RNA interference

RNA interference ( angl.  RNA interference, RNAi ) je proces potlačení genové exprese ve fázi transkripce , translace , deadenylace nebo degradace mRNA pomocí malých molekul RNA.

Procesy interference RNA byly nalezeny v buňkách mnoha eukaryot : u zvířat , rostlin a hub . Interferenční systém RNA hraje důležitou roli při ochraně buněk před viry , parazitickými geny  ( transpozony ) a při regulaci vývoje , diferenciace a exprese genů organismu .

Proces RNA interference začíná působením enzymu Dicer , který štěpí dlouhé dvouvláknové molekuly RNA (dsRNA) na krátké fragmenty v řádu 21–25 nukleotidů nazývané siRNA . Jedno ze dvou vláken každého fragmentu se nazývá „guide“, tato jednovláknová RNA je dále zahrnuta do komplexu RNA-protein RISC . V důsledku aktivity RISC se jednovláknový fragment RNA váže na komplementární sekvenci molekuly mRNA a způsobuje , že protein Argonaute štěpí mRNA nebo inhibuje translaci a/nebo deadenylaci mRNA. Tyto děje vedou k potlačení exprese (umlčení) odpovídajícího genu, jehož účinnost je omezena koncentracemi malých molekul RNA - siRNA a microRNA .

Selektivní účinek RNA interference na genovou expresi dělá z RNAi užitečný nástroj pro studie využívající buněčné kultury a živé organismy, protože syntetické dvouvláknové RNA zavedené do buněk způsobují potlačení specifických genů. RNAi se používá pro rozsáhlý výzkum v molekulární biologii , biochemii , biotechnologii a medicíně . Například interference RNA se používá k systematickému „vypínání“ genů v buňkách a stanovení funkcí genů při studiu buněčného dělení .

Historicky byla interference RNA známá jako post-transkripční genové umlčování . Teprve při zkoumání těchto údajně nesouvisejících procesů se ukázalo, že všechny popisovaly projevy RNAi. V roce 2006 obdrželi američtí vědci Andrew Fire a Craig Mello Nobelovu cenu za fyziologii a medicínu za práci na studii interference RNA u háďátka Caenorhabditis elegans [1] , publikovanou v roce 1998 [2] .

Historie

Před objevem interference RNA v rostlinách byla popsána inhibice transkripce antisense RNA [4] . V roce 1990 byly za účelem změny barvy květů petúnie ( Petunia hybrida ) do rostlin zavedeny další kopie genu pro chalkonsyntázu, enzym nezbytný pro syntézu růžových a fialových pigmentů. Zvýšená exprese syntázového genu však nevedla k tmavšímu zbarvení okvětí , naopak květy zesvětlily až částečně zbělaly. Získané výsledky ukázaly, že aktivita enzymu se nezvýšila, ale snížila. Geny chalkonsyntázy byly exprimovány na nižší úrovni než před zavedením transgenu . [5] [6] O něco později bylo „umlčení genů“ popsáno u houby Neurospora crassa , ale tento proces nebyl korelován s procesy popsanými pro rostliny [7] . Další studie ukázaly, že degradace mRNA u rostlin vede ke snížení aktivity genu prostřednictvím mechanismu post-transkripční inhibice [8] . Tento jev se nazýval „kosuprese genové exprese“, nicméně mechanismus tohoto procesu nebyl znám [9] .

Podobný neočekávaný účinek byl popsán při pokusu o zvýšení odolnosti rostlin vůči virům . Bylo známo, že rostliny exprimující virové proteiny mají zvýšenou odolnost vůči virové infekci, ale další studie ukázaly, že odolnost vůči infekci jinými viry je zajištěna pouze krátkými úseky nekódující virové RNA. Výzkumníci také věřili, že transgenní virové RNA mohou také inhibovat replikaci viru [10] . Reverzní experiment, ve kterém byly krátké sekvence rostlinných genů zavedeny do genomu viru , ukázal, že cílové geny byly v infikovaných rostlinách potlačeny. Tento jev byl nazýván " virem indukované umlčování genů, VIGS " a kombinace těchto jevů byla nazývána post-transkripční genové umlčování ( anglicky  post transcriptional gene silencing ) [11] .  

Po pozorováních na rostlinách se mnoho laboratoří po celém světě pokusilo odhalit podobný jev u jiných organismů [12] [13] . Craig Mello a Andrew Fire v publikaci Nature z roku 1998 popsali účinek umlčení genu po zavedení dvouvláknové RNA do těla škrkavky Caenorhabditis elegans [2] . Ve studiích regulace syntézy svalových proteinů Mello a Fire ukázali, že podávání mRNA nebo antisense RNA neovlivnilo syntézu proteinů , zatímco podávání dvouvláknových RNA úspěšně snížilo expresi cílových genů. Výsledkem těchto prací byl vznik termínu RNA interference . Studie Fire a Mello jsou pozoruhodné tím, že v průběhu jejich práce byl odhalen aktivní princip systému post-transkripčního umlčování genů. V roce 2006 obdrželi Fire a Mello Nobelovu cenu za fyziologii a medicínu za výzkum v oblasti interference RNA [1] .

Komponenty

Ribonukleovou složku RNA interferenčního systému mohou představovat endogenní a exogenní krátké dvouvláknové oligonukleotidy dvou typů — microRNA a malá interferující RNA ( siRNA ) . 

Malé interferující RNA

Malé interferující RNA jsou dvouvláknové RNA dlouhé 21-25 nukleotidů se dvěma nepárovými přečnívajícími nukleotidy na 3' koncích. Každý řetězec nukleotidů má fosfátovou skupinu na 5' konci a hydroxylovou skupinu na 3' konci. Tato struktura siRNA je tvořena aktivitou enzymu Dicer , jehož substrátem jsou dlouhé dvouvláknové RNA nebo krátké vlásenky obsahující RNA . [14] Duplexy malých interferujících RNA pak vstupují do katalytického komplexu RISC , kde za účasti proteinu Argonaute dojde k rozpletení duplexu a vytvoření komplementárního komplexu krátké antisense RNA se specifickou sekvencí v oblasti kódující mRNA. což vede k další degradaci posledně jmenovaného. Na rozdíl od miRNA se malé interferující RNA zpravidla přesně spárují s cílem a vedou k endonukleolytickému štěpení jedné specifické mRNA [15]

microRNA

MicroRNA ( angl.  MicroRNA, miRNA ) jsou nekódující RNA dlouhé 21-22 nukleotidů, podílející se na regulaci genové exprese . MikroRNA se vážou na specifické sekvence mRNA v 3'-nepřekládané oblasti a způsobují buď inhibici translace , nebo deleci poly(A) ocasu . Molekuly mikroRNA jsou exprimovány jako primární transkripty dlouhých genů kódujících prekurzory mikroRNA ( pri  -miRNA, primordiální miRNA ) a po zpracování v buněčném jádře jsou to struktury pre-miRNA - stonková smyčka dlouhé asi 70 nukleotidů . Komplex zpracování pri-miRNA na pre-miRNA obsahuje enzym RNázu III zvaný Drosha a dvouvláknový protein vázající RNA Pasha . Dvouřetězcová část pre-miRNA se váže a je štěpena proteinem Dicer (u Drosophila melanogaster jsou miRNA a malé interferující RNA zpracovávány různými izoformami enzymu Dicer [16] ); v tomto případě se vytvoří zralá molekula mikroRNA, která pak může vstoupit do RISC [17] [18] [19] . Existuje také cesta pro tvorbu miRNA nezávislá na Dicer. Zpracování prekurzoru mikroRNA v tomto případě provádí protein Argonaute 2 [20] [21] .

U zvířat se miRNA typicky neshodují s cílovou mRNA a mohou inhibovat translaci mnoha mRNA s podobnými sekvencemi. U rostlin může být páření v mnoha případech úplné.

RISC

Katalytickou částí RISC ( RNA - induced silencing complex ) jsou endonukleázové proteiny z rodiny Argonaute , které štěpí mRNA komplementární k asociované malé interferující RNA [1] . Protože fragmenty, které se tvoří po štěpení proteinem Dicer , jsou dvouvláknové, potenciálně každý z vláken může být malá interferující RNA ( angl. siRNA ). Avšak pouze jeden ze dvou řetězců, nazývaný vodící řetězec , se váže na protein Argonaute a potlačuje genovou expresi . Další vlákno, nazývané pasažérské vlákno, anti-guide strand , podléhá degradaci během aktivace RISC [22] . Ačkoli se dříve věřilo, že řetězce jsou odděleny helikázou závislou na ATP [23] , nyní se ukázalo, že tento proces je nezávislý na ATP a je prováděn přímo proteiny, které tvoří RISC [24] [25 ] . Volba vodícího vlákna je nezávislá na směru, ve kterém Dicer řeže dvouvláknovou RNA před vstupem do RISC [26] [27] . Protein R2D2 může být faktorem, který odlišuje stabilnější 5'-konec doprovodného řetězce během vazby [28] .     

Vazba molekul RNA na RNA-vazebnou doménu proteinu rodiny Argonaute byla studována pomocí rentgenové difrakční analýzy . V tomto případě fosforylovaný 5'-konec jednovláknové RNA vstupuje do konzervativní kapsy proteinu, kde je 5'-koncový fosfát zadržen koordinačními vazbami za účasti Mg 2+ iontu a adeninový zbytek vstupuje do stohovacích interakcí s konzervativním tyrosinovým zbytkem . Tato oblast proteinu zjevně stimuluje vazbu malých interferujících RNA na cílovou mRNA [29] .

Mechanismus, kterým RISC nachází komplementární mRNA uvnitř buňky, není dosud dobře objasněn. Ukázalo se, že pro úspěšnou degradaci mRNA komplexem siRISC není nutná translace [30] . Navíc se ukázalo, že RNA interference může být účinnější proti cílovým mRNA, které nejsou v současnosti překládány [31] . Proteiny z rodiny Argonaute jsou katalytickou složkou RISC a nacházejí se ve specifických oblastech cytoplazmy známých jako P -body [32 •• ] ; Ukázalo se, že aktivita malých interferujících RNA a degradace mRNA jsou maximální právě v P-tělesech [33] . P-tělesa jsou důležitou součástí systému interference RNA. Jejich zničení vede ke snížení účinnosti tohoto procesu. [34] .  

Mechanismus

RNA interference je proces umlčování genů závislý na RNA , který je řízen RISC. RISC je aktivován v buněčné cytoplazmě , kde krátké dvouvláknové molekuly RNA interagují s katalytickou složkou RISC, proteinem Argonaute [1] . V případě, že je dvouvláknová RNA exogenní (objeví se jako výsledek laboratorních manipulací nebo infekce virem obsahujícím RNA), je RNA přímo v cytoplazmě, kde je dicerovým proteinem štěpena na krátké fragmenty (siRNA). a výsledný funkční komplex obsahující siRNA se nazývá siRISC. V případě premiRNA exprimovaných z nekódujících RNA genů je RNAi spouštěna endogenní dvouvláknovou RNA. Primární transkripty takových genů jsou nejprve zpracovány v jádře za vzniku premiRNA obsahujících specifické struktury s kmenem se smyčkou. PremiRNA jsou poté exportovány do cytoplazmy a štěpeny proteinem Dicer za vzniku miRNA, které jsou začleněny do komplexu obsahujícího mikroRNA nazývaného miRISC . RISC je tedy místem, kde se kříží dvě interferenční dráhy RNA indukované exogenními a endogenními dvouvláknovými RNA [36] .

