmile se naváže na DNA, již ji nemůže štěpit. Poté se k němu přidá segment, který aktivuje nebo potlačí genovou expresi modulací transkripčního mechanismu buňky [44] [45] [46] [47] . Na rozdíl od transkripčních faktorů založených na zinkových prstech a TAL efektoru vyžaduje rozpoznávání DNA systémem CRISPR-Cas pouze vytvoření vhodné „vodicí“ sekvence RNA, a nikoli vytvoření nových proteinových domén enzymu, což umožňuje je mnohem dostupnější díky levnosti a jednoduchosti (až k tomu, že byla vyvinuta sada pravidel – „gramatika“, která popisuje, jak navrhnout syntetický transkripční faktor (STFS) a program pro jeho automatizovaný návrh [48] ).

Viz také

• NPAS3
• Proteiny skupiny polycomb
• Regulační funkce bílkovin
• laktózový operon
• Říjen-4

Poznámky

1. ↑ Koordinovaný pokles transkripčních faktorů genu rRNA a syntézy rRNA během diferenciace svalových buněk - PubMed . Staženo 1. července 2020. Archivováno z originálu dne 4. července 2020. (neurčitý)
2. ↑ 1 2 Latchman DS Transkripční faktory: přehled   // Int . J Biochem. Buněčný biol. : deník. - 1997. - Sv. 29 , č. 12 . - S. 1305-1312 . - doi : 10.1016/S1357-2725(97)00085-X . — PMID 9570129 .
3. ↑ Karin M. Příliš mnoho transkripčních faktorů: pozitivní a negativní interakce  //  New Biol. : deník. - 1990. - Sv. 2 , ne. 2 . - S. 126-131 . — PMID 2128034 .
4. ↑ Roeder RG Role obecných iniciačních faktorů v transkripci RNA polymerázou II  // Trends Biochem  . sci. : deník. - 1996. - Sv. 21 , č. 9 . - str. 327-335 . - doi : 10.1016/0968-0004(96)10050-5 . — PMID 8870495 .
5. ↑ Nikolov DB, Burley SK Zahájení transkripce RNA polymerázy II: strukturální pohled  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1997. - Sv. 94 , č. 1 . - str. 15-22 . - doi : 10.1073/pnas.94.1.15 . — PMID 8990153 .
6. ↑ Lee TI, Young RA Transkripce genů kódujících eukaryotické proteiny   // Annu . Rev. Genet.  : deník. - 2000. - Sv. 34 . - str. 77-137 . - doi : 10.1146/annurev.genet.34.1.77 . — PMID 11092823 .
7. ↑ Mitchell PJ, Tjian R. Transkripční regulace v savčích buňkách pomocí sekvenčně specifických DNA vazebných proteinů  //  Science : journal. - 1989. - Sv. 245 , č.p. 4916 . - str. 371-378 . - doi : 10.1126/science.2667136 . — PMID 2667136 .
8. ↑ Ptashne M., Gann A. Transkripční aktivace náborem   // Nature . - 1997. - Sv. 386 , č.p. 6625 . - str. 569-577 . - doi : 10.1038/386569a0 . — PMID 9121580 .
9. ↑ 1 2 Brivanlou AH, Darnell JE Transdukce signálu a kontrola genové exprese  (anglicky)  // Science : journal. - 2002. - Sv. 295 , č.p. 5556 . - S. 813-818 . - doi : 10.1126/science.1066355 . — PMID 11823631 .
10. ↑ van Nimwegen E. Škálovací zákony ve funkčním obsahu genomů  // Trends Genet  . : deník. - 2003. - Sv. 19 , č. 9 . - str. 479-484 . - doi : 10.1016/S0168-9525(03)00203-8 . — PMID 12957540 .
11. ↑ Babu MM, Luscombe NM, Aravind L., Gerstein M., Teichmann SA Struktura a evoluce transkripčních regulačních sítí   // Curr . Opin. Struktura. Biol. : deník. - 2004. - Sv. 14 , č. 3 . - str. 283-291 . - doi : 10.1016/j.sbi.2004.05.004 . — PMID 15193307 .