Řezání dvouřetězcové RNA

Exogenní dvouvláknová RNA spouští RNA interferenční systém aktivací enzymu ribonukleázy Dicer [ 14] , který váže a štěpí duplexy RNA, což vede k tvorbě dvouvláknových fragmentů siRNA o délce 21–25 bp, s několika nepárovými bázemi na každém konci. [38] [39] [40] [41] . Bioinformatická analýza genomů mnoha organismů naznačuje, že taková délka siRNA zvyšuje jejich specificitu pro cílový gen a snižuje pravděpodobnost nespecifické vazby [42] . Dále jsou siRNA rozděleny do samostatných řetězců a zapojeny do RISC (siRISC). Po integraci do RISC se siRNA komplementárně vážou na cílovou mRNA a způsobí štěpení mRNA , čímž zabrání její translaci [43] .

Exogenní dvouvláknová RNA je rozpoznána a vázána speciálními efektorovými proteiny (například RDE-4 u Caenorhabditis elegans a R2D2 u Drosophila ), které zvyšují aktivitu proteinu Dicer [44] . Tyto efektorové proteiny se váží pouze na dlouhé dvouvláknové RNA, ale mechanismus afinity k takovým substrátům není znám [44] . Takové proteiny vázající RNA usnadňují přenos štěpených siRNA do komplexu RISC [45] .

U Caenorhabditis elegans může být iniciační dráha RNA interference v buňce zesílena jako výsledek syntézy „sekundárních“ siRNA na templátu „primárních“ malých interferujících RNA [46] . „Sekundární“ siRNA se svou strukturou liší od těch, které vznikají jako výsledek aktivity Dicerova proteinu, a zjevně jsou syntetizovány RNA-dependentní RNA polymerázou ( RNA -  dependentní RNA Polymeráza, RdRP ) [47] [48] .

Umlčení transkripce

Mnoho eukaryot používá RNA interferenční systém k udržení struktury genomu . Chemická modifikace histonů a přechod odpovídajících úseků chromozomů do stavu heterochromatinu vede ke snížení transkripce odpovídajících genů [49] ; tento proces se týká RNA - indukovaného transkripčního umlčování (RITS ) a je prováděn komplexní sadou proteinů .  U štěpných kvasinek tento komplex obsahuje Argonaute , protein s chromodoménou Chp1, a protein zvaný Tas3 s neznámou funkcí [50] . V důsledku toho indukce a expanze oblastí heterochromatinu vyžaduje přítomnost proteinů Argonaute a RNA-dependentní RNA polymerázy [51] . Ve skutečnosti delece těchto genů ve štěpné kvasinke Schizosaccharomyces pombe zhoršuje metylaci histonů a tvorbu centromer [52] a způsobuje zpomalení nebo zastavení anafáze během buněčného dělení [53] . V některých případech jsou takové procesy spojeny s modifikací histonů a bylo prokázáno, že zvyšují transkripci odpovídajících genů [54] .

Mechanismus, kterým komplex RITS indukuje tvorbu heterochromatinu , není zcela objasněn. Významná část výzkumu je zaměřena na studium oblasti genomu kvasinek , která reguluje oblast typu páření  , tato oblast však nemusí být reprezentativní v případě genomů jiných organismů. Pro zachování existujících oblastí heterochromatinu tvoří RITS komplexy s malými interferujícími RNA komplementárními k odpovídajícím genům a silně se váže na metylované histony. RITS pak působí v době transkripce tak, že degraduje jakoukoli pre-mRNA syntetizovanou RNA polymerázou. Tvorba takových heterochromatinových oblastí vyžaduje enzym Dicer, který syntetizuje primární komplementární siRNA účastnící se degradace transkriptu [55] . Udržování oblastí chromozomů v heterochromatinovém stavu se zdá být příkladem pozitivní zpětné vazby , protože malé interferující RNA, které jsou součástí RITS, jsou tvořeny z náhodných transkriptů syntetizovaných RNA-dependentní RNA polymerázou [56] . Data získaná při studiu centromerických oblastí chromozomů kvasinek pravděpodobně nelze rozšířit na savce , protože u savců není udržování heterochromatinových oblastí vždy závislé na systému interference RNA [57] .

Odkaz na editaci RNA

Nejběžnější formou úpravy RNA u vyšších eukaryot je konverze adenosinu na inosin ve dvouvláknové RNA , kterou provádí enzym adenosindeamináza [58] . V roce 2000 bylo navrženo, že RNA interferenční dráha a A→I RNA editační dráha mohou soutěžit o společný dvouvláknový RNA substrát [59] . Některé malé interferující RNA prekurzory mohou být skutečně podrobeny úpravě A→I [60] [61] a tento mechanismus může regulovat zpracování a expresi zralých malých interferujících RNA molekul [ 61] [62] . Studie linií škrkavky Caenorhabditis elegans postrádající enzym pro úpravu RNA A→I ukázaly, že úprava RNA může zabránit umlčení endogenních genů a transgenů prostřednictvím RNA interference [63] .

Rozdíly mezi organismy

Organismy se liší ve schopnosti vnímat cizí dvouvláknovou RNA a využívat je v procesu RNA interference. Účinky RNAi u rostlin a Caenorhabditis elegans (ale ne u Drosophila a savců ) mohou být zděděné nebo mohou být systémové. V rostlinách může systém interference RNA šířit malé interferující RNA podél plasmodesmat (kanály v buněčných stěnách , které provádějí komunikaci a transport) [23] . Dědičnost je zajištěna metylací promotorů , změněný metylační vzorec se přenáší v důsledku dělení na dceřiné buňky [65] . Významné rozdíly v cílech malých interferujících RNA mezi rostlinami a zvířaty jsou způsobeny tím, že v rostlinách jsou mikroRNA vysoce komplementární k ribonukleovým cílům a způsobují degradaci mRNA v RISC, zatímco u zvířat se malé interferující RNA výrazně liší v nukleotidové sekvenci a způsobují represi překlad [64] . MikroRNA mohou ovlivňovat iniciaci translace interakcí s iniciačními faktory translace a s mRNA poly(A) traktem [66] .

Někteří prvoci, jako je Leishmania major a Trypanosoma cruzi , nemají žádné součásti RNA interference [67] [68] . Většina složek RNA interferenčního systému chybí také u některých hub, např. v modelovém organismu Saccharomyces cerevisiae [69] . Byla prokázána přítomnost složek RNA interferenčního systému v jiných štěpných kvasinkách, jako jsou Saccharomyces castellii a Candida albicans . Indukce dvou proteinů RNA interferenčního systému ze Saccharomyces castellii usnadňuje tento proces u Saccharomyces cerevisiae [70] . Skutečnost, že některé askomycety a basidiomycety nemají RNA interferenční dráhu, naznačuje, že geny kódující proteiny potřebné pro tento proces byly nezávisle ztraceny v mnoha liniích hub, pravděpodobně kvůli vývoji nové dráhy s podobnými funkcemi nebo kvůli ztráta adaptační výhody v těchto ekologických nikách [71] .

Analogy RNAi u prokaryot

Genová exprese u prokaryot je regulována systémem na bázi RNA podobným v některých ohledech systému interference RNA. U prokaryot byly popsány geny, které kódují speciální RNA, které řídí šíření a translaci mRNA párováním s komplementárními sekvencemi. Tyto regulační RNA však nejsou úplnými analogy malých interferujících RNA , protože enzym Dicer není zapojen do tohoto procesu [72] . Bylo prokázáno, že u prokaryot je systém krátkých palindromických repetic pravidelně uspořádaných do skupin ( CRISPR ) podobný systému RNA interference u eukaryot, ačkoli u žádné ze složek prokaryotického systému nejsou známy homologní eukaryotické proteiny [73] .

Biologické funkce

Imunita

Interferenční systém RNA je důležitou součástí imunitní odpovědi na viry a další cizí genetický materiál. U rostlin brání RNA interferenční systém šíření transposonů [74] . Rostliny mají několik homologů proteinu Dicer , které jsou namířeny proti různým typům virů [75] . Bylo prokázáno, že indukované umlčování genů v rostlinách se může přenášet z podnože na roubovanou rostlinu [76] . Tato vlastnost adaptivního imunitního systému rostlin umožňuje po prvotním lokálním průniku viru reagovat na opakované průniky viru do celého organismu [77] . V reakci na to se mnoho virů vyvinulo, aby získalo mechanismy, které potlačují systém interference RNA v rostlinných buňkách [78] . Byly popsány virové proteiny, které vážou krátké dvouvláknové fragmenty RNA s jednovláknovými výběžky vyplývajícími z aktivity Dicerova proteinu [79] . Některé rostliny exprimují endogenní malé interferující RNA v reakci na infekci určitými bakteriemi [80] . Tyto účinky mohou být součástí obecné reakce na patogeny , při níž je mnoho metabolických procesů v hostiteli v reakci na infekci sníženo [81] .

Ačkoli zvířecí buňky mají tendenci exprimovat méně variant enzymu Dicer než rostliny, RNA interferenční systém u zvířat se v některých případech podílí na antivirové odpovědi. RNA interference u juvenilních a dospělých Drosophila hraje důležitou roli ve vrozené antivirové imunitě a účastní se obrany proti patogenům, jako je virus Drosophila X[82] [83] . Interferenční systém RNA u Caenorhabditis elegans hraje podobnou roli v imunitěproteinů Argonaute se během virové infekce zvyšuje, zatímco červi, u kterých se zvyšuje exprese genů RNA interference, se stávají odolnými vůči virové infekci [84] [85] .

Úloha interferenčního systému RNA ve vrozené imunitě savců není zcela objasněna. Skutečnost, že některé viry obsahují geny, které snižují odpověď RNAi systému v savčích buňkách, však ukazuje na přítomnost imunitní odpovědi způsobené RNAi systémem [86] [87] . Hypotéza imunity zprostředkované RNA interferenčním systémem u savců je však nedostatečně podložená [88] . Ačkoli nedávno Maillard a spol. [89] a Lee a kol. [90] předložili nové důkazy o existenci funkční antivirové RNA interferenční dráhy v savčích buňkách. Malé interferující RNA exprimované herpetickým virem mohou způsobit tvorbu heterochromatinu a vést k přechodu viru do latentního stavu [91] .

Bylo ukázáno, že delece jedné kopie genu Dicer1 u myší vedla k objevení se více nádorů než v kontrolní skupině, stejně jako ke snížení hladin miRNA a přežití. Úplná delece genu Dicer1 blokovala tvorbu nádoru, pravděpodobně také proto, že pro buněčný růst je vyžadována určitá úroveň exprese produktu genu Dicer1. [92]

Práce v roce 2013 ukázaly, že savčí buňky mají RNA interferenční systém, který vykazuje antivirovou aktivitu. [93] [94] Další funkcí savčího RNAi systému jsou mikroRNA viru herpes simplex, které působí jako organizátory heterochromatinu a vedou k latenci viru. [95]

Genová exprese

Když je translace potlačena [64] , v některých fázích vývoje živých organismů, zejména ve fázi morfogeneze a udržování buněk v nediferencovaném stavu (například v případě kmenových buněk ), endogenně exprimované miRNA , které jsou produkty intronových a intergenových oblastí mají velký význam [96] . Role takových endogenně exprimovaných mikroRNA při supresi genové exprese byla poprvé popsána u háďátka Caenorhabditis elegans v roce 1993 [97] . U rostlin byla taková funkce miRNA poprvé popsána v modelové rostlině Arabidopsis thaliana , u které byl prokázán vliv „JAW miRNA“ na regulaci několika genů, které kontrolují vzhled [98] . U rostlin jsou geny regulované mikroRNA obvykle transkripčními faktory [99] , takže mikroRNA regulují celé genové sítě změnou exprese klíčových genů (včetně transkripčních faktorů a proteinů F-boxu ) během embryonálního vývoje [100] . V mnoha organismech, včetně lidí, se mikroRNA účastní tvorby nádorů a dysregulace buněčného cyklu . V tomto případě mohou být miRNA jak onkogeny , tak supresory nádorů [101] .

Sekvence malých interferujících RNA a miRNA jsou komplementární k nukleotidovým sekvencím promotorových oblastí. Vazba siRNA a miRNA na tyto oblasti může vést ke zvýšení genové transkripce a aktivaci RNA . Ke zvýšení exprese těchto genů dochází za účasti proteinů Dicer a Argonaute a dochází také k demetylaci histonů [102] [103] .

Evoluce

Metody výpočetní fylogenetické analýzy naznačují, že nejnovější společný předek všech eukaryot měl interferenci RNA, zatímco nepřítomnost systému interference RNA u některých eukaryot je získanou vlastností [104] . Zdá se, že evolučně stará interferenční dráha RNA obsahovala enzymy podobné Dicer , Argonaute , PIWI , stejně jako RNA-dependentní RNA polymerázu. Pravděpodobně, spolu s RNA interference, tyto enzymy také hrály další role v buňce. Rozsáhlé studie v oblasti komparativní genomiky naznačují, že malá skupina, která se stala předkem všech eukaryot, měla také složky úzce související se systémy degradace DNA, například podobné exosomálním komplexům [105] . Rodina proteinů Argonaute, společná mnoha eukaryotům, stejně jako archaea a některým bakteriím (např . Aquifex aeolicus ), je homologně a evolučně odvozena ze složek systému iniciace translace [ 105] .

Nejstarší funkce RNA interferenčního systému se zpravidla nazývá ochrana před exogenními genetickými prvky - genomy virů a transposonů [104] [106] . Některé související funkce, jako je modifikace histonů , mohly být přítomny u předků moderních eukaryot, zatímco jiné, jako je regulace vývoje pomocí miRNA, se objevily později [104] .

Geny systému interference RNA u mnoha eukaryot jsou součástí vrozeného imunitního systému, který odolává virům. Některé rostlinné viry získaly mechanismy k potlačení reakce RNA interferenčního systému hostitelské buňky [78] . Rychlost změny v genech RNA interference u Drosophila je řízena pozitivní selekcí . Geny systému interference RNA se vyvíjejí velmi vysokou rychlostí ve srovnání s jinými geny genomu Drosophila [107] .

Aplikace

Vypnutí genů

Interferenční systém RNA se často používá v experimentální biologii ke studiu funkce genů v buněčných kulturách a v modelových organismech in vivo [1] . Syntetická dvouvláknová RNA komplementární k danému genu je zavedena do buňky nebo organismu, kde cizí molekula RNA spouští interferenční systém RNA. Tato metoda umožňuje výzkumníkům výrazně snížit úroveň exprese odpovídajícího genu. Studium důsledků snížení exprese genu zájmu umožňuje objasnit fyziologickou úlohu produktu tohoto cílového genu. Vzhledem k tomu, že RNA interferenční systém nemůže zcela vypnout genovou expresi, nazývá se tato metoda „ gen knockdown “ – na rozdíl od úplného odstranění genu „ gen knockout “ [108] .

Významné pokroky ve výpočetní biologii umožňují vývoj dvouvláknových RNA, které poskytují maximální snížení exprese cílových genů a mají minimální vedlejší účinky. Nežádoucí účinky se mohou objevit, pokud má injikovaná molekula RNA sekvenci, která je komplementární k několika genům současně, což vede k nedostatečnému snížení exprese několika genů. Podobné potíže často nastávají, když dvouvláknová RNA obsahuje opakující se sekvence. Studie genomů Homo sapiens , Caenorhabditis elegans a Schizosaccharomyces pombe ukázaly, že asi 10 % malých interferujících molekul RNA povede k významným vedlejším účinkům [ 42 ] , včetně těch specifických pro savce [111] a viry [112] . Navrhované sekvence siRNA jsou automaticky kontrolovány na zkříženou aktivitu.

V závislosti na organismu a experimentálním systému mohou být exogenní RNA navrženy tak, aby byly dlouhé a byly cílem proteinu Dicer, nebo krátké a byly substráty malých interferujících RNA. Pro většinu savčích buněk jsou preferovány kratší RNA, protože dlouhé dvouvláknové RNA u savců vyvolávají interferonovou odpověď, formu vrozené imunity , nespecifickou odpověď na cizí genetický materiál [113] . Pro myší oocyty , stejně jako pro buňky myších embryí v raných stádiích vývoje, není interferonová odpověď na exogenní dvouvláknovou RNA charakteristická, proto jsou tyto buňky vhodným systémem pro studium genového knockdownu u savců [114] . Pro použití RNA interferenčního systému v laboratoři byly vyvinuty speciální metody, které nevyžadují přímé zavedení malých interferujících RNA do buňky, například plasmidové transfekční systémy kódující transkribované sekvence siRNA [115] , lentivirové vektory , které umožňují indukci nebo inaktivaci transkripce, nazývaná také angličtina . podmíněná RNAi [116] [117] .  

Alternativní strategii umělé genové regulace k interferenci RNA poskytuje metoda CRISPRi , která funguje na úrovni transkripce on/off [118]

Funkční genomika

Funkční genomické metody využívající systém RNAi se obvykle používají na Caenorhabditis elegans [120] a Drosophila melanogaster [121] , protože tato zvířata jsou nejběžněji používanými modely a systém RNAi v těchto organismech funguje nejefektivněji. Caenorhabditis elegans je vhodným cílem pro studie interference RNA ze dvou důvodů – za prvé, účinky umlčování genů u háďátek jsou dědičné, a za druhé, protože dodání dvouvláknové DNA háďátku je extrémně jednoduché. Hlístice mohou být krmeny bakteriálními buňkami, jako je Escherichia coli , obsahujícími požadovanou dvouvláknovou RNA, které jsou pak absorbovány střevy. Tento způsob dodávání RNA s potravou je efektivní z hlediska účinnosti umlčení genů a zároveň je mnohem levnější, jednodušší a rychlejší než ponoření červů do roztoku obsahujícího dvouvláknovou RNA nebo zavedení dvouvláknové RNA do gonády [122 ] . U většiny ostatních organismů se zdá, že dodání dvouvláknové RNA je mnohem pracnější, ale zkoušejí se rozsáhlé studie genomu v savčích buněčných kulturách [123] .

Přístupy k vytváření RNA interferenčních knihoven pro celé genomy jsou mnohem komplikovanější než v případě specifické sady malých interferujících RNA pro daný experiment. Umělé neuronové sítě se často používají k vytvoření knihoven siRNA, stejně jako k předpovědi jejich účinnosti pro snížení genu [124] [125] . Hromadné screeningy genomu jsou slibné techniky pro anotaci genomu, což vedlo k vývoji vysoce výkonných screeningových metod založených na technologii DNA microarray [126] [127] . Možnost využití těchto metod ke studiu jiných organismů, jako jsou parazitické škrkavky, zůstává sporná [128] [129] .

Funkční genomický výzkum využívající techniky interference RNA je atraktivní pro mapování genomu a anotaci genů v rostlinách, protože mnoho rostlin je polyploidních , což ztěžuje studium pomocí tradičních metod genetického inženýrství . Například interference RNA byla úspěšně použita ve funkční genomice ke studiu Triticum aestivum (hexaploidní) [130] , stejně jako v případě jiných modelových rostlin, Arabidopsis thaliana a kukuřice [131] .

Medicína

V terapii je možné využít metody RNA interference , zejména v terapii RNA . Ačkoli je zavedení dlouhých dvouvláknových RNA do savčích buněk obtížné kvůli interferonové odpovědi, byly úspěšně použity molekuly jako malé interferující RNA [132] . Byly provedeny klinické studie terapie degradace sítnice a léčby respiračního syncyciálního viru pomocí RNA interference [133] a byla také prokázána účinnost systému RNAi pro léčbu poškození jater u laboratorních myší [134] .

Další možnou klinickou aplikací RNA interference je léčba viru herpes simplex typu 2 (například na Harvard University Medical School ) a inhibice exprese virových genů v nádorových buňkách [135] , knockdown hostitelských HIV receptorů a koreceptorů [136 ] , umlčení genů hepatitidy A [137] a hepatitidy B [138] , umlčení genu viru chřipky [139] , inhibice replikace viru spalniček [140] . Je také možné léčit neurodegenerativní onemocnění, jako je Huntingtonova choroba [141] . RNA interference je také často považována za slibný způsob léčby nádorů vyřazením genů, které jsou nadměrně exprimovány v nádorových buňkách nebo genech zapojených do buněčného dělení [142] [143] . Důležitou oblastí výzkumu v oblasti RNA interference pro klinické aplikace je vývoj metod pro bezpečné doručení malých RNA, například výběr vektorových systémů pro genovou terapii [144] [145] .

Navzdory skutečnosti, že existují nové studie na buněčných kulturách potvrzující potenciální možnost farmakoterapie založené na složkách RNA interferenčního systému, zůstávají otázky týkající se bezpečnosti takové léčby, včetně důsledků vedlejších účinků represe genů s podobnými nukleotidy. sekvence [146] . Metody výpočetní genomiky ukazují, že takových vedlejších účinků nesprávného spojení je až 10 % [42] . Jedna z velkých studií onemocnění jater u myší ukázala vyšší úmrtnost u pokusných zvířat, což vědci vysvětlili jako „přetížení“ dvouvláknovými RNA ( miRNA , shRNA ) [147] , protože malé RNA obsahující vlásenku jsou zpracovány v jádře a exportovány do cytoplazmy aktivním transportním . Všechny výše uvedené skutečnosti jsou stále zkoumány, což omezuje potenciální aplikace metod RNA interference pro terapii.