12. ↑ Lambert SA , Jolma A. , Campitelli LF , Das PK , Yin Y. , Albu M. , Chen X. , Taipale J. , Hughes TR , Weirauch MT The Human Transscription Factors.  (anglicky)  // Cell. - 2018. - 8. února ( roč. 172 , č. 4 ). - S. 650-665 . - doi : 10.1016/j.cell.2018.01.029 . — PMID 29425488 .
13. ↑ Reese JC Bazální transkripční faktory  (neurčité)  // Současný názor v genetice a vývoji. - 2003. - Duben ( vol. 13 , No. 2 ). - S. 114-118 . - doi : 10.1016/S0959-437X(03)00013-3 . — PMID 12672487 .
14. ↑ Shilatifard A., Conaway RC, Conaway JW  The RNA polymerase II elongation complex  // Annual review of biochemistry : deník. - 2003. - Sv. 72 . - str. 693-715 . - doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161551 . — PMID 12676794 .
15. ↑ Thomas MC, Chiang CM Obecný transkripční aparát a obecné kofaktory  //  Kritické recenze v biochemii a molekulární biologii: časopis. - 2006. - Sv. 41 , č. 3 . - str. 105-178 . — PMID 16858867 .
16. ↑ Lobe CG Transkripční faktory a vývoj savců  (neopr.)  // Aktuální témata vývojové biologie. - 1992. - T. 27 . - S. 351-383 . — PMID 1424766 .
17. ↑ Lemons D., McGinnis W. Genomická evoluce shluků genů Hox  // Science  :  journal. - 2006. - září ( roč. 313 , č. 5795 ). - S. 1918-1922 . - doi : 10.1126/science.1132040 . — PMID 17008523 .
18. ↑ Moens CB, Selleri L. Hox kofaktory ve vývoji obratlovců  (neopr.)  // Vývojová biologie. - 2006. - březen ( roč. 291 , č. 2 ). - S. 193-206 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.032 . — PMID 16515781 .
19. ↑ Ottolenghi C., Uda M., Crisponi L., Omari S., Cao A., Forabosco A., Schlessinger D. Určení a stabilita pohlaví  (neopr.)  // BioEssays: novinky a recenze v molekulární, buněčné a vývojové biologie. - 2007. - Leden ( roč. 29 , č. 1 ). - S. 15-25 . - doi : 10.1002/bies.20515 . — PMID 17187356 .
20. ↑ Pawson T. Transdukce signálu – konzervovaná cesta z membrány do jádra  //  Vývojová genetika: časopis. - 1993. - Sv. 14 , č. 5 . - str. 333-338 . - doi : 10.1002/dvg.1020140502 . — PMID 8293575 .
21. ↑ Osborne CK, Schiff R., Fuqua SA, Shou J. Estrogenový receptor: současné chápání jeho aktivace a modulace   // Clin . Cancer Res. : deník. - 2001. - prosinec ( vol. 7 , č. 12 Suppl ). - S. 4338s-4342s; diskuse 4411s—4412s . — PMID 11916222 .
22. ↑ Shamovsky I., Nudler E. Nové poznatky o mechanismu aktivace reakce na tepelný šok   // Buňka . Mol. život sci.  : deník. - 2008. - březen ( roč. 65 , č. 6 ). - S. 855-861 . - doi : 10.1007/s00018-008-7458-y . — PMID 18239856 .
23. ↑ Benizri E., Ginouvès A., Berra E. Kouzlo kaskády signalizující hypoxii   // Buňka . Mol. život sci.  : deník. - 2008. - Duben ( roč. 65 , č. 7-8 ). - S. 1133-1149 . - doi : 10.1007/s00018-008-7472-0 . — PMID 18202826 .
24. ↑ Weber LW, Boll M., Stampfl A. Udržování homeostázy cholesterolu: proteiny vázající sterolový regulační prvek  // World  J. Gastroenterol. : deník. - 2004. - Listopad ( roč. 10 , č. 21 ). - S. 3081-3087 . — PMID 15457548 . Archivováno z originálu 11. srpna 2007.
25. ↑ 1 2 Whiteside ST, Goodbourn S. Transdukce signálu a jaderné cílení: regulace aktivity transkripčního faktoru subcelulární lokalizací   // Journal of Cell Science : deník. — Společnost biologů, 1993. - Duben ( sv. 104 (Pt 4) ). - S. 949-955 . — PMID 8314906 .