Kromě toho je významnou překážkou ve vývoji terapií interference RNA to, že dodávání malých interferujících RNA (siRNA) je stále extrémně neefektivní a k dosažení i minimálně významného knockdownu cílového genu jsou nutné extrémně vysoké dávky léku. Nedávno vyvinuté technologie nám však umožňují doufat, že tato metoda terapie brzy vstoupí do klinické praxe. Například bylo zjištěno, že současná injekce siRNA asociované s cholesterolem (chol-siRNA) a endosomolytického polymeru ARC-520 umožnila dosáhnout více než 500násobného zvýšení účinnosti a dosáhnout 90% snížení exprese cílových genů. u myší in vivo. [148] .

Vyvíjejí se metody pro použití RNA interference k léčbě přetrvávající infekce HIV 1. typu. Viry jako HIV-1 představují pro systém RNAi obtížný cíl, protože vyžadují kombinaci více drah RNAi. Možné způsoby antivirové terapie pomocí systému RNAi se zdají slibné, ale je také nesmírně důležité připravit mnoho kontrolních experimentů v preklinických studiích , aby bylo možné jednoznačně ukázat sekvenčně specifické působení systému RNAi [149] .

Biotechnologie

RNA interference se používá v biotechnologii , zejména k vytvoření rostlin, které syntetizují přirozené toxické látky v nižších množstvích. Byly vyvinuty metody k vytvoření rostlin, které stabilně exprimují složky interferenčního systému RNA, například semena bavlníku jsou normálně bohatá na proteiny vhodné pro lidskou spotřebu, ale obsahují toxický terpenoid gossypol .  Metody využívající fenomén RNA interference umožňují vytvářet bavlněné linie se sníženou hladinou klíčového enzymu pro syntézu gossypolu, (+)-δ-kadinensyntázy. Současně ostatní části rostliny exprimují tento enzym na obvyklé úrovni, protože gossypol je důležitou sloučeninou, která chrání rostliny před škůdci [150] . Podobné pokusy se provádějí ke snížení hladin kyanidu v přírodním produktu linamarine , odvozeném z manioku ( Manihot esculenta ) [151] .

Byly vyvinuty metody pro snížení hladin alergenu v rostlinách rajčat [152] a metody pro snížení prekurzorů karcinogenů v rostlinách tabáku [153] . Dalšími příklady geneticky upravených změn u rostlin je tvorba máku se sníženým obsahem omamných látek [154] , zvýšení odolnosti rostlin vůči virům [155] a přidání antioxidantů do plodů rajčat [156] . Dřívější komerční geneticky upravené rostliny, rajče a papája , byly vyvinuty pomocí antisense RNA, zřejmě fungující na základě interference RNA [157] [158] . Pomocí RNA interference vědci z Uzbekistánu potlačili funkci genu fytochromu A u bavlny. V důsledku toho byly získány linie bavlny, u kterých se současně zlepšilo několik důležitých vlastností: délka a kvalita vlákna, výtěžnost, doba zrání, odolnost vůči nedostatku vody a stresu ze soli. Na základě získaných linií bavlny vznikly nové vysoce kvalitní odrůdy bavlny řady Porlock, které se v současnosti vysévají na polích Uzbekistánu. Vlákno těchto odrůd se prodává za cenu vyšší než cena běžné bavlny, protože z hlediska kvalitativních vlastností jsou lepší než vlákna běžné bavlny [159] .

Poznámky

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Daneholt, Bertil Pokročilé informace: RNA interference . Nobelova cena za fyziologii a medicínu za rok 2006 . Získáno 25. ledna 2007. Archivováno z originálu 25. srpna 2011.
  2. ↑ 1 2 Fire A., Xu S., Montgomery M., Kostas S., Driver S., Mello C. Silná a specifická genetická interference dvouvláknovou RNA u Caenorhabditis elegans  (anglicky)  // Nature : journal. - 1998. - Sv. 391 , č.p. 6669 . - S. 806-811 . - doi : 10.1038/35888 . — PMID 9486653 .
  3. ↑ Matzke MA, Matzke AJM. Planting the Seeds of a New Paradigm  (anglicky)  // PLoS Biol  : journal. - 2004. - Sv. 2 , ne. 5 . —P.e133 . _ - doi : 10.1371/journal.pbio.0020133 . — PMID 15138502 .
  4. ↑ Ecker JR, Davis RW Inhibice genové exprese v rostlinných buňkách expresí antisense RNA  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1986. - Sv. 83 , č. 15 . - S. 5372-5376 . - doi : 10.1073/pnas.83.15.5372 . — PMID 16593734 .
  5. ↑ Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Zavedení chimérického genu chalkonsyntázy do petúnie vede k reverzibilní ko-supresi homologních genů v trans  // Plant Cell  : journal  . - 1990. - Sv. 2 , ne. 4 . - str. 279-289 . - doi : 10.1105/tpc.2.4.279 . — PMID 12354959 .
  6. ↑ {{{title}}} .
  7. ↑ Romano N., Macino G.  Quelling : přechodná inaktivace genové exprese u Neurospora crassa transformací s homologními sekvencemi  // Mikrobiologie : deník. — Mikrobiologická společnost, 1992. - Sv. 6 , č. 22 . - str. 3343-3353 . - doi : 10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x . — PMID 1484489 .
  8. ↑ Van Blokland R., Van der Geest N., Mol JNM, Kooter JM syntázová exprese u Petunia hybrida je výsledkem zvýšení obratu RNA]  //  Plant J : deník. - 1994. - Sv. 6 . - S. 861-877 . - doi : 10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/ .  (nedostupný odkaz)
  9. ↑ Mol JNM, van der Krol AR Antisense nukleové kyseliny a proteiny: základy a aplikace  (neopr.) . — M. Dekker, 1991. - S.  4 , 136. - ISBN 0824785169 .
  10. ↑ Covey S., Al-Kaff N., Lángara A., Turner D. Rostliny bojují s infekcí umlčením genů   // Příroda . - 1997. - Sv. 385 . - str. 781-782 . - doi : 10.1038/385781a0 .
  11. ↑ Ratcliff F., Harrison B., Baulcombe D. A Similarity Between Viral Defense and Gene Silencing in Plants  //  Science : journal. - 1997. - Sv. 276 . - S. 1558-1560 . - doi : 10.1126/science.276.5318.1558 .
  12. ↑ Guo S., Kemphues K. par-1, gen potřebný pro stanovení polarity v embryích C. elegans, kóduje domnělou Ser/Thr kinázu, která je asymetricky distribuována  (anglicky)  // Cell  : journal. - Cell Press , 1995. - Sv. 81 , č. 4 . - S. 611-620 . - doi : 10.1016/0092-8674(95)90082-9 . — PMID 7758115 .
  13. ↑ Pal-Bhadra M., Bhadra U., Birchler J. Cosupression in Drosophila: gen silencing of Alcohol dehydrogenase by white-Adh transgenes is Polycomb dependent  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1997. - Vol. 90 , č. 3 . - S. 479-490 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80508-5 . — PMID 9267028 .
  14. ↑ 1 2 Bernstein E., Caudy A., Hammond S., Hannon G. Role bidentátní ribonukleázy v iniciačním kroku RNA interference  //  Nature : journal. - 2001. - Sv. 409 , č.p. 6818 . - str. 363-366 . - doi : 10.1038/35053110 . — PMID 11201747 .
  15. ↑ Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W. Represe syntézy proteinů miRNA: kolik mechanismů? (eng.)  // Trends Cell Biol : deník. — PMID 17197185 .
  16. ↑ Lee Y., Nakahara K., Pham J., Kim K., He Z., Sontheimer E., Carthew R. Výrazné role pro Drosophila Dicer-1 a Dicer-2 v drahách umlčování siRNA / miRNA   // Buňka  : časopis. - Cell Press , 2004. - Vol. 117 , č. 1 . - str. 69-81 . - doi : 10.1016/S0092-8674(04)00261-2 . — PMID 15066283 .
  17. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Shiekhattar R. Biogeneze  mikroRNA : izolace a charakterizace mikroprocesorového komplexu  // Methods Mol Biol : deník. - 2006. - Sv. 342 . - str. 33-47 . — PMID 16957365 .
  18. ↑ Wang QL, Li ZH  Funkce mikroRNA v rostlinách  // Frontiers in Bioscience : deník. — Hranice v biologických vědách, 2007. - Sv. 12 . - str. 3975-3982 . — PMID 17485351 .
  19. ↑ Zhao Y., Srivastava D. Vývojový pohled na funkci mikroRNA  // Trends Biochem  . sci. : deník. - 2007. - Sv. 32 , č. 4 . - str. 189-197 . - doi : 10.1016/j.tibs.2007.02.006 . — PMID 17350266 .
  20. ↑ Cifuentes D, Xue H, Taylor DW, Patnode H, Mishima Y, Cheloufi S, Ma E, Mane S, Hannon GJ, Lawson N, Wolfe S, Giraldez AJ. (2010) "Nová cesta zpracování miRNA nezávislá na Diceru vyžaduje katalytickou aktivitu Argonaute2." Science (zveřejněno online 6. května 2010) doi:10.1126/science.1190809
  21. ↑ Cheloufi S, Dos Santos CO, Chong MM, Hannon GJ. Cesta biogeneze miRNA nezávislá na kostech, která vyžaduje katalýzu Ago   // Nature . - 2010. - Iss. doi:10.1038/nature09092 . — P. Publikováno online 27. dubna 2010 .
  22. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Cooch N., Shiekhattar R. Human RISC couples microRNA biogenesis and posttransscriptional gene silencing  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , č. 4 . - S. 631-640 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.10.022 . — PMID 16271387 .
  23. ↑ 1 2 Lodish H., Berk A., Matsudaira P., Kaiser CA, Krieger M., Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. Molecular Cell Biology  (nespecifikováno) . — 5. — W. H. Freeman: New York, NY, 2004. — ISBN 978-0716743668 .
  24. ↑ Matranga C., Tomari Y., Shin C., Bartel D., Zamore P. Štěpení pasažérského řetězce usnadňuje sestavení siRNA do komplexů enzymů RNAi obsahujících Ago2  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , č. 4 . - S. 607-620 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.08.044 . — PMID 16271386 .
  25. ↑ Leuschner P., Ameres S., Kueng S., Martinez J. Štěpení cestujícího vlákna siRNA během sestavení RISC v lidských buňkách  //  EMBO Rep : deník. - 2006. - Sv. 7 , č. 3 . - str. 314-320 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400637 . — PMID 16439995 .
  26. ↑ Schwarz DS, Hutvágner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore PD Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , č. 2 . - S. 199-208 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 . — PMID 14567917 .
  27. ↑ Preall J., He Z., Gorra J., Sontheimer E. Výběr krátkého interferujícího řetězce RNA je nezávislý na polaritě zpracování dsRNA během RNAi u Drosophila  // Curr Biol  : journal  . - 2006. - Sv. 16 , č. 5 . - str. 530-535 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.061 . — PMID 16527750 .
  28. ↑ Tomari Y., Matranga C., Haley B., Martinez N., Zamore P. A protein sensor for siRNA  asymetry  // Science . - 2004. - Sv. 306 , č.p. 5700 . - S. 1377-1380 . - doi : 10.1126/science.1102755 . — PMID 15550672 .
  29. ↑ Ma J., Yuan Y., Meister G., Pei Y., Tuschl T., Patel D. Strukturální základ pro 5'-end-specifické rozpoznání vodicí RNA proteinem  A. fulgidus Piwi // - 2005. - Sv. 434 , č.p. 7033 . - S. 666-670 . - doi : 10.1038/nature03514 . — PMID 15800629 .
  30. ↑ Sen G., Wehrman T., Blau H. Translace mRNA není předpokladem pro malé interferující RNA zprostředkované štěpení mRNA  //  Diferenciace : časopis. - 2005. - Sv. 73 , č. 6 . - str. 287-293 . - doi : 10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x . — PMID 16138829 .
  31. ↑ Gu S., Rossi J. Uncoupling of RNAi from active translation in savčích buněk  //  RNA : journal. - 2005. - Sv. 11 , č. 1 . - str. 38-44 . - doi : 10.1261/rna.7158605 . — PMID 15574516 .
  32. ↑ Sen G., Blau H. Argonaute 2/RISC sídlí v místech rozpadu savčí mRNA známých jako cytoplazmatická těla  // Nature Cell Biology  : časopis  . - 2005. - Sv. 7 , č. 6 . - S. 633-636 . - doi : 10.1038/ncb1265 . — PMID 15908945 .
  33. ↑ Lian S., Jakymiw A., Eystathioy T., Hamel J., Fritzler M., Chan E. GW těla, mikroRNA a buněčný cyklus  //  Buněčný cyklus : deník. - 2006. - Sv. 5 , č. 3 . - str. 242-245 . — PMID 16418578 .
  34. ↑ Jakymiw A., Lian S., Eystathioy T., Li S., Satoh M., Hamel J., Fritzler M., Chan E. Disruption  of  :Nature Cell Biology//P body Impairs savčí RNA interference - 2005. - Sv. 7 , č. 12 . - S. 1267-1274 . - doi : 10.1038/ncb1334 . — PMID 16284622 .
  35. ↑ Hammond S., Bernstein E., Beach D., Hannon G. Nukleáza řízená RNA zprostředkovává post-transkripční umlčení genu v buňkách Drosophila  // Nature  :  journal. - 2000. - Sv. 404 , č.p. 6775 . - str. 293-296 . - doi : 10.1038/35005107 . — PMID 10749213 .
  36. ↑ Bagasra O., Prilliman KR RNA interference: molekulární imunitní systém  (neopr.)  // J. Mol. Histol.. - 2004. - T. 35 , č. 6 . - S. 545-553 . - doi : 10.1007/s10735-004-2192-8 . — PMID 15614608 .
  37. ↑ Macrae I., Zhou K., Li F., Repic A., Brooks A., Cande W., Adams P., Doudna J. Strukturální základ pro zpracování dvouvláknové RNA pomocí dicer   // Science : journal. - 2006. - Sv. 311 , č.p. 5758 . - str. 195-198 . - doi : 10.1126/science.1121638 . — PMID 16410517 .
  38. ↑ Siomi, Haruhiko; Siomi, Mikiko C. Na cestě ke čtení RNA-interferenčního kódu  (anglicky)  // Nature  : journal. - 2009. - 22. ledna ( roč. 457 , č. 7228 ). - str. 396-404 . - doi : 10.1038/nature07754 . — PMID 19158785 .
  39. ↑ Zamore P., Tuschl T., Sharp P., Bartel D. RNAi: dvouvláknová RNA řídí štěpení mRNA závislé na ATP v intervalech 21 až 23 nukleotidů  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , č. 1 . - str. 25-33 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80620-0 . — PMID 10778853 .
  40. ↑ Vermeulen A., Behlen L., Reynolds A., Wolfson A., Marshall W., Karpilow J., Khvorova A. Příspěvky struktury dsRNA k dicerové specificitě a účinnosti  //  RNA : časopis. - 2005. - Sv. 11 , č. 5 . - str. 674-682 . - doi : 10.1261/rna.7272305 . — PMID 15811921 .
  41. ↑ Castanotto, Daniela; Rossi, John J. Sliby a úskalí terapeutik založených na interferenci RNA  // Nature  :  journal. - 2009. - 22. ledna ( roč. 457 , č. 7228 ). - str. 426-433 . - doi : 10.1038/nature07758 . — PMID 19158789 .
  42. ↑ 1 2 3 Qiu S., Adema C., Lane T. Výpočtová studie účinků RNA interference mimo cíl  //  Nucleic Acids Res : deník. - 2005. - Sv. 33 , č. 6 . - S. 1834-1847 . doi : 10.1093 / nar/gki324 . — PMID 15800213 .