26. ↑ Bohmann D. Fosforylace transkripčních faktorů: vazba mezi signální transdukcí a regulací genové exprese  //  Cancer cells (Cold Spring Harbor, NY: 1989): journal. - 1990. - Listopad ( vol. 2 , č. 11 ). - str. 337-344 . — PMID 2149275 .
27. ↑ Weigel NL, Moore NL Fosforylace steroidních receptorů: Klíčový modulátor funkcí více receptorů   : deník . - 2007. - PMID 17536004 .
28. ↑ Wärnmark A., Treuter E., Wright AP, Gustafsson J-Å. Aktivační funkce 1 a 2 jaderných receptorů: molekulární strategie pro aktivaci transkripce  (anglicky)  // Mol. Endocrinol. : deník. - 2003. - Sv. 17 , č. 10 . - S. 1901-1909 . - doi : 10.1210/me.2002-0384 . — PMID 12893880 .
29. ↑ Littlewood TD, Evan GI Transkripční faktory 2: helix-loop-helix  (neopr.)  // Proteinový profil. - 1995. - V. 2 , č. 6 . - S. 621-702 . — PMID 7553065 .
30. ↑ Vinson C., Myakishev M., Acharya A., Mir AA, Moll JR, Bonovich M. Klasifikace lidských B-ZIP proteinů na základě dimerizačních vlastností  //  Molekulární a buněčná biologie : deník. - 2002. - září ( roč. 22 , č. 18 ). - S. 6321-6335 . - doi : 10.1128/MCB.22.18.6321-6335.2002 . — PMID 12192032 .
31. ↑ Wintjens R., Rooman M. Strukturální klasifikace domén HTH vázajících DNA a způsoby interakce protein-DNA  //  Journal of molekulární biologie : deník. - 1996. - září ( roč. 262 , č. 2 ). - str. 294-313 . - doi : 10.1006/jmbi.1996.0514 . — PMID 8831795 .
32. ↑ Gehring WJ, Affolter M., Bürglin T. Homeodoménové proteiny  (anglicky)  // Annual review of biochemistry : deník. - 1994. - Sv. 63 . - str. 487-526 . doi : 10.1146 / annurev.bi.63.070194.002415 . — PMID 7979246 .
33. ↑ Dahl E., Koseki H., Balling R. Pax geny a organogeneze  (neopr.)  // BioEssays: novinky a recenze v molekulární, buněčné a vývojové biologii. - 1997. - září ( roč. 19 , č. 9 ). - S. 755-765 . - doi : 10.1002/bies.950190905 . — PMID 9297966 .
34. ↑ Laity JH, Lee BM, Wright PE Proteiny zinkových prstů: nové pohledy na strukturální a funkční diverzitu  //  Aktuální názor ve strukturální biologii: časopis. - 2001. - únor ( roč. 11 , č. 1 ). - str. 39-46 . - doi : 10.1016/S0959-440X(00)00167-6 . — PMID 11179890 .
35. ↑ Wolfe SA, Nekludova L., Pabo CO Rozpoznávání DNA proteiny zinkového prstu Cys2His2  (anglicky)  // Annual review of biophysics and biomolecular structure  : journal. - 2000. - Sv. 29 . - S. 183-212 . - doi : 10.1146/annurev.biophys.29.1.183 . — PMID 10940247 .
36. ↑ Fichou Y., Nectoux J., Bahi-Buisson N., Rosas-Vargas H., Girard B., Chelly J., Bienvenu T. První missense mutace způsobující Rettův syndrom specificky ovlivňující izoformu MeCP2_e1. (anglicky)  // Neurogenetics: journal. - 2008. - Listopad. — PMID 19034540 .
37. ↑ Al-Quobaili F., Montenarh M. Pankreatický duodenální homeobox faktor-1 a diabetes mellitus 2. typu (přehled). (anglicky)  // Int J Mol Med. : deník. - 2008. - Sv. 21(4) . - str. 399-404 . — PMID 18360684 .
38. ↑ Lai CS, Fisher SE, Hurst JA, Vargha-Khadem F., Monaco AP. Gen forkhead domény je mutován při těžké poruše řeči a jazyka. (anglicky)  // Nature: journal. - 2001. - Sv. 413(6855) . - str. 519-523 . — PMID 11586359 .