  43. ↑ Ahlquist P. RNA-dependentní RNA polymerázy, viry a umlčování RNA   // Věda . - 2002. - Sv. 296 , č.p. 5571 . - S. 1270-1273 . - doi : 10.1126/science.1069132 . — PMID 12016304 .
  44. ↑ 1 2 Parker G., Eckert D., Bass B. RDE-4 přednostně váže dlouhou dsRNA a její dimerizace je nezbytná pro štěpení dsRNA na siRNA  //  RNA : journal. - 2006. - Sv. 12 , č. 5 . - S. 807-818 . - doi : 10.1261/rna.2338706 . — PMID 16603715 .
  45. ↑ Liu Q., Rand T., Kalidas S., Du F., Kim H., Smith D., Wang X. R2D2, most mezi iniciačními a efektorovými kroky dráhy RNAi Drosophila  //  Science : journal. - 2003. - Sv. 301 , č.p. 5641 . - S. 1921-1925 . - doi : 10.1126/science.1088710 . — PMID 14512631 .
  46. ↑ Baulcombe D. Molekulární biologie. Amplified silencing  (anglicky)  // Science. - 2007. - Sv. 315 , č.p. 5809 . - S. 199-200 . - doi : 10.1126/science.1138030 . — PMID 17218517 .
  47. ↑ Pak J., Fire A. Odlišné populace primárních a sekundárních efektorů během RNAi u C. elegans  //  Science : journal. - 2007. - Sv. 315 , č.p. 5809 . - str. 241-244 . - doi : 10.1126/science.1132839 . — PMID 17124291 .
  48. ↑ Sijen T., Steiner F., Thijssen K., Plasterk R. Sekundární siRNA jsou výsledkem syntézy neprimované RNA a tvoří odlišnou třídu  //  Science : journal. - 2007. - Sv. 315 , č.p. 5809 . - str. 244-247 . - doi : 10.1126/science.1136699 . — PMID 17158288 .
  49. ↑ Holmquist G., Ashley T. Organizace chromozomů a modifikace chromatinu: vliv na funkci a evoluci genomu  //  Cytogenetic and Genome Research : deník. — Nakladatelství Karger, 2006. - Sv. 114 , č. 2 . - S. 96-125 . - doi : 10.1159/000093326 . — PMID 16825762 .
  50. ↑ Verdel A., Jia S., Gerber S., Sugiyama T., Gygi S., Grewal S., Moazed D. RNAi-mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex  //  Science : journal. - 2004. - Sv. 303 , č.p. 5658 . - str. 672-676 . - doi : 10.1126/science.1093686 . — PMID 14704433 .
  51. ↑ Irvine D., Zaratiegui M., Tolia N., Goto D., Chitwood D., Vaughn M., Joshua-Tor L., Martienssen R. Argonaute slicing is required for heterochromatic silencing and spreading  //  Science : journal. - 2006. - Sv. 313 , č.p. 5790 . - S. 1134-1137 . - doi : 10.1126/science.1128813 . — PMID 16931764 .
  52. ↑ Volpe T., Kidner C., Hall I., Teng G., Grewal S., Martienssen R. Regulace heterochromatického umlčení a metylace histonu H3 lysinu-9 by RNAi  //  Science : journal. - 2002. - Sv. 297 , č.p. 5588 . - S. 1833-1837 . - doi : 10.1126/science.1074973 . — PMID 12193640 .
  53. ↑ Volpe T., Schramke V., Hamilton G., White S., Teng G., Martienssen R., Allshire R. Pro normální funkci centromery u štěpných kvasinek je vyžadována interference RNA  //  Chromosome Res : journal. - 2003. - Sv. 11 , č. 2 . - S. 137-146 . - doi : 10.1023/A:1022815931524 . — PMID 12733640 .
  54. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H, Pookot D, Place RF, Urakami S, Enokida H, Dahiya R. (2006). Malé dsRNA indukují aktivaci transkripce v lidských buňkách. Proč Natl Acad Sci USA 103(46):17337–42. PMID 17085592
  55. ↑ Noma K., Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Zofall M., Jia S., Moazed D., Grewal S. RITS působí in cis a podporuje transkripční a posttranskripční  umlčování zprostředkované interferencí RNA.)  // Nature Genetics  : journal. - 2004. - Sv. 36 , č. 11 . - S. 1174-1180 . - doi : 10.1038/ng1452 . — PMID 15475954 .
  56. ↑ Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Moazed D., Grewal S. RNA-dependentní RNA polymeráza je základní složkou samo-vynucovací smyčky spojující heterochromatinovou sestavu k produkci siRNA   // Proceedings of the National Academy of Sciences Spojených států amerických  : časopis. - 2005. - Sv. 102 , č. 1 . - S. 152-157 . - doi : 10.1073/pnas.0407641102 . — PMID 15615848 .
  57. ↑ Wang F., Koyama N., Nishida H., Haraguchi T., Reith W., Tsukamoto T.  Sestavení a udržování heterochromatinu iniciovaného transgenními repeticemi jsou nezávislé na RNA interferenční dráze v savčích buňkách  // Mol Cell Biol : deník. - 2006. - Sv. 26 , č. 11 . - S. 4028-4040 . - doi : 10.1128/MCB.02189-05 . — PMID 16705157 .
  58. ↑ Bass B. Editace RNA pomocí adenosindeamináz, které působí na RNA  //  Annu Rev Biochem : deník. - 2002. - Sv. 71 . - S. 817-846 . - doi : 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 . — PMID 12045112 .
  59. ↑ Bass B. Dvouřetězcová RNA jako templát pro umlčování genů  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , č. 3 . - str. 235-238 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)71133-1 . — PMID 10847677 .
  60. ↑ Luciano D., Mirsky H., Vendetti N., Maas S. Editace RNA prekurzoru miRNA  (neopr.)  // RNA. - 2004. - T. 10 , č. 8 . - S. 1174-1177 . - doi : 10.1261/rna.7350304 . — PMID 15272117 .
  61. ↑ 1 2 Yang W., Chendrimada T., Wang Q., Higuchi M., Seeburg P., Shiekhattar R., Nishikura K. Modulace zpracování a exprese mikroRNA prostřednictvím úpravy RNA pomocí deamináz ADAR   // Nature Structural & Molecular Biology  : časopis. - 2006. - Sv. 13 , č. 1 . - str. 13-21 . doi : 10.1038 / nsmb1041 . — PMID 16369484 .
  62. ↑ Yang W., Wang Q., Howell K., Lee J., Cho D., Murray J., Nishikura K. ADAR1 RNA deamináza omezuje krátkou interferující RNA účinnost v savčích buňkách  // J Biol Chem  :  journal . - 2005. - Sv. 280 , č.p. 5 . - str. 3946-3953 . - doi : 10.1074/jbc.M407876200 . — PMID 15556947 .
  63. ↑ Nishikura K. Editor se setkává s tlumičem: přeslechy mezi editací RNA a interferencí RNA  // Nature Reviews Molecular Cell Biology  : journal  . - 2006. - Sv. 7 , č. 12 . - S. 919-931 . - doi : 10.1038/nrm2061 . — PMID 17139332 .
  64. ↑ 1 2 3 Saumet A., Lecellier CH Antivirové umlčování RNA: vypadáme jako rostliny? (anglicky)  // BioMed Central. - 2006. - Sv. 3 , ne. 3 . — str. 3 . - doi : 10.1186/1742-4690-3-3 . — PMID 16409629 .
  65. ↑ Jones L., Ratcliff F., Baulcombe DC RNA-řízené umlčování transkripčních genů v rostlinách lze dědit nezávisle na spouštěči RNA a pro údržbu vyžaduje Met1  // Current Biology  : journal  . - Cell Press , 2001. - Vol. 11 , č. 10 . - str. 747-757 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00226-3 .
  66. ↑ Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T. MikroRNA řídí iniciaci translace inhibicí eukaryotického iniciačního faktoru 4E/cap a funkce poly(A) ocasu  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2005. - Sv. 102 . - S. 16961-16966 . - doi : 10.1073/pnas.0506482102 . — PMID 16287976 .
  67. ↑ DaRocha W., Otsu K., Teixeira S., Donelson J. Testy cytoplazmatické RNA interference (RNAi) a konstrukce tetracyklinem indukovatelného promotorového systému T7 v Trypanosoma cruzi  //  Mol Biochem Parasitol : journal. - 2004. - Sv. 133 , č. 2 . - S. 175-186 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2003.10.005 . — PMID 14698430 .
  68. ↑ Robinson K., Beverley S. Zlepšení účinnosti transfekce a testy přístupů RNA interference (RNAi) u prvoka parazita Leishmania  //  Mol Biochem Parasitol : journal. - 2003. - Sv. 128 , č.p. 2 . - str. 217-228 . - doi : 10.1016/S0166-6851(03)00079-3 . — PMID 12742588 .
  69. ↑ L. Aravind, Hidemi Watanabe, David J. Lipman a Eugene V. Koonin. Linie specifická ztráta a divergence funkčně spojených genů u eukaryot  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences  : journal. - 2000. - Sv. 97 , č. 21 . - S. 11319-11324 . - doi : 10.1073/pnas.200346997 . — PMID 11016957 .
  70. ↑ Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Nower JP, Wolfe KH, Fink GR, Bartel DP RNAi in Budding Yeast   // Science . - 2009. - doi : 10.1126/science.1176945 . — PMID 19745116 .
  71. ↑  Nakayashiki H., Kadotani N., Mayama S. Evoluce a diverzifikace RNA silencing proteinů v houbách  // J Mol Evol : deník. - 2006. - Sv. 63 , č. 1 . - str. 127-135 . - doi : 10.1007/s00239-005-0257-2 . — PMID 16786437 .
  72. ↑ Morita T., Mochizuki Y., Aiba H. Translační represe je dostatečná pro umlčení genů bakteriálními malými nekódujícími RNA v nepřítomnosti destrukce mRNA  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of  America  : - 2006. - Sv. 103 , č. 13 . - S. 4858-4863 . - doi : 10.1073/pnas.0509638103 . — PMID 16549791 .
  73. ↑ Makarova K., Grishin N., Shabalina S., Wolf Y., Koonin E. Předpokládaný imunitní systém založený na RNA u prokaryot: výpočetní analýza předpokládaného enzymatického aparátu, funkční analogie s eukaryotickou RNAi a hypotetické mechanismy akce  //  Biol Direct : deník. - 2006. - Sv. 1 . — str. 7 . - doi : 10.1186/1745-6150-1-7 . — PMID 16545108 .
  74. ↑ Stram Y., Kuzntzova L. Inhibice virů interferencí RNA  (nedefinováno)  // Virus Genes. - 2006. - T. 32 , č. 3 . - S. 299-306 . - doi : 10.1007/s11262-005-6914-0 . — PMID 16732482 .
  75. ↑ Blevins T., Rajeswaran R., Shivaprasad P., Beknazariants D., Si-Ammour A., ​​​​Park H., Vazquez F., Robertson D., Meins F., Hohn T., Pooggin M. Four plant Dicers zprostředkovávají biogenezi virové malé RNA a umlčování vyvolané virem DNA  //  Nucleic Acids Res : deník. - 2006. - Sv. 34 , č. 21 . - S. 6233-6246 . - doi : 10.1093/nar/gkl886 . — PMID 17090584 .
  76. ↑ Palauqui J., Elmayan T., Pollien J., Vaucheret H. Systemické získané umlčování: transgenově specifické post-transkripční umlčování se přenáší roubováním z umlčených  kmenů na neumlčované potomky  // EMBO J : deník. - 1997. - Sv. 16 , č. 15 . - str. 4738-4745 . - doi : 10.1093/emboj/16.15.4738 . — PMID 9303318 .
  77. ↑ Voinnet O. Umlčování RNA jako imunitní systém rostlin proti virům  (fr.)  // Trends Genet :časopis. - 2001. - Sv. 17 , č . 8 . - str. 449-459 . - doi : 10.1016/S0168-9525(01)02367-8 . — PMID 11485817 .
  78. ↑ 1 2 Lucy A., Guo H., Li W., Ding S. Suprese post-transkripčního umlčování genů rostlinným virovým proteinem lokalizovaným v jádře  //  EMBO J : deník. - 2000. - Sv. 19 , č. 7 . - S. 1672-1680 . - doi : 10.1093/emboj/19.7.1672 . — PMID 10747034 .
  79. ↑ Mérai Z., Kerényi Z., Kertész S., Magna M., Lakatos L., Silhavy D. Dvouřetězcová vazba RNA může být obecnou virovou strategií rostlinné RNA k potlačení umlčování RNA  // J  Virol : deník. - 2006. - Sv. 80 , č. 12 . - S. 5747-5756 . - doi : 10.1128/JVI.01963-05 . — PMID 16731914 .
  80. ↑ Katiyar-Agarwal S., Morgan R., Dahlbeck D., Borsani O., Villegas  A. , Zhu J., Staskawicz B., Jin H. Patogenem indukovatelná endogenní siRNA v imunitě rostlin  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Sv. 103 , č. 47 . - S. 18002-18007 . - doi : 10.1073/pnas.0608258103 . — PMID 17071740 .
  81. ↑ Fritz J., Girardin S., Philpott D. Přirozená imunitní obrana prostřednictvím RNA interference  // Sci  STKE : deník. - 2006. - Sv. 2006 , č. 339 . — P. pe27 . - doi : 10.1126/stke.3392006pe27 . — PMID 16772641 .
  82. ↑ Zambon R., Vakharia V., Wu L. RNAi je antivirová imunitní odpověď proti viru dsRNA u Drosophila melanogaster  (neopr.)  // Cell Microbiol. - 2006. - T. 8 , č. 5 . - S. 880-889 . - doi : 10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x . — PMID 16611236 .
  83. ↑ Wang X., Aliyari R., Li W., Li H., Kim K., Carthew R., Atkinson P., Ding S. RNA interference řídí vrozenou imunitu proti virům u dospělých Drosophila  //  Science : journal. - 2006. - Sv. 312 , č.p. 5772 . - str. 452-454 . - doi : 10.1126/science.1125694 . — PMID 16556799 .
  84. ↑ Lu R., Maduro M., Li F., Li H., Broitman-Maduro G., Li W., Ding S. Replikace viru zvířat a antivirové umlčování zprostředkované RNAi u Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2005. - Sv. 436 , č.p. 7053 . - S. 1040-1043 . - doi : 10.1038/nature03870 . — PMID 16107851 .
  85. ↑ Wilkins C., Dishongh R., Moore S., Whitt M., Chow M., Machaca K. RNA interference je antivirový obranný mechanismus u Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2005. - Sv. 436 , č.p. 7053 . - S. 1044-1047 . - doi : 10.1038/nature03957 . — PMID 16107852 .
  86. ↑ Berkhout B., Haasnoot J. Souhra mezi virovou infekcí a mechanismem buněčné interference RNA  //  FEBS Lett : deník. - 2006. - Sv. 580 , č.p. 12 . - S. 2896-2902 . - doi : 10.1016/j.febslet.2006.02.070 . — PMID 16563388 .
  87. ↑ Schütz S., Sarnow P. Interakce virů se savčí RNA interference pathway  (anglicky)  // Virology : journal. - 2006. - Sv. 344 , č.p. 1 . - S. 151-157 . - doi : 10.1016/j.virol.2005.09.034 . — PMID 16364746 .
  88. ↑ Cullen B. Je interference RNA zapojena do vnitřní antivirové imunity u savců? (anglicky)  // Nature Immunology  : journal. - 2006. - Sv. 7 , č. 6 . - str. 563-567 . - doi : 10.1038/ni1352 . — PMID 16715068 .
  89. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding a Olivier Voinnet (2013) Antivirová RNA interference v savčích buňkách. Science,342(6155), 235-238 DOI: 10.1126/science.1241930
  90. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan a Shou-Wei Ding (2013) Interference RNA funguje jako antivirový imunitní mechanismus u savců. Science, 342(6155), 231-234 DOI: 10.1126/science.1241911
  91. ↑ Li H., Ding S. Antivirové umlčování u zvířat  //  FEBS Lett : deník. - 2005. - Sv. 579 , č.p. 26 . - S. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  92. ↑ Madhu S. Kumar, Ryan E. Pester, Cindy Y. Chen, Keara Lane, Christine Chin, Jun Lu, David G. Kirsch, Todd R. Golub, Tyler Jacks. Dicer1 funguje jako haplonedostatečný nádorový supresor  // Genes & Dev. - 2009. - T. 23 . - S. 2700-2704 .
  93. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding a Olivier Voinnet (2013) Antivirová RNA interference v savčích buňkách. Science, 342(6155), 235-238 doi : 10.1126/science.1241930
  94. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan a Shou-Wei Ding (2013) Interference RNA funguje jako antivirový imunitní mechanismus u savců" Science 342(6155), 231-234 doi : 10.1126/science
  95. ↑ Li H., Ding S. Antivirové umlčování u zvířat  //  FEBS Lett : deník. - 2005. - Sv. 579 , č.p. 26 . - S. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  96. ↑ Carrington J., Ambros V. Role mikroRNA ve vývoji rostlin a zvířat   // Věda . - 2003. - Sv. 301 , č.p. 5631 . - str. 336-338 . - doi : 10.1126/science.1085242 . — PMID 12869753 .
  97. ↑ Lee R., Feinbaum R., Ambros V. Heterochronní gen lin-4 C. elegans kóduje malé RNA s antisense komplementaritou k lin-14  // Buňka  :  časopis. - Cell Press , 1993. - Sv. 75 , č. 5 . - S. 843-854 . - doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . — PMID 8252621 .
  98. ↑ Palatnik J., Allen E., Wu X., Schommer C., Schwab R., Carrington J., Weigel D. Control of leaf morphogenesis by microRNAs   // Nature . - 2003. - Sv. 425 , č.p. 6955 . - str. 257-263 . - doi : 10.1038/nature01958 . — PMID 12931144 .
  99. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. Rostlinná mikroRNA: malá regulační molekula s velkým dopadem  //  Dev Biol : deník. - 2006. - Sv. 289 , č.p. 1 . - str. 3-16 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 . — PMID 16325172 .
  100. ↑ Jones-Rhoades M., Bartel D., Bartel B. MicroRNAS a jejich regulační role v rostlinách  // Annu Rev Plant Biol  : journal  . - 2006. - Sv. 57 . - str. 19-53 . - doi : 10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 . — PMID 16669754 .
  101. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. microRNAs jako onkogeny a nádorové supresory  //  Dev Biol : deník. - 2007. - Sv. 302 , č.p. 1 . - str. 1-12 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.028 . — PMID 16989803 .
  102. ↑ Zkontrolujte interferenci E. RNA: stisknutím vypínače   // Nature . - 2007. - Sv. 448 , č.p. 7156 . - S. 855-858 . - doi : 10.1038/448855a . — PMID 17713502 .
  103. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H., et al. Malé dsRNA indukují aktivaci transkripce v lidských buňkách  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Sv. 103 , č. 46 . - S. 17337-17342 . - doi : 10.1073/pnas.0607015103 . — PMID 17085592 .
  104. ↑ 1 2 3 Cerutti H., Casas-Mollano J. O původu a funkcích umlčování zprostředkovaného RNA: od protistů k člověku  //  Curr Genet : journal. - 2006. - Sv. 50 , č. 2 . - str. 81-99 . - doi : 10.1007/s00294-006-0078-x . — PMID 16691418 .
  105. ↑ 1 2 Anantharaman V., Koonin E., Aravind L. Komparativní genomika a evoluce proteinů zapojených do metabolismu RNA  //  Nucleic Acids Res : deník. - 2002. - Sv. 30 , č. 7 . - S. 1427-1464 . doi : 10.1093 / nar/30.7.1427 . — PMID 11917006 .
  106. ↑ Buchon N., Vaury C. RNAi: a defenzivní RNA-umlčování proti virům a transponovatelným prvkům  (fr.)  // Dědičnost : časopis. - 2006. - Sv. 96 , č . 2 . - S. 195-202 . - doi : 10.1038/sj.hdy.6800789 . — PMID 16369574 .
  107. ↑ Obbard D., Jiggins F., Halligan D., Little T. Přirozený výběr řídí extrémně rychlou evoluci antivirových RNAi genů  // Curr Biol  : journal  . - 2006. - Sv. 16 , č. 6 . - str. 580-585 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.065 . — PMID 16546082 .
  108. ↑ Voorhoeve PM, Agami R. Knockdown vstává  // Trends Biotechnol  . : deník. - 2003. - Sv. 21 , č. 1 . - str. 2-4 . - doi : 10.1016/S0167-7799(02)00002-1 . — PMID 12480342 .
  109. ↑ Naito Y., Yamada T., Matsumiya T., Ui-Tei K., Saigo K., Morishita S.  dsCheck : vysoce citlivý off-target vyhledávací software pro interferenci RNA zprostředkovanou dvouvláknovou RNA  // Nucleic Acids Res : deník. - 2005. - Sv. 33 , č. Problém s webovým serverem . —P.W589-91 . _ doi : 10.1093 / nar/gki419 . — PMID 15980542 .
  110. ↑ Henschel A., Buchholz F., Habermann B. DEQOR: webový nástroj pro návrh a kontrolu kvality siRNA   // Nucleic Acids Res : deník. - 2004. - Sv. 32 , č. Problém s webovým serverem . —P.W113—20 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh408 . — PMID 15215362 .
  111. ↑ Naito Y., Yamada T., Ui-Tei K., Morishita S., Saigo K. siDirect: vysoce účinný, cílově specifický software pro návrh siRNA pro interferenci savčí RNA  //  Nucleic Acids Res : deník. - 2004. - Sv. 32 , č. Problém s webovým serverem . —P.W124—9 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh442 . — PMID 15215364 .
  112. ↑ Naito Y., Ui-Tei K., Nishikawa T., Takebe Y., Saigo K. siVirus: webový antivirový software pro návrh siRNA pro vysoce divergentní virové sekvence  //  Nucleic Acids Res : deník. - 2006. - Sv. 34 , č. Problém s webovým serverem . —P.W448-50 . _ doi : 10.1093 / nar/gkl214 . — PMID 16845046 .
  113. ↑ Reynolds A., Anderson E., Vermeulen A., Fedorov Y., Robinson K., Leake D., Karpilow J., Marshall W., Khvorova A. Indukce interferonové odpovědi siRNA je buněčný typ a délka duplexu -dependent  (anglicky)  // RNA : journal. - 2006. - Sv. 12 , č. 6 . - str. 988-993 . - doi : 10.1261/rna.2340906 . — PMID 16611941 .
  114. ↑ Stein P., Zeng F., Pan H., Schultz R. Absence nespecifických účinků RNA interference spouštěné dlouhou dvouvláknovou RNA v myších oocytech  //  Dev Biol : deník. - 2005. - Sv. 286 , č.p. 2 . - str. 464-471 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.08.015 . — PMID 16154556 .
  115. ↑ Brummelkamp T., Bernards R., Agami R. Systém pro stabilní expresi krátkých interferujících RNA v savčích buňkách  //  Science : journal. - 2002. - Sv. 296 , č.p. 5567 . - S. 550-553 . - doi : 10.1126/science.1068999 . — PMID 11910072 .
  116. ↑ Tiscornia G., Tergaonkar V., Galimi F., Verma I. CRE rekombinázou indukovaná interference RNA zprostředkovaná  lentivirovými vektory  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2004. - Sv. 101 , č. 19 . - str. 7347-7351 . - doi : 10.1073/pnas.0402107101 . — PMID 15123829 .
  117. ↑ Ventura A., Meissner A., ​​​​Dillon C., McManus M., Sharp P., Van Parijs L., Jaenisch R , Jacks T. Cre-loxem regulovaná podmíněná interference RNA z transgenů  //  Proceedings of the National Akademie věd Spojených států amerických  : časopis. - 2004. - Sv. 101 , č. 28 . - S. 10380-10385 . - doi : 10.1073/pnas.0403954101 . — PMID 15240889 .
  118. ↑ Gilbert, LA, Larson, MH, Morsut, L., et al. & Qi, LS (2013) CRISPR-Mediated Modular RNA-Guided Regulation of Transscription in Eukaryotes . Cell, 154(2), 442-451 doi: 10.1016/j.cell.2013.06.044
  119. ↑ Brock T., Browse J., Watts J. Genetická regulace složení nenasycených mastných kyselin u C. elegans  //  PLoS Genet : deník. - 2006. - Sv. 2 , ne. 7 . — P.e108 . - doi : 10.1371/journal.pgen.0020108 . — PMID 16839188 . Archivováno z originálu 22. února 2008.
  120. ↑ Kamath R., Ahringer J. Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans  (neopr.)  // Methods. - 2003. - T. 30 , č. 4 . - S. 313-321 . - doi : 10.1016/S1046-2023(03)00050-1 . — PMID 12828945 .
  121. ↑ Boutros M., Kiger A., ​​​​Armknecht S., Kerr K., Hild M., Koch B., Haas S., Paro R., Perrimon N. Genome-wide RNAi analýza růstu a životaschopnosti v buňkách Drosophila  .)  // Věda: časopis. - 2004. - Sv. 303 , č.p. 5659 . - S. 832-835 . - doi : 10.1126/science.1091266 . — PMID 14764878 .