39. ↑ 1 2 Banerjee-Basu S., Baxevanis AD Strukturální analýza mutací způsobujících onemocnění v P-podrodině forkhead transkripčních faktorů. (anglicky)  // Proteiny: journal. - 2004. - Sv. 54(4) . - str. 639-647 . — PMID 14997560 .
40. ↑ Ariffin H., Martel-Planche G., Daud SS, Ibrahim K., Hainaut P. Li-Fraumeni syndrom u malajského příbuzenstva. (neopr.)  // Cancer Genet Cytogenet .. - 2008. - T. 186 (1) . - S. 49-53 . — PMID 18786442 .
41. ↑ Stegmaier P., Kel AE, Wingender E. Systematická klasifikace transkripčních faktorů domén vázající DNA  //  Genomová informatika. Mezinárodní konference o genomové informatice: časopis. - 2004. - Sv. 15 , č. 2 . - str. 276-286 . — PMID 15706513 . Archivováno z originálu 19. června 2013.
42. ↑ Matys V., Kel-Margoulis OV, Fricke E., Liebich I., Land S., Barre-Dirrie A., Reuter I., Chekmenev D., Krull M., Hornischer K., Voss N., Stegmaier P ., Lewicki-Potapov B., Saxel H., Kel AE, Wingender E. TRANSFAC a jeho modul TRANSCompel: regulace transkripčních genů u eukaryot  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2006. - Sv. 34 , č. Problém s databází . - S. D108-10 . doi : 10.1093 / nar/gkj143 . — PMID 16381825 .
43. ↑ Databáze TRANSFAC® . _ _ Získáno 5. srpna 2007. Archivováno z originálu dne 21. března 2012. (neurčitý)
44. ↑ Qi Lei S. , Larson Matthew H. , Gilbert Luke A. , Doudna Jennifer A. , ​​​​Weissman Jonathan S. , Arkin Adam P. , Lim Wendell A. Změna využití CRISPR jako platformy řízené RNA pro sekvenčně specifické řízení genové exprese   // Buňka . - 2013. - únor ( roč. 152 , č. 5 ). - S. 1173-1183 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2013.02.022 . — PMID 23452860 .
45. ↑ Farzadfard Fahim , Perli Samuel D. , Lu Timothy K. Laditelné a multifunkční eukaryotické transkripční faktory založené na CRISPR/Cas  //  ACS syntetická biologie. - 2013. - 11. září ( vol. 2 , č. 10 ). - str. 604-613 . — ISSN 2161-5063 . - doi : 10.1021/sb400081r . — PMID 23977949 .
46. ↑ Gilbert Luke A. , Larson Matthew H. , Morsut Leonardo , Liu Zairan , Brar Gloria A. , Torres Sandra E. , Stern-Ginossar Noam , Brandman Onn , Whitehead Evan H. , Doudna Jennifer A. , Lim Wendell A. , Weissman Jonathan S. , Qi Lei S. CRISPR-mediated Modular RNA-Guided Regulation of Transscription in Eukaryotes  // Cell. - 2013. - Červenec ( roč. 154 , č. 2 ). - S. 442-451 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2013.06.044 . — PMID 23849981 .
47. ↑ Perez-Pinera Pablo , Kocak D Dewran , Vockley Christopher M , Adler Andrew F , Kabadi Ami M , Polstein Lauren R , Thakore Pratiksha I , Glass Katherine A , Ousterout David G , Leong Kam W , Guilak Farshid , Crawford Gregory E Timothy E , Gersbach Charles A. Aktivace genu řízená RNA pomocí transkripčních faktorů založených na CRISPR-Cas9  //  Nature Methods. - 2013. - 25. července ( roč. 10 , č. 10 ). - str. 973-976 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10,1038/nmeth.2600 . — PMID 23892895 .
48. ↑ Purcell Oliver , Peccoud Jean , Lu Timothy K. Návrh syntetických transkripčních faktorů u eukaryot založený na pravidlech  //  Syntetická biologie ACS. - 2014. - 3. ledna ( díl 3 , č. 10 ). - str. 737-744 . — ISSN 2161-5063 . - doi : 10.1021/sb400134k . — PMID 24933274 .

Slovníky a encyklopedie	Britannica (online) Brockhaus
V bibliografických katalozích	J9U : 987007537188805171 LCCN : sh92005483