  122. ↑ Fortunato A., Fraser A. Odhalte genetické interakce u Caenorhabditis elegans interferencí RNA  //  Biosci Rep : journal. - 2005. - Sv. 25 , č. 5-6 . - str. 299-307 . - doi : 10.1007/s10540-005-2892-7 . — PMID 16307378 .
  123. ↑ Cullen L., Arndt G. Genomový screening genové funkce pomocí RNAi v savčích buňkách  //  Immunol Cell Biol : deník. - 2005. - Sv. 83 , č. 3 . - str. 217-223 . - doi : 10.1111/j.1440-1711.2005.01332.x . — PMID 15877598 .
  124. ↑ Huesken D., Lange J., Mickanin C., Weiler J., Asselbergs F., Warner J., Meloon B., Engel S., Rosenberg A., Cohen D., Labow M., Reinhardt M., Natt F., Hall J. Návrh knihovny siRNA pro celý genom pomocí umělé neuronové sítě  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Sv. 23 , č. 8 . - S. 995-1001 . - doi : 10.1038/nbt1118 . — PMID 16025102 .
  125. ↑ Ge G., Wong G., Luo B. Predikce účinnosti knockdownu siRNA pomocí modelů umělých neuronových sítí  // Biochem  Biophys Res Commun : deník. - 2005. - Sv. 336 , č.p. 2 . - str. 723-728 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2005.08.147 . — PMID 16153609 .
  126. ↑ Janitz M., Vanhecke D., Lehrach H. Vysoce výkonná interference RNA ve funkční genomice  //  Handb Exp Pharmacol : časopis. - 2006. - Sv. 173 . - S. 97-104 . - doi : 10.1007/3-540-27262-3_5 . — PMID 16594612 .
  127. ↑ Vanhecke D., Janitz M. Funkční genomika využívající vysokokapacitní interferenci RNA  // Drug Discov  Today : deník. - 2005. - Sv. 10 , č. 3 . - S. 205-212 . - doi : 10.1016/S1359-6446(04)03352-5 . — PMID 15708535 .
  128. ↑ Geldhof P., Murray L., Couthier A., ​​​​Gilleard J., McLauchlan G., Knox D., Britton C. Testování účinnosti RNA interference u Haemonchus contortus  // International  Journal for Parasitology : deník. - Elsevier , 2006. - Sv. 36 , č. 7 . - S. 801-810 . - doi : 10.1016/j.ijpara.2005.12.004 . — PMID 16469321 .
  129. ↑ Geldhof P., Visser A., ​​​​Clark D., Saunders G., Britton C., Gilleard J., Berriman M., Knox D. RNA interference u parazitických helmintů: současná situace , potenciální úskalí a budoucí vyhlídky   // Parazitologie: časopis. - 2007. - Sv. 134 . - str. 1-11 . - doi : 10.1017/S0031182006002071 . — PMID 17201997 .
  130. ↑ Travella S., Klimm T., Keller B. Genové umlčování založené na interferenci RNA jako účinný nástroj pro funkční genomiku v hexaploidní chlebové pšenici  // Plant Physiology  : časopis  . - Americká společnost rostlinných biologů , 2006. - Sv. 142 , č. 1 . - str. 6-20 . - doi : 10.1104/pp.106.084517 . — PMID 16861570 .
  131. ↑ McGinnis K., Chandler V., Cone K., Kaeppler H., Kaeppler S., Kerschen A., Pikaard C., Richards E., Sidorenko L., Smith T., Springer N., Wulan T. Transgene- indukovaná interference RNA jako nástroj pro funkční genomiku rostlin  // Methods Enzymol  :  journal. - 2005. - Sv. 392 . - str. 1-24 . - doi : 10.1016/S0076-6879(04)92001-0 . — PMID 15644172 .
  132. ↑ Paddison P., Caudy A., Hannon G. Stabilní suprese genové exprese pomocí RNAi v savčích buňkách  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Sv. 99 , č. 3 . - S. 1443-1448 . - doi : 10.1073/pnas.032652399 . — PMID 11818553 .
  133. ↑ Sah D. Terapeutický potenciál RNA interference pro neurologické poruchy  // Life  Sci : deník. - 2006. - Sv. 79 , č. 19 . - S. 1773-1780 . - doi : 10.1016/j.lfs.2006.06.011 . — PMID 16815477 .
  134. ↑ Zender L., Hutker S., Liedtke C., Tillmann H., Zender S., Mundt B., Waltemathe M., Gosling T., Flemming P., Malek N., Trautwein C., Manns M., Kuhnel F., Kubicka S. Malá interferující RNA kaspázy 8 zabraňuje akutnímu selhání jater u myší  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2003. - Sv. 100 , č. 13 . - str. 7797-7802 . - doi : 10.1073/pnas.1330920100 . — PMID 12810955 .
  135. ↑ Jiang M., Milner J. Selektivní umlčení exprese virového genu v HPV-pozitivních buňkách lidského cervikálního karcinomu ošetřených siRNA, primerem RNA  interference //  Onkogen : deník. - 2002. - Sv. 21 , č. 39 . - S. 6041-6048 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205878 . — PMID 12203116 .
  136. ↑ Crowe S. Potlačení exprese chemokinového receptoru interferencí RNA umožňuje inhibici replikace HIV-1, Martínez et al  //  AIDS : časopis. - 2003. - Sv. 17 Pružný 4 . - P.S103-5 . — PMID 15080188 .
  137. ↑ Kusov Y., Kanda T., Palmenberg A., Sgro J., Gauss-Müller V. Umlčení infekce virem hepatitidy A malými interferujícími RNA  // J  Virol : deník. - 2006. - Sv. 80 , č. 11 . - S. 5599-5610 . - doi : 10.1128/JVI.01773-05 . — PMID 16699041 .
  138. ↑ Jia F., Zhang Y., Liu C. Systém založený na retroviru pro stabilní umlčení genů viru hepatitidy B interferencí RNA  // Biotechnol  Lett : deník. - 2006. - Sv. 28 , č. 20 . - S. 1679-1685 . - doi : 10.1007/s10529-006-9138-z . — PMID 16900331 .
  139. ↑ Li Y., Kong L., Cheng B., Li K. Konstrukce expresních vektorů siRNA viru chřipky a jejich inhibiční účinky na množení viru chřipky  //  Avian Dis : deník. - 2005. - Sv. 49 , č. 4 . - str. 562-573 . - doi : 10.1637/7365-041205R2.1 . — PMID 16405000 .
  140. ↑ Hu L., Wang Z., Hu C., Liu X., Yao L., Li W., Qi Y. Inhibice množení viru spalniček v buněčné kultuře interferencí RNA  //  Acta Virol : journal. - 2005. - Sv. 49 , č. 4 . - str. 227-234 . — PMID 16402679 .
  141. ↑ Raoul C., Barker S., Aebischer P. Virové modelování a korekce neurodegenerativních onemocnění interferencí RNA  //  Gene Ther: časopis. - 2006. - Sv. 13 , č. 6 . - str. 487-495 . - doi : 10.1038/sj.gt.3302690 . — PMID 16319945 .
  142. ↑ Putral L., Gu W., McMillan N. Interference RNA pro léčbu rakoviny  (neopr.)  // Drug News Perspect. - 2006. - T. 19 , č. 6 . - S. 317-324 . - doi : 10.1358/dnp.2006.19.6.985937 . — PMID 16971967 .
  143. ↑ Izquierdo M. Krátké interferující RNA jako nástroj genové terapie  rakoviny //  Cancer Gene Ther: časopis. - 2005. - Sv. 12 , č. 3 . - str. 217-227 . - doi : 10.1038/sj.cgt.7700791 . — PMID 15550938 .
  144. ↑ Li C., Parker A., ​​​​Menocal E., Xiang S., Borodyansky L., Fruehauf J.  Doručování RNA interference  // Buněčný cyklus : deník. - 2006. - Sv. 5 , č. 18 . - S. 2103-2109 . — PMID 16940756 .
  145. ↑ Takeshita F., Ochiya T. Terapeutický potenciál interference RNA proti rakovině  //  Cancer Sci : deník. - 2006. - Sv. 97 , č. 8 . - str. 689-696 . - doi : 10.1111/j.1349-7006.2006.00234.x . — PMID 16863503 .
  146. ↑ Tong A., Zhang Y., Nemunaitis J. Malá interferující RNA pro experimentální terapii rakoviny  (anglicky)  // Current Opinion in Molecular Therapeutics  : journal. - 2005. - Sv. 7 , č. 2 . - str. 114-124 . — PMID 15844618 .
  147. ↑ Grimm D., Streetz K., Jopling C., Storm T., Pandey K., Davis C., Marion P., Salazar F., Kay M. Úmrtnost u myší v důsledku přesycení buněčných drah mikroRNA/krátká vlásenková RNA  (anglicky)  // Nature  : journal. - 2006. - Sv. 441 , č.p. 7092 . - str. 537-541 . - doi : 10.1038/nature04791 . — PMID 16724069 .
  148. ↑ So C. Wong, Jason J. Klein, Holly L. Hamilton et al. a David L. Lewis (2012) Společná injekce cíleného, ​​reverzibilně maskovaného endosomolytického polymeru dramaticky zlepšuje účinnost malých interferujících RNA konjugovaných s cholesterolem in vivo. Nucleic Acid Therapeutics., 22(6): 380-390. doi:10.1089/nat.2012.0389
  149. ↑ Berkhout, B; ter Brake, O. RNAi Gene Therapy to Control HIV-1 Infection // RNA interference and Viruses : Current Innovations and Future Trends  . – Caister Academic Press, 2010. - ISBN 978-1-904455-56-1 .
  150. ↑ Sunilkumar G., Campbell L., Puckhaber L., Stipanovic R., Rathore K. Technické bavlníkové semeno pro použití v lidské výživě tkáňově specifickou redukcí toxického gosypolu   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : deník. - 2006. - Sv. 103 , č. 48 . - S. 18054-18059 . - doi : 10.1073/pnas.0605389103 . — PMID 17110445 .
  151. ↑ Siritunga D., Sayre R. Generation of cyanogen-free transgenic cassava  (neopr.)  // Planta. - 2003. - T. 217 , č. 3 . - S. 367-373 . - doi : 10.1007/s00425-003-1005-8 . — PMID 14520563 .
  152. ↑ Le L., Lorenz Y., Scheurer S., Fötisch K., Enrique E., Bartra J., Biemelt S., Vieths S., Sonnewald U. Design plodů rajčat se sníženou alergenicitou inhibicí ns zprostředkovanou dsRNAi -LTP (Lyc e 3) exprese  (anglicky)  // Plant Biotechnol J : deník. - 2006. - Sv. 4 , ne. 2 . - str. 231-242 . - doi : 10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x . — PMID 17177799 .
  153. ↑ Gavilano L., Coleman N., Burnley L., Bowman M., Kalengamaliro N., Hayes A., Bush L., Siminszky B. Genetické inženýrství Nicotiana tabacum pro snížený obsah nornikotinu  // J Agric  Food : deník. - 2006. - Sv. 54 , č. 24 . - S. 9071-9078 . - doi : 10.1021/jf0610458 . — PMID 17117792 .
  154. ↑ Allen R., Millgate A., Chitty J., Thisleton J., Miller J., Fist A., Gerlach W., Larkin P. RNAi-zprostředkovaná náhrada morfinu nenarkotickým alkaloidem retikulin v opiovém máku   // Nature Biotechnology  : deník. - Nature Publishing Group , 2004. - Sv. 22 , č. 12 . - S. 1559-1566 . - doi : 10.1038/nbt1033 . — PMID 15543134 .
  155. ↑ Zadeh A., Foster G. Transgenní rezistence na virus ringspot tabáku  (neopr.)  // Acta Virol. - 2004. - T. 48 , č. 3 . - S. 145-152 . — PMID 15595207 .
  156. ↑ Niggeweg R., Michael A., Martin C. Inženýrské závody se zvýšenými hladinami antioxidantů chlorogenových kyselin  // Nature Biotechnology  : časopis  . - Nature Publishing Group , 2004. - Sv. 22 , č. 6 . - str. 746-754 . - doi : 10.1038/nbt966 . — PMID 15107863 .
  157. ↑ Sanders R., Hiatt W. Struktura transgenu rajčat a umlčování  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Sv. 23 , č. 3 . - str. 287-289 . - doi : 10.1038/nbt0305-287b . — PMID 15765076 .
  158. ↑ Chiang C., Wang J., Jan F., Yeh S., Gonsalves D. Komparativní reakce rekombinantních papájových ringspot virů s geny pro chimérický plášťový protein (CP) a viry divokého typu na CP-transgenní   papáji / Journal of General Virologie : deník. — Mikrobiologická společnost, 2001. - Sv. 82 , č. Pt 11 . - str. 2827-2836 . — PMID 11602796 .
  159. ↑ Abdurakhmonov IY, Buriev ZT, Saha S, Jenkins JN, Abdukarimov A, Pepper AE. 2014. Bavlna PHYA1 RNAi zvyšuje kvalitu hlavních vláken a agronomické vlastnosti bavlny (Gossypium hirsutum L). Nature Communications 4:3062; DOI: 10. 1038/ncomms4062

Literatura

Odkazy

  Přejděte na položku Wikidata  Slovníky a encyklopedie
V bibliografických katalozích